检索结果-内蒙古大学图书馆

微生物与感染 2010年第2期5卷 100-105页

作者：张俊琪瞿涤复旦大学上海医学院病原生物系上海200032 复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200032

肠杆菌科丝氨酸蛋白酶自动转运家族(SPATE)蛋白是指致病性肠道杆菌通过自动转运方式产生的一类毒性蛋白。此类蛋白的氨基酸同源性可达35%～55%,均由3个部分组成:N端信号肽序列,协助分泌性毒性蛋白穿越细菌内膜;中部载乘区域,是发挥各种... 详细信息

肠杆菌科丝氨酸蛋白酶自动转运家族(SPATE)蛋白是指致病性肠道杆菌通过自动转运方式产生的一类毒性蛋白。此类蛋白的氨基酸同源性可达35%～55%,均由3个部分组成:N端信号肽序列,协助分泌性毒性蛋白穿越细菌内膜;中部载乘区域,是发挥各种生物学功能的主要结构域;C端转运单位,促使载乘结构域自细菌周浆间隙向胞外分泌。α螺旋的铰链区连接载乘区域和C端转运单位,其中14个氨基酸残基的组成序列EVNNLNKRMGDLRD非常保守,是蛋白酶水解位点,也是整个蛋白中最长的保守氨基酸序列,在SPATE蛋白的分泌和成熟过程中起着十分重要的作用,其改变往往会引起该蛋白家族不能正常分泌和成熟。目前,有研究将其作为药物作用的新靶点。

关键词：肠杆菌科丝氨酸蛋白酶自动转运家族结构转运分泌功能

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HBV感染与天然免疫

HBV感染与天然免疫

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第二届全国病毒感染与器官功能衰竭学术会议

作者：袁正宏复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室

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非霍奇金淋巴瘤患者脑膜脓毒黄杆菌肺部感染1例

非霍奇金淋巴瘤患者脑膜脓毒黄杆菌肺部感染1例

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2012全国临床微生物与感染免疫学术研讨会

作者：孙桂芹李蒙王蕾陈力复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室

目的阐述脑膜脓毒黄杆菌对免疫功能低下患者的1例肺部感染,以期临床能够重视该菌的分离、鉴定,在治疗时应根据药敏结果,合理选用抗生素。方法以一个非霍奇金淋巴瘤患者的肺部感染脑膜脓毒黄杆菌的病例分析为出发点,讨论脑膜脓毒黄杆菌... 详细信息

目的阐述脑膜脓毒黄杆菌对免疫功能低下患者的1例肺部感染,以期临床能够重视该菌的分离、鉴定,在治疗时应根据药敏结果,合理选用抗生素。方法以一个非霍奇金淋巴瘤患者的肺部感染脑膜脓毒黄杆菌的病例分析为出发点,讨论脑膜脓毒黄杆菌临床分离率增加、治疗困难的现状。结果脑膜脓毒黄杆菌感染因其多重耐药给临床治疗带来困难,使得该菌感染的死亡率升高,不合理使用抗生素和免疫抑制剂的使用给脑膜脓毒黄杆菌感染创造了条件,静脉导管、气管插管、呼吸机的广泛应用增加了脑膜脓毒黄杆菌接触感染的机率。结论脑膜脓毒性黄杆菌广泛存在,并引起人不同部位的感染,尤其随着广谱抗生素的广泛应用及导管在治疗时应根据药敏结果,合理选用抗生素。临床医务工作者应对脑膜炎脓毒黄杆菌有较全面的、新的认识,重视该菌的分离、鉴定及药敏实验,从而采取合理措施,控制该菌的感染,提高治疗效果。

关键词：脑膜脓毒黄杆菌非霍奇金淋巴瘤感染多重耐药

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汉坦病毒S片段标准品构建及在荧光定量PCR检测中的应用

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环境与职业医学 2007年第2期24卷 147-149页

作者：周欣李燕婷瞿涤复旦大学上海医学院生物医学研究院&病原微生物研究所医学分子病毒学教育部和卫生部重点实验室上海200032 上海市疾病预防控制中心上海200336

[目的]构建汉坦病毒S片段标准品,并建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量PCR方法检测汉坦病毒核酸。[方法]对76-118株的S片段基因进行序列分析,利用引物设计软件设计出一对引物和一条荧光探针,逆转录为cDNA,经PCR扩增,产物纯化后... 详细信息

[目的]构建汉坦病毒S片段标准品,并建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量PCR方法检测汉坦病毒核酸。[方法]对76-118株的S片段基因进行序列分析,利用引物设计软件设计出一对引物和一条荧光探针,逆转录为cDNA,经PCR扩增,产物纯化后与PMD 18-T Vector连接,转化到大肠杆菌DH5a,筛选得到标准品的质粒,提取质粒并进行定量。在S片段的保守区设计引物和TaqMan探针,对real-time PCR条件进行优化,并提取急性期发病病人总RNA,逆转录为cDNA,与标准品同时检测。[结果]该方法制备的质粒标准品应用于汉坦病毒早期检测,能对检测样品进行质量控制;应用荧光定量PCR检测急性期病人病毒含量,具有高特异性和灵敏度,从病毒核酸提取至检测完成仅需3h左右,重复性好,并能对病毒准确定量。[结论]汉坦病毒荧光定量标准品和TaqMan荧光定量PCR方法特异、敏感、快速,适用于汉坦病毒的早期检测;汉坦病毒S片段编码的核衣壳蛋白(NP)是流行性出血热早期诊断的理想抗原。

关键词：荧光定量PcR 标准品 TaqMan针 S片段汉坦病毒

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脑膜脓毒黄杆菌的全基因组de novo测序及生物信息学分析

脑膜脓毒黄杆菌的全基因组de novo测序及生物信息学分析

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中华医学会第十次全国临床微生物学术年会暨第九届全球华人临床微生物与感染症学术论坛暨2013年浙江省医学微生物与免疫学及医学病毒学学术年会

作者：孙桂芹李蒙王蕾陈力复旦大学上海医学院医学分子病毒学教育部/卫生部重点实验室

目的:脑膜脓毒黄杆菌(Elizabethkingiameningosepticum)又称脑膜炎败血伊丽莎白杆菌,引起人不同部位的感染,其多重耐药性给临床治疗带来严峻挑战。针对脑膜脓毒黄杆菌的研究主要是病例报道和耐药性分析,对该菌致病机制、毒力因子等方面... 详细信息

目的:脑膜脓毒黄杆菌(Elizabethkingiameningosepticum)又称脑膜炎败血伊丽莎白杆菌,引起人不同部位的感染,其多重耐药性给临床治疗带来严峻挑战。针对脑膜脓毒黄杆菌的研究主要是病例报道和耐药性分析,对该菌致病机制、毒力因子等方面缺乏研究,高通量测序技术的发展,不同微生物物种的基因组测序陆续完成,而脑膜脓毒黄杆菌的全基因组仍未完成,本研究对临床分离的1株引起呼吸道感染的脑膜脓毒黄杆菌进行全基因组从头测序(denovo测序),并进行生物信息学分析,为该菌的致病机制、耐药机制等研究奠定基础。方法:利用IlluminaHiseq2000测序平台,200倍的测序深度,用SOAPdenov(oV1.05)短序列组装软件进行组装,再用PCR补洞和验证。用Glimmer3.0软件进行基因预测,将基因的序列与KEGG、COG、GO等数据库进行比对,得到对应的功能注释信息。结果:经过denovo测序得到1条contig的序列,基因组大小为3,938,967bp,G+C含量35.63%,基因预测3,625个ORFs占基因组长度的88.39%,tRNA和rRNA分别占基因组长度的0.1016%和0.5566%。对耐药基因初步分析,发现有11个与β-内酰胺类抗生素耐药相关的候选基因。CRISPRFinder软件分析发现该菌基因组有一个与细菌的免疫相关CRISPR/Cas系统(clusteredregularlyinterspacedshortpalindromicrepeats/CRISPR-associated)。结论:脑膜脓毒黄杆菌为条件致病菌,对健康人难以致病,易被临床重视,然而抗生素的广泛使用、免疫抑制剂使用量的增加及气管插管等,给脑膜脓毒黄杆菌感染创造了条件。本研究通过denovo测序国际上首次得到了脑膜脓毒黄杆菌全基因组信息的完成图,并进行了生物信息学分析,该序列信息已提交GeneBank数据库,为脑膜脓毒黄杆菌的致病机制、耐药机制等基础研究提供信息。

关键词：全基因组黄杆菌 de novo 生物信息学分析

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葡萄球菌基因组研究及其启示

葡萄球菌基因组研究及其启示

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中华医学会第八次全国感染病暨首届SARS专题学术会议

作者：闻玉梅复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室

基因组研究是指对研究对象的全部染色体或DNA染色体外遗传物质的核苷核进行测序,并作其功能预测或分析.葡萄球菌属中共有20余种,其中金葡菌引起的皮肤感染,全身性感染及毒素致病与表葡因生物膜引起的机会性感染最为常见.金葡被列为致病... 详细信息

基因组研究是指对研究对象的全部染色体或DNA染色体外遗传物质的核苷核进行测序,并作其功能预测或分析.葡萄球菌属中共有20余种,其中金葡菌引起的皮肤感染,全身性感染及毒素致病与表葡因生物膜引起的机会性感染最为常见.金葡被列为致病菌,而表葡则被列为条件致病菌.表葡菌中TIGR已对生物膜形成菌株RP62A进行了测序和分析,但尚未作报道.该室对不形成生物膜的表葡ATCC 12228株完成了基因组测序,分析.

关键词：葡萄球菌基因组测序致病基因组

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上海松江2006-2011年新登记肺结核时空分布规律及影响因素

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中华疾病控制杂志 2014年第8期18卷 709-714页

作者：路丽苹洪建军高谦王伟炳上海市松江区疾病预防控制中心结核病防制科上海201620 复旦大学公共卫生学院流行病学教研室上海200032 复旦大学上海医学院教育部卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200032

目的了解上海市松江区2006-2011年新登记肺结核(tuberculosis,TB)的时空分布规律及其影响因素。方法收集2006-2011年TB相关信息,应用时空扫描统计量探测TB的时空聚集区,应用Logistic回归模型分析影响TB聚集区形成的危险因素。结果松江区... 详细信息

目的了解上海市松江区2006-2011年新登记肺结核(tuberculosis,TB)的时空分布规律及其影响因素。方法收集2006-2011年TB相关信息,应用时空扫描统计量探测TB的时空聚集区,应用Logistic回归模型分析影响TB聚集区形成的危险因素。结果松江区2006-2011年新登记2 916例TB,单纯空间扫描统计显示全部TB及全部菌阳TB均在车墩镇聚集,本地TB及本地菌阳TB的空间聚集区为西南部的五个镇(新浜、石湖荡、小昆山、泖港和永丰),流动TB的聚集区为车墩镇,流动菌阳TB的聚集区为车墩镇、叶榭镇和泖港镇。时空扫描统计量显示松江区肺结核病例在2007-2008年出现聚集现象,聚集区域为工业区所在地的车墩镇和新桥镇。对于本地患者,农民职业者及就诊延误与空间聚集区呈独立相关;流动患者中,职业为蓝领工人、年龄小于60岁及来源于中国中西部地区是形成空间聚集区的危险因素。结论松江区TB的分布具有一定的时空聚集性。东部工业区是流动TB的聚集区域,西南五镇是本地TB的聚集区域,TB防控的工作重点应聚焦于这些区域;流动人口是TB聚集的重要因素,应重点关注。

关键词：结核,肺危险因素流行病学

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细菌鞭毛蛋白免疫调节作用及机制的研究进展

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中华微生物学和免疫学杂志 2021年第5期41卷 395-399页

作者：肖振明赵超邬永琳徐俊复旦大学上海医学院基础医学院教育部/卫生健康委员会/医科院医学分子病毒学重点实验室 200032 复旦大学附属华山医院国家老年疾病临床医学研究中心上海200040 上海交通大学附属第六人民医院骨科 200233

鞭毛是位于某些细菌菌体表面细长呈波状弯曲的具有运动功能的蛋白质附属丝状物,不仅在细菌的运动与致病能力中起到重要作用,而且参与宿主多种免疫调节。鞭毛蛋白(flagellin)是形成鞭毛细丝主要部分的结构蛋白,可以被宿主细胞的Toll样受... 详细信息

鞭毛是位于某些细菌菌体表面细长呈波状弯曲的具有运动功能的蛋白质附属丝状物,不仅在细菌的运动与致病能力中起到重要作用,而且参与宿主多种免疫调节。鞭毛蛋白(flagellin)是形成鞭毛细丝主要部分的结构蛋白,可以被宿主细胞的Toll样受体5(TLR5)等受体识别,诱导机体免疫应答。目前,鞭毛蛋白因其免疫激活作用被广泛应用于新型免疫佐剂的研究,而其炎症抑制作用也在对抗免疫病理损伤方面具有良好前景。本文将对鞭毛蛋白的基本结构功能、宿主识别机制及其对宿主免疫系统起到的调节作用的研究进展作一概述。

关键词：细菌鞭毛蛋白 TLR5 免疫调节炎性抑制

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深圳市耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析

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中国防痨杂志 2020年第6期42卷 583-589页

作者：洪创跃杨婷婷李金莉李霜君吴利凯杨争谭卫国深圳市慢性病防治中心实验室研究所和结核病防治科 518020 复旦大学上海医学院基础医学院教育部、卫生健康委员会、医科院医学分子病毒学重点实验室

目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株... 详细信息

目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH,81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP,59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm,66.0%(198/300)]、embB-306-M/V[EMB,35.5%(94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA,8.9%(11/123)]、gyrA-90-A/V[Ofx,31.5%(39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1%(25/52)]、rrs-1401-A/G[Cm,100.0%(27/27)]、rrs-1401-A/G[Km,84.4%(27/32)]、inhA-15-C/T[Eto,84.2%(48/57)]、thyA-75-H/N[PAS,31.3%(10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6%(378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型:37.0%(140/378)、L2.3型:61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4%(7/67)、10.4%(7/67)](χ~2值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3型[74.5%(172/231)](χ~2=10.764,P=0.000),而inhA-15-C/T(INH)、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R和inhA-15-C/T(Eto)在L2.3型菌株中的突变频率[分别为8.2%(19/231)、61.9%(143/231)、59.3%(137/231)、15.6%(36/231)]明显高于L2.2型[分别为2.9%(4/140)、49.3%(69/140)、37.9%(53/140)、3.6%(5/140);χ~2值分别为4.319、5.668、16.053、12.797,P值分别为0.038、0.017、0.000、0.000)]。结论深圳市MDR-MTB菌株中11种药品耐药基因主要突变类型分别为katG-315-S/T、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R、embB-306-M/V、pncA启动子-11-T/C、gyrA-90-A/V、rrs-1401-A/G、inhA-15-C/T、thyA-75-H/N;基因型为L1、L2和L4型,以L2.2型、L2.3型和L4型为主。

关键词：结核,抗多种药物性基因组,细菌高通量核苷酸测序基因型寡核苷酸序列分析深圳

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影响表皮葡萄球菌icaA+/BF-临床株生物膜形成因素的研究

影响表皮葡萄球菌icaA+/BF-临床株生物膜形成因素的研究

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中华医学会2010’全国临床微生物及感染免疫学术研讨会

作者：刘敬然江娟胡健朱涛娄强吴吻瞿涤复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室 200032

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