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微生物与感染 2018年第2期13卷 77-83页

作者：韩昂轩牛辰吕亮东复旦大学基础医学院医学分子病毒学教育部/卫生部重点实验室上海200032

DNA的G-四链体(G-quadruplex,G4)是由富含串联重复的鸟嘌呤(guanine,G)的核酸序列折叠形成的四链体螺旋结构,目前认为其与基因表达调控和基因组稳定性有关。已有研究表明,结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)的esp K(Rv3879c)是构... 详细信息

DNA的G-四链体(G-quadruplex,G4)是由富含串联重复的鸟嘌呤(guanine,G)的核酸序列折叠形成的四链体螺旋结构,目前认为其与基因表达调控和基因组稳定性有关。已有研究表明,结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)的esp K(Rv3879c)是构成ESX-1分泌系统的一个重要元件,其蛋白序列具有串联重复的GTPITP氨基酸序列多态性。本研究经核酸序列比对分析,确定该氨基酸序列多态性区域对应的模板链上存在G4序列,且该G4序列仅存在于结核分枝杆菌复合群。通过比对结核分枝杆菌临床分离株esp K基因的核酸序列,发现esp K基因的高频率G1573C突变位于G4序列。为研究该G4结构及基因表达调控功能,首先利用圆二色谱检测其核酸片段在钾离子存在条件下的光谱学特征,证实其可在体外形成具有顺式平行结构特征的G4,同义点突变G4会使其结构稳定性下降。采用重叠聚合酶链反应(overlapping polymerase chain reaction,overlapping PCR)构建含有G4突变的esp K表达质粒,获得重组表达菌株。通过实时定量PCR测定esp K重组表达菌株中基因转录水平变化,发现同义点突变G4后,其基因转录水平比野生型esp K重组菌株提升1.5倍(P<0.05)。此外,临床分离株中esp K出现的高频率G1573C突变会破坏G4结构,但蛋白免疫印迹检测结果显示esp K G1573C突变导致Esp K蛋白表达水平上升。以上结果提示,esp K的G4结构具有表达调控功能,该G4区域的序列多态性可能通过影响Esp K表达水平来调节ESX-1分泌系统的活性。

关键词：分枝杆菌 espK G-四链体基因表达调控

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mkl基因在海分枝杆菌抵抗宿主免疫中的作用

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微生物与感染 2015年第3期10卷 173-179页

作者：华亦斐王晴岚牛辰高谦复旦大学基础医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200032

本研究利用MycoMarT7噬菌体建立了海分枝杆菌随机突变库,鉴定获得1株转座子插在基因MMAR_0994(mkl)上的突变株。用野生株和突变株分别感染斑马鱼成鱼,通过观察斑马鱼的存活情况,研究mkl基因对海分枝杆菌毒力的影响;利用尾静脉注射感染孵... 详细信息

本研究利用MycoMarT7噬菌体建立了海分枝杆菌随机突变库,鉴定获得1株转座子插在基因MMAR_0994(mkl)上的突变株。用野生株和突变株分别感染斑马鱼成鱼,通过观察斑马鱼的存活情况,研究mkl基因对海分枝杆菌毒力的影响;利用尾静脉注射感染孵出48h后的斑马鱼幼鱼,于荧光显微镜下观察突变株及野生株在幼鱼体内的播散情况,以检测mkl基因在细菌与宿主天然免疫相互作用中的功能;将野生株和突变株分别感染小鼠来源巨噬细胞,检测其在巨噬细胞内的增殖。此外,还检测了突变株对酸性环境的耐受情况。结果显示,mkl基因突变株感染斑马鱼成鱼后25d内没有鱼死亡;在斑马鱼幼鱼感染模型和细胞感染模型中,突变株的增殖明显减弱;突变株对酸性环境压力更敏感。以上结果提示,mkl基因在海分枝杆菌抵抗宿主免疫及致病中发挥重要作用。

关键词：海分枝杆菌 mkl基因巨噬细胞斑马鱼感染模型

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利用I-Mutant2.0辅助设计与优化中东呼吸综合征冠状病毒融合抑制多肽

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微生物与感染 2019年第2期14卷 72-81页

作者：曲玉辰陆路姜世勃复旦大学基础医学院医学分子病毒学教育部/卫生部重点实验室上海200032

Ⅰ型膜融合蛋白(class I membrane fusion protein)在Ⅰ型包膜病毒入侵宿主细胞过程中发挥重要作用。基于抑制六螺旋结构形成的多肽类融合抑制剂设计的原理是模拟该蛋白融合区域的自身序列,与病毒融合蛋白结合形成异源六聚体,从而阻断... 详细信息

Ⅰ型膜融合蛋白(class I membrane fusion protein)在Ⅰ型包膜病毒入侵宿主细胞过程中发挥重要作用。基于抑制六螺旋结构形成的多肽类融合抑制剂设计的原理是模拟该蛋白融合区域的自身序列,与病毒融合蛋白结合形成异源六聚体,从而阻断病毒与靶细胞膜的融合。此类融合抑制剂的传统设计主要基于一级与二级结构,但为进一步强化其抗病毒活性,通常需依赖病毒膜融合蛋白三级结构信息,从而限制了对那些尚无病毒蛋白三级结构信息的新发病毒的多肽类融合抑制剂的快速优化和研发。本研究提出了不依赖蛋白三级结构信息,而利用I-Mutant2.0软件来辅助设计和优化多肽类病毒膜融合抑制剂的设想。根据I-Mutant2.0的预测结果,以中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)为模型,分析该病毒HR2区融合抑制剂序列中若干适合与不适合优化的位点,并设计了一系列多肽。结果发现,对适合优化的位点进行调整的多肽,其对HR1的结合能力及对病毒的抑制活性均有所提升;反之,多肽活性明显下降。结果表明,利用I-Mutant2.0辅助设计与优化病毒融合抑制多肽的方法具有一定的可行性,为进一步开发新的融合抑制剂设计方法奠定了基础。

关键词：病毒融合抑制剂中东呼吸综合征冠状病毒分子动力学模拟 Ⅰ型膜融合蛋白新发突发传染病

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病毒持续性感染难治愈的因素及对策

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微生物与感染 2015年第2期10卷 67-72页

作者：闻玉梅复旦大学基础医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200032

病毒持续性感染引起的病程多为慢性或反复发作,难以治愈,在部分患者甚至可引发肿瘤或自身免疫性疾病等,是严重危害人类健康及造成社会重大经济负担的常见病及多发病。持续性感染难以治愈的原因涉及病毒基因组与宿主细胞染色体整合,或以... 详细信息

病毒持续性感染引起的病程多为慢性或反复发作,难以治愈,在部分患者甚至可引发肿瘤或自身免疫性疾病等,是严重危害人类健康及造成社会重大经济负担的常见病及多发病。持续性感染难以治愈的原因涉及病毒基因组与宿主细胞染色体整合,或以附加体的形式长期存在,以及病毒的酶或蛋白抑制机体的免疫应答等特性。此外,机体天然免疫或获得性免疫低下、免疫网络失调及感染微环境改变等,也是病毒建立并维持持续性感染的原因。本文根据持续性感染难以治愈的原因,从病原学与机体免疫应答两方面研讨一些对策,希望以此为切入点,为治疗持续性感染提供新思路与新策略。

关键词：持续性感染病毒免疫应答免疫治疗

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N-糖苷酶基因在脑膜炎败血伊丽莎白金菌临床分离株中的分布

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微生物与感染 2014年第4期9卷 224-229页

作者：李蒙孙桂芹陈菁李天胜王蕾策力木格陈力复旦大学基础医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200032

N‐糖苷酶（PNGase）是真核生物中的常见酶，但在原核生物中极为罕见，目前仅报道在脑膜炎败血伊丽莎白金菌（EM）中存在。本文旨在检测 PNGase基因在EM临床分离株中的分布，为该菌的亚型分类及快速核酸分子检测提供依据，为研究PNGase... 详细信息

N‐糖苷酶（PNGase）是真核生物中的常见酶，但在原核生物中极为罕见，目前仅报道在脑膜炎败血伊丽莎白金菌（EM）中存在。本文旨在检测 PNGase基因在EM临床分离株中的分布，为该菌的亚型分类及快速核酸分子检测提供依据，为研究PNGase在原核生物中的生物学功能奠定基础。于2010年7月～2012年12月收集浙江省3家三级甲等医院的65株EM临床分离株，提取细菌基因组 DNA ，利用16 S rRNA细菌通用引物、PNGase F和PNGase F‐Ⅱ特异性引物，进行组合聚合酶链反应（PCR）。阳性扩增产物测序后与美国国立生物技术信息中心（NCBI）数据库中已知EM序列比对确认。结果显示，PNGase阳性菌64株，总阳性率为98．5％；PNGase F和PNGase F‐Ⅱ共阳性菌39株，共阳性率为60．0％。 PNGase F阳性菌41株，阳性率为63．1％；PNGase F‐Ⅱ阳性菌62株，阳性率为95．4％，PNGase F‐Ⅱ阳性率高于 PNGase F （配对χ^2检验， P＜0．01），提示 PNGase可能对EM具有重要的生物学意义。结果还表明，本研究建立的组合PCR可应用于E M菌株中 PN G ase基因分型。

关键词：脑膜炎败血伊丽莎白金菌聚合酶链反应 N-糖苷酶F-Ⅱ Peptide:N-glycanase F-Ⅱ

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耐药结核分枝杆菌的适应性代价与补偿性进化

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微生物与感染 2017年第6期12卷 362-368页

作者：皮锐柳清云高谦复旦大学基础医学院医学分子病毒学教育部/卫生部重点实验室上海200032

结核病耐药率的攀升是目前全球结核病防控面临的重大挑战。结核分枝杆菌主要通过其基因组中耐药相关基因发生点突变而获得耐药性。由于耐药相关基因通常具有重要的生理功能,其突变往往会导致结核分枝杆菌自身适应性下降,即产生"适... 详细信息

结核病耐药率的攀升是目前全球结核病防控面临的重大挑战。结核分枝杆菌主要通过其基因组中耐药相关基因发生点突变而获得耐药性。由于耐药相关基因通常具有重要的生理功能,其突变往往会导致结核分枝杆菌自身适应性下降,即产生"适应性代价"。然而,耐药结核分枝杆菌可通过进一步积累其他特定突变来回复其适应性,这种能使其适应性上升的突变称为"补偿性突变"。耐药结核分枝杆菌的补偿性进化被认为是耐药结核病广泛传播与流行的生物学基础。近年来,在结核病分子流行病学和基础研究领域,针对耐药结核分枝杆菌的补偿性进化开展了大量研究。本文从结核分枝杆菌的耐药分子机制、耐药突变的适应性代价与补偿性进化,以及补偿性进化如何影响耐药结核病传播等方面,综述耐药结核分枝杆菌补偿性进化的研究进展。

关键词：结核分枝杆菌耐药突变适应性代价补偿性进化异位显性

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肠-肝轴与非酒精性脂肪性肝病

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微生物与感染 2014年第2期9卷 65-70页

作者：丁佳吴健复旦大学基础医学院医学分子病毒学教育部/卫生部重点实验室上海200032

肠道菌群组成和数量的改变影响宿主的能量代谢、免疫应答和炎症反应状态。非酒精性脂肪性肝病患者常伴有小肠细菌过度生长或某些菌群种类和数量的改变,以及肠道黏膜通透性增加。肠道细菌通过增强肝脏脂肪合成、诱导机体胰岛素抵抗、激... 详细信息

肠道菌群组成和数量的改变影响宿主的能量代谢、免疫应答和炎症反应状态。非酒精性脂肪性肝病患者常伴有小肠细菌过度生长或某些菌群种类和数量的改变,以及肠道黏膜通透性增加。肠道细菌通过增强肝脏脂肪合成、诱导机体胰岛素抵抗、激活天然免疫系统相关分子模式等机制,诱发肝脏炎症反应,启动纤维化进程,促进单纯性脂肪变向脂肪性肝炎发展。鉴定影响机体能量代谢和炎症反应的肠道菌群及其产物将为阐明肠-肝轴对肝脏炎症发生、发展所起的作用奠定基础,为揭示非酒精性脂肪性肝病发生、发展的机制开辟新思路,为该病的防治探索新策略。

关键词：肠-肝轴非酒精性脂肪性肝病肠道菌群

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HBV感染与天然免疫

HBV感染与天然免疫

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第二届全国病毒感染与器官功能衰竭学术会议

作者：袁正宏复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室

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非霍奇金淋巴瘤患者脑膜脓毒黄杆菌肺部感染1例

非霍奇金淋巴瘤患者脑膜脓毒黄杆菌肺部感染1例

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2012全国临床微生物与感染免疫学术研讨会

作者：孙桂芹李蒙王蕾陈力复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室

目的阐述脑膜脓毒黄杆菌对免疫功能低下患者的1例肺部感染,以期临床能够重视该菌的分离、鉴定,在治疗时应根据药敏结果,合理选用抗生素。方法以一个非霍奇金淋巴瘤患者的肺部感染脑膜脓毒黄杆菌的病例分析为出发点,讨论脑膜脓毒黄杆菌... 详细信息

目的阐述脑膜脓毒黄杆菌对免疫功能低下患者的1例肺部感染,以期临床能够重视该菌的分离、鉴定,在治疗时应根据药敏结果,合理选用抗生素。方法以一个非霍奇金淋巴瘤患者的肺部感染脑膜脓毒黄杆菌的病例分析为出发点,讨论脑膜脓毒黄杆菌临床分离率增加、治疗困难的现状。结果脑膜脓毒黄杆菌感染因其多重耐药给临床治疗带来困难,使得该菌感染的死亡率升高,不合理使用抗生素和免疫抑制剂的使用给脑膜脓毒黄杆菌感染创造了条件,静脉导管、气管插管、呼吸机的广泛应用增加了脑膜脓毒黄杆菌接触感染的机率。结论脑膜脓毒性黄杆菌广泛存在,并引起人不同部位的感染,尤其随着广谱抗生素的广泛应用及导管在治疗时应根据药敏结果,合理选用抗生素。临床医务工作者应对脑膜炎脓毒黄杆菌有较全面的、新的认识,重视该菌的分离、鉴定及药敏实验,从而采取合理措施,控制该菌的感染,提高治疗效果。

关键词：脑膜脓毒黄杆菌非霍奇金淋巴瘤感染多重耐药

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二代测序技术在结核分枝杆菌研究中的应用进展

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微生物与感染 2015年第1期10卷 54-60页

作者：徐鹏甘明宇高谦复旦大学基础医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200032

结核病是由结核分枝杆菌引起的全球第二大传染病。二代测序技术为从基因组水平研究结核分枝杆菌提供了重要的研究方法。本文从结核病流行病学、结核分枝杆菌耐药和进化及相关生物信息学等方面,介绍二代测序技术在结核分枝杆菌研究中的... 详细信息

结核病是由结核分枝杆菌引起的全球第二大传染病。二代测序技术为从基因组水平研究结核分枝杆菌提供了重要的研究方法。本文从结核病流行病学、结核分枝杆菌耐药和进化及相关生物信息学等方面,介绍二代测序技术在结核分枝杆菌研究中的应用进展。

关键词：结核分枝杆菌二代测序基因组

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