带有灵活通配符和One-Off条件的模式匹配问题(pattern matching with flexible wildcards and One-Off condition,PMWOC)具有重要的理论意义和实际应用价值。给定带灵活通配符的模式和文本,目标是在线的计算模式在文本中的出现次数和匹...
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带有灵活通配符和One-Off条件的模式匹配问题(pattern matching with flexible wildcards and One-Off condition,PMWOC)具有重要的理论意义和实际应用价值。给定带灵活通配符的模式和文本,目标是在线的计算模式在文本中的出现次数和匹配位置,这里要求任何两次出现不能共享文本同一位置,即One-Off条件。提出了一个基于位并行的搜索算法,采用了非确定有限自动机(nondeterministic finite automatons,NFA)对文本进行扫描。通过理论和实验证明,与其他解决相同问题的算法对比,该算法取得更好的时间性能和空间性能,而且不受模式长度变化和通配符间距变化影响。
近10年来兴起的全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)相关研究结果获得了大量与2型糖尿病相关的候选易感基因,了解这些候选基因在正常人群中的遗传多样性程度以及在不同人群间的遗传差异,不但有助于阐明2型糖尿病的遗...
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近10年来兴起的全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)相关研究结果获得了大量与2型糖尿病相关的候选易感基因,了解这些候选基因在正常人群中的遗传多样性程度以及在不同人群间的遗传差异,不但有助于阐明2型糖尿病的遗传机理,而且对于今后在特定人群中进行2型糖尿病发病机制的深入研究具有指导意义。本研究通过对GWAS数据库和相关文献的搜索和整理确定了170个与2型糖尿病相关的基因或基因区域;随后基于千人基因组计划的全基因组测序数据对这些候选基因在世界范围内14个人群间的遗传多样性进行了比较分析;进一步确定了在人群间存在显著差异的易感基因,并分析了这些基因的多样性特征。在所研究的14个世界人群中,2型糖尿病候选易感基因的遗传多样性与基因组范围的平均水平没有显著差异;但其中8个易感基因IL20RA、RNMTL1-NXN、NOTCH2、ADRA2A-BTBD7P2、TBC1D4、RBM38-HMGB1P1、UBE2E2和PPARD在群体间呈现显著差异,其中最明显的是IL20RA基因(FST=0.152),该易感基因在非洲人群和非非洲人群间存在显著等位基因频率和单倍型频率差异。14个人群中易感基因遗传结构差异的主要原因是由于非洲人群与非非洲人群之间的群体遗传结构的不同所造成的。进一步比较东西方人群间的2型糖尿病候选基因遗传结构差异,发现在东西方人群中同样存在明显的群体遗传结构差别,其中DGKB-AGMO(FST=0.173)和JAZF1(FST=0.182)是差异最显著的易感基因。本研究通过对群体间2型糖尿病易感基因遗传结构进行比较,鉴别出一些差异特别显著的易感基因,对今后2型糖尿病易感基因与不同人群间发病率和易感性差异的相关研究提供重要参考。
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