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生物工程学报 2023年第9期39卷 3644-3669页

作者：陈晓阳安瑞珩黄菊梁有沣张文静郝明炫郭蕊李小宁李永超应璐杨昭北京化工大学生命科学与技术学院分子诊断技术创新研究中心北京100029 塔里木大学生命科学与技术学院、新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室新疆阿拉尔843300

肿瘤是严重威胁人类健康的疾病。目前肿瘤治疗策略以手术切除、放化疗、靶向治疗和免疫治疗为主。单克隆抗体药物因具备高效性和低毒性等特点,逐渐成为肿瘤临床治疗中不可或缺的药物类型。噬菌体抗体库技术(phage antibody library tech... 详细信息

肿瘤是严重威胁人类健康的疾病。目前肿瘤治疗策略以手术切除、放化疗、靶向治疗和免疫治疗为主。单克隆抗体药物因具备高效性和低毒性等特点,逐渐成为肿瘤临床治疗中不可或缺的药物类型。噬菌体抗体库技术(phage antibody library technology,PALT)是一种新型的单克隆抗体制备技术,其将免疫球蛋白可变区VH(variable region of heavy chain)/VL(variable region of light chain)基因重组后整合在噬菌体载体上,并以融合蛋白的形式将抗体表达到噬菌体表面,从而获得多样性抗体库。抗体库经过“吸附-洗脱-扩增”过程即可筛选获得到特异结合抗原的抗体分子及其基因序列。PALT具有抗体生产周期短、抗体结构可塑性强、抗体产量大、多样性高和可直接生产人源化抗体等优点,已应用于乳腺癌、胃癌、肺癌和肝癌等肿瘤标志物的筛选和抗体药物的制备等领域。文中综述了PALT在肿瘤治疗中的研究进展及应用。

关键词：肿瘤噬菌体抗体库技术单克隆抗体靶向治疗标志物

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用于肿瘤治疗的免疫检查点抑制剂相关预测生物标志物的研究进展

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生物工程学报 2023年第4期39卷 1403-1424页

作者：郭蕊李小宁郝明炫梁有沣王磊杨昭北京化工大学生命科学与技术学院分子诊断技术创新研究中心北京100029 塔里木大学生命科学与技术学院新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室新疆阿拉尔843300

恶性肿瘤是严重威胁人类健康和社会发展的疾病。传统的肿瘤治疗方法如手术、放疗、化疗和靶向治疗等不能完全满足临床治疗的需求,新兴的免疫治疗成为了肿瘤治疗领域的研究热点。免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,ICIs)作... 详细信息

恶性肿瘤是严重威胁人类健康和社会发展的疾病。传统的肿瘤治疗方法如手术、放疗、化疗和靶向治疗等不能完全满足临床治疗的需求,新兴的免疫治疗成为了肿瘤治疗领域的研究热点。免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,ICIs)作为一种肿瘤免疫治疗方法,已获批用于治疗多种肿瘤,如肺癌、肝癌、胃癌和结直肠癌等。然而,ICIs在临床使用过程中,只有少数患者会出现持久反应,一些患者还会出现耐药和不良反应。因此,预测生物标志物的鉴定和开发对提高ICIs的治疗效果至关重要。肿瘤ICIs预测生物标志物主要包括肿瘤生物标志物、肿瘤微环境生物标志物、循环相关生物标志物、宿主环境生物标志物以及组合生物标志物等,对患者筛查、个体化治疗和预后评估具有重要意义。本文就肿瘤ICIs治疗预测生物标志物的前沿进展作一综述。

关键词：肿瘤免疫治疗免疫检查点抑制剂预测标志物预后耐药

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乳腺癌早期筛查和诊断生物标志物研究进展

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生物工程学报 2023年第4期39卷 1425-1444页

作者：梁有沣郝明炫郭蕊李小宁李永超喻长远杨昭北京化工大学生命科学与技术学院分子诊断技术创新研究中心北京100029 塔里木大学生命科学与技术学院新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室新疆阿拉尔843300

2020年全球乳腺癌(breast cancer,BC)新发病例达226万例,占全部肿瘤新发病例的11.7%,是全世界发病率最高的癌症。早期发现、早期诊断和早期治疗是降低乳腺癌死亡率及改善预后的关键。尽管乳房X光筛查被广泛用作乳腺癌筛查的工具,但其假... 详细信息

2020年全球乳腺癌(breast cancer,BC)新发病例达226万例,占全部肿瘤新发病例的11.7%,是全世界发病率最高的癌症。早期发现、早期诊断和早期治疗是降低乳腺癌死亡率及改善预后的关键。尽管乳房X光筛查被广泛用作乳腺癌筛查的工具,但其假阳性、辐射性和过度诊断仍是亟待解决的问题。因此,亟需开发易于获取且稳定可靠的生物标志物,用于乳腺癌无创筛查和诊断。近年来多项研究显示来自乳腺癌患者血液中的循环肿瘤细胞DNA(circulating tumor cell DNA,ctDNA)、癌胚抗原(carcinoembryonic antigen,CEA)、糖类抗原15-3(carbohydrate antigen 15-3,CA15-3)、细胞外囊泡(extracellular vesicles,EV)、循环miRNA和BRCA基因突变等生物标志物,以及来自人体尿液、呼出气体(volatile organic compounds,VOCs)和乳头吸出液(nipple aspirate fluid,NAF)中的磷脂、miRNA、苯乙酮和十六烷等多种生物标志物与乳腺癌早期筛查和诊断密切相关。本文综述了上述生物标志物在乳腺癌早期筛查和诊断中的应用。

关键词：乳腺癌生物标志物早期筛查诊断无创

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野野村放线菌DB-3-04产达巴万星前体A-40926 B_(0)发酵培养基优化

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中国抗生素杂志 2023年第12期48卷 1353-1361页

作者：李文科张仁文万传星塔里木盆地生物资源保护利用兵团重点实验室-省部共建国家重点实验室培育基地/塔里木大学生命科学与技术学院阿拉尔843300 湖北宏中药业有限公司黄冈438000

目的优化野野村放线菌产达巴万星前体A-40926 B_(0)的发酵培养基配方。方法在单因素试验的基础上通过Plackett-Burman试验、最陡爬坡试验以及Box-benhnken响应面法设计优化A-40926 B_(0)发酵培养基,使用Design Expert 13.0对实验数据进... 详细信息

目的优化野野村放线菌产达巴万星前体A-40926 B_(0)的发酵培养基配方。方法在单因素试验的基础上通过Plackett-Burman试验、最陡爬坡试验以及Box-benhnken响应面法设计优化A-40926 B_(0)发酵培养基,使用Design Expert 13.0对实验数据进行分析。结果培养基各成分中影响A-40926 B_(0)产量的4个主要因素是麦芽糊精、黄豆饼粉、酵母浸粉和鱼蛋白胨,其最佳浓度分别为38.18、46.00、21.29和6.06 g/L,A-40926 B_(0)产量达到2379.67 mg/L。结论经优化后,A-40926 B_(0)的摇瓶产量较原始培养基产量提高了281.39%,为后期发酵罐中试与生产提供了重要参考。

关键词：达巴万星野野村放线菌DB-3-04 响应面法

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神经胶质瘤生物标志物研究进展

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生物工程学报 2023年第4期39卷 1445-1461页

作者：郝明炫梁有沣郭蕊李小宁李永超王磊喻长远杨昭北京化工大学生命科学与技术学院分子诊断技术创新研究中心北京100029 塔里木大学生命科学学院新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室新疆阿拉尔843300

神经胶质瘤(glioma)是最常见的原发性脑肿瘤,占颅内肿瘤的81%。神经胶质瘤的诊断手段与预后评估主要以影像学为主,但因神经胶质瘤的浸润性生长特点,影像学不能完全作为诊断及预后评估依据。因此,发现和鉴定全新生物标志物对神经胶质瘤... 详细信息

神经胶质瘤(glioma)是最常见的原发性脑肿瘤,占颅内肿瘤的81%。神经胶质瘤的诊断手段与预后评估主要以影像学为主,但因神经胶质瘤的浸润性生长特点,影像学不能完全作为诊断及预后评估依据。因此,发现和鉴定全新生物标志物对神经胶质瘤的诊断、治疗和预后评估显得尤为重要。最新研究结果表明,在神经胶质瘤患者组织和血液中,多种生物标志物可用于神经胶质瘤的辅助诊断和预后评估。其中,诊断标志物包括IDH1/2基因突变、BRAF基因突变与融合、p53基因突变、端粒酶活性增加、循环肿瘤细胞和非编码RNA等。预后标志物包括1p/19p共缺失、MGMT基因启动子甲基化及基质金属蛋白酶-28、胰岛素样生长因子结合蛋白-2和CD26的表达上调和Smad4的表达下调。本文重点介绍了上述神经胶质瘤生物标志物在诊断和预后评估方面的最新研究进展。

关键词：神经胶质瘤生物标志物诊断预后 IDH1/2基因突变 MGMT基因启动子甲基化

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抗金黄色葡萄球菌乳酸菌筛选及其抗菌物质特性研究

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中国动物传染病学报 2024年第5期32卷 162-170页

作者：王更辰任晓镤郭雪峰陈伟塔里木大学生命科学与技术学院、塔里木盆地生物资源保护利用兵团重点实验室阿拉尔843300 塔里木大学食品科学与工程学院阿拉尔843300 塔里木大学动物科学与技术学院、新疆生产建设兵团塔里木畜牧科技重点实验室阿拉尔843300

为了利用乳酸菌(lactic acid bacteria,LAB)对金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,***)引起的奶牛乳房炎进行科学防治,本研究通过琼脂斑点法筛选了68株LAB,得到59株有抗***效果的LAB。根据抗菌效果从强到弱,选择L-12、L-30、L-31和L... 详细信息

为了利用乳酸菌(lactic acid bacteria,LAB)对金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,***)引起的奶牛乳房炎进行科学防治,本研究通过琼脂斑点法筛选了68株LAB,得到59株有抗***效果的LAB。根据抗菌效果从强到弱,选择L-12、L-30、L-31和L-37进行抗菌物质成分分析,结果表明,L-12、L-30、L-31无细胞上清液(cell-free culture supernatant,CFCS)的抗菌物质主要是酸性物质,而L-37 CFCS的抗菌物质主要是蛋白类物质和过氧化氢。因此选择L-37对其进行分子生物学鉴定并研究其抗菌物质的理化特性,结果表明,L-37是1株植物乳杆菌(Lactiplantibacillus plantarum,***),其CFCS在pH值为2~6时,相对抗菌活性分别为115.34%、101.48%、55.06%、44.37%、20.23%,除pH值为3的处理组(pH值与初始CFCS相近),其余均与对照组呈显著性差异;将L-37 CFCS分别在65℃、85℃和100℃条件下处理,处理组与对照组的相对抗菌活性之间没有显著性差异,说明L-37 CFCS具有良好的热稳定性;分别使用10种不同金属离子处理L-37 CFCS,Na^(+)、K^(+)、Ca^(2+)、Mg^(2+)、Mn^(2+)、Cu^(2+)、Fe^(3+)和Al^(3+)组的相对抗菌活性与对照组呈显著性差异,前5种金属离子产生抑制作用,后3种产生促进作用,Zn^(2+)和Fe^(2+)组的相对抗菌活性与对照组相比没有显著性差异。本研究成功筛选到1株*** L-37对***有较强的抗菌效果,并对其抗菌物质特性进行了研究,为安全防治***引起的奶牛乳房炎提供实验依据。

关键词：乳酸菌金黄色葡萄球菌抗菌活性

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帕米尔高原可培养需氧冷适应细菌及古菌多样性

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微生物学报 2022年第7期62卷 2568-2581页

作者：卜旭莹任敏万传星张利莉塔里木大学生命科学与技术学院新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室——省部共建国家重点实验室培育基地新疆阿拉尔843300

【目的】帕米尔高原是贫营养、高辐射、干燥的冷环境,可能蕴藏丰富的冷适应微生物资源。本研究基于分离培养技术,探究帕米尔高原不同海拔梯度及不同培养条件下的冷适应微生物多样性。【方法】针对采集自帕米尔高原1000-2000m、2000-3000... 详细信息

【目的】帕米尔高原是贫营养、高辐射、干燥的冷环境,可能蕴藏丰富的冷适应微生物资源。本研究基于分离培养技术,探究帕米尔高原不同海拔梯度及不同培养条件下的冷适应微生物多样性。【方法】针对采集自帕米尔高原1000-2000m、2000-3000m、3000-4000m和4000-5000 m四个海拔梯度的土壤样品,选用TSA和R2A两种培养基于4℃进行冷适应细菌的分离培养,NOM和F6两种培养基于4℃和15℃进行冷适应古菌的分离培养。根据16S rRNA基因序列同源性对分离菌株进行鉴定,分析不同海拔梯度和不同培养条件的物种多样性及之间的差异性。【结果】本研究从帕米尔高原共分离得到419株需氧原核微生物,16S rRNA基因测序鉴定结果表明,分离菌株隶属于2个域、5个门、8个纲、18个目、28个科、49个属及118个种,为115种冷适应细菌及3种古菌。冷适应细菌中,γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)为第一优势纲,放线菌纲(Actinobacteria)中物种多样性最为丰富。高海拔地区的冷适应细菌物种多样性存在差异,海拔1000-4000 m的优势菌群均为γ-变形菌纲,而4000-5000 m高海拔地区放线菌纲占比最高。古菌域微生物隶属于钠线菌属(Natrinema)和盐陆生菌属(Haloterrigena),且仅在1000–2000 m低海拔地区,培养温度为15℃时分离得到。4种培养基分离菌株中,γ-变形菌纲在TSA和R2A培养基分离的冷适应细菌中占优越地位,而NOM和F6培养基仅分离得到盐杆菌纲(Halobacteria)的古菌。此外,本研究获得23株潜在新物种,隶属于放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和广古菌门(Euryarchaeota)5个门。【结论】本研究从帕米尔高原分离获得了大量冷适应细菌以及古菌资源,揭示了帕米尔高原不同海拔的冷适应细菌及古菌分布多样性,以及不同培养条件下的分离效果,为冷适应细菌及古菌资源的开发与利用及其生态学功能研究提供了菌株材料和科学理论支持。

关键词：帕米尔高原需氧冷适应细菌古菌多样性

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苦苣菜对肺炎小鼠炎症因子及HMGB1/TLR4/NF-κB信号通路的影响

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中国畜牧兽医 2023年第12期50卷 5232-5242页

作者：李孟阳晁冰周涛张建萍塔里木大学生命科学与技术学院阿拉尔843300 新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室阿拉尔843300

【目的】研究苦苣菜水提物对脂多糖(LPS)诱导的小鼠肺炎模型中炎症相关因子及炎症信号通路的影响,探究苦苣菜水提物对小鼠肺炎的抗炎作用。【方法】制备苦苣菜水提物,将昆明小鼠随机分为空白组、模型组、阳性对照组及苦苣菜水提物低、... 详细信息

【目的】研究苦苣菜水提物对脂多糖(LPS)诱导的小鼠肺炎模型中炎症相关因子及炎症信号通路的影响,探究苦苣菜水提物对小鼠肺炎的抗炎作用。【方法】制备苦苣菜水提物,将昆明小鼠随机分为空白组、模型组、阳性对照组及苦苣菜水提物低、中、高浓度组,空白组小鼠不做任何处理,模型组小鼠灌胃0.3 mL生理盐水,阳性对照组小鼠灌胃0.3 mL 5 mg/kg地塞米松,苦苣菜水提物低、中、高浓度组小鼠依次灌胃0.3 mL 100、200和400 mg/mL苦苣菜水提物,持续灌胃给药1周后,空白组小鼠腹腔注射0.3 mL生理盐水,其余组小鼠腹腔注射0.3 mL 30 mg/kg LPS诱导建立小鼠肺炎模型。采用ELISA方法检测各组小鼠血清中白细胞介素-6(IL-6)、IL-10、转化生长因子-β(TGF-β)的含量;利用免疫组织化学(IHC)和Western blotting检测各组小鼠肺中炎症信号通路(HMGB1/TLR4/NF-κB)蛋白的表达水平。【结果】与空白组相比,模型组小鼠血清中IL-6含量显著上调(P<0.05),IL-10、TGF-β含量有所上调,肺脏中HMGB1、TLR4、NF-κB的分布及蛋白表达量极显著上调(P<0.01);与模型组相比,苦苣菜水提物处理组小鼠血清中促炎因子IL-6含量有所下调,抗炎因子IL-10含量有所上调,抗炎因子TGF-β含量极显著上调(P<0.01);在肺脏中HMGB1、TLR4、NF-κB大量分布在肺泡周围的上皮细胞上,与模型组相比,苦苣菜水提物处理组小鼠肺脏中HMGB1、TLR4、NF-κB的分布极显著下调(P<0.01),且表现出剂量依赖效应,HMGB1、TLR4蛋白表达量极显著下调(P<0.01),NF-κB蛋白表达量显著或极显著下调(P<0.05;P<0.01)。【结论】苦苣菜水提物能抑制LPS诱导的肺炎小鼠血清中促炎因子IL-6的分泌及肺脏中信号通路HMGB1、TLR4、NF-κB蛋白的表达,促进小鼠血清中抗炎因子IL-10、TGF-β的分泌,表明苦苣菜水提物具有抗肺炎作用。

关键词：苦苣菜肺炎炎症因子 HMGB1/TLR4/NF-κB

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西北农业学报 2025年第1期34卷 83-91页

作者：付嘉智郭众仲鱼尚奇武鹏雨虎海防张锐塔里木大学园艺与林学学院新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用兵团重点实验室/兵团南疆特色果树生产国家地方联合工程实验室新疆阿拉尔843300 塔里木大学生命科学与技术学院新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用兵团重点实验室/兵团南疆特色果树生产国家地方联合工程实验室新疆阿拉尔843300 新疆林业科学院新疆佳木果树学国家长期科研基地乌鲁木齐830000

木质素合成是核桃内果皮硬化的必要条件,但其调控机制尚不清楚。克隆核桃木质素合成相关基因JrMYB44和JrMYB13的CDS全长,检测这两个基因在核桃不同组织器官以及内果皮不同发育时期硬化与非硬化部位的表达水平,调查这两个蛋白的亚细胞定... 详细信息

木质素合成是核桃内果皮硬化的必要条件,但其调控机制尚不清楚。克隆核桃木质素合成相关基因JrMYB44和JrMYB13的CDS全长,检测这两个基因在核桃不同组织器官以及内果皮不同发育时期硬化与非硬化部位的表达水平,调查这两个蛋白的亚细胞定位。结果表明:JrMYB44和JrMYB13分别编码319和317个氨基酸,两者同源性为39.5%;系统发育树分析发现,JrMYB44与Juglans regia×Juglans major杂交核桃和山核桃同源蛋白的亲缘关系较近,而JrMYB13与Juglans regia×Juglans major杂交核桃同源蛋白的亲缘关系较近。亚细胞定位结果显示,JrMYB44和JrMYB13均在细胞核内表达。基因表达检测发现,JrMYB44基因主要在核桃内果皮的非硬化区富集表达,且在内果皮不同发育时期的表达水平与木质素含量呈负相关,推测JrMYB44基因对木质素合成起负调控作用;JrMYB13基因主要在核桃内果皮硬化区富集表达,且表达水平随木质素含量增加而上升,推测JrMYB13基因对木质素合成起正调控作用。

关键词：核桃 MYB 基因克隆表达分析果皮发育木质素

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混合式教学模式下新疆高校生物信息学课程教学改革

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科学咨询(教育科研) 2024年第1期 94-97页

作者：罗晓霞夏占峰刘琴张晶李浩杨秋红王彦芹塔里木盆地生物资源保护利用兵团重点实验室塔里木大学生命科学与技术学院

针对当前塔里木大学生物类专业办学特色及生物信息学课程建设中存在的问题，本文从完善课程设置、增强学生的大数据意识和数据库应用能力、优化教学内容和教学方法、加强实践教学等方面进行了改进。经过几年的改革与实践，与传统教学模... 详细信息

针对当前塔里木大学生物类专业办学特色及生物信息学课程建设中存在的问题，本文从完善课程设置、增强学生的大数据意识和数据库应用能力、优化教学内容和教学方法、加强实践教学等方面进行了改进。经过几年的改革与实践，与传统教学模式相比，新的教学实践模式能够提升教学效果，激发学生学习兴趣，增强生物专业学生的创新意识和实践应用能力。

关键词：完善课程设置实践教学改进

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