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中华微生物学和免疫学杂志 2014年第10期34卷 798-802页

作者：王蕾马丽俐孙桂芹李蒙策力木格陈力复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室 200032 浙江中医药大学附属第一医院杭州340006

1987年在大肠杆菌K12的碱性磷酸酶（ iap）基因的3′侧翼区首先发现了一类具有短回文特质的DNA重复序列［1］。2002年，这类结构被正式命名为成簇恒间隔短回文重复序列（CRISPR），CRISPR关联蛋白也同时得以命名［2］。2005年，3个研究... 详细信息

1987年在大肠杆菌K12的碱性磷酸酶（ iap）基因的3′侧翼区首先发现了一类具有短回文特质的DNA重复序列［1］。2002年，这类结构被正式命名为成簇恒间隔短回文重复序列（CRISPR），CRISPR关联蛋白也同时得以命名［2］。2005年，3个研究课题组同时发现间隔序列可能源自于细菌染色体外的其他遗传物质，如噬菌体和接合质粒，并推论CRISPR／Cas系统可以抵制入侵的外源 DNA［3-5］。2007年，来源于侵染噬菌体的新的整合间隔序列得到实验验证；研究同时建立了新获得的间隔序列与细菌抵抗该噬菌体侵袭的直接关联关系，证明了CRISPR／Cas系统是抵抗噬菌体的获得性免疫系统［6］。 Marraffini和Sontheimer［7］证实CRISPR／Cas系统对于接合现象和质粒转化的干扰作用。最近基于CRISPR／Cas作用机制的研究，发现了其在细菌毒力、致病性以及如何逃避宿主免疫系统等方面的相关作用［8］。

关键词： Cas系统回文序列蛋白系统成簇 DNA重复序列大肠杆菌K12 Ⅱ型细菌染色

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耐多药结核病快速诊断试剂盒检测耐药结核分枝杆菌的评价

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中华结核和呼吸杂志 2010年第1期33卷 43-45页

作者：桂晓虹徐鹏赵明王莉莉武洁李静高谦梅建上海市疾病预防控制中心结核病防治科 200336 南京农业大学复旦大学上海医学院教育部和卫生部医学分子病毒学重点实验室

目的评价用耐多药结核病快速诊断（GenoType MTBDRplus）试剂盒检测耐利福平、异烟肼MTB的效果。方法选取75株MTB临床分离株，采用耐多药结核病快速诊断试剂盒检测其中的耐药MTB，评价其敏感度和特异度及可重复性，并与常规的药物敏感... 详细信息

目的评价用耐多药结核病快速诊断（GenoType MTBDRplus）试剂盒检测耐利福平、异烟肼MTB的效果。方法选取75株MTB临床分离株，采用耐多药结核病快速诊断试剂盒检测其中的耐药MTB，评价其敏感度和特异度及可重复性，并与常规的药物敏感性试验方法相比较。结果耐多药结核病快速诊断试剂盒对上海地区的MTB临床分离株中耐利福平和耐异烟肼菌株的敏感度分别为98．0％和86．5％，对敏感菌株的特异度为100％。而在重复性试验中，耐多药结核病快速诊断试剂盒多次结果完全一致，重复性达到100％。结论耐多药结核病快速诊断作为快速检测耐药MTB的试剂盒，对耐利福平和耐异烟肼菌株具有较高的敏感度和特异度，在上海地区有较好的应用前景。

关键词：试剂盒,诊断分枝杆菌,结核利福平异烟肼

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trap基因表达在表皮葡萄球菌生物膜形成及附属基因调节(agr)系统活化中的作用

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复旦学报（医学版） 2006年第5期33卷 580-586页

作者：朱于莉杨晓梅李娜江娟陈洁敏秦智强李敏吕元魏武瞿涤复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200032 复旦大学蛋白质组学研究中心上海200032 复旦大学附属华山医院检验医学中心上海200040 上海生物信息技术研究中心上海200235

目的研究表皮葡萄球菌trap基因表达与生物膜形成的相关性及其对agr系统的活化作用。方法采用微量板半定量法检测表皮葡萄球菌生物膜表型,二维电泳和高灵敏度的基质辅助激光解吸附飞行时间质谱分析比较表皮葡萄球菌标准株蛋白质表达谱,... 详细信息

目的研究表皮葡萄球菌trap基因表达与生物膜形成的相关性及其对agr系统的活化作用。方法采用微量板半定量法检测表皮葡萄球菌生物膜表型,二维电泳和高灵敏度的基质辅助激光解吸附飞行时间质谱分析比较表皮葡萄球菌标准株蛋白质表达谱,实时定量逆转录PCR检测trap基因和RNAⅢ的转录水平,CLUSTAL X对表皮葡萄球菌trap基因与金黄色葡萄球菌序列进行分析,Mega软件构建进化树。结果比较分析形成生物膜的表皮葡萄球菌ATCC 35984株与不形成生物膜的ATCC 12228株生长中期的蛋白质组,发现ATCC 35984株的TRAP蛋白量明显高于ATCC 12228株。转录水平的检测显示ATCC 12228株和生物膜阳性临床SE1457、SE671株的trap基因均低转录,但RNAⅢ的转录水平未降低。SE1457株agr系统突变后,RNAⅢ的转录明显降低,trap基因的转录无变化。RNAⅢ的转录随细菌生长变化而增加,trap基因转录保持不变。trap序列分析显示其在表皮葡萄球菌与金黄色葡萄球菌中较为保守,但存在明显的进化距离。结论在本论文所研究的表皮葡萄球菌菌株中,trap基因的转录和翻译与细菌生物膜的形成不存在直接的调控相关性;并提示TRAP蛋白不是表皮葡萄球菌agr系统活化所必需的细菌产物;表皮葡萄球菌trap基因序列与金黄色葡萄球菌之间存在差异,可能与其功能差异相关。

关键词：表皮葡萄球菌 trap基因附属基因调节系统 RNAⅢ 生物膜

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质粒介导16S rRNA甲基化酶肺炎克雷伯菌临床分离株的检测及分子流行病学研究

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中华检验医学杂志 2009年第3期32卷 268-273页

作者：余方友陈婵杜卫良李国安张雪青陈增强陈坚王良兴朱涛瞿涤温州医学院附属第一医院检验科 325000 温州医学院附属第一医院呼吸科 325000 复旦大学上海医学院教育部卫生部医学分子病毒学重点实验室

目的调查16SrRNA甲基化酶在肺炎克雷伯菌临床分离株中的流行情况。方法收集我院2006年1月至2007年9月从临床标本中分离的肺炎克雷伯菌337株，所有菌株均为非重复株。菌种鉴定采用全自动微生物分析仪，庆大霉素、阿米卡星和妥布霉素的药... 详细信息

目的调查16SrRNA甲基化酶在肺炎克雷伯菌临床分离株中的流行情况。方法收集我院2006年1月至2007年9月从临床标本中分离的肺炎克雷伯菌337株，所有菌株均为非重复株。菌种鉴定采用全自动微生物分析仪，庆大霉素、阿米卡星和妥布霉素的药敏试验采用琼脂稀释法。超广谱B内酰胺酶（ESBLs）检测采用美国临床和实验室标准协会（CLSI）规定的纸片确证法。使用PCR检测16SrRNA甲基化酶基因、整合酶基因和ESBL基因。接合试验检测质粒的可转移性；脉冲场电泳分析菌株的同源性。结果337株肺炎克雷伯菌对庆大霉素、妥布霉素和阿米卡星的耐药率分别为19．0％（64／337）、8．3％（28／337）和16．3％（55／337）。21株16SrRNA甲基化酶基因阳性，阳性率为6．2％（21／337），其中13株rmtB阳性、3株armA阳性、5株rmtB和armA同时阳性。所有16SrRNA甲基化酶基因阳性株对庆大霉素、妥布霉素和阿米卡星同时耐药且都为高度耐药（MICs≥256彬L），21株甲基化酶基因阳性株有19株产ESBLs，ESBL基因主要为CTX-M-14-like、CTX-M-15-like和SHV．12-like。21株均为Ⅰ类整合酶基因阳性。13株通过接合试验把质粒传递给受体菌***53。所有接合子Ⅰ类整合酶基因阳性、blaTEM-1基因阳性、产ESBLs及对庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星和复方磺胺甲略唑耐药，对其他抗菌药物敏感。接合子ESBL基因型与供菌一致。21株16SrRNA甲基化酶基因阳性株经脉冲场凝胶电泳（PFGE）分成14个基因型，主要为A型和I型。结论armA和rmtB型16SrRNA甲基化酶基因已经在肺炎克雷伯菌中播散，既可通过克隆株播散也可通过接合性质粒在不同菌株间播散。

关键词：克雷伯菌,肺炎 RNA,核糖体,16S 甲基转移酶类质粒

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表皮葡萄球菌双组分信号转导系统saeRS对相关蛋白调控的研究

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西安交通大学学报（医学版） 2012年第6期33卷 680-684页

作者：娄强王艳歌瞿涤河南大学医学院细胞与分子免疫学实验室河南开封475004 河南大学医学院细胞生物学教研室河南开封475004 复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200032

目的利用双向电泳技术对表皮葡萄球菌菌体蛋白进行蛋白质组学分析,寻找双组分信号转导系统saeRS的调控网络。方法对表皮葡萄球菌1457双组分信号转导系统saeRS删除株与野生株菌体蛋白进行双向电泳差异比较;电泳图谱采用Image Master 2DPl... 详细信息

目的利用双向电泳技术对表皮葡萄球菌菌体蛋白进行蛋白质组学分析,寻找双组分信号转导系统saeRS的调控网络。方法对表皮葡萄球菌1457双组分信号转导系统saeRS删除株与野生株菌体蛋白进行双向电泳差异比较;电泳图谱采用Image Master 2DPlatinum软件分析;免疫印迹法验证saeRS调控的差异蛋白。结果在表皮葡萄球菌1457双组分信号转导系统saeRS删除株与野生株蛋白质图谱中共发现23个差异表达的蛋白点(10个下调,13个上调)。结论蛋白质双向电泳技术可以成功应用于分析表皮葡萄球菌双组分信号转导系统saeRS的调控网络;此图谱为进一步研究saeRS在表皮葡萄球菌中的调控机制奠定了基础。

关键词：表皮葡萄球菌双组分信号转导系统 saeRS 蛋白质组双向电泳

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葡萄糖对表皮葡萄球菌生物被膜形成的影响及调节机制的研究

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微生物学报 2005年第3期45卷 431-436页

作者：靳嘉巍张力查锡良李华林瞿涤复旦大学上海医学院生物化学与分子生物学系卫生部糖复合物重点实验室上海200032 复旦大学上海医学院生物化学与分子生物学系卫生部糖复合物重点实验室室上海200032 复旦大学上海医学院生物化学与分子生物学系教育部医学分子病毒学重点实验室上海200032

生物被膜(Biofilm)是条件致病菌表皮葡萄球菌(Staphylococcusepidermidis)的主要致病因素,生物被膜的形成依赖多糖PIA合成,合成PIA的糖基转移酶由icaADBC基因编码。以生物被膜形成能力不同的菌株为对象,通过研究不同环境对生物被膜形成... 详细信息

生物被膜(Biofilm)是条件致病菌表皮葡萄球菌(Staphylococcusepidermidis)的主要致病因素,生物被膜的形成依赖多糖PIA合成,合成PIA的糖基转移酶由icaADBC基因编码。以生物被膜形成能力不同的菌株为对象,通过研究不同环境对生物被膜形成、细菌总糖量及相关基因表达的变化,探索外界环境对生物被膜形成的影响及葡萄糖对生物被膜诱导的分子机制。有利于生物被膜形成培养条件促进生物被膜形成及多糖的表达,葡萄糖能诱导ica基因的表达和生物被膜形成,ica基因的反义寡核苷酸(ODN)能对抗葡萄糖的作用;葡萄糖作用下不同生长周期生物被膜形成相关基因ica、icaR、AtlE表达不同。表皮葡萄球菌生物被膜的形成与细菌糖代谢有关,葡萄糖通过上调ica表达诱导生物膜形成,但不需要ica基因的持续表达;

关键词：表皮葡萄球菌生物被膜多聚β-1 6-2脱氧-2-氨基-D-吡喃葡萄糖(PLA) 反义寡核苷酸(ODN) ica AtlE

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从DNA疫苗到耐受疫苗:全新的适应症和抑炎前景

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生命的化学 2014年第1期34卷 23-28页

作者：耿爽钟一维王宾复旦大学上海医学院教育部和卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200032

DNA疫苗技术从1990年代发现到至今,已经创造成功了4个临床兽用疫苗或产品,并仍然有数十个产品正在临床验证的不同阶段。通过不断提高DNA质粒进入体细胞的效率,DNA疫苗将具有更强的免疫应答效率,从而使得DNA疫苗走向更多和更广泛的临床... 详细信息

DNA疫苗技术从1990年代发现到至今,已经创造成功了4个临床兽用疫苗或产品,并仍然有数十个产品正在临床验证的不同阶段。通过不断提高DNA质粒进入体细胞的效率,DNA疫苗将具有更强的免疫应答效率,从而使得DNA疫苗走向更多和更广泛的临床应用。DNA疫苗不仅可以增强机体免疫系统的应答反应,利用其与蛋白质疫苗共免疫的方式也可以产生特异性的免疫耐受反应用于抑制免疫反应。基于DNA疫苗的诱导免疫耐受的疫苗技术开辟了全新的过敏性疾病和自主免疫疾病的干预领域,具有重要的临床潜力和应用前景。

关键词： DNA疫苗耐受疫苗共免疫佐剂过敏性疾病自主免疫疾病

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作用于HIV-1gp120小分子HIV进入抑制剂NC-2的虚拟筛选及其作用机制

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南方医科大学学报 2013年第6期33卷 826-831页

作者：段恒王玉芹宋德寿陈之朋裘佳寅陆路姜世勃刘叔文谭穗懿南方医科大学药学院广东广州510515 华南农业大学资源环境学院广东广州510640 复旦大学上海医学院分子病毒学教育部/卫生部重点实验室上海200032

目的基于中和抗体VRC01与HIV-1 gp120的结合模式,利用计算机虚拟筛选,从IBS天然产物数据库中筛选靶向HIV-1gp120的小分子HIV-1进入抑制剂,并对其抗病毒活性和机制进行研究。方法运用MM-PBSA方法计算候选化合物与HIV-1gp120结合后自由能... 详细信息

目的基于中和抗体VRC01与HIV-1 gp120的结合模式,利用计算机虚拟筛选,从IBS天然产物数据库中筛选靶向HIV-1gp120的小分子HIV-1进入抑制剂,并对其抗病毒活性和机制进行研究。方法运用MM-PBSA方法计算候选化合物与HIV-1gp120结合后自由能的变化;利用HIV-1假病毒、活病毒技术及细胞融合实验,检测化合物抑制HIV-1感染的活性;XTT比色法检测化合物对细胞的毒性;采用酶联免疫吸附测定法(ELISA)研究化合物体外抗病毒活性的机理。结果利用计算机从40 000个化合物中虚拟筛选出19个与gp120结合后自由能降低较大的小分子化合物,其中NC-2具有抑制HIV-1感染和细胞融合的活性,其抑制HIV-1实验株IIIB的IC50是1.95±0.44μmol/L,抑制HIV-1JRFL假病毒的IC50是10.58±0.13μmol/L。酶联免疫吸附法结果表明NC-2体外能抑制HIV-1 gp120与CD4的结合,但不抑制HIV-1 gp41六螺旋的形成。结论该计算机虚拟筛选的方法可为开发作用于HIV-1 gp120的小分子进入抑制剂提供参考。同时,通过计算机辅助设计加病毒活性筛选的方法,得到一个新颖结构的HIV进入抑制剂NC-2。

关键词： HIV-1进入抑制剂 gp120 VRC01 计算机辅助设计药物筛选

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质粒介导16SrRNA甲基化酶在奇异变形杆菌临床分离株的流行情况研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2009年第9期29卷 813-815页

作者：杜卫良余方友陈坚张雪青姚丹朱涛瞿涤王良兴温州医学院附属第一医院呼吸科 325000 复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室温州医学院附属第一医院检验科 325000

到目前为止，在革兰阴性杆菌中已发现ArmA、RmtA、RmtB、RmtC、RmtD和NpmA6种16SrRNA甲基化酶，且编码这些酶的基因通常和超广谱β-内酰胺酶（ESBL）基因共处一个质粒上，通过质粒在不同的菌株之间播散。

关键词： 16SrRNA 甲基化酶质粒介导奇异变形杆菌临床分离株流行情况超广谱β-内酰胺酶革兰阴性杆菌

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利用基因分析仪鉴定结核分枝杆菌可变数目串联重复基因型

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中华检验医学杂志 2009年第9期32卷 1047-1050页

作者：徐鹏方仁东赵明武洁李静姚火春梅建高谦南京农业大学 210095 上海市疾病预防控制中心复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室

结核分枝杆菌可变数目串联重复（variable-number tandem repeats，VNTR）或散在分布重复单位（mycobacterial interspersed repetitive units typing，MIRU）基因型分型法是利用结核分枝杆菌基因组中特定位点上VNTR进行基因型分型的方... 详细信息

结核分枝杆菌可变数目串联重复（variable-number tandem repeats，VNTR）或散在分布重复单位（mycobacterial interspersed repetitive units typing，MIRU）基因型分型法是利用结核分枝杆菌基因组中特定位点上VNTR进行基因型分型的方法，通过不同位点和数目的组合其分辨率可以达到或接近于“金标准”IS 611 限制性片段长度多态性（IS6110 restriction fragment length polymorphism, IS 6110-RFLP）分型法。

关键词：结核分枝杆菌基因型分型可变数目串联限制性片段长度多态性分析仪鉴定 “金标准” VNTR

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