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江苏农业学报 2019年第1期35卷 229-237页

作者：彭司华江守文孙丹吴智超陈洁上海海洋大学水产与生命学院上海201306 水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室/上海海洋大学上海201306 农业部国家水生动物病原库/上海海洋大学上海201306 科学技术部海洋生物科学国际联合研究中心/上海海洋大学上海201306

近年来水产养殖生产中病毒性疾病的发生越来越严重,所以对水产动物病毒的深入研究成为水产研究者的一个重要课题。随着宏基因组学技术的不断发展,以及测序成本的快速下降,基于宏基因组学技术的水产动物病毒鉴定技术逐渐成为水产动物病... 详细信息

近年来水产养殖生产中病毒性疾病的发生越来越严重,所以对水产动物病毒的深入研究成为水产研究者的一个重要课题。随着宏基因组学技术的不断发展,以及测序成本的快速下降,基于宏基因组学技术的水产动物病毒鉴定技术逐渐成为水产动物病毒鉴定的主要技术之一。本文总结了基于宏基因组学的水产动物病毒鉴定技术的主要方法,详细综述了鉴定技术的实现流程,评述了几种基于宏基因组学的水产动物病毒鉴定技术的优缺点,并对基于宏基因组学的水产动物病毒鉴定技术的未来发展方向进行了展望。

关键词：水产动物病毒宏基因组学病毒鉴定二代测序

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通过宏基因组学发现生物催化剂

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应用与环境生物学报 2019年第2期25卷 463-472页

作者：彭司华孙丹袁文亮卫偲上海海洋大学水产与生命学院发育生物学系上海201306 水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室(上海海洋大学) 上海201306 农业部国家水生动物病原库(上海海洋大学) 上海201306 科学技术部海洋生物科学国际联合研究中心(上海海洋大学) 上海2013065 上海理工大学光电信息与计算机工程学院上海200093

现在大多数化学合成使用对环境有害的有机溶剂.如果用酶作为生物催化剂,则可在化学合成反应中少使用或不使用有机溶剂,所以使用酶作为催化剂更环保.随着宏基因组学的发展,以及二代测序成本的持续大幅度下降,基于宏基因组学获得生物催化... 详细信息

现在大多数化学合成使用对环境有害的有机溶剂.如果用酶作为生物催化剂,则可在化学合成反应中少使用或不使用有机溶剂,所以使用酶作为催化剂更环保.随着宏基因组学的发展,以及二代测序成本的持续大幅度下降,基于宏基因组学获得生物催化剂已经成为最重要的方法.本文综述基于宏基因组学发现生物催化剂的各种方法,对目前世界上采用的各种筛选方法进行归纳,共总结出两大类方法:一是基于宏基因组文库的筛选方法,另一种是基于序列的遗传筛选方法.进一步对这两类方法细分为具体的7种筛选方法,并对各种方法的优缺点逐一进行回顾和评述.同时,对各种基于宏基因组学筛选生物催化剂的方法得到的结果进行统计分析,指出表型选择法筛选是采用最多的方法,有很大的实用价值.认为直接二代测序进行生物信息学筛选的方法也是有潜力的一种筛选方法,三代测序技术将在基于宏基因组学的生物催化剂筛选中发挥重要作用.(图2表8参92)

关键词：宏基因组学生物催化剂酶微生物二代测序三代测序

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宏基因组学在抗生素抗性基因鉴定中的应用

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基因组学与应用生物学 2019年第9期38卷 4102-4109页

作者：彭司华吴智超孙丹谭双配王怡鸣文登鑫上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海201306 上海海洋大学农业部国家水生动物病原库上海201306 上海海洋大学科学技术部海洋生物科学国际联合研究中心上海201306 上海海洋大学水产与生命学院发育生物学系上海201306

随着宏基因组学技术的不断发展,以及测序成本的下降,基于宏基因组学的抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)鉴定技术逐渐成为主流技术。本综述总结了基于宏基因组学的抗生素抗性基因鉴定的主要技术和方法,详细综述了各种... 详细信息

随着宏基因组学技术的不断发展,以及测序成本的下降,基于宏基因组学的抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)鉴定技术逐渐成为主流技术。本综述总结了基于宏基因组学的抗生素抗性基因鉴定的主要技术和方法,详细综述了各种鉴定技术的实现流程,并评述了各种方法的优缺点。本研究认为基于功能宏基因组学方法可以发现现有ARGs数据库没有记录的新的抗生素抗性基因。基于机器学习技术比基于AGRs数据库比对和搜索的软件有更高的敏感性和特异性。基于ARGs数据库搜索的方法优点是操作简单,对于生物信息学技能欠缺的研究者选择在线计算工具也是明智的选择。

关键词：抗生素抗性基因抗生素宏基因组学二代测序

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长读长测序技术在宏基因组学研究中的应用

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生命科学 2018年第8期30卷 896-905页

作者：孙丹袁文亮彭司华上海海洋大学水产与生命学院发育生物学系水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室农业部国家水生动物病原库科学技术部海洋生物科学国际联合研究中心上海理工大学光电信息与计算机工程学院

由于很多微生物无法单独分离培养,研究微生物群落整体的宏基因组学是目前揭示微生物多样性的重要方法。长读长测序技术可以覆盖重复序列和复杂结构,获得短读长无法检测的基因组信息。现着重介绍了两类长读长测序技术,即基于第三代测序... 详细信息

由于很多微生物无法单独分离培养,研究微生物群落整体的宏基因组学是目前揭示微生物多样性的重要方法。长读长测序技术可以覆盖重复序列和复杂结构,获得短读长无法检测的基因组信息。现着重介绍了两类长读长测序技术,即基于第三代测序技术的单分子长读长测序技术和基于片段相互联系的合成长读长测序技术,并进一步介绍了长读长测序技术在宏基因组学领域的应用。

关键词：宏基因组长读长测序技术合成长读长第三代测序技术微生物

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草鱼呼肠孤病毒GCRV VP56相互作用蛋白的鉴定

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水产学报 2016年第3期40卷 371-378页

作者：喻飞王浩宗乾坤张娅楠刘海云陈百朋吕利群上海海洋大学水产与生命学院国家水生动物病原库上海海洋大学水产与生命学院农业部淡水种质资源重点实验室

为研究Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒外纤维蛋白VP56与宿主蛋白的相互作用,实验采用酵母双杂交Gal4系统鉴定与VP56相互作用的草鱼蛋白。首先利用RT-PCR技术从Ⅱ型GCRV感染的草鱼肾细胞中扩增目的基因VP56,构建p GBKT7-VP56诱饵表达载体;在酵母菌... 详细信息

为研究Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒外纤维蛋白VP56与宿主蛋白的相互作用,实验采用酵母双杂交Gal4系统鉴定与VP56相互作用的草鱼蛋白。首先利用RT-PCR技术从Ⅱ型GCRV感染的草鱼肾细胞中扩增目的基因VP56,构建p GBKT7-VP56诱饵表达载体;在酵母菌株中检测其自激活性后,以VP56为诱饵在草鱼酵母双杂交文库中筛选阳性菌株,并对阳性克隆的序列进行分析。实验也克隆了草鱼JAM-A(Gc JAM-A)基因,并构建p GADT7-Gc JAM-A载体,在酵母中研究草鱼Gc JAM-A与病毒蛋白VP56相互作用的可能性。研究表明构建的诱饵质粒p GBKT7-VP56无自激活作用,可以应用于酵母双杂交筛选;从草鱼肾细胞文库中筛选得到9株阳性克隆,基因测序及序列分析确定其中包含草鱼7个细胞内蛋白和1个细胞外基质蛋白;VP56蛋白与Gc JAM-A蛋白在酵母中不能发生相互作用。本研究初步确定了与Ⅱ型GCRV蛋白VP56存在潜在相互作用的宿主蛋白,为深入探讨VP56蛋白在Ⅱ型GCRV感染宿主过程中的生物学功能奠定了基础。

关键词：草鱼呼肠孤病毒 VP56蛋白酵母双杂交 Gc JAM-A蛋白

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草鱼呼肠孤病毒通过NS31诱导热休克蛋白HSP70和HSP30表达

草鱼呼肠孤病毒通过NS31诱导热休克蛋白HSP70和HSP30表达

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2017年中国水产学会学术年会

作者：喻飞李婉娟王浩王龙龙吕利群国家水生动物病原库农业部淡水种质资源重点实验室上海海洋大学水产与生命学院

为了研究草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)非结构蛋白NS31在病毒复制过程中的功能以及GCRV的非结构蛋白对病毒致病性的影响,本实验利用转录组测序方法对过表达NS31蛋白的草鱼肾脏细胞相对于对照组的差异基因进行分析和CIK细胞... 详细信息

为了研究草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)非结构蛋白NS31在病毒复制过程中的功能以及GCRV的非结构蛋白对病毒致病性的影响,本实验利用转录组测序方法对过表达NS31蛋白的草鱼肾脏细胞相对于对照组的差异基因进行分析和CIK细胞感染GCRV 12 h和20 h相对于对照组的差异基因分析,以及利用定量RT-PCR方法进一步验证转录组测序的结果。转录组数据分析结果显示NS31过表达诱导了热休克蛋白HSP70和HSP30在CIK细胞中高表达,同样GCRV病毒在12h和20h分别诱导HSP70和HSP30上调;利用定量RT-PCR方法进一步验证结果显示NS31过表达诱导了热休克蛋白HSP70和HSP30在CIK细胞中高表达,分别上调52.17和35.75倍,GCRV病毒感染CIK细胞12 h后诱导HSP70和HSP30,最高分别上调,同时在CIK细胞中NS31过表达,GCRV感染不影响热休克蛋白HSC70和HSP90的转录水平。该研究为阐述GCRV诱导热休克效应机制奠定了基础。

关键词： GCRV 热休克蛋白 NS31 HSP70,HSP30

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草鱼呼肠孤病毒外衣壳蛋白VP5与VP7相互作用结构域的鉴定及分析

草鱼呼肠孤病毒外衣壳蛋白VP5与VP7相互作用结构域的鉴定及分析

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中国水产学会鱼病专业委员会2017年学术讨论会

作者：刘玮莎王浩吕利群国家水生动物病原库(上海海洋大学) 国家水生动物病原库(上海海洋大学) 农业部淡水种质资源重点实验室(上海海洋大学) 上海海洋大学水产与生命学院上海201306

草鱼呼肠孤病毒(Grass Carp Reovirus,GCRV)能够感染草鱼、青鱼等,引起草鱼出血病.GCRV病毒为呼肠孤病毒科(Reoviridae)、水生呼肠孤病毒属(Aquareovirus),无囊膜,具有双链RNA结构,编码7种结构蛋白和5种非结构蛋白,其中由M5基因、S10基... 详细信息

草鱼呼肠孤病毒(Grass Carp Reovirus,GCRV)能够感染草鱼、青鱼等,引起草鱼出血病.GCRV病毒为呼肠孤病毒科(Reoviridae)、水生呼肠孤病毒属(Aquareovirus),无囊膜,具有双链RNA结构,编码7种结构蛋白和5种非结构蛋白,其中由M5基因、S10基因编码的蛋白VP5、VP7是病毒粒子外衣壳蛋白,方勤等通过冷冻电子显微技术对GCRV病毒粒子的精细结构进行了分子水平的三维重构,发现其VP7位于病毒颗粒最外围与VP5形成异源二聚体,并且根据其课题组研究报道,利用酶解法消化掉GCRV病毒外衣壳蛋白质VP7,能够显著性地增强GCRV病毒的感染效力,该实验表明GCRV病毒外衣壳蛋白中VP7蛋白更倾向于保护病毒粒子,而VP5蛋白更倾向于作为病毒吸附蛋白,在宿主细胞膜表面识别宿主受体.病毒粒子蛋白衣壳的组装问题一直是病毒学的核心问题之一,我们根据上述所提供的实验数据,进一步研究VP5与VP7蛋白相互作用的分子基础,既是阐明GCRV完整病毒粒子装配的重要一环,也是了解GCRV复制感染起始机制的关键.

关键词：草鱼呼肠孤病毒外衣壳蛋白 VP5 VP7 酵母双杂交相互作用

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嗜水气单胞菌性鲫败血症的盐酸沙拉沙星用药方案研究

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2016年第6期44卷 46-52页

作者：宗乾坤徐丽娟吕利群上海海洋大学水产与生命学院国家水生动物病原库农业部淡水种质资源重点实验室上海201306

【目的】研究盐酸沙拉沙星在鲫鱼体内的药代学、药效动力学联合参数，确定盐酸沙拉沙星治疗鲫鱼细菌性疾病的防耐药突变用药方案。[方法】测定盐酸沙拉沙星对嗜水气单胞菌的体外最小抑菌浓度（MIC）、最小杀菌浓度（MBC）、抗菌后效应（... 详细信息

【目的】研究盐酸沙拉沙星在鲫鱼体内的药代学、药效动力学联合参数，确定盐酸沙拉沙星治疗鲫鱼细菌性疾病的防耐药突变用药方案。[方法】测定盐酸沙拉沙星对嗜水气单胞菌的体外最小抑菌浓度（MIC）、最小杀菌浓度（MBC）、抗菌后效应（PAE）、防耐药突变浓度（MPC）和防耐药突变选择窗（MSW）；给鲫经口灌服不同剂量（20，30，40mg／kg）的盐酸沙拉沙星，于给药后0．5，1，2，4，6，8，10，12，16，24，48h取血清及肌肉样品，研究盐酸沙拉沙星在鲫鱼体内的药代动力学，然后结合药代动力学和药效动力学结果，确定盐酸沙拉沙星防治嗜水气单胞菌引起的鲫鱼细菌性败血症的合理给药方案。【结果】盐酸沙拉沙星对嗜水气单胞菌的MIC为0．5μg／mL，MBC为2．Oμg／mL，MPC为2．5μg／mL，MSW为0．5-2．5μg／mL。按20，30，40mg／kg剂量给鲫鱼经口灌服盐酸沙拉沙星后，鲫鱼体内的血药质量浓度大于MPC的维持时间分别为0，4．0，24．0h；AUC24／MIC分别为8．44，78．20，164．96；Cmax／MIC分别为4．496，6．662，15．294。【结论】40mg／kg灌服剂量能使鲫的血药浓度维持在MPC以上的时间≥（24一PAE）h、AUC24／MIC≥100或Cmax／MIC〉8，因此建议盐酸沙拉沙星防治嗜水气单胞菌引起的鲫鱼细菌性败血症的防突变用药方案为：给药剂量40mg／kg，每日给药1次，休药期不低于10d。

关键词：鲫盐酸沙拉沙星防耐药突变浓度嗜水气单胞菌药代动力学药效动力学

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盐酸多西环素临床治疗异育银鲫嗜水气单胞菌感染的给药方案的制定

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淡水渔业 2016年第2期46卷 45-49,59页

作者：邴晓菲孙朋辉王浩吕利群国家水生动物病原库农业部淡水种质资源重点实验室上海海洋大学水产与生命学院上海201306

通过高效液相色谱法（HPLC法）测定盐酸多西环素在异育银鲫（Carassius auratus gibelio）血清中不同时间点的血药浓度,并结合药物的体外药效学参数,确定该药的临床给药方案。结果显示,盐酸多西环素对嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophil... 详细信息

通过高效液相色谱法（HPLC法）测定盐酸多西环素在异育银鲫（Carassius auratus gibelio）血清中不同时间点的血药浓度,并结合药物的体外药效学参数,确定该药的临床给药方案。结果显示,盐酸多西环素对嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila,AH10）的最小抑菌浓度（MIC）为0.4μg/m L,最小杀菌浓度（MBC）为3.2μg/m L,防耐药突变浓度（MPC）为4.8μg/m L,耐药选择窗（MSW）为0.4-4.8μg/m L。盐酸多西环素的抗菌后效应（PAE）约为2 h;在异育银鲫中能够达到良好的抑菌杀菌效果的盐酸多西环素口灌剂量是20 mg/kg,休药期至少为25 d;能够控制耐药菌株产生的盐酸多西环素口灌剂量是80 mg/kg,休药期至少为60 d。

关键词：盐酸多西环素异育银鲫(Carassius auratus gibelio) 嗜水气单胞菌(A.hydrophila) 药效动力学药代动力学

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嗜水气单胞菌AH10(CCTCC AB2014155)的全基因组测序及比较分析

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中国水产科学 2016年第5期23卷 995-1005页

作者：张国亮王浩张也许丹吕利群国家水生动物病原库农业部淡水水产种质资源利用重点实验室上海海洋大学水产与生命学院上海201306 淡水水产健康养殖湖北省协同创新中心湖北武汉430070

为了解嗜水气单胞菌全基因组信息的结构和功能,对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)AH10(CCTCC保藏号:AB2014155)进行了全基因组测序。将提取的AH10全基因组DNA进行片段化、构建文库后上机测序;将基因组组装后进行注释和比较分析。结... 详细信息

为了解嗜水气单胞菌全基因组信息的结构和功能,对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)AH10(CCTCC保藏号:AB2014155)进行了全基因组测序。将提取的AH10全基因组DNA进行片段化、构建文库后上机测序;将基因组组装后进行注释和比较分析。结果显示:AH10全基因组序列总长度为4.91 Mb,GC含量为61.1%,共预测到4570个基因,3351个基因具有明确的生物学功能。共找到2592个基因具有直系同源族(cluster of orthologous groups,COG)分类,1281个与代谢通路有关的基因,基因组岛31个。比较基因组学研究发现:AH10比对到SNP位点102481个,与Aeromonas hydrophila YL17基因结构共线性最好,与美国来源的嗜水气单胞菌标准菌株Aeromonas hydrophila ATCC 7966具有较近的亲缘关系,AH10的致病性与溶血素基因hly(hemolysin gene)、气溶素基因aer(aerolysin gene)、黏附素基因ahal(major adhesion gene)、丝氨酸蛋白酶基因ahp(serine protease gene)、细胞兴奋性肠毒素基因alt(cytotonic enterotoxin gene)密切相关。这些基因在嗜水气单胞菌中同源性较高。存在自体诱导物信号分子-2(autoinducer-2)与合成信号分子酶基因(signal molecule synthetase gene,ahy Ⅰ)和转录调节蛋白基因(transcriptional regular gene,Ahy R)群体感应(quorum sensing,QS)系统,不存在Ⅲ型分泌系统(type Ⅲ secretion system,TTSS)。通过对AH10全基因组序列进行较为全面的注释和比较统计分析,为嗜水气单胞菌的分子生物学研究提供理论支持。

关键词：嗜水气单胞菌基因组测序基因

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