检索结果-内蒙古大学图书馆

中国生物工程杂志 2024年第8期44卷 116-127页

作者：李春艳戴宗贤李炳娴杨延辉宁夏医科大学基础医学院宁夏回族自治区常见传染病防治重点实验室银川750004 宁夏医科大学总医院宁夏临床病原微生物重点实验室银川750004

由分枝杆菌引发的相关感染仍然是全球重大公共卫生问题,耐药性分枝杆菌的出现使其治疗愈发困难,寻找新的治疗方案迫在眉睫。在抗耐药菌方面,噬菌体的研究已经取得了显著进展。自然界中的噬菌体数量庞大,目前已有超过2 400株分枝杆菌噬... 详细信息

由分枝杆菌引发的相关感染仍然是全球重大公共卫生问题,耐药性分枝杆菌的出现使其治疗愈发困难,寻找新的治疗方案迫在眉睫。在抗耐药菌方面,噬菌体的研究已经取得了显著进展。自然界中的噬菌体数量庞大,目前已有超过2 400株分枝杆菌噬菌体的基因组被测序,结果显示分枝杆菌噬菌体的基因组具有丰富的多样性和嵌合结构,其编码的抗结核活性多肽及蛋白质等物质在分枝杆菌感染引起的疾病诊断与治疗中具有巨大应用潜力。在实际应用中,噬菌体既可以直接治疗细菌感染,又可以作为基因编辑的递送工具。此外,噬菌体的特异性使其用于治疗时具有一定的安全性。综述了分枝杆菌噬菌体在疾病诊断、治疗和预防等方面的应用,展望了分枝杆菌噬菌体的应用前景,同时分析了其在基础应用研究中的优缺点。

关键词：分枝杆菌噬菌体耐药性快速检测治疗噬菌体疫苗

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多房棘球绦虫EM13蛋白生物信息学分析及原核表达载体的构建

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中国病原生物学杂志 2024年第12期19卷 1413-1419页

作者：尚再玲王明霞乔飞李亚宁马学琳黑君虎王娅娜宁夏医科大学基础医学院宁夏银川750004 宁夏回族自治区常见传染病防治重点实验室

目的构建多房棘球绦虫(Echinococcus multilocularis)Em13原核表达载体并进行生物信息学分析。方法在NCBI数据库中检索并下载EM13蛋白的氨基酸序列,使用生物信息学软件预测EM13蛋白质的基本理化性质及功能。通过PCR方法扩增Em13基因... 详细信息

目的构建多房棘球绦虫(Echinococcus multilocularis)Em13原核表达载体并进行生物信息学分析。方法在NCBI数据库中检索并下载EM13蛋白的氨基酸序列,使用生物信息学软件预测EM13蛋白质的基本理化性质及功能。通过PCR方法扩增Em13基因。双酶切目的基因和载体质粒pET28a,经T4连接酶连接,将连接产物转化入大肠埃希菌BL21(DE3)感受态细胞。结果 EM13蛋白由426个氨基酸组成,包括63个酸性氨基酸和56个碱性氨基酸,分子质量为47 535.12,等电点为5.64,为亲水性蛋白,不含有信号肽序列和跨膜结构域,含F-BAR和SH3结构域。磷酸化位点预测显示有29个丝氨酸磷酸化位点、16个苏氨酸磷酸化位点、7个酪氨酸磷酸化位点以及25个翻译后修饰位点。其二级结构α-螺旋所占的比例为58.45%,β-转角占2.58%,无规则卷曲占35.45%。抗原表位预测显示EM13含有5个潜在的优势B细胞表位、24个潜在优势细胞毒性T淋巴细胞表位和14个潜在优势辅助性T细胞表位。序列比对显示与多房棘球绦虫EM13蛋白序列同源性最高的来自细粒棘球绦虫EG13。构建了Em13/pET28a重组质粒,测序后与NCBI中录入的序列进行比对,结果一致。结论 EM13蛋白具有较多的抗原结合位点,且构建了Em13/pET28a原核表达载体,为EM13蛋白作为泡性棘球蚴病的特异性诊断抗原或疫苗候选抗原的鉴定奠定了基础。

关键词：多房棘球绦虫生物信息学重组质粒 EM13蛋白

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细粒棘球绦虫蛋白Actin-binding LIM protein 1的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2023年第3期18卷 297-302页

作者：钱炳硕张婷婷王明霞朱明星宁夏医科大学总医院宁夏银川750004 宁夏常见传染病防治重点实验室宁夏医科大学临床医学院宁夏医科大学基础医学院宁夏医科大学科技中心

目的对细粒棘球绦虫肌动蛋白结合LIM蛋白1(Actin-binding LIM protein 1,AbLIM1)进行生物信息学预测,以期为包虫病的诊断治疗积累研究资料。方法通过NCBI数据库获取EgAbLIM1的氨基酸序列;使用在线软件分析蛋白质的理化性质、二级结构、... 详细信息

目的对细粒棘球绦虫肌动蛋白结合LIM蛋白1(Actin-binding LIM protein 1,AbLIM1)进行生物信息学预测,以期为包虫病的诊断治疗积累研究资料。方法通过NCBI数据库获取EgAbLIM1的氨基酸序列;使用在线软件分析蛋白质的理化性质、二级结构、三级结构,并对其亚细胞定位、蛋白质结构以及抗原表位进行预测;使用GEPIA2.0数据库预测编码EgAbLIM1基因的相关基因,使用DAVID数据库以及R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果EgAbLIM1由753个氨基酸组成,理论等电点为9.51;EgAbLIM1的二级结构中α螺旋占22.05%,延伸链占12.62%,β-转角占5.44%,无规卷曲占59.89%。优势B细胞表位肽有6条,优势HLA-DRB1*0401限制性Th表位位置为572-584位氨基酸;优势HLA-DRB1*0701限制性Th表位位置为247-261、504-511位氨基酸。分子生物学功能相关程度最高的是钙黏连结合(cadherin binding)、参与细胞-细胞粘附的钙黏连结合(cadherin binding involved in cell-cell adhesion)、细胞-细胞粘附介质的活性(cell-cell adhesion mediator activity)等。结论生物信息学方法预测细粒棘球绦虫AbLIM1含有多个抗原表位并对其关联基因进行了富集分析,为包虫病的诊断和药物治疗靶点筛选提供理论依据。

关键词：细粒棘球绦虫肌动蛋白结合LIM蛋白1 生物信息学分析抗原表位

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多房棘球绦虫热休克蛋白90的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2023年第5期18卷 542-546页

作者：常亮亮吕咏雪张翠影朱亚洲赵巍宁夏医科大学基础医学院宁夏银川750004 宁夏常见传染病防治重点实验室宁夏医科大学科学技术研究中心

目的预测多房棘球绦虫热休克蛋白90(Echinococcus multilocularis HSP90,EmHSP90)的生化特性、结构和抗原表位,为泡型包虫病肽疫苗的研究提供理论基础。方法登陆NCBI数据库检索并下载EmHSP90的氨基酸序列,通过Expasy在线预测网站预测EmH... 详细信息

目的预测多房棘球绦虫热休克蛋白90(Echinococcus multilocularis HSP90,EmHSP90)的生化特性、结构和抗原表位,为泡型包虫病肽疫苗的研究提供理论基础。方法登陆NCBI数据库检索并下载EmHSP90的氨基酸序列,通过Expasy在线预测网站预测EmHSP90的理化性质;采用PRABI数据库中的SOPMA预测EmHSP90的二级结构;利用SWISS-MODEL在线预测网站预测EmHSP90的三级结构;通过在线工具NetAcet-1.0预测EmHSP90的乙酰化位点,Netphos3.1预测EmHSP90的磷酸化位点,NetNGlyc1.0预测EmHSP90的N-糖基化位点;利用在线数据库TMHMM预测EmHSP90的跨膜结构域;利用在线数据库Signal P-5.0 Server预测EmHSP90的信号肽序列;通过在线数据库Predicting Antigenic Peptides预测EmHSP90的抗原决定簇;利用IEDB数据库预测EmHSP90的优势B细胞表位;利用SYFPEITHI在线数据库预测EmHSP90的T细胞优势表位。结果EmHSP90由711个氨基酸组成,其相对分子质量为80.04924×10^(3),不稳定系数41.09,为不稳定蛋白;亲水性平均系数-0.276,是亲水性蛋白;其二级结构中α螺旋占50.91%,β转角占4.92%,延伸链占13.92%,无规则卷曲占30.24%;含有1个乙酰化位点,64个磷酸化位点(40个丝氨酸(Ser)磷酸化位点,16个苏氨酸(Thr)磷酸化位点,8个酪氨酸(Tyr)磷酸化位点)及4个N-糖基化位点;不含信号肽序列和跨膜结构域;EmHSP90的平均抗原倾向指数为1.0244,共有27个抗原决定簇区域;该蛋白共有B细胞优势表位10条,CTL细胞优势表位13条,Th细胞优势表位14条。结论生物信息学方法预测EmHSP90为不稳定亲水性蛋白,含有B细胞优势表位和T细胞优势表位,可为泡型包虫病肽疫苗的研制提供参考。

关键词：多房棘球绦虫 EmHSP90 疫苗

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基于生物信息学筛选并分析与浸润性乳腺癌免疫浸润有关的预后基因

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中国免疫学杂志 2023年第9期39卷 1878-1884,1892页

作者：王明霞马学琳黑君虎杨轩王娅娜宁夏医科大学基础医学院银川750001 宁夏医科大学临床医学院银川750001 宁夏回族自治区常见传染病防治重点实验室银川750001

目的:筛选并分析浸润性乳腺癌(BRCA)发生发展过程中与免疫浸润有关的预后基因,为进一步寻找BRCA潜在的预后生物标志物及治疗靶点奠定基础。方法:从TCGA数据库下载BRCA患者的mRNA表达信息数据和临床数据,并进行预处理,ESTIMATE网站获取... 详细信息

目的:筛选并分析浸润性乳腺癌(BRCA)发生发展过程中与免疫浸润有关的预后基因,为进一步寻找BRCA潜在的预后生物标志物及治疗靶点奠定基础。方法:从TCGA数据库下载BRCA患者的mRNA表达信息数据和临床数据,并进行预处理,ESTIMATE网站获取患者的免疫/基质评分;分析免疫/基质评分与临床病理分期TNM系统间及与总生存率间的关系。按照评分中位数分别将患者分为高免疫评分组和低免疫评分组,基质评分分组同上,利用R软件分别筛选差异表达基因(DEGs),并取交集;对上步取交集的DEGs进行GO和KEGG富集分析;通过Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,并筛选出枢纽基因。利用GSEA分析肿瘤免疫相关基因富集的主要通路;运用GEPIA2.0数据库分析枢纽基因在肿瘤与癌旁组织的表达情况及与总生存期的关系。结果:筛选出1 244个与BRCA免疫浸润相关的DEGs,富集分析表明这些基因主要参与信号转导、免疫反应、炎症反应等生物学过程;GSEA富集分析表明这些基因主要参与趋化因子信号通路、TOLL样受体信号通路、JAKSTAT信号通路及T细胞受体信号通路等。PPI网络筛选出CD19、IL-2、PTPRC、CD28、IL-6、CD40LG和CCR7共7个枢纽基因;GEPIA2.0数据库分析结果显示IL-2、CD40LG和CCR7与患者总生存率显著相关。结论:筛选出IL-2、CD40LG及CCR7基因与BRCA免疫浸润密切相关,并具有预后价值,为进一步预测BRCA患者预后的生物标志物及治疗靶点奠定基础。

关键词：浸润性乳腺癌免疫浸润枢纽基因预后

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新型冠状病毒感染的免疫记忆性

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中华微生物学和免疫学杂志 2022年第7期42卷 527-534页

作者：李一唯刘歌赵巍王浩宁夏医科大学基础医学院宁夏常见传染病防治重点实验室银川750004 宁夏医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系银川750004

COVID-19已成为严重的全球公共卫生事件,截至2022年6月25日,全球有超过5.4亿人确诊感染,累计死亡人数超过632万。了解COVID-19患者恢复后是否能获得持久免疫保护力是疫苗制备、疾病防控及判断疫情走向的关键。持久免疫保护力的产生核心... 详细信息

COVID-19已成为严重的全球公共卫生事件,截至2022年6月25日,全球有超过5.4亿人确诊感染,累计死亡人数超过632万。了解COVID-19患者恢复后是否能获得持久免疫保护力是疫苗制备、疾病防控及判断疫情走向的关键。持久免疫保护力的产生核心是免疫记忆性,即针对新型冠状病毒产生有效免疫记忆。本文将围绕新型冠状病毒感染免疫记忆的生成与维持进行综述。

关键词：新型冠状病毒 COVID-19 感染免疫记忆性

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基因编辑与诊断工具酶LwCas13a的克隆表达、纯化与酶活性鉴定

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宁夏医科大学学报 2023年第12期45卷 1208-1213页

作者：李晓雨倪江萍朱玥杨玉玛薛依凡张斯涵妥蓉蓉杨延辉宁夏医科大学基础医学院宁夏常见传染病防治重点实验室银川750004

目的开发可大量制备具有天然酶活性的基因编辑与诊断工具酶LwCas13a的技术,为研究基因编辑或开发基因诊断试剂提供稳定的酶。方法以LwCas13a蛋白基因序列为模板,采用PCR技术扩增目的基因LwCas13a,运用NotⅠ和BamHⅠ进行双酶切,将酶切产... 详细信息

目的开发可大量制备具有天然酶活性的基因编辑与诊断工具酶LwCas13a的技术,为研究基因编辑或开发基因诊断试剂提供稳定的酶。方法以LwCas13a蛋白基因序列为模板,采用PCR技术扩增目的基因LwCas13a,运用NotⅠ和BamHⅠ进行双酶切,将酶切产物与相同酶切获得的载体pC013用T4 DNA连接酶连接构建成含有融合表达His标签的原核表达载体pC013-Twinstrep-SUMO-huLwCas13a,选择经酶切和测序鉴定均正确的质粒转化到*** BL21感受态细胞中,用0.5 mmol·L^(-1)的异丙基-β-D-硫代丰乳糖苷在16℃条件下诱导16 h,表达LwCas13a酶,产物经SDS-PAGE电泳检测,获得可溶性表达条件后,进行大量蛋白诱导表达,使用Ni^(2+)亲和层析法,纯化LwCas13a蛋白。利用LwCas13a酶的“侧向切割活性”检测纯化获得的酶。结果PCR扩增获得3479 bp序列完全正确的LwCas13a基因,重组蛋白以融合蛋白形式可溶性高效表达,纯度达到98%。经比较优于商业化的LwCas13a酶。结论成功获得具有天然侧向剪切活性的LwCas13a酶,为开发使用LwCas13a酶的分子诊断试剂提供原材料奠定了基础。

关键词： LwCas13a酶原核表达蛋白纯化酶活性鉴定

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细粒棘球绦虫原头节抗原Eg-00512的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2022年第1期17卷 71-74,113页

作者：李莎莎陶佳吕咏雪朱亚洲赵殷奇赵嘉庆赵巍宁夏医科大学基础医学院宁夏银川750004 宁夏医科大学总医院宁夏常见传染病防治重点实验室宁夏医学科学研究所

目的分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原Eg-00512的生物信息学特征。方法通过NCBI数据库获取Eg-00512蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam在线软件分析Eg-00512蛋白的理化性质;采用SOMPA在线软件分析蛋白的二级结构;使用IEDB在线软件预测Eg-0... 详细信息

目的分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原Eg-00512的生物信息学特征。方法通过NCBI数据库获取Eg-00512蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam在线软件分析Eg-00512蛋白的理化性质;采用SOMPA在线软件分析蛋白的二级结构;使用IEDB在线软件预测Eg-00512蛋白的亲水性、柔韧性、表面可及性、β-转角;应用SWISS-MODEL在线服务器分析蛋白氨基酸序列并组合模板和Eg-00512蛋白的三级结构;B细胞表位采用在线软件IEDB及BcePred综合预测,T细胞表位采用在线预测软件SYFPEITHI分析确定。结果Eg-00512蛋白由1254个氨基酸组成,理论pI值6.15;归类于稳定蛋白质,属于亲水性蛋白。Eg-00512蛋白的二级结构中α螺旋占51.28%,延伸链占17.22%,β-转角占4.78%,无规卷曲占26.71%。Eg-00512蛋白B细胞表位数量各为8个;有13个CTL和14个Th细胞优势表位。结论生物信息学方法预测细粒棘球绦虫原头节含有多个优势B、T细胞抗原表位,为包虫病的诊断和疫苗的研究奠定了理论基础。

关键词：细粒棘球绦虫 Eg-00512蛋白生物信息学分析抗原表位

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亚麻籽油对多囊卵巢综合征大鼠炎症细胞的调节作用

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现代食品科技 2022年第9期38卷 27-37页

作者：汪婷李一唯柳媛媛禹文文胡富宁罗晓静鲁奕男张晓霞王浩宁夏医科大学基础医学院宁夏银川750004 宁夏医科大学中医学院宁夏银川750004 宁夏医科大学临床医学院宁夏银川750004 宁夏医科大学口腔医学院宁夏银川750004 宁夏常见传染病防治重点实验室宁夏银川750004

该研究探讨了富含α-亚麻酸(ALA)的亚麻籽油(FO)对多囊卵巢综合征(PCOS)大鼠髓源性抑制细胞(MDSCs)、调节性T细胞(Treg)和巨噬细胞(Mψs)的调节作用。采用来曲唑造模法建立PCOS大鼠模型,每天监测动情周期变化。造模成功后,FO对照组和FO... 详细信息

该研究探讨了富含α-亚麻酸(ALA)的亚麻籽油(FO)对多囊卵巢综合征(PCOS)大鼠髓源性抑制细胞(MDSCs)、调节性T细胞(Treg)和巨噬细胞(Mψs)的调节作用。采用来曲唑造模法建立PCOS大鼠模型,每天监测动情周期变化。造模成功后,FO对照组和FO干预模型组灌胃FO 8 w;阴性对照组和模型组灌胃等量生理盐水。干预结束后,采用流式细胞术检测各组大鼠外周血、脾脏、骨髓中MDSCs,外周血和脾脏中Treg细胞以及卵巢组织中Mψs、M1型Mψs和M2型Mψs比例;采用免疫荧光技术检测卵巢组织Mψs表达情况。结果显示,来曲唑诱导的PCOS大鼠模型建立成功。与模型组相比,膳食FO干预后外周血、脾脏和骨髓中MDSCs比例显著升高至25.87%、5.63%和28.36%(p<0.05);外周血和脾脏中Treg细胞升高至2.06%和1.07%(p<0.05);卵巢Mψs和M1型Mψs比例以及卵巢Mψs荧光强度显著降低至13.51%、2.27%和1.59%(p<0.05)。该研究表明富含ALA的FO能够通过诱导MDSCs在外周血、脾脏和骨髓中募集,增加外周血和脾脏中Treg,以及抑制卵巢Mψs和M1型Mψs增殖改善PCOS。

关键词：多囊卵巢综合征亚麻籽油调节性T细胞髓源性抑制细胞巨噬细胞

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细粒棘球蚴重组蛋白P29(rEg.P29)诱导下差异表达microRNA的筛选及分析

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中国病原生物学杂志 2021年第9期16卷 1035-1040,1046页

作者：朱明星张婷婷杜先才赵殷奇徐士梅杨松昊赵巍宁夏医科大学科技中心宁夏银川750004 宁夏常见传染病防治重点实验室宁夏医科大学基础医学院宁夏医科大学临床医学院

目的对细粒棘球蚴重组蛋白P29(rEg.P29)诱导小鼠差异表达的microRNA进行筛选和分析,以期为rEg.P29免疫前后宿主免疫细胞的分化研究提供线索。方法将6-8周龄SPF级BALB/c小鼠随机分为2组,rEg.P29免疫组和对照组,每组12只。rEg.P29免疫组... 详细信息

目的对细粒棘球蚴重组蛋白P29(rEg.P29)诱导小鼠差异表达的microRNA进行筛选和分析,以期为rEg.P29免疫前后宿主免疫细胞的分化研究提供线索。方法将6-8周龄SPF级BALB/c小鼠随机分为2组,rEg.P29免疫组和对照组,每组12只。rEg.P29免疫组于小鼠腹部多点免疫重组蛋白100μl(含rEg.P2910μg),共免疫2次,第1次免疫2周后进行第2次免疫。提取第2周(第1次免疫后2周)、第6周(第1次免疫后4周)、第8周(第1次免疫后6周)各组小鼠外周血淋巴细胞,分离microRNA用于建库测序,利用生物信息学方法筛选rEg.P29诱导下差异表达的microRNA分子,并进行注释分析。结果测序所得数据经拼接组装比对,共获得成熟的microRNA序列342条,其中已知的microRNA序列206条,未知信息序列36条。在已知的microRNA分子中,差异表达共55个,其中上调31个,下调24个;在新发现的microRNA分子中,差异表达11个,其中上调5个,下调6个。靶基因预测结果显示,表达上调microRNA调控的靶基因有14279个,表达下调microRNA调控的靶基因13911个。GO富集注释结果显示,在上调分子中,生物学进程(BP)获得18条注释信息,其中16个microRNA调控的826个靶基因被注释到细胞分化(cell differentiation)条目下;在下调分子中,生物学进程(BP)获得21条注释信息,其中25个microRNA调控的712个靶基因被注释到细胞分化(cell differentiation)条目下。KEGG通路分析结果显示,无论是表达上调还是下调的分子,其靶基因的代谢通路均显著富集到Th1 and Th2 cell differentiation、Th17 cell differentiation、B cell receptor signaling pathway等与细胞分化相关的信号通路以及与肿瘤相关的信号通路上。结论在rEg.P29诱导下小鼠免疫细胞存在差异表达的microRNA分子,这些分子可能与免疫细胞的分化相关。

关键词：细粒棘球蚴 rEg.P29 microRNA 免疫细胞分化

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