检索结果-内蒙古大学图书馆

微生物与感染 2016年第4期11卷 240-246页

作者：石晶高岩霍克克季朝能唐海平徐万祥谢毅顾少华复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200438 上海市工业菌株工程技术研究中心上海200438 上海市计划生育科学研究所国家人口和计划生育委员会重点实验室上海200032

烟曲霉(Aspergillus fumigatus)是一种广泛存在于自然界中的条件致病菌,其产生的分生孢子被易感人群吸入后定植于肺部,引起3种曲霉病:致咯血的曲霉肿、致肺纤维化的变应性支气管肺曲霉病、致较高死亡率的侵袭性曲霉病。目前临床上用于... 详细信息

烟曲霉(Aspergillus fumigatus)是一种广泛存在于自然界中的条件致病菌,其产生的分生孢子被易感人群吸入后定植于肺部,引起3种曲霉病:致咯血的曲霉肿、致肺纤维化的变应性支气管肺曲霉病、致较高死亡率的侵袭性曲霉病。目前临床上用于诊断烟曲霉感染的血清免疫学指标有半乳甘露聚糖和1,3-β-D-葡聚糖,但特异度和灵敏度方面存在一定的局限性。Asp f3和Asp f4为烟曲霉主要抗原,在感染者血清中存在相应的循环抗体。本研究分别用兔抗Asp f3和Asp f4抗血清对其进行抗原表位扫描,鉴定了8个Asp f3和6个Asp f4最小表位基序肽。用所鉴定的最小表位基序与烟曲霉其他抗原的最小表位基序构建嵌合肽,可能有助于提高烟曲霉感染诊断的特异度和灵敏度。

关键词：烟曲霉 Asp f3 Asp f4 线性B细胞表位最小基序

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保留型与反转型β-木糖苷酶活性位点的分子动力学模拟

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物理化学学报 2015年第6期31卷 1169-1178页

作者：张俊威周峻岗吕红黄强复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海工业菌株工程技术研究中心上海200433 上海生物制造技术协同创新中心上海200237

木聚糖是潜在的重要可再生能源,如何提高其降解效率已成为近年来的研究热点.β-木糖苷酶是木聚糖降解过程中的关键酶之一,按其水解机制可分为保留型与反转型酶.目前虽然对于这两种催化机制的研究不断深入,但很少有工作从溶液环境的角度... 详细信息

木聚糖是潜在的重要可再生能源,如何提高其降解效率已成为近年来的研究热点.β-木糖苷酶是木聚糖降解过程中的关键酶之一,按其水解机制可分为保留型与反转型酶.目前虽然对于这两种催化机制的研究不断深入,但很少有工作从溶液环境的角度出发探究它们的差异.本文采用分子动力学模拟方法,对4个典型的β-木糖苷酶进行了显式溶剂模拟研究,详细分析了酶的催化氨基酸间的距离和质子供体氨基酸p Ka值的动态变化.结果显示,反转型酶催化氨基酸间的距离约为0.8-1.0 nm,大于保留型的0.5-0.6 nm,与先前对糖苷酶晶体结构的统计分析结果一致.令人意外的是,保留型酶的质子供体通过与其附近组氨酸的相互作用,其p Ka在两个不同的高、低值之间交替变换,使保留型酶的双取代反应得以发生;而反转型酶的质子供体则由附近的天冬氨酸调节,其p Ka稳定在某个较高值,这可能有利于其在反应p H值下获得水溶液中的氢离子,进行反转型酶特有的单取代反应.因此,本工作加深了人们对β-木糖苷酶保留型与反转型水解机制的认识,并为后续酶的理性改造与高效利用提供具有指导价值的结构与机理信息.

关键词： β-木糖苷酶催化机制分子建模质子供体 p Ka值

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烟曲霉Asp f3和Asp f4的表达纯化与多克隆抗体的制备

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复旦学报（自然科学版） 2015年第5期54卷 601-608页

作者：高岩霍克克季朝能唐海平徐万祥谢毅顾少华复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200438 上海市工业菌株工程技术研究中心上海200438 上海市计划生育科学研究所国家人口和计划生育委员会重点实验室上海200032

侵袭性曲霉病以烟曲霉在肺部定植、侵袭为主,具有较高的致死率.治疗侵袭性曲霉病的关键是早期确诊.目前临床上用于诊断侵袭性曲霉病的血清学方法是检测血清中半乳甘露聚糖循环抗原的GM试验,在敏感性和特异性方面存在局限性.为了用抗重... 详细信息

侵袭性曲霉病以烟曲霉在肺部定植、侵袭为主,具有较高的致死率.治疗侵袭性曲霉病的关键是早期确诊.目前临床上用于诊断侵袭性曲霉病的血清学方法是检测血清中半乳甘露聚糖循环抗原的GM试验,在敏感性和特异性方面存在局限性.为了用抗重组蛋白多克隆抗体鉴定和分析烟曲霉Asp f3和Asp f4特异性和曲霉广谱性表位,构建检测可疑血清样本中相应抗体的表位嵌合肽,以诊断侵袭性曲霉病.本研究表达纯化了烟曲霉Asp f3和Asp f4重组蛋白,制备了IgG抗体滴度均在1.28×106以上的高滴度的兔抗重组蛋白多克隆抗体.

关键词：烟曲霉 Asp f3 Asp f4 表达纯化抗体制备

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HPV58型E2蛋白表达纯化与多克隆抗体制备

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生殖与避孕 2015年第10期35卷 674-679页

作者：姜文婷程一航唐海平谢毅连文博詹建民徐万祥顾少华复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海市工业菌株工程技术研究中心上海200438 上海市计划生育科学研究所国家人口和计划生育委员会重点实验室上海200032

目的:表达纯化重组人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)58型E2蛋白,制备多克隆抗体。方法:构建重组质粒p ET-28b-E2,转化至BL21(DE3)p Lys S中诱导表达,包涵体洗涤后经镍柱亲和层析分离得到纯化目的蛋白。用纯化的重组E2蛋白免疫新... 详细信息

目的:表达纯化重组人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)58型E2蛋白,制备多克隆抗体。方法:构建重组质粒p ET-28b-E2,转化至BL21(DE3)p Lys S中诱导表达,包涵体洗涤后经镍柱亲和层析分离得到纯化目的蛋白。用纯化的重组E2蛋白免疫新西兰白兔,制备兔抗HPV58型E2蛋白多克隆抗体,ELISA分析多克隆抗体的效价,免疫印迹检测抗体的特异性。结果:表达纯化了重组HPV58型E2蛋白,制备了高滴度和高特异性的多克隆抗体。结论:制备的多克隆抗体可用于对HPV58型E2蛋白进行精细B细胞线性表位鉴定。

关键词： HPV58型E2蛋白蛋白表达包涵体纯化抗体制备

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红树林土壤微生物模块化聚酮合酶基因(簇)及其多样性研究

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复旦学报（自然科学版） 2015年第2期54卷 137-147页

作者：张翔周峻岗董俊德吕红复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海市工业菌株工程技术研究中心上海200433 中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广州510301

聚酮类化合物(Polyketide)是一类重要的具有药用价值的生物活性分子.通过宏基因组学技术获得了红树林土壤微生物中模块化聚酮合酶(Polyketide Synthase,PKS)基因(簇),并对其多样性进行了研究.首先构建了该红树林土壤微生物的16SrDNA文库... 详细信息

聚酮类化合物(Polyketide)是一类重要的具有药用价值的生物活性分子.通过宏基因组学技术获得了红树林土壤微生物中模块化聚酮合酶(Polyketide Synthase,PKS)基因(簇),并对其多样性进行了研究.首先构建了该红树林土壤微生物的16SrDNA文库,初步分析了红树林土壤样本的细菌群落组成,发现许多菌群曾经被报道存在PKS基因簇,约占整个细菌群落的75%.利用相关菌群的PKS酮基合成酶结构域(Ketosynthase,KS)的保守区域序列信息设计简并引物,并构建了KS DNA序列文库.经测序获得131条新型KS序列,该结果表明红树林土壤微生物中蕴含了许多新型的聚酮类化合物合成酶.为了进一步获得聚酮合酶基因(簇),我们通过土壤微生物宏基因组Cosmid文库的构建与筛选,得到了13个属于trans-AT PKS,cis-AT PKS,NRPS/PKS Hybrid等类型的聚酮合酶的基因(簇),并通过构建KS序列的系统进化树分析了样本中聚酮合酶的多样性组成.

关键词：宏基因组红树林土壤微生物聚酮合酶(PKS) 聚酮合酶基因簇多样性分析

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对转录延伸抑制剂6-氮尿嘧啶敏感的裂殖酵母突变体的全基因组筛选

对转录延伸抑制剂6-氮尿嘧啶敏感的裂殖酵母突变体的全基因组筛选

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2015年上海市研究生学术论坛(生物化工)

作者：周欢刘奇施天仿余垚吕红复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200438 上海市工业菌株工程技术研究中心上海200438 复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200438 上海市工业菌株工程技术研究中心上海200438 上海生物制药技术协同创新中心上海200237

6-氮尿嘧啶(6-azauracil,6AU)是一种被广泛用于研究转录延伸的药物.6AU是一种嘧啶类似物,主要通过其转化产物6-azaUMP发挥作用.6-azaUMP竞争性地抑制乳清酸脱羧酶的活性,降低了体内UTP的浓度.6-azaUMP同时抑制肌苷-5'-单磷酸脱氢酶(...

6-氮尿嘧啶(6-azauracil,6AU)是一种被广泛用于研究转录延伸的药物.6AU是一种嘧啶类似物,主要通过其转化产物6-azaUMP发挥作用.6-azaUMP竞争性地抑制乳清酸脱羧酶的活性,降低了体内UTP的浓度.6-azaUMP同时抑制肌苷-5'-单磷酸脱氢酶(IMP dehydrogenase)的活性,降低了GTP的浓度.在酵母中,核苷酸浓度的降低影响了RN,聚合酶Ⅱ的转录延伸效率.

关键词：

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组蛋白H3K4甲基转移酶复合物亚基Ash2参与裂殖酵母产孢

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遗传 2014年第9期36卷 943-951页

作者：王文超周欢余垚吕红复旦大学生命科学学院、遗传工程国家重点实验室上海200433 上海市工业菌株工程技术研究中心上海200433

在氮源缺乏及信息素存在的条件下,裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)进行减数分裂并完成产孢。在此过程中,信息素介导的MAPK(Mitogen-activated protein kinases)信号通路调控减数分裂相关基因的表达。Spk1是MAPK通路的核心成员,通... 详细信息

在氮源缺乏及信息素存在的条件下,裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)进行减数分裂并完成产孢。在此过程中,信息素介导的MAPK(Mitogen-activated protein kinases)信号通路调控减数分裂相关基因的表达。Spk1是MAPK通路的核心成员,通过蛋白磷酸化的方式激活转录因子Ste11,从而激活mei2+、mam2+和map3+等减数分裂相关基因的表达。尽管组蛋白H3K4甲基化参与基因转录激活、染色质重塑等诸多生物学过程,但其在裂殖酵母产孢过程中的作用并不清楚。文章通过序列比对,发现裂殖酵母Ash2作为H3K4甲基转移酶复合物COMPASS的亚基具有两个保守的结构域,定位于细胞核内参与H3K4的甲基化修饰。ash2+的缺失引起裂殖酵母在氮源缺乏时产孢过程的延迟及产孢率下降。ChIP、定量PCR分析结果显示,ash2+的缺失降低了spk1+编码区H3K4的二甲基化水平,造成spk1+mRNA水平的明显下调。在ash2Δ细胞中,虽然ste11+的转录水平没有变化,但Ste11的靶基因mei2+、mam2+和map3+的转录水平明显下降。在裂殖酵母中,组蛋白H3K4甲基转移酶复合物COMPASS的亚基Ash2通过调控二甲基化水平修饰从而调节MAPK信号通路,参与裂殖酵母的有性生殖,为建立表观遗传修饰与减数分裂之间的联系提供了新的线索。

关键词：裂殖酵母 H3K4甲基化 Ash2 产孢 MAPK

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新型α-L-阿拉伯呋喃糖苷酶RuAra1的表达与鉴定

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复旦学报（自然科学版） 2014年第1期53卷 99-106页

作者：夏婷颖周峻岗吕红复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海工业菌株工程技术研究中心上海200433

随着能源问题的日益突出,半纤维素资源的利用逐渐受到人们的重视.α-L-阿拉伯呋喃糖苷酶(α-Larabinofuranosidase,EC 3.2.1.55)属于半纤维素酶系,能水解以α-1,3、α-1,2或α-1,5键连在木聚糖主链上的阿拉伯糖单体或低聚阿拉伯糖侧支.... 详细信息

随着能源问题的日益突出,半纤维素资源的利用逐渐受到人们的重视.α-L-阿拉伯呋喃糖苷酶(α-Larabinofuranosidase,EC 3.2.1.55)属于半纤维素酶系,能水解以α-1,3、α-1,2或α-1,5键连在木聚糖主链上的阿拉伯糖单体或低聚阿拉伯糖侧支.本实验室将克隆得到的α-L-阿拉伯呋喃糖苷酶基因RuAral在大肠杆菌中重组表达,得到的重组阿拉伯呋喃糖苷酶RuAral能够水解4-硝基酚-α-L-阿拉伯糖苷(4-Nitrophenyl-α-Larabinofuranoside,pNPA)、4-硝基酚-β-D-吡喃木糖苷(4-Nitrophenyl-β-D-xylopyranoside,pNPX)以及从小麦阿拉伯木聚糖中水解释放阿拉伯单糖.以pNPX为底物时,该酶的最适反应pH为6.0,最适反应温度为50℃.RuAral与瘤胃真菌(Neocallimastix patriciarum)内切木聚糖酶XynCIDBFV、瘤胃细菌木糖苷酶RuXynl的组合使用可以实现对小麦阿拉伯木聚糖的协同降解,且降解效率优于德国AB酶制剂公司的商品酶ROHALASE WP.

关键词： α-L-阿拉伯呋喃糖苷酶半纤维素降解酶系小麦阿拉伯木聚糖宏基因组

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miR-106b/miR-93降低了宫颈癌细胞对顺铂化疗的敏感性

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复旦学报（自然科学版） 2014年第6期53卷 689-696页

作者：间学敏张艳戴宇莫文娟吕红复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200433 第二军医大学长海医院上海200433 上海工业菌株工程技术研究中心上海200433

宫颈癌是仅次于乳腺癌的第二大妇科癌症.顺铂是临床上最常用的化疗药物,治疗过程中引起的顺铂抗性会导致化疗失败.越来越多的报道证实miRNA介导了癌症对化疗药物的敏感性.尽管已经发现miR-106b/miR-93促进多种癌症的发生发展,但是miR-10... 详细信息

宫颈癌是仅次于乳腺癌的第二大妇科癌症.顺铂是临床上最常用的化疗药物,治疗过程中引起的顺铂抗性会导致化疗失败.越来越多的报道证实miRNA介导了癌症对化疗药物的敏感性.尽管已经发现miR-106b/miR-93促进多种癌症的发生发展,但是miR-106b/miR-93在宫颈癌中的功能鲜为人知.本研究发现miR-106b/miR-93在宫颈癌组织以及宫颈癌细胞系的表达高于正常宫颈组织.在HPV(+)宫颈癌细胞系中,miR-106b/miR-93的表达水平与细胞系对顺铂敏感性的程度相关;高表达miR-106b/miR-93可以降低宫颈癌细胞系对顺铂的敏感性;反之,miR-106b/miR-93的干扰表达可以提高宫颈癌细胞系对顺铂的敏感性.此外,我们发现RAD1是miR-106b/miR-93共同调控的靶基因.研究结果提示了miR-106b/miR-93通过负调控RAD1降低了宫颈癌对顺铂化疗的敏感性.

关键词：宫颈癌顺铂敏感性 miR-106b/miR-93 RAD1

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O型口蹄疫病毒VP4蛋白一个保守性表位的精细鉴定

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复旦学报（自然科学版） 2014年第6期53卷 710-715,723,F0002页

作者：栾喜梅左小彤黄梦菡郑兆鑫黄强徐万祥刘明秋复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室、上海工业菌株工程技术研究中心上海200433 上海市计划生育科学研究所国家人口和计划生育委员会计划生育药具重点实验室生殖医药研究室上海200032

口蹄疫病毒(FMDV)的结构蛋白VP4在7个血清型之间是非常保守的,对其抗原表位最小基序的测定有助于开发广谱性多肽疫苗.本研究采用生物合成肽法,利用豚鼠抗FMDV O型标准血清,对最新流行的FMDV O型毒株O/BY/CHA/2010的VP4蛋白进行了线性表... 详细信息

口蹄疫病毒(FMDV)的结构蛋白VP4在7个血清型之间是非常保守的,对其抗原表位最小基序的测定有助于开发广谱性多肽疫苗.本研究采用生物合成肽法,利用豚鼠抗FMDV O型标准血清,对最新流行的FMDV O型毒株O/BY/CHA/2010的VP4蛋白进行了线性表位扫描作图研究.结果表明:在覆盖VP4蛋白全长序列的10个18聚肽中,发现1个能与豚鼠抗FMDV O型标准血清发生免疫印迹反应的抗原性肽VP4-3;B细胞表位鉴定确定了抗体识别VP4-3的最小基序是INNYYM;该表位位于VP4蛋白的三维结构表面;对7个FMDV血清型的122个毒株同源蛋白质进行序列比对,发现这一表位在7个FMDV血清型的120个毒株中是100%保守.

关键词：口蹄疫病毒 VP4蛋白表位扫描作图生物合成肽

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