MEF2A是一种由MEF2A基因编码的蛋白质,在心脏和平滑肌细胞的形态发生和肌细胞的生成过程中发挥关键作用。该研究运用RT-PCR技术并结合生物信息学分析方法,对西藏类乌齐牦牛MEF2A基因CDS区序列进行克隆及差异表达分析。结果表明:牦牛MEF2A基因CDS区全长1469 bp,共编码489个氨基酸。分子式为C 2263 H 3601 N 647 O 742 S 20,蛋白质分子量52385.58,总原子数为7273,理论等电点(pI)为6.27,消光系数为27515,不稳定指数60.68。脂溶系数和亲水性平均值分别是64.60、-0.604,该蛋白属于亲水性不稳定蛋白。蛋白质二级结构和三级结构预测结果显示,MEF2A蛋白主要由无规则卷曲、α螺旋和延长链在空间上折叠形成。牦牛MEF2A基因CDS区编码的氨基酸序列与普通牛、家猫、家犬、绵羊、小鼠、金钱豹、宽吻海豚、抹香鲸、美洲野牛、白犀、马、东北虎、猴的同源性分别为99.6%、96.1%、96.4%、99.6%、89.3%、96.8%、96.6%、96.8%、93.6%、97.2%、96.1%、96.3%、96.7%,该基因在不同物种高度保守。利用实时荧光定量PCR检测可知,MEF2A mRNA在牦牛臀肌、心脏、肝脏、肺脏中均有表达,且在臀肌中的表达优势较为显著(P<0.05)。研究结果为进一步探讨MEF2A基因对牦牛肌肉代谢调控的分子机制研究提供了理论依据。
[目的]雌牦牛性成熟晚是影响牦牛繁殖率的重要原因之一，通过分析不同发育时期牦牛卵巢的全基因组DNA甲基化差异，筛选出调控卵巢卵泡发育的差异甲基化基因，为研究表观遗传在牦牛卵巢组织生长发育过程中的作用提供数据基础。[方法]分别选取0.5岁幼年、2.5岁初情期和4.5岁性成熟的牦牛各3头，采用全基因组重亚硫酸盐测序法，检测分析不同发育时期牦牛卵巢组织的全基因组DNA甲基化谱。[结果]牦牛卵巢组织中，甲基化位点以CpG序列类型为主，其甲基化水平明显高于CHG和CHH类型。CpG序列在CDS区、内含子和3′UTR的甲基化水平高于基因下游2kb、基因上游2kb和5′UTR。对比三个年龄组的甲基化位点，并统计出三种类型的差异甲基化区域数量共计4 233（0.5 vs 2.5）、7 302（2.5 vs 4.5）和1 133（0.5 vs 4.5）个，其中CpG序列的差异甲基化区域分别对应334（0.5 vs 2.5）、640（2.5 vs 4.5）和371（0.5 vs 4.5）个差异甲基化基因。经过重亚硫酸盐测序法对测序结果的进一步验证，结果与全基因组重亚硫酸盐测序数据变化趋势一致。对CpG序列的差异甲基化基因进行GO和KEGG富集分析，结果显示有显著富集到包括卵母细胞减数分裂、剪接体通路、Hippo信号通路、催产素信号通路、GnRH信号通路、Wnt信号通路、钙信号通路和Rap1信号通路等与卵巢卵泡发育相关的通路（P<0.05）。这些通路中筛选出8个甲基化差异显著且与牦牛卵巢卵泡发育相关的基因作为候选基因（P<0.05）。[结论]本研究利用全基因组重亚硫酸盐测序法检测分析了不同发育阶段牦牛卵巢全基因组甲基化谱，筛选出调控卵巢卵泡发育的候选基因，为进一步研究DNA甲基化对牦牛卵巢生长发育的调控机制提供基础。
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