检索结果-内蒙古大学图书馆

基因组学与应用生物学 2020年第12期39卷 5758-5764页

作者：原晓龙李云琴王毅张劲峰云南省林业和草原科学院昆明650201 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

密码子偏好性广泛存在于各种植物中。本研究利用Codon W和在线软件CUSP分析西南桦(Betula alnoides)叶绿体基因组中的45条蛋白编码序列。结果显示,西南桦叶绿体基因组的ENC值在36.86~56.10之间,密码子第3位上的GC含量为27.80%,RSCU>... 详细信息

密码子偏好性广泛存在于各种植物中。本研究利用Codon W和在线软件CUSP分析西南桦(Betula alnoides)叶绿体基因组中的45条蛋白编码序列。结果显示,西南桦叶绿体基因组的ENC值在36.86~56.10之间,密码子第3位上的GC含量为27.80%,RSCU>1的密码子中有23个以A或U作为结尾,说明其密码子偏好以AU结尾;ENC与密码子第3位碱基的GC含量呈显著相关;3种图形分析均表明西南桦叶绿体基因组密码子偏好性受突变影响较大;最优密码子以C结尾的有7个,G结尾的有2个,U结尾的有1个。本研究为西南桦无性系地理种源鉴定、保持种源多样性提供了科学依据。

关键词：西南桦(Betula alnoides) 叶绿体基因组密码子偏好性突变

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牛樟芝中一个新型还原型聚酮合酶基因的克隆及表达分析

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广西植物 2018年第9期38卷 1146-1154页

作者：原晓龙华梅陈剑王娟杨宇明王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650204

为了研究牛樟芝中PKS基因与化合物之间的关系,该研究通过对牛樟芝基因组分析获得牛樟芝聚酮合酶基因,以此序列为模板设计含有起始密码子和终止密码子的特异引物并以牛樟芝c DNA为模板克隆获得一个高度还原型PKS(HR-PKS)基因全长,命名为A... 详细信息

为了研究牛樟芝中PKS基因与化合物之间的关系,该研究通过对牛樟芝基因组分析获得牛樟芝聚酮合酶基因,以此序列为模板设计含有起始密码子和终止密码子的特异引物并以牛樟芝c DNA为模板克隆获得一个高度还原型PKS(HR-PKS)基因全长,命名为AcPKS2;对AcPKS2基因进行生物信息学分析,并比较该基因在不同培养基上的表达量。结果表明:AcPKS2全长7 842 bp,有24个内含子,其外显子共编码2 613个氨基酸,该蛋白的相对分子质量为293.5 kDa,理论等电点pI为5.78。用CDD分析其结构域显示,该基因属于HR-PKS,其结构域组织排列为KS-AT-DH-MT-ER-KR-ACP-TE,8个结构域其活性位点分别为β-酮基合成酶(DTACSSSL)、酰基转移酶(GHSIGETA)、脱水酶(RNDGSTSPL)、甲基转移酶(SFDIITAFDV)、烯酰还原酶(HAGVSSPAA)、酮基还原酶(GSPGQANYTAA)、酰基转移酶(YGLDSLTSVRL)、硫酯酶(KQPNGPY)。系统发育树显示AcPKS2与其他化合物未知的HR-PKS蛋白聚为一支,结构域和系统进化树分析显示该基因可能编码一种新的含TE结构域高度还原型聚酮合酶;表达分析结果显示葡萄糖和果糖能够诱导该基因的表达。

关键词：牛樟芝高度还原型PKS 生物信息学分析基因表达

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乳油木叶绿体基因组密码子偏好性分析

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分子植物育种 2020年第17期18卷 5658-5664页

作者：原晓龙李云琴张劲峰王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

为了解乳油木叶绿体基因组密码子的使用模式,该研究以从乳油木叶绿体基因组中筛选得到53条长度大于300 bp且非重复的CDS(Coding DNA sequence)序列为材料,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP分析其密码子偏好性。结果显示,密码子第3位GC... 详细信息

为了解乳油木叶绿体基因组密码子的使用模式,该研究以从乳油木叶绿体基因组中筛选得到53条长度大于300 bp且非重复的CDS(Coding DNA sequence)序列为材料,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP分析其密码子偏好性。结果显示,密码子第3位GC含量为27.47%,ENC范围在36.31~56.88,平均值为42.98。RSCU值大于1的密码子有28个,其中27个以A或U为结尾。中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析的结果显示乳油木叶绿体基因密码子偏好性主要受突变的影响。最优密码子为GGA、GAU、CAU和UUG。本研究结果为提高异源基因表达水平、改良乳油木重要经济性状等提供参考依据。

关键词：乳油木(Vitellaria paradoxa) 叶绿体基因组密码子偏好性突变

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哀牢山12种木质藤本植物在不同生境下叶片解剖结构的比较

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生态环境学报 2016年第1期25卷 51-59页

作者：吴涛耿云芬柴勇郝佳波袁春明云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室云南昆明650201 云南省林业科学院云南昆明650201

为了探讨藤本植物对不同生境的适应性,以哀牢山亚热带常绿阔叶林中12种常见的木质藤本植物为研究对象,包括6种林窗更新的、喜光或适应高光强生境的常绿蔷薇(Rosa longicuspis)、山羊桃(Actinidia callosa)、南蛇藤(Celastrus angulatus... 详细信息

为了探讨藤本植物对不同生境的适应性,以哀牢山亚热带常绿阔叶林中12种常见的木质藤本植物为研究对象,包括6种林窗更新的、喜光或适应高光强生境的常绿蔷薇(Rosa longicuspis)、山羊桃(Actinidia callosa)、南蛇藤(Celastrus angulatus)、五风藤(Holboellia latifolia)、云南清风藤(Sabia yunnanensis)、圆锥悬钩子(Rubus paniculatus)和6种林缘或林内更新的、喜荫或适应低光强生境的冷饭团(Kadsura coccinea)、石宝茶藤(Euonymus vagans)、川西尾叶素馨(Jasminum urophyllum)、冠盖绣球(Hydrangea anomala)、肖菝葜(Heterosmilax japonica)和葡萄酸藤子(Embelia procumbens),使用石蜡切片法对其在林窗(全光照)、林缘(遮荫)和林内(荫生)3种生境下的植物叶片进行了解剖观察和比较分析,研究不同生境对这12种木质藤本植物叶片结构的影响。结果表明,(1)从林窗到林缘再到林内,12种木质藤本植物的叶片平均厚度、上表皮平均厚度、栅栏组织平均厚度、栅栏组织细胞平均长度和栅海比均呈现逐渐降低的趋势,且林窗更新的木质藤本植物的下降趋势大于林缘、林内更新的。(2)栅栏组织细胞层数及其长度随生境光强减弱显著减少和变短,导致栅栏组织平均厚度显著变小,可作为藤本植物响应生境变化的重要指标。(3)12种木质藤本植物的总体表型可塑性指数平均值为0.47,其中,6种林窗更新的藤本植物的总体表型可塑性指数平均值(0.58)大于6种林缘、林内更新的藤本植物的(0.36)。结果说明,木质藤本植物叶片解剖结构表现出对生境光强具有很强的适应性;同时,喜光或适应高光强的藤本植物对异质光生境的适应能力强于喜荫或适应低光强的藤本植物,这可能是前者能够在常绿阔叶林3种生境中具有更高分布频率,而后者多分布于林缘和林内生境的原因之一。

关键词：藤本植物哀牢山叶片解剖结构生境

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云南松林下干巴菌生长土壤的理化性质及有效态微量元素特征

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西部林业科学 2020年第6期49卷 35-42,53页

作者：张珊珊毛云玲冯志伟杨文忠云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

干巴菌是我国西南地区常见的菌根食用菌,目前无法进行人工栽培,因此确定云南松林下干巴菌生长的土壤环境对于其人工栽培的实现极为关键。为了解云南松林下干巴菌生长土壤的理化性质及有效态微量元素特征,本研究以云南松林下干巴菌生长... 详细信息

干巴菌是我国西南地区常见的菌根食用菌,目前无法进行人工栽培,因此确定云南松林下干巴菌生长的土壤环境对于其人工栽培的实现极为关键。为了解云南松林下干巴菌生长土壤的理化性质及有效态微量元素特征,本研究以云南松林下干巴菌生长土壤为研究对象,通过野外调查与室内分析相结合的手段,对云南松林下干巴菌生长土壤的理化性质与有效态微量元素特征进行了测定分析;并根据综合得分模型计算出所有样地的综合主成分值,将其按综合主成分值进行了排序。结果表明:云南松林下干巴菌生长土壤的pH为4.69~5.70,有机质含量为35.85~129.59 g/kg,全氮含量为1.33~3.29 g/kg,全磷含量为0.38~0.63 g/kg,全钾含量为4.81~22.42 g/kg,水解性氮含量为104.24~285.17 mg/kg,有效磷含量为2.76~16.07 mg/kg,速效钾含量为74.33~368.80 mg/kg,有效锌含量为1.08~15.68 mg/kg,有效锰含量为8.74~39.37 mg/kg,有效铜含量为0.42~1.60 mg/kg,有效铁含量为53.44~232.36 mg/kg,有效硼含量为0.39~0.97 mg/kg。pH值与其他指标均不相关,全钾与其他指标间呈负相关或不相关,其余11个指标之间的相关性都是显著或极显著。综合评价得分表明,样地E和H的综合得分较高。因此,适宜干巴菌生长的土壤环境为弱酸性,有机质、全氮、全磷、全钾、水解性氮、有效磷和速效钾含量较高,有效态微量元素含量较丰富;有效锌、有效锰、有效铁和有效硼含量,均与有机质、碱解氮、有效磷、速效钾、全氮和全磷含量分别呈显著正相关,且有效态微量元素间关系也呈显著正相关。研究结果明确了干巴菌适宜栽培的土壤环境,可为其人工种植提供理论基础。

关键词：云南松干巴菌土壤环境微量元素

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云南切梢小蠹对云南松树干和枝梢挥发性物质趋向反应的差异分析

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环境昆虫学报 2011年第2期33卷 191-194页

作者：闫争亮马惠芬泽桑梓云南省林业科学院云南省森林植物繁育和开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护与繁育重点实验室昆明650204

利用GC-MS联用仪和计算机信息检索法,通过对云南松Pinus yunnanensis树干韧皮部和枝梢的挥发性物质成分的分析发现,二部位所含挥发性物质在组成成分和含量上存在明显差异。云南松树干挥发物以α-蒎烯为主,含量达81.01%,枝梢为挥发物以α... 详细信息

利用GC-MS联用仪和计算机信息检索法,通过对云南松Pinus yunnanensis树干韧皮部和枝梢的挥发性物质成分的分析发现,二部位所含挥发性物质在组成成分和含量上存在明显差异。云南松树干挥发物以α-蒎烯为主,含量达81.01%,枝梢为挥发物以α-蒎烯和β-水芹烯为主,含量分别达29.20%和30.52%。与云南松枝梢挥发物相比,在云南松树干的挥发性物质中含有较多的α-蒎烯和3-蒈烯;而在云南松枝梢挥发物中,则含有较多的莰烯、桧烯、柠檬烯、β-水芹烯、石竹烯和异松油烯。室内趋向试验表明,蛀梢期云南切梢小蠹Tomicus yunnanensis对云南松枝梢挥发物表现出一定的正趋向反应,而对云南松树干挥发物则表现出一定的忌避反应。

关键词：云南松挥发性提取物云南切梢小蠹趋向反应

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一个与氰苷生物合成相关的植物CYP基因的克隆与表达分析

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分子植物育种 2020年第7期18卷 2182-2187页

作者：原晓龙陈中华李云琴王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护与繁育重点实验室昆明650201

氰苷是由植物细胞色素P450单加氧酶(CYP)催化氨基酸生成的次生代谢产物,与植物的防御和抗逆境胁迫相关。为了获得蒜头果中与氰苷生物合成有关的CYP基因,本研究通过分析蒜头果转录组数据,从中分离并克隆得到1条细胞色素P450基因(命名为Mo... 详细信息

氰苷是由植物细胞色素P450单加氧酶(CYP)催化氨基酸生成的次生代谢产物,与植物的防御和抗逆境胁迫相关。为了获得蒜头果中与氰苷生物合成有关的CYP基因,本研究通过分析蒜头果转录组数据,从中分离并克隆得到1条细胞色素P450基因(命名为MoCYP79),并对其进行生物信息学分析及检测该基因在果实不同发育时期的具体表达情况。结果显示,MoCYP79基因的cDNA全长1632 bp,编码543个氨基酸;MoCYP79蛋白含有CYP家族的识别结构域血红素结合域(FSTGRRGC),且与巨桉(XP_010027351.1)、木薯(AAF27290.1,AAF27289.1)等植物CYP79蛋白聚在一支;MoCYP79基因在蒜头果花谢后的果实中表达量呈下降趋势,除发育3个月的果实外,该基因在其余的果实中的表达量均显著高于叶片,从大到小依次为花谢后的果实1个月>2个月>4个月3个月。本实验对研究蒜头果的对病虫害的防御、逆境胁迫的抵御及蒜头果中有效次生代谢产物的发掘具有重要的意义。

关键词：蒜头果(Malania oleifera Chun et S.Lee ex S.Lee) 细胞色素P450 氰苷生物信息学分析组织特异性表达

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滇牡丹类黄酮7-O-葡萄糖基转移酶基因的鉴定与表达分析

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西部林业科学 2018年第5期47卷 19-25页

作者：原晓龙陈剑陈中华华梅王娟王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

以野生滇牡丹为试验材料,以其转录组数据为基础,采用反转录PCR技术克隆得到一个具完整开放阅读框的类黄酮7-O-葡萄糖基转移酶基因(Pd7GT),并通过生物信息学分析手段、基因表达对该基因进行分析。结果显示:该基因全长1 446bp (Gen Bank... 详细信息

以野生滇牡丹为试验材料,以其转录组数据为基础,采用反转录PCR技术克隆得到一个具完整开放阅读框的类黄酮7-O-葡萄糖基转移酶基因(Pd7GT),并通过生物信息学分析手段、基因表达对该基因进行分析。结果显示:该基因全长1 446bp (Gen Bank登录号为KX394687),可编码481个蛋白氨基酸;生物信息学分析发现Pd7GT蛋白C末端含有典型糖基转移酶识别区(WAPQV)和UDP-葡萄糖基配体绑定位点(HCGWNS)的PSPG盒子,其蛋白序列GWAPQVMILEHEAVGGFVTHCGWNSTLEGISAGLPLVTWPIFAEQFYNEK,与可可(XP_007042481)、Herrannia umbratica (XP_021298085)、毛果杨(XP_006379195)、巨桉(XP_010066837)等以葡萄糖为糖基配体的类黄酮7-O-糖基转移酶聚为一类; Pd7GT基因在组织茎中表达量最高、不同花发育时期的花谢期表达量最高、不同颜色花瓣中黄花花瓣表达量最高。本研究为滇牡丹糖基转移酶异源表达、分子育种等研究提供一定的基础,为未来通过基因工程培育具新颖花色和抗性的滇牡丹新品种提供必要材料。

关键词：滇牡丹类黄酮7-O-葡萄糖基转移酶生物信息学分析基因表达

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暖地杓兰种子繁育与栽培研究

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西部林业科学 2023年第4期52卷 123-128页

作者：华梅蒋宏周彬孔继君云南省林业和草原科学院云南昆明650201 国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室/云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201

以暖地杓兰成熟未裂开的果荚作为试验材料,采用非共生萌发方法对暖地杓兰种子进行萌发培养,观察统计暖地杓兰种子萌发的时间及萌发率,筛选适合暖地杓兰种子萌发的培养基及培养方法。同时在获得的暖地杓兰无菌苗的基础上,筛选适合暖地杓... 详细信息

以暖地杓兰成熟未裂开的果荚作为试验材料,采用非共生萌发方法对暖地杓兰种子进行萌发培养,观察统计暖地杓兰种子萌发的时间及萌发率,筛选适合暖地杓兰种子萌发的培养基及培养方法。同时在获得的暖地杓兰无菌苗的基础上,筛选适合暖地杓兰幼苗栽培的基质及方法。结果显示:(1)在改良Norstog培养基中暗培养4个月后,种子开始陆续萌发,种子的萌发率为31.21%。添加6-(γ,γ-二甲基烯丙基氨基)嘌呤(2iP),能提高暖地杓兰种子的萌发率(38.74%)且原球茎未褐化。(2)暖地杓兰种子萌发成原球茎后,先分化出根,在继代培养基中根长大长粗,并进一步分化出芽点;经过继代培养后根长到10 cm左右,具2~3条根时即可进行炼苗处理,炼苗后的根茎苗洗净杀菌后避光放入4℃冰箱进行春化处理3~4个月,之后再进行栽培能明显地提高苗的成活率。(3)在体积比为1︰1的泥炭土和兰石混合基质中栽培120 d后,芽点进一步长大,并舒展长出叶片,成活率在90%以上。结果表明:在改良Norstog培养基(含2iP)中暖地杓兰种子能成功萌发长成根茎苗,原球茎及苗均未出现褐化,出瓶苗春化后能顺利长大,最终能实现回归到原生境中使种群得以复壮。

关键词：暖地杓兰非共生萌发繁育与栽培

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思茅松及云南松转录组密码子偏好性比较分析

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中南林业科技大学学报 2023年第9期43卷 153-163页

作者：原晓龙王毅罗婷李云琴毕玮陈伟李江云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 云南省林业和草原科学院国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

【目的】比较思茅松Pinus kesiya ***和云南松***转录组中表达基因的密码子使用模式,为运用基因工程技术改造密码子实现思茅松基因异源表达提供理论依据。【方法】利用CodonW1.4.2软件分析思茅松不同组织和云南松转录组密码子碱基组成,... 详细信息

【目的】比较思茅松Pinus kesiya ***和云南松***转录组中表达基因的密码子使用模式,为运用基因工程技术改造密码子实现思茅松基因异源表达提供理论依据。【方法】利用CodonW1.4.2软件分析思茅松不同组织和云南松转录组密码子碱基组成,同时统计和计算其他相关参数,推断其最优密码子并将其与其他物种的密码子使用频率进行比较。【结果】在云南松和思茅松根转录组密码子的碱基组成方面,云南松为GC12(0.50)>GC3s(0.47),思茅松根为GC12(0.51)>GC3s(0.32);在思茅松不同组织转录组的碱基组成方面,高产脂树皮为GC12(0.49)>GC3s(0.45),低产脂树皮为GC12(0.50)>GC3s(0.41),说明云南松和思茅松不同组织转录组的密码子在第3位上均偏好以AU结尾;它们的CAI值相较于被子植物均较低,这些均说明云南松和思茅松不同组织转录组密码子的偏好性均较弱;且其中性绘图分析和ENC-plot分析说明它们的使用模式均主要受到选择压力的影响;最优密码子分析显示云南松和思茅松根的最优密码子差异较小。通过对思茅松、拟南芥、构巢曲霉、酵母、毛果杨和云南松的密码子使用频率进行比较,发现思茅松与云南松转录组的密码子偏好性极为相似,与构巢曲霉和拟南芥的相对接近,说明构巢曲霉真核表达系统更适合思茅松基因的异源表达。【结论】思茅松和云南松转录组编码序列的密码子使用偏性以选择影响为主,是多种因素共同作用的结果,构巢曲霉是思茅松基因异源表达的最佳表达受体。该结论为今后开展思茅松转基因育种、特定基因的异源表达和生物合成中提高外源基因表达效率提供理论基础和参考依据。

关键词：思茅松云南松转录组密码子使用模式密码子偏好性密码子使用频率

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