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中国人兽共患病学报 2024年第5期40卷 435-441页

作者：刘凌云毛盼陈晋妮李玲玲王艳宋敬东陈峥宏叶长芸贵州医科大学基础医学院微生物学教研室贵州省病原生物学特色重点实验室贵阳550025 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室北京102206 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室北京100052

目的从食品销售环境样本中分离李斯特菌噬菌体,并对分离获得的噬菌体进行电镜形态观察、宿主谱及生物学特征分析。方法采用双层琼脂平板法和点滴法,以分离的英诺克李斯特菌Lin08作为宿主菌,成功分离并鉴定出一株烈性噬菌体LMLPA5,使用... 详细信息

目的从食品销售环境样本中分离李斯特菌噬菌体,并对分离获得的噬菌体进行电镜形态观察、宿主谱及生物学特征分析。方法采用双层琼脂平板法和点滴法,以分离的英诺克李斯特菌Lin08作为宿主菌,成功分离并鉴定出一株烈性噬菌体LMLPA5,使用透射电镜观察噬菌体形态,并测定噬菌体的宿主谱、最佳感染复数(MOI)、一步生长曲线以及理化稳定性,同时探索噬菌体在4℃、-20℃及-80℃下的保存效果。结果分离获得的LMLPA5噬菌体属于肌尾噬菌体科,其形成的噬菌斑清晰透明,周围无晕环。该噬菌体为广谱的李斯特菌烈性噬菌体,能裂解多个李斯特菌种及单增李斯特菌多个血清型菌株。LMLPA5的最佳MOI为0.1,潜伏期为10 min,平均裂解量为95.2 PFU/cell。LMLPA5对高温较敏感,在70℃暴露1 h即完全失活,而在4℃~40℃作用32 h以上噬菌体仍能保持稳定。在pH为4~10 LMLPA5的活性不受影响,经紫外线照射60 min后噬菌体被完全灭活。LMLPA5对氯仿不敏感,为无囊膜型噬菌体。噬菌体在4℃及-80℃的保存效果较好,可稳定保存8个月以上。结论本研究获得的1株广谱李斯特菌肌尾噬菌体LMLPA5具有较强的裂解能力、抵抗力和稳定性,为进一步的应用提供了基础。

关键词：李斯特菌噬菌体裂性噬菌体生物学特性

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新型冠状病毒PLpro蛋白酶结构与功能的生物信息学分析

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病毒学报 2021年第1期37卷 43-51页

作者：杜倩倩张智慧廉政张庆媛薛向阳张丽芳蒋朋飞温州医科大学基础医学院微生物学与免疫学教研室分子病毒与免疫研究所温州325035 温州医科大学病毒研究院温州325035

2019年12月,由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在中国武汉暴发。SARS-CoV-2的基因组编码2种病毒蛋白酶,即木瓜样蛋白酶(Papain-like protease,PLpro)和3C样蛋白酶(3C-like protease)。其中PLpro是SARS-CoV-2复制酶复合体(RC)形成的重要调节蛋白分子,对于病毒基因组转录和复制至关重要。因此,将SARS-CoV-2 PLpro作为药物的靶点对COVID-19的治疗具有积极意义。本研究应用生物信息学工具分析新型冠状病毒的木瓜样蛋白酶的结构和功能,首先利用BLAST和BioEdit获取SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶(SC2-PLpro)及其同源蛋白的氨基酸序列,并利用BLAST和MEGA 6.0进行同源性分析。之后,利用ProParam和Proscale分别对SC2-PLpro蛋白酶的理化性质、亲水性和疏水性进行分析。然后,通过SOMPA、ScanProsite和InterPro分别预测SC2-PLpro蛋白酶的二级结构和功能区域,进一步利用SignalP 4.0和TMHMM对SC2-PLpro蛋白酶的信号肽和跨膜区进行分析。最后,通过SWISS-MODEL对SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶进行三级结构同源建模。结果显示,对SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶与已报道的PLpro蛋白酶进行多序列比对后,发现SARS-CoV-2 nsp3的746~1063段氨基酸与多种冠状病毒PLpro蛋白酶氨基酸序列高度相似。同时,同源性分析发现SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒的PLpro蛋白酶具有同源性,其中与QHR63299、AVP78030相似性最高。对SC2-PLpro进行理化性质预测结果显示,其由318个氨基酸所组成,为稳定亲水性蛋白。二级结构预测结果显示SC2-PLpro主要含有α-螺旋、延伸链、β-转角、无规卷曲,四种结构贯穿整条氨基酸链。进一步进行功能分析,发现其具有完整的催化三联体、锌结合域、泛素样N末端结构域,故推测该蛋白具有去泛素化的功能。然后,信号肽假说和跨膜结构域分析结果表明,SC2-PLpro既不是分泌蛋白,也不属于跨膜蛋白。本研究提示,生物信息学分析SC2-PLpro为稳定性亲水蛋白,属于非跨膜蛋白,比较保守,具有去泛素化的功能,利用此功能可以进一步规避宿主的固有免疫反应。通过制备PLpro蛋白酶小分子抑制剂,可能有助于治疗新型冠状病毒肺炎。

关键词：新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 木瓜样蛋白酶(PLpro蛋白酶) 结构功能生物信息学新型冠状病毒肺炎(COVID-19)

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CBL结合RBL的医学微生物学实验教学改革

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基础医学教育 2021年第8期23卷 556-558页

作者：李妍考文萍庄敏宋武琦哈尔滨医科大学基础医学院微生物学教研室哈尔滨150081

医学微生物学是实践性和应用性较强的医学基础课程,目前多数医学微生物学实验教学仍采用传统的讲授教学模式,导致学生在面对较复杂的临床病例时缺乏全面和整体的认知。在医学微生物学实验教学中引入以临床案例为基础的CBL和以研究为基础... 详细信息

医学微生物学是实践性和应用性较强的医学基础课程,目前多数医学微生物学实验教学仍采用传统的讲授教学模式,导致学生在面对较复杂的临床病例时缺乏全面和整体的认知。在医学微生物学实验教学中引入以临床案例为基础的CBL和以研究为基础的RBL教学模式,将传统的听讲学习转变为思考学习、交互学习和实践学习,有利于锻炼学生解决实际问题的临床思维和科学探究能力,同时激发学生对医学微生物学的学习热情。

关键词：医学微生物学实验教学 CBL RBL

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细菌超广谱β-内酰胺酶耐药基因多重实时荧光PCR检测体系的建立

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中国卫生标准管理 2021年第9期12卷 136-139页

作者：刘林付英梅哈尔滨医科大学基础医学院微生物教研室黑龙江哈尔滨150081

目的建立细菌超广谱β-内酰胺酶(extended spectrum beta-lactamases,ESBLs)耐药基因多重实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法,测定其检测的敏感性、特异性及灵敏度。方法选取70例经普通PCR和DNA测序明确其超广谱... 详细信息

目的建立细菌超广谱β-内酰胺酶(extended spectrum beta-lactamases,ESBLs)耐药基因多重实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法,测定其检测的敏感性、特异性及灵敏度。方法选取70例经普通PCR和DNA测序明确其超广谱β-内酰胺酶耐药基因类型的菌株,建立改良实时荧光PCR体系,确定细菌超广谱β-内酰胺酶耐药基因blaTEM、blaSHV、blaOXA-1、blaCTX-M-1和blaCTX-M-9熔解曲线的Tm值。分别以普通多重PCR和多重实时荧光PCR,检测受检菌株中blaTEM、blaSHV、blaOXA-1、blaCTX-M-1和blaCTX-M-9基因的存在情况,对比两组中不同基因检出的阳性率,计算敏感性和特异性。选定用于灵敏度检测的菌株,以活菌计数的方式稀释细菌菌液,分别进行普通多重PCR和多重实时荧光PCR扩增,以电泳出现目的条带为阳性判定标准,将目的条带即将消失的相应浓度作为检测方法的灵敏度。结果多重实时荧光PCR法中,blaTEM、blaSHV、blaOXA-1、blaCTX-M-1和blaCTX-M-9基因的熔解曲线Tm值分别是77.5℃、94.7℃、82.8℃、91.6℃、92.6℃;这五种基因联合检测时,能同时检测出blaSHV、blaCTX-M-1、blaCTX-M-9三种基因。多重实时荧光PCR对blaSHV、blaCTX-M-1、blaCTX-M-9基因检测的特异性和敏感性均为100%,灵敏度是102 cfu/μL。结论建立了用于检测超广谱β-内酰胺酶耐药基因的多重实时荧光PCR法,与普通多重PCR相比,具有较高的灵敏度。

关键词：多重实时荧光PCR 多重PCR ESBLs 耐药基因检测体系细菌

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自然科学课程思政元素教学案例资源开发探索

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科教导刊（电子版） 2023年第32期 118-120页

作者：阿布都哈巴尔·阿布都克日木古丽坚乃提·图尔荪托合提阿孜尔古丽·阿布都克日木和田师范专科学校理学院新疆和田 848000 和田师范专科学校语言学院新疆和田 848000 新疆医科大学基础医学院微生物学教研室新疆乌鲁木齐 830017

文章主要从包括文化修养与民族品格、道德素质与科学精神、环保观念与团队协作能力三个方面的思想政治要素,深入研究并研发了自然科学专业课程思想政治要素案例教学资源包.这个资源包采用了典型案例的形式,起到了演示和示例教学的作用,... 详细信息

文章主要从包括文化修养与民族品格、道德素质与科学精神、环保观念与团队协作能力三个方面的思想政治要素,深入研究并研发了自然科学专业课程思想政治要素案例教学资源包.这个资源包采用了典型案例的形式,起到了演示和示例教学的作用,为自然科学课程的思想政治教育提供了应用实例.

关键词：自然科学文化素养家国情怀科学精神环保意识团队合作精神

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人源TNF-α蛋白生物信息学分析及相关治疗思路研究

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现代医药卫生 2022年第12期38卷 1981-1985页

作者：蹇艾利申元英姜石松云南大理大学基础医学院微生物学及免疫学教研室云南大理671000 英国牛津大学肿瘤系英国牛津OX37DQ

目的应用生物信息学分析软件预测并分析人源肿瘤坏死因子-α(TNF-α)蛋白结构和功能,并结合该课题组前期实验结果提出一些新的治疗思路。方法利用在线Uniprot蛋白数据库、Expasy在线预测网站、SignalP-5.0、TMHMM Server V2.0、Cell-Plo... 详细信息

目的应用生物信息学分析软件预测并分析人源肿瘤坏死因子-α(TNF-α)蛋白结构和功能,并结合该课题组前期实验结果提出一些新的治疗思路。方法利用在线Uniprot蛋白数据库、Expasy在线预测网站、SignalP-5.0、TMHMM Server V2.0、Cell-Ploc、SOPMA、SWISS-MODEL、在线数据库Protscale等生物信息学预测软件对人源TNF-α蛋白理化性质、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、空间结构及疏水性分析;登录“http://***/services/netrhos/”网站对该蛋白磷酸化位点进行预测;选取String及IEDB等在线网站分析人源TNF-α的相互作用蛋白及该蛋白优势表位预测。结果人源TNF-α蛋白为编码233个氨基酸的蛋白质,相对分子质量为26×10^(3),为不太稳定的亲水性蛋白,有跨膜区,无信号肽;预测该蛋白亚细胞定位在细胞膜中,蛋白序列中存在15个丝氨酸磷酸化位点,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主;三级结构模型显示该蛋白可形成同源三聚体,有多种蛋白与之相互作用。结论生物信息学预测分析人源TNF-α含有多个磷酸化位点和B细胞优势表位,并且该表位与前期实验找到的功能性肽段序列相符,可为临床针对人源TNF-α设计多肽或药物提供新靶点。

关键词：肿瘤坏死因子-α 生物信息学分析治疗预测

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以ChatGPT为代表的人工智能技术在医学教育中的机遇与挑战

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医学教育研究与实践 2023年第4期31卷 402-405页

作者：王斌田士来王小成王瀚叶伟空军军医大学航空航天医学系航空航天临床医学中心陕西西安710032 兰州大学第一医院神经外科甘肃兰州730013 空军军医大学基础医学院病原微生物教研室陕西西安710032

近年来,人工智能技术发展迅速,已在医学领域得到广泛应用并收到良好效果,大大降低了医务工作者的劳动强度并提高了工作效率。最近,以ChatGPT为代表的人工智能技术的出现,展现出强大的信息处理能力,对多个领域的影响逐渐显现,这类技术在... 详细信息

近年来,人工智能技术发展迅速,已在医学领域得到广泛应用并收到良好效果,大大降低了医务工作者的劳动强度并提高了工作效率。最近,以ChatGPT为代表的人工智能技术的出现,展现出强大的信息处理能力,对多个领域的影响逐渐显现,这类技术在带来机遇的同时也给这些领域带来了新的挑战。在医学教育领域,ChatGPT为代表的人工智能技术的影响主要源于其信息搜集、分析、提取等方面的强大能力,这些能力可能在医学教育中发挥出积极作用,如快速提取所需信息、全面的信息搜集、拓展教学与研究思路等,但也可能对医学教育中的教师和学生带来一些教学和学习方式的挑战,如对教师地位、教学效果以及教师创新能力方面的挑战。

关键词： ChatGPT 人工智能医学教育机遇与挑战

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阿尔茨海默病发病机制相关基因生物信息学分析及实验验证

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中国组织工程研究 2023年第35期27卷 5653-5658页

作者：李欣儒柴世凡李蔚然蔡红艳叶育采李硕侯萌王昭君山西医科大学山西省太原市030000 山西医科大学生理学系细胞生理学教育部重点实验室山西省细胞生理学重点实验室山西省太原市030000 山西医科大学基础医学院微生物与免疫教研室山西省太原市030000 山西医科大学附属第二医院山西省太原市030001

背景:阿尔茨海默病的机制挖掘十分重要,通过生物信息学对阿尔茨海默病潜在治疗靶点的研究,可以为阿尔茨海默病治疗提供良好的指示作用。目的:使用生物信息学分析方法筛选与阿尔茨海默病发病机制相关的基因并在动物水平加以实验验证。方... 详细信息

背景:阿尔茨海默病的机制挖掘十分重要,通过生物信息学对阿尔茨海默病潜在治疗靶点的研究,可以为阿尔茨海默病治疗提供良好的指示作用。目的:使用生物信息学分析方法筛选与阿尔茨海默病发病机制相关的基因并在动物水平加以实验验证。方法:利用GEO在线数据库筛选差异基因;利用DAVID在线数据库进行GO/KEGG富集分析;使用STRING数据库进行蛋白互作网络的构建;使用HPA数据库判断目的蛋白在人体中的分布情况;最后使用免疫荧光技术和免疫印迹技术验证分析蛋白表达情况。结果与结论:①利用GEO在线数据库内数据集GSE48350获取阿尔茨海默病与健康人群的基因芯片,使用GEO2R在线分析平台分析两个人群的差异基因,其中上调基因42个,下调基因131个;②GO基因功能注释分析结果显示差异基因主要位于突触前、运输囊泡和胞外囊泡;介导神经递质释放和突触小泡功能等生物进程;参与磷脂结合、受体-配体活性和网格蛋白结合等分子功能的构成;③KEGG通路分析结果显示差异基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用、γ-氨基丁酸神经突触与逆行内源性大麻素信号等突触功能相关信号通路;④结合蛋白互作网络筛选出5个上调关键基因:CLU、GFAP、CD44、FOS、ANXA1;5个下调关键基因:GABRG2、SYT1、SYN2、KCNC1、SLC32A1;⑤实验证实在阿尔茨海默病小鼠模型的海马组织中GABRG2、KCNC1、SLC32A1表达显著下调;⑥结果提示上述3个基因可以作为治疗和诊断阿尔茨海默病的潜在基因,为阿尔茨海默病的治疗提供重要的线索,亦可以作为阿尔茨海默病与癫痫的共治疗靶点。

关键词： GEO数据库阿尔茨海默病癫痫生物信息学 GABRG2 KCNC1 SLC32A1

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鸭源性H6N6禽流感病毒对小鼠致病性研究

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广西医科大学学报 2021年第4期38卷 650-654页

作者：李程颐林裕贵钟伟娟高灵茜张增峰广西医科大学基础医学院微生物学教研室南宁530021

目的:探讨鸭源H6N6亚型禽流感病毒(AIV)是否能跨种间屏障感染哺乳动物小鼠及其基因特点。方法:首先将前期分离的3株鸭源性AIVH6N6,应用基因测序和分析法,比较病毒各基因片段的变化,然后将病毒接种BALB/c小鼠,观察病毒在小鼠复制、感染... 详细信息

目的:探讨鸭源H6N6亚型禽流感病毒(AIV)是否能跨种间屏障感染哺乳动物小鼠及其基因特点。方法:首先将前期分离的3株鸭源性AIVH6N6,应用基因测序和分析法,比较病毒各基因片段的变化,然后将病毒接种BALB/c小鼠,观察病毒在小鼠复制、感染、病理变化及其组织亲嗜性。结果:基因测序和分析显示,鸭源H6N6亚型AIV的血凝素(HA)裂解位点模式属低致病性病毒,其HA、神经氨酸酶(NA)、PB2等关键基因位点未出现突变,病毒与禽型受体SAα-2,3Gal特异性结合。病毒接种小鼠后,小鼠鼻甲、气管、肺组织出现炎症反应和病毒分离阳性。免疫组化检测病毒NP蛋白显示小鼠鼻甲、气管和支气管黏膜上皮细胞以及肺泡细胞阳性,其中A/DK/KM/1135/2019病毒株复制、感染能力较强。结论:鸭源性AIVH6N6可跨种间屏障传播给哺乳动物,提示有必要持续、密切监测水禽H6N6病毒的进化演变,以防其传播给人。

关键词：甲型流感病毒 H6N6亚型致病性基因特点小鼠

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维吾尔医学专业医学微生物学教学方法探讨

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特别健康 2021年第19期 85-86页

作者：张蓓孙玉萍陈锋新疆医科大学基础医学院微生物学教研室新疆乌鲁木齐 830000

本文针对维吾尔医学专业学生的特点和存在的问题,分别从激发学生学习主动性,改善教学方法,引进先进的教学手段等方面提高医学微生物学教学的效率和效果.

关键词：维吾尔医学医学微生物学教学方法

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