乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)是一个很"成功"的病毒,可通过诱导免疫耐受在人群中世代相传。HBV基因组小而紧凑,不但基因之间重叠,而且编码区与非编码区重叠。如此复杂的基因组如何进化而来尚不清楚,但相关病毒或病毒...
详细信息
乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)是一个很"成功"的病毒,可通过诱导免疫耐受在人群中世代相传。HBV基因组小而紧凑,不但基因之间重叠,而且编码区与非编码区重叠。如此复杂的基因组如何进化而来尚不清楚,但相关病毒或病毒化石已在鸟类、两栖类、鳄鱼、蛇、乌龟及哺乳类中发现,提示此类病毒存在的历史悠久。全球的HBV根据序列差异可分成8种基因型。HBV慢性感染进程中,机体从免疫耐受期过渡到免疫清除期,导致野生型病毒被突变株替代。首先,介绍HBV的生命周期;然后,概述病毒的基因型与突变株在慢性感染的建立以及暴发性肝炎与肝癌的发生中所起的作用;最后,通过与相关动物病毒的比较,探讨HBV可能的进化历程。
乙型肝炎病毒X蛋白(hepatitis B virus X protein,HBx)全长154个氨基酸,与肝癌发生密切相关。为确定HBx的优势氨基酸序列和热点突变位点,在GenBank中下载所有HBx的氨基酸序列13 950条,剔除插入突变、缺失突变和起始密码子非甲硫氨酸的序...
详细信息
乙型肝炎病毒X蛋白(hepatitis B virus X protein,HBx)全长154个氨基酸,与肝癌发生密切相关。为确定HBx的优势氨基酸序列和热点突变位点,在GenBank中下载所有HBx的氨基酸序列13 950条,剔除插入突变、缺失突变和起始密码子非甲硫氨酸的序列,最后保留7 126条。通过分析这7 126条序列,计算出HBx每个位点的氨基酸分布情况,出现频率最高的氨基酸为该位点的优势氨基酸,其他氨基酸为突变氨基酸。154个位点的优势氨基酸组成HBx优势氨基酸序列。突变率>10.0%的热点突变位点有32个。其中第36、42、44、87、88和127位氨基酸有4种(突变率>1.0%)以上突变形式,具有较高的多态性。与肝癌密切相关的K130M/V131I双突变率为34.7%。通过7 126条HBx序列与优势序列的同源性比较,随机选出其中50条序列(2条与优势序列同源性<75%,48条同源性为76%~99%),与23条参考序列及优势序列共同构建系统发生树。结果显示,HBx优势氨基酸序列属于基因型C,这与基因型C为全球主要流行型一致。本研究首次系统性分析了GenBank中HBx的优势序列,确定了32个HBx热点突变位点和6个多态性较高的位点,为基于HBx突变的基础和应用研究奠定了基础。
乙型肝炎病毒X蛋白（hepatitis B virus X protein,HBx）全长154个氨基酸,与肝癌发生密切相关.为确定HBx的优势氨基酸序列和热点突变位点,在GenBank中下载所有HBx的氨基酸序列13950条,剔除插入突变、缺失突变和起始密码子非甲硫氨酸的序...
详细信息
乙型肝炎病毒X蛋白（hepatitis B virus X protein,HBx）全长154个氨基酸,与肝癌发生密切相关.为确定HBx的优势氨基酸序列和热点突变位点,在GenBank中下载所有HBx的氨基酸序列13950条,剔除插入突变、缺失突变和起始密码子非甲硫氨酸的序列,最后保留7126条.通过分析这7126条序列,计算出HBx每个位点的氨基酸分布情况,出现频率最高的氨基酸为该位点的优势氨基酸,其他氨基酸为突变氨基酸.154个位点的优势氨基酸组成HBx优势氨基酸序列.突变率〉10.0%的热点突变位点有32个.其中第36、42、44、87、88和127位氨基酸有4种（突变率〉1.0%）以上突变形式,具有较高的多态性.与肝癌密切相关的K130M/V131I双突变率为34.7%.通过7126条HBx序列与优势序列的同源性比较,随机选出其中50条序列（2条与优势序列同源性〈75%,48条同源性为76%~99%）,与23条参考序列及优势序列共同构建系统发生树.结果显示,HBx优势氨基酸序列属于基因型C,这与基因型C为全球主要流行型一致.本研究首次系统性分析了GenBank中HBx的优势序列,确定了32个HBx热点突变位点和6个多态性较高的位点,为基于HBx突变的基础和应用研究奠定了基础.
暂无评论