为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式,该文利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依...
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为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式,该文利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC1(46.01%)>GC2(38.98%)>GC3(27.80%)。有效密码子数(ENC)范围为37.66~54.43,及ENC值>45的有37个;RSCU>1的密码子有29个,其中16个以U结尾、12个以A结尾。这些说明其偏好以A和U结尾,且偏性较弱。中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数为0.250,相关性不显著,回归系数为0.394;ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.05~0.05区间外的基因有38个;PR2-plot分析说明在碱基的使用频率方面,U>A、G>C,说明降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性主要受选择的影响;19个密码子被确定为最优密码子。该研究为降香黄檀叶绿体基因工程、遗传多样性分析等研究提供了科学参考依据。
为了分析铁核桃基因组密码子使用模式及其主要影响因素,本研究利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对源自铁核桃叶绿体基因组中的52个基因的密码子碱基组成规律进行分析,并作中性绘图、ENC-plot和偏倚性分析,通过计算高、低表达基因库间的...
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为了分析铁核桃基因组密码子使用模式及其主要影响因素,本研究利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对源自铁核桃叶绿体基因组中的52个基因的密码子碱基组成规律进行分析,并作中性绘图、ENC-plot和偏倚性分析,通过计算高、低表达基因库间的ΔRSCU值来确定最优密码子。结果显示,密码子不同位置的GC含量存在差异,表现为GC1(46.59%)>GC2(39.03%)>GC3(27.47%);ENC值在37.68~58.08之间,且ENC值>45的有36个,占比69.23%;中性绘图分析显示GC12在0.306~0.543之间,GC3在0.300~0.365之间,GC12和GC3的相关系数为0.182,相关性不显著,回归系数为0.261 2;ENC-plot分析显示大部分基因位于标准曲线附近;偏倚性显示位于平面图的右下方位置的基因数量最多;最优密码子分别为UUU、UUA、GUA、AGU、ACU、UAU、CAA、AAA、GAA、UGU、AUU和GCA。以上结果说明铁核桃叶绿体基因组密码子偏好以A/T结尾,影响偏好性的主要因素为选择。本研究为以后通过外源基因密码子改造后以铁核桃叶绿体为载体进行异源表达及种源鉴定提供科学根据。
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