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中国防痨杂志 2020年第6期42卷 583-589页

作者：洪创跃杨婷婷李金莉李霜君吴利凯杨争谭卫国深圳市慢性病防治中心实验室研究所和结核病防治科 518020 复旦大学上海医学院基础医学院教育部、卫生健康委员会、医科院医学分子病毒学重点实验室

目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株... 详细信息

目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH,81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP,59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm,66.0%(198/300)]、embB-306-M/V[EMB,35.5%(94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA,8.9%(11/123)]、gyrA-90-A/V[Ofx,31.5%(39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1%(25/52)]、rrs-1401-A/G[Cm,100.0%(27/27)]、rrs-1401-A/G[Km,84.4%(27/32)]、inhA-15-C/T[Eto,84.2%(48/57)]、thyA-75-H/N[PAS,31.3%(10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6%(378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型:37.0%(140/378)、L2.3型:61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4%(7/67)、10.4%(7/67)](χ~2值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3型[74.5%(172/231)](χ~2=10.764,P=0.000),而inhA-15-C/T(INH)、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R和inhA-15-C/T(Eto)在L2.3型菌株中的突变频率[分别为8.2%(19/231)、61.9%(143/231)、59.3%(137/231)、15.6%(36/231)]明显高于L2.2型[分别为2.9%(4/140)、49.3%(69/140)、37.9%(53/140)、3.6%(5/140);χ~2值分别为4.319、5.668、16.053、12.797,P值分别为0.038、0.017、0.000、0.000)]。结论深圳市MDR-MTB菌株中11种药品耐药基因主要突变类型分别为katG-315-S/T、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R、embB-306-M/V、pncA启动子-11-T/C、gyrA-90-A/V、rrs-1401-A/G、inhA-15-C/T、thyA-75-H/N;基因型为L1、L2和L4型,以L2.2型、L2.3型和L4型为主。

关键词：结核,抗多种药物性基因组,细菌高通量核苷酸测序基因型寡核苷酸序列分析深圳

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耻垢分枝杆菌MSMEG_4259的基因组维护功能研究

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微生物与感染 2022年第5期17卷 273-281页

作者：邓茗芝许原原吕亮东复旦大学上海医学院基础医学院教育部/卫健委/医科院医学分子病毒学重点实验室上海200032

MSMEG_4259基因及其同源基因广泛存在于分枝杆菌属中。蛋白序列分析显示,MSMEG_4259包含DEDDh核酸外切酶结构域以及一个类似UvrC的核酸内切酶结构域,提示其可能参与DNA修复。为了探究MSMEG_4259的生理功能,本研究利用同源重组方法在耻... 详细信息

MSMEG_4259基因及其同源基因广泛存在于分枝杆菌属中。蛋白序列分析显示,MSMEG_4259包含DEDDh核酸外切酶结构域以及一个类似UvrC的核酸内切酶结构域,提示其可能参与DNA修复。为了探究MSMEG_4259的生理功能,本研究利用同源重组方法在耻垢分枝杆菌(Mycolicibacterium smegmatis)构建了MSMEG_4259基因敲除(ΔMs4259)菌株,并采用波动试验测定菌株在对数生长期以及H2O2处理后的利福平耐药突变频率。结果显示,ΔMs4259菌株的利福平耐药自发突变频率较野生型菌株升高1.9倍(P<0.05),该表型能够通过表达MSMEG_4259回补。测定耐药突变菌株rpoB基因的耐药决定区域序列,发现ΔMs4259菌株的A:T>C:G突变概率较野生型菌株上升约10倍,有研究证明该突变谱是DNA氧化损伤的常见突变。实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction, qRT-PCR)结果显示,野生型菌株的MSMEG_4259表达在H2O2处理后上调约7倍,提示该基因在转录水平参与了氧化压力应答。野生型菌株与ΔMs4259菌株在氧氟沙星、叔丁基过氧化氢和紫外线处理下的存活率无显著差异,提示MSMEG_4259不参与耻垢分枝杆菌对上述DNA损伤剂的耐受。本研究初步揭示了MSMEG_4259参与耻垢分枝杆菌基因组维护的生理功能、突变谱及转录调控等特性,为进一步研究其同源基因在结核分枝杆菌致病和耐药中的作用机制奠定了基础。

关键词： MSMEG_4259 耻垢分枝杆菌 DNA损伤 DNA修复

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分枝杆菌RpsI序列差异对核糖体结构与功能的影响

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微生物与感染 2020年第5期15卷 293-301页

作者：苏梦吕亮东复旦大学上海医学院基础医学院教育部、卫健委、医科院医学分子病毒学重点实验室上海200032

核糖体结构存在动态调控,其变化与细菌发育、环境适应等过程密切相关。使用NCBI BLAST比对结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)核糖体蛋白RpsI、RpmI和RpmJ与耻垢分枝杆菌(Mycobacterium smegmatis)相应蛋白的氨基酸序列,发现Rps... 详细信息

核糖体结构存在动态调控,其变化与细菌发育、环境适应等过程密切相关。使用NCBI BLAST比对结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)核糖体蛋白RpsI、RpmI和RpmJ与耻垢分枝杆菌(Mycobacterium smegmatis)相应蛋白的氨基酸序列,发现RpsI N端氨基酸序列存在较大差异。为了探究该N端序列差异对核糖体结构与功能的影响,将表达有结核分枝杆菌rpsI基因(rpsI_Rv)的质粒整合至耻垢分枝杆菌基因组中,并利用同源重组的方法敲除耻垢分枝杆菌rpsI基因,以此构建重组菌株。聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)结果表明该重组菌株构建成功。十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)显示0.5 mmol/L异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)于16℃可诱导表达RpsI_Rv。用纯化的RpsI_Rv制备特异性多克隆抗体,其效价为1600000。反转录PCR和蛋白质印迹法(Western blot)显示rpsI_Rv在重组菌株中成功表达。测定重组菌株与空载对照菌株在不同温度下的生长曲线,该重组菌株在不同温度下的生长速率未发生改变。采用通用液体倍比稀释法测定作用于核糖体不同位点的5种抗生素最小抑菌浓度(MIC 90),重组菌株对阿米卡星(作用于核糖体小亚基A位点的抗生素)的敏感性升高,提示分枝杆菌RpsI序列差异导致核糖体小亚基A位点附近的结构发生改变,这为分枝杆菌核糖体结构与功能的机制研究提供了数据。

关键词：结核分枝杆菌核糖体核糖体蛋白RpsI 结构与功能

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乙型肝炎病毒核心颗粒展示新型冠状病毒刺突蛋白B细胞线性表位及其免疫原性分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第3期44卷 234-240页

作者：陈小美袁雯婕王世杰王建荣杭小锋万延民王勇翔复旦大学上海医学院基础医学院病原生物学系教育部、卫健委、医科院医学分子病毒学重点实验室上海200032 海军军医大学长征医院感染科上海200003 复旦大学附属华山医院感染科上海市传染病与生物安全应急响应重点实验室国家传染病医学中心上海200040

目的获得展示新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)刺突蛋白B细胞线性表位的乙型肝炎病毒衣壳样颗粒(capsid-like particles,CLPs)并评价其免疫原性。方法将SARS-CoV-2的4条B细胞线性表位(M1、S1-57、S14P5和S21P2)置换乙型肝炎病毒核心蛋白(hepatitis B virus core protein,HBc)第80位丙氨酸。在大肠埃希菌BL21 Star(DE3)中诱导表达这4种线性表位和HBc的重组融合蛋白(M1-HBc、S1-57-HBc、S14P5-HBc和S21P2-HBc)。SDS-PAGE、Western blot和非变性琼脂糖凝胶电泳(native agarose gel electrophoresis,NAGE)鉴定表达产物。蔗糖密度梯度超速离心纯化CLPs并经Western blot验证其抗原性。用纯化的CLPs免疫BALB/c小鼠,通过ELISA测定血清中的抗体滴度。结果重组融合蛋白M1-HBc和S1-57-HBc自组装成M1-CLP和S1-57-CLP,S1-57-CLP免疫小鼠后靶向S1-57多肽的抗体滴度高达1∶1000000。结论在原核系统中成功表达了展示SARS-CoV-2 M1或S1-57线性表位的乙型肝炎病毒CLPs,S1-57-CLP具有良好的免疫原性,为研制SARS-CoV-2新型诊断试剂和疫苗提供了新思路。

关键词：免疫原性新型冠状病毒 B细胞线性表位衣壳样颗粒抗体

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广谱抗冠状病毒疫苗及抗冠状病毒多肽的研究进展

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微生物与感染 2021年第4期16卷 270-279页

作者：曹妙陆路姜世勃复旦大学上海医学院基础医学院教育部/卫健委/医科院医学分子病毒学重点实验室上海200032

由严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染引起的2019冠状病毒病(coronavirus disease 2019,COVID-19)暴发,给人类公共卫生安全和全球经济发展造成了严重威胁。疫苗和药物是防治疫情的重要手段,但目前研发的针对冠状病毒的疫苗和药物大多以SARS-CoV-2为靶点,该病毒若发生重大突变或出现新的高致病性冠状病毒,目前研发的有效疫苗或药物可能会无效,而且疫苗和新药的研发往往比较滞后,难以在疫情发生早期投入使用。因此,亟须研发高效、安全、广谱的冠状病毒疫苗和药物,以应对未来可能出现的冠状病毒疫情。本文对广谱冠状病毒疫苗和抗冠状病毒多肽的研究进展进行综述,期望为研发此类疫苗和药物提供参考。

关键词：广谱冠状病毒 2019冠状病毒病疫苗药物

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两种抽提乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA方法的效果比较

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微生物与感染 2021年第5期16卷 313-321页

作者：胡孔颖金宇焘叶建宇宰文静王洋李雨檬陈捷亮复旦大学上海医学院基础医学院病原生物学系医学分子病毒学教育部/卫健委重点实验室上海200032

乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)作为一种嗜肝DNA病毒,在感染肝细胞后会在细胞核中形成病毒转录复制的模板和基因储存库——共价闭合环状DNA(covalently closed circular DNA,cccDNA),其持续存在是乙型肝炎慢性化和难以治愈的核心... 详细信息

乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)作为一种嗜肝DNA病毒,在感染肝细胞后会在细胞核中形成病毒转录复制的模板和基因储存库——共价闭合环状DNA(covalently closed circular DNA,cccDNA),其持续存在是乙型肝炎慢性化和难以治愈的核心,也是此研究领域内的重点。从细胞样品中稳定抽提获取cccDNA对于保证cccDNA检测的准确性至关重要。Hirt法是一种抽提真核细胞染色体外DNA的方法,被用于HBV cccDNA的抽提,但存在操作复杂和耗时长等问题。为简化操作,有研究对Hirt法进行改良,结合硅胶膜离心柱来抽提染色体外DNA,但尚不清楚该法用于HBV cccDNA抽提与传统Hirt法的效果差异。本研究基于HBV cccDNA细胞转染系统、HBV复制细胞系及感染系统,以DNA印迹(Southern blot)和定量聚合酶链式反应(quantitative polymerase chain reaction,qPCR)作为检测评价手段,平行比较了传统Hirt-酚/氯仿法与改良Hirt-过柱法抽提HBV cccDNA的效果。结果表明,两种方法具有相当的抽提效率和抽提特异性,而改良Hirt-过柱法耗时更短,提示在进行细胞HBV cccDNA抽提时可选择改良Hirt-过柱法以提高实验效率。

关键词：乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA 抽提方法 Hirt法硅胶膜离心柱

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冠状病毒的致病性及防控

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微生物与感染 2020年第1期15卷 3-6页

作者：闻玉梅复旦大学上海医学院基础医学院教育部、卫健委、医科院医学分子病毒学重点实验室上海200032

近50年来,新的冠状病毒不断出现,引起人类及动物的各种疾病。近期,在武汉肺炎患者中分离到新的冠状病毒。世界卫生组织(World Health Organization,WHO)认为,中国在短期内即初步鉴定出新病原,且采取了有效管控措施,显示了科学家的科技... 详细信息

近50年来,新的冠状病毒不断出现,引起人类及动物的各种疾病。近期,在武汉肺炎患者中分离到新的冠状病毒。世界卫生组织(World Health Organization,WHO)认为,中国在短期内即初步鉴定出新病原,且采取了有效管控措施,显示了科学家的科技实力及政府对突发新现传染病的处置能力。本文简要介绍了近年来新出现的冠状病毒并提出防控建议。

关键词：新冠状病毒肺炎防控

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传染病流行中的超级传播者

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微生物与感染 2020年第1期15卷 62-64页

作者：刘甜甜王勇翔王阳袁雯婕复旦大学上海医学院基础医学院教育部、卫健委、医科院医学分子病毒学重点实验室上海200032

超级传播者(super spreaders)是在短时期内感染10人以上的传染病患者,受感染的多为患者的家属、医务工作者或其他密切接触者。大多数传染病暴发流行中都存在超级传播者,他们能特别高效地将病原传染给其他未曾暴露的个体并使其建立感染... 详细信息

超级传播者(super spreaders)是在短时期内感染10人以上的传染病患者,受感染的多为患者的家属、医务工作者或其他密切接触者。大多数传染病暴发流行中都存在超级传播者,他们能特别高效地将病原传染给其他未曾暴露的个体并使其建立感染。因此,早期发现、及时诊断和严格管理超级传播者对于传染病的防控非常重要。本文就认识超级传播者的重要性、超级传播者的形成及对其的鉴定和干预作简要综述。

关键词：超级传播者传染病基本再生数

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应用全人源抗体Fab噬菌体展示文库技术筛选埃博拉病毒全人源广谱中和抗体

应用全人源抗体Fab噬菌体展示文库技术筛选埃博拉病毒全人源广谱...

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2016年中国微生物学会学术年会暨中国微生物学会第十一次全国会员代表大会

作者：李浩洋应天雷陆路姜世勃复旦大学基础医学院教育部/卫计委医学分子病毒学重点实验室上海200032

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丙型肝炎病毒高水平复制细胞株的构建及其机制初步研究

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微生物与感染 2020年第5期15卷 285-292页

作者：宋武慧易志刚复旦大学上海医学院基础医学院病原生物系教育部、卫健委、医科院医学分子病毒学重点实验室上海200032

旨在探讨丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)cured细胞株的易感机制。本研究将体外转录的HCV RNA电转入肝癌细胞系Huh 7细胞,建立HCV复制子细胞株,用γ-干扰素(interferon,IFN)处理复制子细胞株,获得HCV cured Huh 7A和Huh 7B细胞株... 详细信息

旨在探讨丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)cured细胞株的易感机制。本研究将体外转录的HCV RNA电转入肝癌细胞系Huh 7细胞,建立HCV复制子细胞株,用γ-干扰素(interferon,IFN)处理复制子细胞株,获得HCV cured Huh 7A和Huh 7B细胞株。用插入报告基因的HCV毒株Jc1-G感染上述细胞株,分别进行荧光素酶活性测定、蛋白质印迹法和荧光定量聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测以验证其易感性。收集Huh 7、Huh 7.5、Huh 7A和Huh 7B细胞并利用IFN-α处理,之后用蛋白质印迹法及荧光定量PCR进行检测,验证细胞株中IFN诱生信号通路中关键因子内源性表达及抗病毒活性ISGs的激活水平。结果显示,在Huh 7A和Huh 7B细胞中检测不到病毒RNA,与Huh 7细胞一致。病毒感染实验中,与Huh 7细胞相比,Huh 7A和Huh 7B细胞株中荧光素酶活性增高百倍,病毒蛋白表达和RNA水平亦显著上调,与Huh 7.5细胞株中的表达水平接近。IFN信号通路实验中,与Huh 7细胞相比,Huh 7A和Huh 7B细胞株中RIG-I/MDA5/MAVS内源性蛋白表达和mRNA水平无明显差异;IFN-α处理细胞后IFN刺激基因isg56,mx1,mx2,oax1,oax2,viperin,cxcl10,ifitm1和ifitm3激活水平亦无显著变化。结果提示,本研究制备的Huh 7A和Huh 7B细胞株可支持HCV高水平复制,将为研究病毒复制机制提供有力的支持。

关键词：丙型肝炎病毒丙型肝炎病毒cured细胞株 γ-干扰素干扰素刺激基因

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