检索结果-内蒙古大学图书馆

植物科学学报 2022年第3期40卷 355-364页

作者：娄永峰甘然朱成磊肖复明高志民江西省林业科学院江西省植物生物技术重点实验室南昌330032 国际竹藤中心国家林业和草原局/北京市竹藤科学与技术重点开放实验室北京100102

基于黄秆乌哺鸡竹(Phyllostachys vivax McClure *** ***)转录组数据,利用生物信息学方法分析其SSR位点分布特征,同时针对“黄秆”和“绿秆”两种类型差异表达基因序列中的SSR位点设计引物,并利用刚竹属(Phyllostachys)材料验证其通用... 详细信息

基于黄秆乌哺鸡竹(Phyllostachys vivax McClure *** ***)转录组数据,利用生物信息学方法分析其SSR位点分布特征,同时针对“黄秆”和“绿秆”两种类型差异表达基因序列中的SSR位点设计引物,并利用刚竹属(Phyllostachys)材料验证其通用性。结果显示,从黄秆乌哺鸡竹89874个Unigenes序列中,共鉴定出12651个SSR位点,分布频率为14.07%;其中单核苷酸重复基序最多(51.02%)、其次为3核苷酸(25.61%)和2核苷酸(21.94%);共发现80种重复基序,其中出现频率最高的为A/T(46.60%),其次是AG/CT(13.97%)和CCG/CGG(9.90%)。在设计的51对引物中,44对(86.27%)能有效扩增,在刚竹属材料中平均通用性为92.41%,其中39对具有多态性,多态性EST-SSR标记能区分同属的不同种,但不能有效区分种内种质资源。

关键词：黄秆乌哺鸡竹转录组 EST-SSR标记通用性

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模型假设对基于模型的森林蓄积量估算的影响

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林业科学 2024年第9期60卷 111-123页

作者：齐元浩侯正阳刘太训徐晴北京林业大学森林培育与保护教育部重点实验室北京100083 国家林业和草原局黑龙江三江平原沼泽草甸生态系统定位观测研究站双鸭山518000 中交天津航道局有限公司天津300461 国际竹藤中心、国家林业和草原局/北京竹藤科学与技术重点开放实验室北京100102

【目的】1)评估模型的线性和非线性形式、模型残差假设对推断不确定性的效应;2)比较2种总体均值的方差估计方法(自助法和解析法);3)评估多种因素对推断不确定性的效应,构建基于遥感模型的统计推断经验法则用于指导实践。【方法】应用基... 详细信息

【目的】1)评估模型的线性和非线性形式、模型残差假设对推断不确定性的效应;2)比较2种总体均值的方差估计方法(自助法和解析法);3)评估多种因素对推断不确定性的效应,构建基于遥感模型的统计推断经验法则用于指导实践。【方法】应用基于模型的统计推断方法,以森林蓄积量估算为例,基于非洲稀树草原的薪材材积实测样地数据和Landsat 8遥感辅助数据,使用二阶抽样从总体中选择160块样地形成样本,在不同模型假设下进行总体参数推断,量化分析参数模型假设对估计量不确定性的效应,并辅以置信椭圆等诊断方法确保分析的有效性。【结果】1)不同模型假设下的总体均值估计值μ_(mb)为7.159~7.331 m^(3)·hm^(-2),解析方差估计值Var(μ_(mb))为0.147~0.221,抽样精度为93.59%~96.64%,总体均值的经验方差估计值Var(μ_(mb))为0.143~0.237。模型假设会影响模型参数估计,进而影响推断精度Var(μ_(mb))。自助法是检验总体参数解析估计量无偏性的有效方法。2)基于设计的统计推断方法得出的总体均值估计值μ_(db)为6.774 m^(3)·hm^(-2),其方差估计值Var(μ_(db))为0.965,抽样精度为85.50%。既定条件下,相比基于设计的统计推断,基于模型的统计推断能够有效将推断精度提升77.10%~84.77%,对抽样精度的提升为9.46%~13.03%。【结论】基于模型的统计推断在小样本推断中具有更高的推断精度和抽样精度,有助于实现高精度、低样本量、短周期的森林资源调查目标,但建模过程中的不确定性会影响推断精度,其中残差变异性对推断不确定性的影响最大。忽略方差异性和空间自相关效应在同方差假设下进行总体参数推断,会低估Var(μ_(mb)),在考虑方差异性的同时应进一步检验空间自相关性并使用相应的权函数和自相关函数模拟残差变异性。

关键词：森林资源遥感调查基于模型的统计推断回归模型方差估计

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叶黄素循环和D1蛋白周转在毛竹叶片光保护中的作用

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植物科学学报 2020年第1期38卷 134-142页

作者：娄永峰高志民江西省林业科学院江西省植物生物技术重点实验室南昌330032 国际竹藤中心国家林业和草原局/北京竹藤科学与技术重点开放实验室北京100102

利用叶绿素荧光技术,对强光胁迫下以及叶黄素循环抑制剂-二硫苏糖醇(DTT)和D1蛋白合成抑制剂-硫酸链霉素(SM)处理后毛竹(Phyllostachys edulis(Carr.)Lehaie)的光抑制特征进行研究。结果显示:在夏季中午强光或人为强光胁迫下,毛竹叶片... 详细信息

利用叶绿素荧光技术,对强光胁迫下以及叶黄素循环抑制剂-二硫苏糖醇(DTT)和D1蛋白合成抑制剂-硫酸链霉素(SM)处理后毛竹(Phyllostachys edulis(Carr.)Lehaie)的光抑制特征进行研究。结果显示:在夏季中午强光或人为强光胁迫下,毛竹叶片最大光化学效率Fv/Fm均显著降低;在下午光强减弱或黑暗、弱光条件下,Fv/Fm可有效恢复。DTT和SM均可抑制毛竹叶片非光化学淬灭(NPQ),且DTT效果明显优于SM。另外,在强光下,DTT和SM处理均能使毛竹叶片Fv/Fm、实际光化学效率Y(Ⅱ)和光化学淬灭qP等荧光参数下降幅度增大。研究结果表明毛竹叶片具有完善的光破坏防御机制,NPQ与叶黄素循环和D1蛋白周转紧密关联,在叶片光保护机制中具有重要作用。

关键词：毛竹叶黄素循环 D1蛋白周转强光叶绿素荧光

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毛竹PeGRF1基因克隆及初步功能分析

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分子植物育种 2021年第21期19卷 7084-7091页

作者：娄永峰宋晓琛孙化雨高志民江西省林业科学院江西省植物生物技术重点实验室南昌330013 国际竹藤中心竹藤资源基因科学与基因产业化研究所国家林业和草原局竹藤科学与技术重点开放实验室北京市共建竹藤科学与技术重点开放实验室北京100102

为了探究生长调控因子(GRF)转录因子在竹笋-茎秆生长中的作用,本研究以毛竹(Phyllostachys edulis)为材料,通过RT-PCR方法进行GRF基因的克隆,应用生物信息学方法对其序列进行分析,利用RT-qPCR对其在毛竹竹笋-幼竹的生长过程中的表达模... 详细信息

为了探究生长调控因子(GRF)转录因子在竹笋-茎秆生长中的作用,本研究以毛竹(Phyllostachys edulis)为材料,通过RT-PCR方法进行GRF基因的克隆,应用生物信息学方法对其序列进行分析,利用RT-qPCR对其在毛竹竹笋-幼竹的生长过程中的表达模式进行分析,并通过在拟南芥中异位表达初步分析其功能。结果表明,从毛竹中克隆获得1个1 164 bp的GRF基因,命名PeGRF1,其编码387个氨基酸;蛋白序列分析表明PeGRF1具有完整的GRF特征结构域WRC和QLQ。进化分析显示,PeGRF1与水稻等单子叶植物的GRFs聚类在较近的分支,亲缘关系较近。在毛竹竹笋生长过程中,PeGRF1主要在幼嫩竹笋中表达,在快速生长阶段的表达量明显高于生长缓慢时期,在竹笋顶端及中部的表达量明显高于基部。过量表达PeGRF1能增加转基因拟南芥的株高。本研究结果可为阐明GRF基因在竹子的生物学功能提供了参考。

关键词：毛竹 GRF基因功能分析茎秆株高

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毛竹扩展蛋白基因的鉴定及其表达分析

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植物研究 2022年第1期42卷 29-38页

作者：马霜王博雅曹颖胡尚连高志民西南科技大学生命科学与工程学院绵阳621000 国家林业和草原局/北京竹藤科学与技术重点开放实验室国际竹藤中心竹藤资源基因科学与基因产业化研究所北京100102

为全面了解毛竹中扩展蛋白的分子特征和表达模式,本研究利用生物信息学方法在毛竹基因组中共鉴定出43个扩展蛋白基因家族成员,属于4个亚家族(EXPA、EXPB、EXLA和EXLB),分别包含18、17、7和1个成员,分布在37个Scaffold上。除PeEXPA1没有... 详细信息

为全面了解毛竹中扩展蛋白的分子特征和表达模式,本研究利用生物信息学方法在毛竹基因组中共鉴定出43个扩展蛋白基因家族成员,属于4个亚家族(EXPA、EXPB、EXLA和EXLB),分别包含18、17、7和1个成员,分布在37个Scaffold上。除PeEXPA1没有内含子和PeEXLB1含有11个内含子外,其它毛竹扩展蛋白基因的内含子为1~5个。毛竹扩展蛋白基因编码蛋白长度为91~508个氨基酸,所有的氨基酸都具有高频密码子,大部分蛋白为碱性亲水性蛋白。大部分毛竹扩展蛋白二级结构中β转角占比例最少,而β折叠占比例最大,各亚家族多数成员具有类似的三级结构。qRT-PCR结果表明,18个EXPA亚家族成员在不同组织表达存在明显差异,除PeEXPA2、PeEXPA6外其它基因表达的最高值均出现在叶片中,表明它们可能在叶片生长过程中发挥着重要作用。

关键词：毛竹扩展蛋白基因生物信息学表达分析

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杜仲TIFY转录因子鉴定与表达分析

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中国实验方剂学杂志 2021年第19期27卷 165-174页

作者：刘俊陈玉龙刘燕司富春河南中医药大学中医药科学院河南省中医方证信号传导重点实验室郑州450046 国际竹藤中心国家林业和草原局竹藤科学与技术重点开放实验室北京100102

目的:从全基因组水平对杜仲(Eucommia ulmoides)TIFY基因家族进行鉴定与表达分析,以期为EuTIFYs基因功能深入研究奠定基础。方法:以杜仲基因组数据库为基础,通过美国国立生物技术信息中心(NCBI),MEME,PlantCare,白质分析专家系统(ExPASy... 详细信息

目的:从全基因组水平对杜仲(Eucommia ulmoides)TIFY基因家族进行鉴定与表达分析,以期为EuTIFYs基因功能深入研究奠定基础。方法:以杜仲基因组数据库为基础,通过美国国立生物技术信息中心(NCBI),MEME,PlantCare,白质分析专家系统(ExPASy)及TBtools等生物信息学分析软件,对杜仲TIFY基因家族进行鉴定,系统分析该基因家族的理化性质、系统进化、基因结构、启动子顺式作用元件及其在叶片发育及杜仲胶形成中的表达模式。结果:该研究从杜仲基因组中共鉴定到14个EuTIFYs(EuTIFY1~EuTIFY14),氨基酸数目介于102~357,理论等电点分布在4.99~10.06,相对分子质量区域为10.8~39.14 kDa,亚细胞定位预测在细胞核中,均为亲水性蛋白,14个EuTIFYs分布在13条染色体上。系统进化分为TIFY,JAZ,ZML和PPD 4个亚家族,分别包含3个,4个,5个和2个EuTIFYs蛋白。EuTIFYs启动子区域含有多种光周期及非生物胁迫响应元件,参与植物杜仲生长发育和非生物胁迫。表达模式分析显示,EuTIFYs在杜仲叶片不同发育时期存在表达差异,大部分基因在叶片发育的早期阶段表达量较高,正调控杜仲胶的形成,EuTIFYs蛋白间存在多种互作关系。结论:该研究从杜仲全基因组水平鉴定到14个EuTIFYs,对其结构特点和表达模式进行全面的生物信息学分析,为进一步研究杜仲TIFYs基因功能提供参考。

关键词：杜仲 TIFY转录因子系统进化表达分析

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毛竹PheDof2转录因子克隆及表达分析

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核农学报 2021年第3期35卷 586-594页

作者：刘俊程占超郑慧芳蔡苗苗彭立鑫白羽聪宋华建高健国际竹藤中心/国家林业和草原局竹藤科学与技术重点开放实验室北京100102 河南中医药大学/中医药科学院河南郑州450046

Dof蛋白是单锌指结构蛋白家族之一,在植物生长发育和非生物胁迫中发挥重要作用。为了探索Dof转录因子在毛竹中的功能及表达特征,本研究以毛竹实生苗为材料,采取反转录PCR(RT-PCR)技术克隆得到PheDof2基因的cDNA序列,对其进行生物信息学... 详细信息

Dof蛋白是单锌指结构蛋白家族之一,在植物生长发育和非生物胁迫中发挥重要作用。为了探索Dof转录因子在毛竹中的功能及表达特征,本研究以毛竹实生苗为材料,采取反转录PCR(RT-PCR)技术克隆得到PheDof2基因的cDNA序列,对其进行生物信息学初步分析,并检测其在毛竹不同高度笋、花发育,及不同胁迫处理下的表达情况。序列分析结果表明,PheDof2开放阅读框(ORF)为1614 bp,编码527个氨基酸,分子量和等电点分别为53.20 kDa和5.37,具有典型的zf-dof结构域;生物信息学分析结果显示,PheDof2含有两个外显子,一个内含子,启动子序列中存在多个非生物胁迫和光响应元件。蛋白进化结果表明,PheDof2与二穗短柄草亲缘关系最近,相似性为79.05%。荧光定量PCR检测结果显示,PheDof2在毛竹叶片中表达量最高,其次是根,在茎中表达量最低,参与毛竹笋的快速生长及花的发育,说明该基因具有组织表达特异性。在干旱处理的根中,处理6 h时,PheDof2的表达水平出现峰值;在幼茎中,处理24 h时PheDof2的表达量降为最低值。在干旱和脱落酸(ABA)处理的叶片中,PheDof2均在处理6 h时降为最低值。结果表明,PheDof2参与干旱胁迫及ABA介导的信号转导途径。本研究结果为毛竹抗逆育种及PheDof2基因的功能研究提供了理论基础。

关键词：毛竹 PheDof2 基因克隆表达分析

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毛竹早期光诱导蛋白基因克隆及功能分析

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浙江农林大学学报 2021年第1期38卷 93-102页

作者：娄永峰高志民江西省林业科学院江西省植物生物技术重点实验室江西南昌330032 国际竹藤中心竹藤资源基因科学与基因产业化研究所国家林业和草原局/北京市共建竹藤科学与技术重点开放实验室北京100102

【目的】探究早期光诱导蛋白(ELIP)基因在竹子光保护中的作用,为进一步阐述竹子光保护机制提供参考依据。【方法】以毛竹Phyllostachys edulis实生苗为材料,在前期研究的基础上克隆毛竹ELIP基因,利用qRT-PCR技术研究其在不同光照诱导下... 详细信息

【目的】探究早期光诱导蛋白(ELIP)基因在竹子光保护中的作用,为进一步阐述竹子光保护机制提供参考依据。【方法】以毛竹Phyllostachys edulis实生苗为材料,在前期研究的基础上克隆毛竹ELIP基因,利用qRT-PCR技术研究其在不同光照诱导下的表达谱,同时通过在拟南芥Arabidopsis thaliana中异位表达对1个基因的功能进行初步鉴定。【结果】克隆获得了3个毛竹ELIP基因(PeELIP1、PeELIP2和PeELIP3),分别编码165、179和182个氨基酸。蛋白结构分析表明:3个PeELIPs蛋白均具有典型的捕光叶绿素a/b结合蛋白功能域,含3个α-螺旋跨膜结构,属于叶绿素a/b结合蛋白超家族。序列比对及进化分析表明:PeELIPs与水稻Oryza sativa、玉米Zea mays等单子叶植物的ELIPs相似性较高,同源性达72%以上,聚类在同一分支。qRT-PCR分析表明:3个PeELIPs基因在毛竹黄化苗中仅检测到微弱表达,光照处理使3个基因的表达量均显著上调;同时在正常毛竹实生苗叶片中,随着光照强度的增强和强光胁迫处理时间的延长,3个PeELIPs基因的表达量都显著上调。过表达PeELIP3可减缓转基因拟南芥在强光下Fv/Fm的下降幅度,但未影响转基因植株的非光化学猝灭系数。【结论】毛竹中至少存在3个PeELIPs,且其表达均受光照的诱导。过量表达PeELIP3能够减缓转基因拟南芥受光抑制的程度,具有一定的光保护作用。

关键词：毛竹早期光诱导蛋白基因表达分析光保护

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毛竹磷转运蛋白Ⅰ家族基因鉴定及表达模式

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浙江农林大学学报 2022年第3期39卷 486-494页

作者：王绍良张雯宇高志民周明兵杨克彬宋新章浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室浙江杭州311300 国际竹藤中心竹藤资源基因科学与基因产业化研究所国家林业和草原局竹藤科学与技术重点开放实验室北京100102

【目的】鉴定毛竹Phyllostachys edulis磷转运蛋白Ⅰ(phosphate transporter 1,PHTⅠ)家族基因,分析其表达模式。【方法】利用生物信息学方法,鉴定毛竹PHTⅠ家族成员,分析基因启动子调控元件、编码蛋白的理化性质、基因结构、氨基酸保... 详细信息

【目的】鉴定毛竹Phyllostachys edulis磷转运蛋白Ⅰ(phosphate transporter 1,PHTⅠ)家族基因,分析其表达模式。【方法】利用生物信息学方法,鉴定毛竹PHTⅠ家族成员,分析基因启动子调控元件、编码蛋白的理化性质、基因结构、氨基酸保守基序、基因在染色体的位置、组织表达特异性、基因适应性进化及系统进化等。【结果】毛竹中共鉴定出20个PHTⅠ家族基因(PePHTs),分布在10条染色体上,均定位于细胞膜。每个基因都含有1~2个内含子,PePHTs启动子序列中包含干旱、低温等非生物胁迫以及赤霉素等激素类响应元件。毛竹PHTⅠ大部分为碱性蛋白质,分子量为48.61~76.37 kDa,理论等电点为6.84~9.30,疏水性值均大于0,都属于疏水蛋白。基因适应性进化分析显示:大多数PePHTs的选择压力值小于0,说明多数基因受到负选择压力。转录组表达图谱表明:PePHTs在不同组织中的表达存在差异性,说明该基因家族在毛竹生长发育过程中发挥着不同的作用。系统进化树表明:PePHTs都聚类在第Ⅰ亚家族,并且优先和水稻Oryza sativa聚类在同一支上。【结论】PHTⅠ家族在植物吸收和转运磷的过程中扮演了重要作用。本研究结果为深入研究毛竹PHTⅠ家族基因的功能奠定了理论基础。

关键词：毛竹磷转运蛋白磷吸收分子特征表达分析

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毛竹7个COBL基因的分子特征及表达分析

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基因组学与应用生物学 2021年第2期40卷 817-826页

作者：史晶晶马霜杨克彬李晓佩高志民国家林业局国际竹藤中心竹藤资源基因科学研究所北京市竹藤科学与技术重点开放实验室北京100102 西南科技大学生命科学与工程学院绵阳621000

COBL家族基因编码糖基磷脂酰基醇锚定蛋白,主要参与调控植物细胞壁纤维素的含量和细胞的定向伸长。研究毛竹COBL基因的分子特征和表达模式,对揭示其材性快速形成机制具有重要意义。利用生物信息学方法对毛竹COBL家族成员进行全基因组分... 详细信息

COBL家族基因编码糖基磷脂酰基醇锚定蛋白,主要参与调控植物细胞壁纤维素的含量和细胞的定向伸长。研究毛竹COBL基因的分子特征和表达模式,对揭示其材性快速形成机制具有重要意义。利用生物信息学方法对毛竹COBL家族成员进行全基因组分析,共鉴定出7个具有完整保守结构域的COBL家族基因成员(Pe COBL1~Pe COBL7),其内含子数量为0~7个,编码的蛋白均具有CCVS保守结构域和潜在的ω位点,仅4个成员(Pe COBL3,Pe COBL4,Pe COBL5和Pe COBL7)具有CBM功能域。亚细胞定位预测表明,Pe COBLs均定位于细胞膜上,为膜蛋白,属于GPI-APs超家族。系统进化与蛋白motifs预测分析发现,Pe COBLs各成员与水稻的亲缘关系更为接近,其氨基酸序列同源性更高。RT-q PCR结果显示,Pe COBLs在毛竹不同组织中的表达存在明显差异,其中在展开叶中表达量高(低)的基因,在未展开叶中表达量则相对较低(高);Pe COBLs在毛竹不同高度笋基部第一节的上、中、下三部分的表达量均存在一定的差异。基因共表达分析表明,Pe COBLs与多种蛋白酶基因呈现正向共表达,其中包含纤维素酶5和类纤维素合成酶D2基因,表明Pe COBLs参与纤维素合成的功能是与其他基因共同实现的。本研究为深入开展Pe COBLs功能研究提供了参考,有助于揭示该家族成员在调控毛竹纤维素含量和细胞定向伸长中的作用机制。

关键词：糖基磷脂酰基醇锚定蛋白毛竹 COBL 表达分析

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