检索结果-内蒙古大学图书馆

基因组学与应用生物学 2018年第2期37卷 808-814页

作者：肖支叶原晓龙华梅陈剑邱坚郑科王毅西南林业大学材料工程学院昆明650224 云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室、国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

内生真菌是动植物体内的微生物类群,其多样性、复杂性和特殊性的特点使其能够产生化学结构新颖、具有多种生物活性的次生代谢产物。本研究采用纸片法检测Leptographium bhutanense发酵提取物对13种致病细菌的抑菌活性,并对抗菌化合物的... 详细信息

内生真菌是动植物体内的微生物类群,其多样性、复杂性和特殊性的特点使其能够产生化学结构新颖、具有多种生物活性的次生代谢产物。本研究采用纸片法检测Leptographium bhutanense发酵提取物对13种致病细菌的抑菌活性,并对抗菌化合物的最低抑菌浓度（MIC）、热稳定性、光稳定性进行检测;同时,采用OSMAC策略寻找产抗菌化合物的最佳培养基、最佳培养时间和最佳接种量。分析显示提取物对3种人体致病细菌（蜡样芽孢杆菌,副溶血性弧菌,溶血性葡萄球菌）具有抑菌活性;其MIC值分别为：12.5mg/mL、6.25 mg/mL和6.25 mg/mL;提取物具有较好的热稳定性和光稳定性。产抗菌化合物的最佳培养基为：MFS,最佳培养时间和最佳接种量分别为15 d和1.0 g/100 mL。本研究为昆虫内生真菌抗菌化合物的开发利用提供帮助。

关键词：昆虫内生真菌 Leptographium bhutanense 提取物抑菌活性最低抑菌浓度稳定性

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竹叶花椒查尔酮合成酶基因克隆与表达

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分子植物育种 2020年第16期18卷 5300-5305页

作者：关淑文王毅郝佳波原晓龙陆斌西南林业大学昆明650224 云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

查尔酮合成酶(chalcone synthase, CHS)是植物次生代谢途径中的关键酶。本研究依据转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法成功地从竹叶花椒(Zanthoxylum armatum)中克隆得到一个全新的CHS基因的全长cDNA序列,命名为ZaCHS (NCBI登录号... 详细信息

查尔酮合成酶(chalcone synthase, CHS)是植物次生代谢途径中的关键酶。本研究依据转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法成功地从竹叶花椒(Zanthoxylum armatum)中克隆得到一个全新的CHS基因的全长cDNA序列,命名为ZaCHS (NCBI登录号:MK953733)。序列分析结果表明,ZaCHS包含完整的cDNA开放阅读框(OFR),由1 173 bp组成,编码390个氨基酸。Blast比对结果显示该蛋白属于CHS家族蛋白;系统进化树结果显示竹叶花椒ZaCHS与芸香科植物甜橙、克里曼丁桔等的CHS亲缘关系较近。荧光定量PCR检测显示,ZaCHS在竹叶花椒中的表达量从高到低分别为:嫁接树的叶、嫁接树的茎、实生树的茎、实生树的叶。通过对竹叶花椒CHS基因进行克隆与分析,为后续深入研究竹叶花椒类黄酮代谢途径相关基因、CHS基因表达调控以及CHS基因家族进化提供帮助。

关键词：竹叶花椒查尔酮合成酶嫁接基因功能分析

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48个油橄榄品种的遗传多样性及聚类分析

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生物技术通报 2013年第3期29卷 96-101页

作者：陈海云陈少瑜宁德鲁李瑞李勇杰毛云玲吴涛云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650204 云南省林业科学院昆明650204

采用ISSR分子标记技术对48个引种和选育的油橄榄品种进行遗传多样性和聚类分析。11条筛选出的引物共扩增出106条DNA谱带,其中有99条为多态性条带,多态位点百分率为93.40%。数据表明所分析的油橄榄种质具有丰富的遗传多样性。根据各品种... 详细信息

采用ISSR分子标记技术对48个引种和选育的油橄榄品种进行遗传多样性和聚类分析。11条筛选出的引物共扩增出106条DNA谱带,其中有99条为多态性条带,多态位点百分率为93.40%。数据表明所分析的油橄榄种质具有丰富的遗传多样性。根据各品种的Nei’s遗传距离,运用UPGMA方法构建了所有品种的聚类图,结果 48个油橄榄品种被聚成了4个大类;84.6%的国内选育品种聚于2个类群中;多数引种品种并没有按照地理起源而是依据引种材料来源地和主要用途聚类。研究结果为油橄榄种质资源的利用以及进一步的良种选育提供参考。

关键词：油橄榄遗传多样性聚类分析

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基于全基因组序列预测里氏木霉QM6a的分泌蛋白

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华中农业大学学报 2017年第2期36卷 28-32页

作者：韩长志王娟西南林业大学林学院/云南省森林灾害预警与控制重点实验室昆明650224 云南省林业科学院/云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

里氏木霉(Trichoderma reesei)QM6a为重要的产纤维素酶工业生产菌株,为明确其内存在的分泌蛋白,对该菌分泌蛋白进行预测,并明确其特征。利用SignalP、ProtComp等5个软件对该菌中9 143条蛋白质序列进行分泌蛋白预测,并对上述分泌蛋白的... 详细信息

里氏木霉(Trichoderma reesei)QM6a为重要的产纤维素酶工业生产菌株,为明确其内存在的分泌蛋白,对该菌分泌蛋白进行预测,并明确其特征。利用SignalP、ProtComp等5个软件对该菌中9 143条蛋白质序列进行分泌蛋白预测,并对上述分泌蛋白的氨基酸大小分布情况、信号肽长度及其切割位点等性质进行分析。里氏木霉中含有分泌蛋白356个,其氨基酸长度、信号肽长度与其他植物病原菌不同;信号肽切割位点属于A-X-A类型,与其他已经报道的植物病原真菌、细菌以及卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。通过上述生物信息学分析方法有效地实现了里氏木霉分泌蛋白的预测,也证明了分泌蛋白的信号肽切割位点具有物种保守性特点。

关键词：里氏木霉分泌蛋白信号肽预测软件

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云南热区4种林分土壤有机碳的比较研究

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西部林业科学 2013年第3期42卷 79-85页

作者：陈伟孟梦李江邱琼冯弦杨斌徐玉梅国家林业局重点开放性实验室云南珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 云南省林业科学院云南昆明650201

以普洱市思茅区清水河13年生西南桦人工林、高阿丁枫人工林、思茅松人工林及思茅松天然林为研究对象,对林分土层0～50 cm土壤有机碳含量及密度进行调查分析。结果表明:(1)土壤有机碳含量、可溶性有机碳含量和土壤微生物量碳含量在4种林... 详细信息

以普洱市思茅区清水河13年生西南桦人工林、高阿丁枫人工林、思茅松人工林及思茅松天然林为研究对象,对林分土层0～50 cm土壤有机碳含量及密度进行调查分析。结果表明:(1)土壤有机碳含量、可溶性有机碳含量和土壤微生物量碳含量在4种林分中均呈随土层深度增加而递减的变化趋势,0～50 cm土层土壤有机碳含量为高阿丁枫人工林>西南桦人工林>思茅松人工林>思茅松天然林,土壤可溶性碳含量为高阿丁枫人工林最大,西南桦人工林最小;土壤微生物量碳主要集中于土壤表层,西南桦人工林土壤微生物量碳含量最高。(2)土壤可溶性碳占土壤有机碳的比值范围为0.32%～1.25%,3种人工林土壤表层微生物量碳占土壤有机碳的比值均大于思茅松天然林,3种人工林均处于碳的积累阶段。(3)0～50 cm土层土壤有机碳密度以思茅松人工林最大,达到85.79 t/hm2;其次为西南桦人工林、高阿丁枫人工林,思茅松天然林最低,为61.36 t/hm2。(4)土壤可溶性碳、土壤微生物量碳与土壤有机碳含量成显著的正相关关系,土壤有机碳和可溶性碳与土壤容重成显著的负相关关系。

关键词：云南热区人工林土壤有机碳

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油橄榄AP2/ERF转录因子鉴定及水胁迫表达分析

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广西植物 2022年第12期42卷 2032-2043页

作者：王丽娟王毅陆斌罗玛妮娅徐令文原晓龙李贤忠西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

为探究油橄榄AP2/ERF基因家族对水胁迫的响应机制,该研究对受干旱及水淹胁迫的‘佛奥’和‘TYZ-1号’2个品种的根和叶进行转录组测序,并对油橄榄中AP2/ERF转录因子的蛋白理化性质、基因结构及系统进化进行分析,同时分析与水胁迫相关的AP... 详细信息

为探究油橄榄AP2/ERF基因家族对水胁迫的响应机制,该研究对受干旱及水淹胁迫的‘佛奥’和‘TYZ-1号’2个品种的根和叶进行转录组测序,并对油橄榄中AP2/ERF转录因子的蛋白理化性质、基因结构及系统进化进行分析,同时分析与水胁迫相关的AP2/ERF转录因子在2个油橄榄品种中的基因表达差异且进行RT-qPCR验证。结果表明:(1)在油橄榄中鉴定得到110个AP2/ERF基因家族成员,该110个蛋白质所含氨基酸大小为173~717 bp,均不存在信号肽,为非分泌蛋白。将油橄榄AP2/ERF与模式植物拟南芥AP2/ERF蛋白构建进化树发现,油橄榄AP2/ERF蛋白分为AP2、RAV、ERF和Solosist 4大类,其中ERF分为ERF和DREB 2个亚类,ERF包含ERF B1~ERF B66个子亚类,DREB包含DREB A1~DREB A66个子亚类,这与模式植物拟南芥AP2/ERF的分类一致,每个亚家族同时包含了油橄榄和拟南芥AP2/ERF蛋白,说明拟南芥和油橄榄的AP2/ERF家族在进化水平上有一定的相似性。(2)油橄榄AP2/ERF同一亚家族蛋白具有相同的基因结构及保守元件,结合基因表达和进化树中已知水分调控功能的基因初步推测OeAP2-75、OeAP2-97、OeAP2-101、OeAP2-23、OeAP2-13与油橄榄水分调节密切相关,OeAP2-13、OeAP2-28、OeAP2-104、OeAP2-75、OeAP2-80、OeAP2-50在2个品种中都有不同的表达量,推测可能是‘佛奥’和‘TYZ-1号’抗性不同的原因。(3)利用RT-qPCR技术检测油橄榄AP2/ERF基因在不同胁迫下的表达变化,OeAP2-101、OeAP2-28、OeAP2-42受水胁迫诱导显著上调,这与转录组分析结果一致。该研究结果为油橄榄AP2/ERF家族基因的抗逆性表达及基因功能研究奠定了基础,为油橄榄选育抗旱和耐涝砧木品种提供了方法和理论依据。

关键词：油橄榄 AP2/ERF转录因子生物信息学基因表达谱水分胁迫

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青头菌(Russula virescens)聚酮合酶基因的克隆及碳源对该基因表达的影响

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福建农林大学学报（自然科学版） 2021年第2期50卷 250-256页

作者：原晓龙王毅杨文忠云南省林业和草原科学院云南省森林培育与开发利用重点实验室/国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

为了解青头菌中具体的聚酮合酶基因,从青头菌(Russula virescens)基因组挖掘并克隆到一个聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因(RvPKS),通过生物信息学分析预期其功能,并检测了不同浓度碳源添加物对该基因表达的影响.结果表明:RvPKS基... 详细信息

为了解青头菌中具体的聚酮合酶基因,从青头菌(Russula virescens)基因组挖掘并克隆到一个聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因(RvPKS),通过生物信息学分析预期其功能,并检测了不同浓度碳源添加物对该基因表达的影响.结果表明:RvPKS基因(GenBank登录号:MT655136)的cDNA长度为6039 bp,编码2012个氨基酸,结构域组织顺序为SAT-KS-AT-ACP-TE,各结构域的保守活性氨基酸序列为SAT(GIIGFSSGII)、KS(DTACSSSL)、AT(NVVEAHGTGTQ)、ACP(VVGHSLGEYVA)和TE(LGGWSLGGIIA);预测的RvPKS编码蛋白与火丝菌(Pyronema omphalodes)、鸡枞菌属(Termitomyces sp.)、白环菇属(Leucoagaricus sp.)、乌氏曲霉(Aspergillus udagawae)、丝曲霉(Aspergillus lentulus)、Penicillium subrubescens等相关聚酮合酶蛋白聚为一支,该蛋白可能催化合成一种新型的分生孢子色素.此外,2%山梨醇和10%蔗糖能强烈诱导RvPKS基因的表达.

关键词：青头菌聚酮合酶聚类分析基因表达

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牛樟逆境胁迫相关WRKY转录因子的鉴定及表达分析

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分子植物育种 2022年第21期20卷 7025-7035页

作者：张璋王毅罗玛妮娅郑元西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

WRKY转录因子是植物逆境研究中最广泛的家族之一,在植物响应生物胁迫和非生物胁迫中具有重要作用。本研究利用本地BLAST对牛樟基因组进行比对分析得到58个牛樟WRKY基因序列,并对牛樟WRKY转录因子进行理化性质、保守基序、系统进化及表... 详细信息

WRKY转录因子是植物逆境研究中最广泛的家族之一,在植物响应生物胁迫和非生物胁迫中具有重要作用。本研究利用本地BLAST对牛樟基因组进行比对分析得到58个牛樟WRKY基因序列,并对牛樟WRKY转录因子进行理化性质、保守基序、系统进化及表达谱分析。保守结构域和基序预测发现,牛樟转录因子家族蛋白主要分为三大类,即Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类,多数蛋白较保守,其中Ⅰ、Ⅱ类中有两个蛋白(CkWRKY25,CkWRKY1)存在Q残基的变异;CkWRKY基因表达谱数据分析发现,有22个基因在受干旱、低温胁迫时上调表达,占牛樟WRKY家族的37.9%,其中18个基因受干旱胁迫呈高表达水平,占上调基因的81.8%,4个基因在4℃低温胁迫下表达量显著升高,占比18.2%。将牛樟中22个表达差异显著的基因与14个具有抗旱、抗寒WRKY基因共同建树,结果显示36个WRKYs蛋白聚为两大类,参与干旱及低温胁迫的蛋白主要集中在第一大类中,其中CkWRKY26、CkWRKY38、CkWRKY39、CkWRKY45、CkWRKY55分别和参与干旱胁迫的蛋白聚为一支,且C端锌指结构均为C2H2;CkWRKY20、CkWRKY54和参与低温胁迫中陆地棉的GhWRKY62、毛果杨的PtWRKY34、西洋参的PqWRKY7、旱地棉的GaWRKY28、陆地棉的GhWRKY73以及小麦的TaWRKY19和TaWRKY10聚为一支。本研究基于牛樟高通量转录组数据,探究牛樟WRKY转录因子家族生物学特性,为深入研究牛樟WRKY基因非生物胁迫调控提供科学依据。

关键词：牛樟 WRKY转录因子转录组分析干旱与低温胁迫

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深纹核桃WRKY转录因子的全基因组鉴定与分析

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分子植物育种 2022年第23期20卷 7737-7750页

作者：徐令文王毅王丽娟郝佳波张雨李贤忠陆斌西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

WRKY是一类存在于植物中的转录因子,参与激素调节通路,与植物生长发育有关。基于深纹核桃转录组测序数据,本研究利用NCBI在线工具筛选蛋白结构域,获得深纹核桃WRKY转录因子基因序列。通过生物信息学方法进行分析,结果表明,共发掘88个JsW... 详细信息

WRKY是一类存在于植物中的转录因子,参与激素调节通路,与植物生长发育有关。基于深纹核桃转录组测序数据,本研究利用NCBI在线工具筛选蛋白结构域,获得深纹核桃WRKY转录因子基因序列。通过生物信息学方法进行分析,结果表明,共发掘88个JsWRKY转录因子,根据结构域数目和锌指结构可以分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类型,氨基酸大小为104~981 aa,平均分子质量为45 503.23,平均理论等电点(pI)值为7.334 5,其中88个转录因子脂肪系数(Aliphatic index)均小于100,均不具有信号肽和跨膜结构;87个WRKY转录因子为不稳定蛋白,除了JsWRKY7定位于细胞核和细胞质,其余87个JsWRKY转录因子均定位于细胞核。转录组测序分析显示JsWRKY转录因子在6年生的Juglans sigillata cv. Xixiang嫁接树进行环剥与不进行无环剥、结果的老树3种条件下,除了3个基因(JsWRKY19, Js WRKY75, JsWRKY84)不表达,其余基因在茎、叶中的表达均有变化,其中JsWRKY42、JsWRKY18、JsWRKY55、JsWRKY34、JsWRKY88、JsWRKY59、JsWRKY43、JsWRKY78基因只在结果的老树叶片中高表达;JsWRKY32、JsWRKY47、JsWRKY67、JsWRKY51、JsWRKY61、JsWRKY79、JsWRKY9、JsWRKY63、JsWRKY73、JsWRKY44、JsWRKY33、JsWRKY7、JsWRKY68、JsWRKY45仅于无环剥处理的茎中高表达;JsWRKY27、JsWRKY77、JsWRKY86、JsWRKY80只在环剥处理的茎中高表达;JsWRKY20、JsWRKY21、JsWRKY58只在老树的茎、叶中表达;JsWRKY46、JsWRKY65、JsWRKY56只在有环剥、无环剥处理下茎、叶中表达。本研究结果为进一步挖掘JsWRKY转录因子功能及其分子生物学研究奠定了基础,同时为进一步研究其他植物WRKY转录因子的家族特征提供理论依据。

关键词：深纹核桃(Juglans sigillata) 基因组 WRKY转录因子表达分析

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滇牡丹1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合酶(DXS)基因的克隆及功能分析

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基因组学与应用生物学 2017年第7期36卷 2919-2925页

作者：赵能原晓龙陈中华杨宇明王娟王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室昆明650204 西南林业大学昆明650224 云南省林业科学院国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650204

1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合酶(DXS),作为MEP途径的第一个关键酶,在植物萜类合成中起着重要作用。为了克隆得到滇牡丹DXS基因,我们根据滇牡丹根皮转录组数据分析结果,首先获得滇牡丹DXS基因片段。之后根据获得的该片段设计特异引物,再利用... 详细信息

1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合酶(DXS),作为MEP途径的第一个关键酶,在植物萜类合成中起着重要作用。为了克隆得到滇牡丹DXS基因,我们根据滇牡丹根皮转录组数据分析结果,首先获得滇牡丹DXS基因片段。之后根据获得的该片段设计特异引物,再利用RACE和RT-PCR技术从滇牡丹根皮中获得完整的DXS基因(Pd DXS)。Pd DXS基因全长为3 137 bp,全长基因中含有一个长度为2 151 bp的开放阅读框(ORF),该开放阅读框编码了717个氨基酸,根据开放阅读框序列推导所得蛋白序列绘制分子进化树,分子进化树将该基因推断所得蛋白与葡萄DXS蛋白聚为一类,因此,两者的DXS蛋白有较高相似性。经过氨基酸序列比对后,推断滇牡丹DXS具有叶绿体转运肽,二磷酸硫胺结合位点以及转酮醇酶结构域。半定量RT-PCR结果显示Pd DXS在根、茎、叶、花芽及花瓣中均有表达。本研究为确定滇牡丹中DXS的基因功能以及揭示滇牡丹中萜类化合物的生物合成提供了理论基础。

关键词：滇牡丹 DXS基因基因克隆表达分析

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