检索结果-内蒙古大学图书馆

中国感染与化疗杂志 2020年第2期20卷 157-162页

作者：丁丽吴旸李培林东昉复旦大学附属华山医院抗生素研究所国家卫健委抗生素临床药理重点实验室上海200040 复旦大学基础医学院病原生物学系医学分子病毒学教育部/卫生部重点实验室

目的了解肠球菌属生物膜形成能力及其毒力基因携带率,分析生物膜的形成能力与毒力基因间的相关性。方法收集复旦大学附属华山医院2015-2017年临床分离自无菌体液的肠球菌属细菌,使用结晶紫染色法测定肠球菌的生物膜形成能力并进行形成... 详细信息

目的了解肠球菌属生物膜形成能力及其毒力基因携带率,分析生物膜的形成能力与毒力基因间的相关性。方法收集复旦大学附属华山医院2015-2017年临床分离自无菌体液的肠球菌属细菌,使用结晶紫染色法测定肠球菌的生物膜形成能力并进行形成能力的强弱分级,采用PCR方法筛查7种常见的肠球菌毒力基因以及Fsr群体感应系统基因(fsrA、fsrB、fsrC)。结果共收集了112株肠球菌菌株,其中粪肠球菌52株,屎肠球菌60株;两者生物膜形成的阳性率分别为63.46%和13.33%,差异具有统计学意义(P<0.001)。52株粪肠球菌毒力基因携带率分别为:esp 40.38%、gelE 69.23%、sprE 73.08%、asa157.69%、cylA 46.15%、cylB 48.08%、cylM 50.00%、fsrA 40.38%、fsrB 42.31%、fsrC 80.77%,携带esp、asa1、cylA、cylB、cylM和fsrB基因的菌株更易形成生物膜。60株屎肠球菌毒力基因携带率分别为:esp 65.00%、gelE 10.00%。结论粪肠球菌比屎肠球菌更容易形成生物膜;多种毒力基因与生物膜形成相关,提示生物膜的形成并不是由单一基因调控,而是由多个基因多系统调控。

关键词：肠球菌生物膜毒力基因

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基于TaqMan探针多重实时荧光PCR的肠道特殊菌群绝对定量方法的建立

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微生物与感染 2022年第3期17卷 129-138页

作者：王虹施美芳杨浩邬永琳肖振明谯鹏屈一帆荣星喻赵超复旦大学基础医学院教育部医学分子病毒学重点实验室上海200032 上海市宝山区友谊社区街道卫生服务中心检验科上海201999 国家老年疾病临床医学研究中心(复旦大学附属华山医院) 上海200040

本研究旨在建立对肠道主要共生菌的快速定量方法。根据细菌16S rRNA基因的保守序列并参考相关研究,设计针对总肠道菌群的通用引物和探针,以及针对双歧杆菌属、肠球菌属和肠杆菌科的特异性引物和探针,采用引物设计工具(Primer-BLAST)以... 详细信息

本研究旨在建立对肠道主要共生菌的快速定量方法。根据细菌16S rRNA基因的保守序列并参考相关研究,设计针对总肠道菌群的通用引物和探针,以及针对双歧杆菌属、肠球菌属和肠杆菌科的特异性引物和探针,采用引物设计工具(Primer-BLAST)以及聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增以验证引物和探针的特异性。通过分子克隆技术,构建各目标菌属目的基因的重组质粒作为qPCR检测的标准模板,选择标准模板进行重复性实验,并计算组内和组间重复变异系数。用所建立的方法对不同年龄段的临床粪便标本进行3类细菌的检测,并初步分析这些菌群与增龄的关系。结果显示,引物和探针具有较高的特异性;各目的细菌标准曲线在一定范围内线性关系良好,总菌群或各目标菌属的线性范围分别为:总菌群2.9×103~2.9×10^(12)copies/μL、双歧杆菌3.1×10^(2)~3.1×10^(9)copies/μL、肠球菌5.9×10^(2)~5.9×10^(9)copies/μL、肠杆菌6.3×10^(2)~6.3×10^(9)copies/μL,决定系数R2≥0.995;检测的最低拷贝数为总菌群7.5×10^(2)copies/μL、双歧杆菌46 copies/μL、肠球菌37 copies/μL、肠杆菌51 copies/μL;重复性实验变异系数在1.32%以下,具有良好的可重复性。对不同年龄段临床粪便标本检测的结果显示,肠球菌和肠杆菌含量随增龄呈增长趋势,且老年组含量显著高于青年组,但在高龄老年人中未发现肠球菌数量增加。双歧杆菌含量随增龄减少,且各组间差异显著,在高龄老年人中也未观察到双歧杆菌显著减少。结果提示,本研究建立了一种可供临床推广的菌群绝对定量方法,能够同时检测3类细菌和菌群总量,对于菌群定量研究具有实际意义。

关键词：肠道菌群绝对定量 TaqMan探针多重实时定量PCR 肠杆菌科

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结核免疫应答相关白细胞介素的作用机制研究进展

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微生物与感染 2022年第1期17卷 41-46页

作者：刘曦沈洪波王菲菲徐军发广东医科大学检验医学研究所临床免疫学研究室广东东莞523808 同济大学附属上海市肺科医院结核病临床研究中心上海200433 复旦大学上海医学院基础医学院病原生物学系教育部、卫健委、医科院医学分子病毒学重点实验室上海200032

白细胞介素(简称白介素)能够调控免疫细胞的分化、增殖及效应功能。结核抗原特异性诱导的白介素的表达水平能够表征结核杆菌感染后的机体状态。在机体的抗结核免疫应答中,白介素可以直接调控吞噬细胞对胞内感染结核杆菌的杀菌活性;也能... 详细信息

白细胞介素(简称白介素)能够调控免疫细胞的分化、增殖及效应功能。结核抗原特异性诱导的白介素的表达水平能够表征结核杆菌感染后的机体状态。在机体的抗结核免疫应答中,白介素可以直接调控吞噬细胞对胞内感染结核杆菌的杀菌活性;也能够调控效应性T细胞的增殖,并进一步激活吞噬细胞的杀菌功能。目前,部分白介素已被证明有望用于结核病的免疫辅助治疗,正在进行相关临床实验。本文对白介素调控免疫细胞抗结核免疫应答的研究进展进行综述,以期为制定结核病的白介素免疫辅助治疗方案提供指导。

关键词：白细胞介素抗结核免疫结核病辅助治疗

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基于糖谱的体外检测和诊断的临床应用研究进展

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药学进展 2023年第6期47卷 424-432页

作者：孙桂芹陈妍雯张绍兴刘瑞杰张瑜芯芦鑫荣童永亮陈力陈萃英浙江中医药大学医学技术与信息工程学院浙江杭州310053 复旦大学基础医学院病原生物学系医学分子病毒学教育部/卫健委/中国医科院重点实验室上海200032 先思达生物科技有限公司江苏南京211800

检测样本中游离及共价连接在糖肽上的寡糖链,构成糖谱。糖谱上寡糖链类型和丰度的变化可能与病理生理改变相关,具重要的诊断价值,并已应用于临床检测。综述糖谱在肿瘤、感染性疾病、自身免疫性疾病、遗传性疾病中的变化,以及糖谱分析在... 详细信息

检测样本中游离及共价连接在糖肽上的寡糖链,构成糖谱。糖谱上寡糖链类型和丰度的变化可能与病理生理改变相关,具重要的诊断价值,并已应用于临床检测。综述糖谱在肿瘤、感染性疾病、自身免疫性疾病、遗传性疾病中的变化,以及糖谱分析在体外诊断中的进展,为糖谱检测的临床应用提供方向。

关键词：糖基化糖谱疾病体外诊断临床应用

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利用基因组和空间分析研究上海市结核病传播模式：一项为期10年的前瞻性全人群研究

利用基因组和空间分析研究上海市结核病传播模式：一项为期10年的...

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中国防痨协会2023年第34届全国学术大会暨结核病诊防治新技术推广应用论坛

作者：李蒙路丽苹江琦杨崇广郭晓芹沈鑫高谦复旦大学基础医学院教育部卫健委、医科院医学分子病毒学重点实验室上海市松江区疾病预防控制中心上海市疾病预防控制中心结核病实验室

【目的】流动人口给中国大城市的结核病防控带来巨大挑战。我们旨在通过长期的结核病基因组流行病学研究揭示城市地区结核病的特点和传播规律以及动态变化情况,为制定有效措施进一步降低大城市结核病负担提供理论依据。【方法】2011年1... 详细信息

【目的】流动人口给中国大城市的结核病防控带来巨大挑战。我们旨在通过长期的结核病基因组流行病学研究揭示城市地区结核病的特点和传播规律以及动态变化情况,为制定有效措施进一步降低大城市结核病负担提供理论依据。【方法】2011年1月1日至2020年12月31日,我们在上海市松江区开展了基于人群的前瞻性结核病基因组流行病学研究。对培养阳性的临床菌株进行全基因组测序。当菌株之间的SNP小于等于12,认为菌株基因组成簇,并利用logistic回归分析成簇的风险因素。利用phybreak推断每个基因簇内的传播关系。我们计算了患者之间成对的家庭住址之间的直线距离,并分析与对应患者菌株之间SNP距离的关系。绘制核密度图分析患者的空间分布热点。【结果】研究期间松江共2299例培养阳性肺结核患者,排除菌株复苏失败和比对失败的患者后,有2212例患者及其菌株纳入本研究,其中74.7%(1652/2212)是流动人口。松江区整体成簇率为25.2%(558/2212)。我们以3年的患者为一个样本集,计算了每3年的成簇率,发现研究期间成簇率未发生显著改变。在流动人口患者中仅男性(aOR 1.59,95%CI 1.23-2.06)是成簇的高危人群,而在常住人口患者中年轻人(<25岁:aOR 2.63,95%CI1.11-6.27;25-44岁:aOR 2.40,95%CI 1.23-4.69)和从事体力劳动者(aOR 2.94,95%CI 1.47-5.85)是成簇的高危人群。传播推断表明77.9%(212/272)的传播发生在常住人口患者或流动人口患者内部,仅22.1%(60/272)的传播发生在常住人口患者和流动人口患者之间;进一步分析发现常住人口更容易传播给流动人口:常住人口作为指示病例的76次传播事件中,29次(38.2%)传播给流动人口;流动人口作为指示病例的196次传播事件中,31次(15.5%)传播给常住人口(p<0.001)。空间分析发现,随着患者之间空间距离的增加,成簇风险迅速降低,但超过一半的传播事件发生在居住相聚5公里以上的患者之间。核密度图显示成簇患者与不成簇患者的空间热点基本一致,集中在松江区中部和东部,而且研究期间空间分布没有显著改变。【结论】近期传播是松江区结核病的一个重要来源。随着患者居住空间距离的增加,近期传播的风险迅速降低。近十年,松江区成簇率和患者空间分布均未发生显著变化。目前,上海市结核病防控工作遭遇瓶颈,现行的防控策略可能很难使上海的结核病负担进一步下降。因此,迫切需要新的策略,加强患者发现,阻断结核病的传播,达到降低疫情的目的。

关键词：结核病传播全基因组测序流动人口空间分析

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干扰素和核苷(酸)类似物治疗对HBV cccDNA的影响与慢性乙型肝炎的功能性治愈

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临床肝胆病杂志 2019年第6期35卷 1181-1187页

作者：陈捷亮袁正宏复旦大学上海医学院基础医学院教育部/卫健委医学分子病毒学重点实验室

目前临床治疗慢性乙型肝炎的药物主要包括干扰素和核苷(酸)类似物两大类,但均无法有效清除病毒和治愈乙型肝炎。HBV共价闭合环状DNA(cccDNA)作为HBV转录复制的模板,以微小染色体形式持续存在于细胞核内,被认为是HBV慢性感染和难以治愈... 详细信息

目前临床治疗慢性乙型肝炎的药物主要包括干扰素和核苷(酸)类似物两大类,但均无法有效清除病毒和治愈乙型肝炎。HBV共价闭合环状DNA(cccDNA)作为HBV转录复制的模板,以微小染色体形式持续存在于细胞核内,被认为是HBV慢性感染和难以治愈的关键核心。鉴于cccDNA很难被彻底清除,近年来以cccDNA持续沉默为基础的慢性乙型肝炎功能性治愈已成为临床和基础研究的主要目标。从现有治疗手段对cccDNA的影响切入,介绍当前对cccDNA含量和活性受控因素的认知,探讨cccDNA池难以清除的关键特性环节,在此基础上展望功能性治愈慢性乙型肝炎目标下研究cccDNA的重点。

关键词：乙型肝炎病毒抗病毒药共价闭合环状DNA

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我国学校结核病预防与控制的思考

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中国防痨杂志 2020年第3期42卷 195-199页

作者：高谦梅建复旦大学上海医学院基础医学院教育部、卫健委、医科院医学分子病毒学重点实验室 200032 澳门特别行政区卫生局结核病防治中心

学校结核病防控一直是我国结核病防治工作的重点,学校结核病控制涉及千家万户,政策性强,稍有不当,会造成很大的社会影响。作者对学校结核病防控的重点人群、暴发公共卫生事件的定义,以及学生结核病休复学问题提出了一些不同见解.希望引... 详细信息

学校结核病防控一直是我国结核病防治工作的重点,学校结核病控制涉及千家万户,政策性强,稍有不当,会造成很大的社会影响。作者对学校结核病防控的重点人群、暴发公共卫生事件的定义,以及学生结核病休复学问题提出了一些不同见解.希望引起业界同道的关注、思考和讨论.更好地为政府制定切实可行和有效的学校结核病控制策略提供科学依据。

关键词：结核院校综合预防传染病控制

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不明病因儿童急性重症肝炎:数据及认识更新

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微生物与感染 2022年第3期17卷 198-208页

作者：张荔谢黎李昕玥丁佳邓强吴健复旦大学基础医学院病原生物学系卫健委教育部医学分子病毒重点实验室上海200032 上海市静安区中心医院消化科上海200040 上海市重大传染病和生物安全研究院上海200032 复旦大学上海医学院上海市肝病研究所复旦大学附属中山医院消化科上海200032

近期不明原因儿童急性重症肝炎病例在全球多发,自苏格兰首次病例报道至今,已有33个国家通报了至少650例散发病例,相互间缺乏流行病学联系。患儿主要表现为急性肝炎。结合流行病学分析及临床表现初步推论,该疾患可能由感染所致。所有病... 详细信息

近期不明原因儿童急性重症肝炎病例在全球多发,自苏格兰首次病例报道至今,已有33个国家通报了至少650例散发病例,相互间缺乏流行病学联系。患儿主要表现为急性肝炎。结合流行病学分析及临床表现初步推论,该疾患可能由感染所致。所有病例均排除甲、乙、丙、丁和戊型肝炎,实验室检测发现半数以上患儿人腺病毒(human adenovirus,HAdV)阳性,部分鉴定为HAdV-41型,提示腺病毒与此疾患发病存在关联性。主流病因推测并提出腺病毒基因重组、辅助因素诱导病毒嗜性改变假说,尤其是超抗原假说引发了广泛热议,即HAdV-41感染诱发严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)超抗原介导中毒性休克及肝细胞凋亡的发生。最终病因至今尚未明确。本文从流行病学调查、病因分析、病理表现、实验室检查、病原学检测、诊疗规范、现行病例隔离管理及预防消毒措施等方面对本疾患相关信息进行更新,以期总结对本病发病机制及诊疗的最新认识。

关键词：不明原因儿童急性重症肝炎腺病毒感染严重急性呼吸综合征冠状病毒2 超级抗原新发感染性疾患

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深圳市耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析

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中国防痨杂志 2020年第6期42卷 583-589页

作者：洪创跃杨婷婷李金莉李霜君吴利凯杨争谭卫国深圳市慢性病防治中心实验室研究所和结核病防治科 518020 复旦大学上海医学院基础医学院教育部、卫生健康委员会、医科院医学分子病毒学重点实验室

目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株... 详细信息

目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH,81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP,59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm,66.0%(198/300)]、embB-306-M/V[EMB,35.5%(94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA,8.9%(11/123)]、gyrA-90-A/V[Ofx,31.5%(39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1%(25/52)]、rrs-1401-A/G[Cm,100.0%(27/27)]、rrs-1401-A/G[Km,84.4%(27/32)]、inhA-15-C/T[Eto,84.2%(48/57)]、thyA-75-H/N[PAS,31.3%(10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6%(378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型:37.0%(140/378)、L2.3型:61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4%(7/67)、10.4%(7/67)](χ~2值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3型[74.5%(172/231)](χ~2=10.764,P=0.000),而inhA-15-C/T(INH)、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R和inhA-15-C/T(Eto)在L2.3型菌株中的突变频率[分别为8.2%(19/231)、61.9%(143/231)、59.3%(137/231)、15.6%(36/231)]明显高于L2.2型[分别为2.9%(4/140)、49.3%(69/140)、37.9%(53/140)、3.6%(5/140);χ~2值分别为4.319、5.668、16.053、12.797,P值分别为0.038、0.017、0.000、0.000)]。结论深圳市MDR-MTB菌株中11种药品耐药基因主要突变类型分别为katG-315-S/T、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R、embB-306-M/V、pncA启动子-11-T/C、gyrA-90-A/V、rrs-1401-A/G、inhA-15-C/T、thyA-75-H/N;基因型为L1、L2和L4型,以L2.2型、L2.3型和L4型为主。

关键词：结核,抗多种药物性基因组,细菌高通量核苷酸测序基因型寡核苷酸序列分析深圳

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基于gp41近膜端外部区域中和表位天然构象的人类免疫缺陷病毒1型疫苗的设计

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微生物与感染 2021年第3期16卷 145-163页

作者：曹妙苏珊叶玲陆路杨庆来姜世勃复旦大学上海医学院基础医学院教育部/卫健委/医科院医学分子病毒学重点实验室上海200032 埃默里大学医学院微生物与免疫学系埃默里疫苗中心美国亚特兰大GA30322

疫苗一直被视为终结人类免疫缺陷病毒1型和2型(human immunodeficiency virus type 1/2,HIV-1/2)最有力的武器。位于HIV-1gp41胞外域C末端的近膜端外部区域(membrane-proximal external region,MPER)是一个重要的抗原位点,但糖蛋白41(glycoprotein 41,gp41)在野生型HIV-1的包膜蛋白中并未充分暴露,单独的gp41或MPER多肽无法模拟gp120/gp41包膜蛋白在病毒包膜上的天然状态。本研究以HIV-1gp41MPER为抗原进行疫苗设计,以期能诱导产生具有强效中和作用的MPER特异性抗体。通过在gp41的N末端七肽重复域(N-terminal heptad repeat,NHR)和C末端七肽重复域(C-terminal heptad repeat,CHR)引入突变,阻断二者相互作用形成6螺旋(6-helix bundle,6-HB)构象;使用不同来源的流感病毒HA1亚基替代gp120,以防止机体产生大量针对HA1的抗体,并构建一系列包含不同HA1亚基的HA/gp41-1605嵌合DNA。结果发现,在细胞上表达的嵌合疫苗抗原能更好地展示MPER上的中和表位,但不显示gp41上免疫优势抗原表位。使用构建的HA/gp41嵌合DNA疫苗对新西兰大耳兔进行肌肉内序贯免疫,提示该疫苗策略的确不可诱生高滴度的HA抗体或gp41的loop及6-HB特异性抗体,而能诱生MPER特异性抗体。然而,该抗体对HIV-1不具有中和作用,说明该疫苗策略还有待进一步优化。

关键词：人类免疫缺陷病毒1型疫苗糖蛋白41 近膜端外部区域天然构象

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