目的探索病原宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在HPV感染、宫颈癌等宫颈相关疾病研究中的潜在价值。方法从6例宫颈癌或癌前病变患者中采集宫颈拭子标本;提取DNA后,分别进行病原mNGS和ⅡB型限制性内切酶相关DNA位点(2bRAD)测序,比较2种方法的微生物物种定量注释结果、高丰度物种检测能力及14种高危型HPV的检测能力,从而评估病原mNGS的宫颈微生态评价能力。对病原mNGS的宿主基因组数据进行染色体拷贝数变异(copy number variation,CNV)分析,比较临床病理结果与mNGS-CNV结果的一致性。为进一步探究病原mNGS的检测能力,在23例无宫颈疾病和存在不同等级宫颈病变的患者样本中进行初步验证。结果微生物定量注释结果显示,mNGS和2bRAD对于高丰度细菌物种的检出基本一致。对与宫颈癌高度相关的14种高危型HPV的分析结果显示,mNGS获得了与临床微生物实验室常规检测完全一致的结果。对mNGS的人源核酸数据进行CNV分析显示,3例宫颈癌中有1例存在CNV异常。此外,利用病原mNGS对存在宫颈病变和无宫颈病变患者的宫颈拭子进行分析显示,卷曲乳杆菌丰度、CNV阳性率和高危型HPV阳性率在两组患者之间存在差异,普雷沃菌属的某些物种可能与发生高级别病变和宫颈癌的高风险相关。结论病原mNGS作为一种无创且高效的病原微生物检测技术,能通过一次检查同时得到菌群微生态、HPV感染状态及宿主染色体稳定性3方面的信息,从而对健康和宫颈疾病患者进行鉴别,因此有望为HPV感染和宫颈癌筛查和诊断开辟新途径。
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