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生物化学与生物物理进展 2018年第6期45卷 601-612页

作者：赵乾富陈仕俊肖丙秀郭俊明宁波大学医学院生物化学与分子生物学研究所浙江省病理生理学技术研究重点实验室宁波315211

环状RNA(circular RNA,circ RNA)是广泛存在于真核生物转录组的内源性非编码RNA.与线性RNA不同,circ RNA不易被酶解,具有更加稳定的结构.circ RNA具有微小RNA(micro RNA,mi RNA)海绵、RNA结合蛋白海绵、调节转录以及翻译蛋白质等多种生... 详细信息

环状RNA(circular RNA,circ RNA)是广泛存在于真核生物转录组的内源性非编码RNA.与线性RNA不同,circ RNA不易被酶解,具有更加稳定的结构.circ RNA具有微小RNA(micro RNA,mi RNA)海绵、RNA结合蛋白海绵、调节转录以及翻译蛋白质等多种生物学功能,能够在转录水平或转录后水平调节基因的表达.近期的研究发现,circ RNA在调控肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭过程中扮演着重要的角色.胃肠肿瘤是我国常见且死亡率高的恶性肿瘤,研究者在胃肠肿瘤中发现大量异常表达的circ RNA(如:hsa_circ_0014717、hsa_circ_0001017、hsa_circ_0061276、hsa_circ_0125965和hsa_circ_KLDHC10等).本文首先阐述circ RNA的形成机制和生物学功能;然后结合国内外胃肠肿瘤相关circ RNA的最新研究进展和本课题组相关研究成果,对circ RNA影响胃肠肿瘤发生的机制作一综述,并希望能以此为胃肠肿瘤的诊断和治疗提供新的理论依据.

关键词：环状RNA 微小RNA RNA-RNA相互作用胃肠肿瘤肿瘤诊断

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tRNA衍生片段和tRNA半分子的生物学功能及其在疾病发生中的作用

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生物化学与生物物理进展 2017年第7期44卷 565-572页

作者：朱林文谢依郭俊明宁波大学医学院生物化学与分子生物学研究所浙江省病理生理学技术研究重点实验室宁波315211

tRNA衍生片段(tRNA-derived RNA fragment,t RF)和tRNA半分子(tRNA halves,ti RNA)由成熟tRNA或其前体tRNA在不同位点特异性剪切产生,它们是一类广泛存在于原核生物和真核生物转录组中的非编码小RNA分子.t RF主要有tRF-5、tRF-3和tRF-1... 详细信息

tRNA衍生片段(tRNA-derived RNA fragment,t RF)和tRNA半分子(tRNA halves,ti RNA)由成熟tRNA或其前体tRNA在不同位点特异性剪切产生,它们是一类广泛存在于原核生物和真核生物转录组中的非编码小RNA分子.t RF主要有tRF-5、tRF-3和tRF-1等3亚类,分别来自成熟tRNA的D环至反密码环茎区间切割至5′端、T环开始至3′端和前体tRNA的3′端尾部,其长度为14~30个核苷酸(nucleotide,nt).ti RNA主要有5′ti RNA和3′ti RNA等2亚类,是在成熟tRNA反密码子环处切割分别产生,其长度为29~50 nt.t RF和ti RNA具有多种生物学功能,既可以在应激反应中作为信号分子,又可以作为基因表达的调节者.它们与人类多种疾病(如肿瘤、神经退行性疾病、代谢性疾病和传染病等)的发生密切相关,有希望成为疾病诊断的新型标志物.本文就t RF和ti RNA的分类、生物学功能以及与人类疾病的关系作一综述.

关键词： tRNA衍生片段 tRNA半分子基因表达调控疾病发生

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环状RNA:胃癌诊治的新星

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生物化学与生物物理进展 2022年第4期49卷 714-724页

作者：马亦波马东南郭俊明宁波大学医学院附属医院消化科宁波315020 宁波大学医学院生物化学与分子生物学研究所浙江省病理生理学技术研究重点实验室宁波315211

环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类闭合环状结构的RNA分子,广泛分布于各种组织中,它比线性RNA更稳定。circRNA分为外显子circRNA、外显子-内含子circRNA和内含子circRNA等3类。circRNA的主要功能为充当微RNA海绵、与RNA结合蛋白结合... 详细信息

环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类闭合环状结构的RNA分子,广泛分布于各种组织中,它比线性RNA更稳定。circRNA分为外显子circRNA、外显子-内含子circRNA和内含子circRNA等3类。circRNA的主要功能为充当微RNA海绵、与RNA结合蛋白结合、翻译成蛋白质和调节转录等。近年来,大量研究表明,circRNA的异常表达在胃癌发生发展过程中起着至关重要的作用。circPTPN22、hsa_circ_0001772、circCYFIP2、hsa_circ_0017639和circPIP5K1A等的上调以及hsa_circ_002059、hsa_circ_0000190和circMTO1等的下调与胃癌的增殖和转移密切相关;而hsa_circ_0001313等影响胃癌细胞的顺铂耐药性。组织、血浆及外泌体中circPTPN22、hsa_circ_102958、hsa_circ_0141633、hsa_circ_0065149和hsa_circ_0026344等是胃癌新型诊断标志物;而hsa_circ_0005529、circ-RanGAP1、circPIP5K1A和circMAT2B等有希望成为胃癌治疗的新靶点。这些胃癌相关circRNA的研究成果有助于认识胃癌发生机制,并为胃癌的诊治提供基础。

关键词：环状RNA 胃癌生物标志物治疗靶点

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长链非编码RNA的作用机制及其研究方法

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遗传 2013年第3期35卷 269-280页

作者：夏天肖丙秀郭俊明宁波大学医学院生物化学与分子生物学研究所浙江省病理生理学技术研究重点实验室宁波315211

长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)通过多种机制发挥其生物学功能,这些机制包括基因印记、染色质重塑、细胞周期调控、剪接调控、mRNA降解和翻译调控等。lncRNA通过这些作用机制在不同水平进行基因表达调控。在研究lncRNA功能... 详细信息

长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)通过多种机制发挥其生物学功能,这些机制包括基因印记、染色质重塑、细胞周期调控、剪接调控、mRNA降解和翻译调控等。lncRNA通过这些作用机制在不同水平进行基因表达调控。在研究lncRNA功能的过程中,研究方法的建立和应用起着非常重要的作用。目前用于lncRNA研究的主要方法有:微阵列、转录组测序、Northern印迹、实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应、荧光原位杂交、RNA干扰和RNA结合蛋白免疫沉淀等。文章着重介绍了3种前沿方法,即:在线快速预测RNA与蛋白质相互作用的catRAPID、RNA纯化的染色质分离(Chromatin isolation by RNA purification,ChIRP)以及非编码RNA沉默与定位分析技术(Combined knockdown and localization analysis of non-coding RNAs,c-KLAN)。

关键词：长链非编码RNA 作用机制基因表达调控研究方法

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微RNA通过调节上皮间质转化影响肿瘤转移

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遗传 2014年第7期36卷 637-645页

作者：杨丽华沈星凯李静秋杨杰乐燕萍龚朝辉宁波大学医学院生物化学与分子生物学研究所宁波315211 浙江省病理生理学技术研究重点实验室宁波315211

肿瘤细胞向远处转移受多因素调控,涉及多个基因,需要经历一系列连续的、可选择的级联事件。上皮间质转化(Epithelial-mesenchymal transition,EMT)是肿瘤细胞转移中的关键步骤,但肿瘤发生EMT的机制至今尚不完全明确。微RNA(MicroRNA,miR... 详细信息

肿瘤细胞向远处转移受多因素调控,涉及多个基因,需要经历一系列连续的、可选择的级联事件。上皮间质转化(Epithelial-mesenchymal transition,EMT)是肿瘤细胞转移中的关键步骤,但肿瘤发生EMT的机制至今尚不完全明确。微RNA(MicroRNA,miRNA)是一类内源性、非编码小分子RNA,可在转录后水平负调控EMT相关基因的表达,在肿瘤转移中发挥重要作用。文章主要就EMT与肿瘤转移的关系、影响EMT的转录因子,以及miRNA通过靶向EMT相关的转录因子影响肿瘤转移等方面进行了综述。

关键词：微RNA 肿瘤转移上皮间质转化

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环状RNA的生物学功能及其在肿瘤发生中的作用

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生物工程学报 2016年第11期32卷 1507-1518页

作者：谢依李田文莫小燕郭俊明宁波大学医学院生物化学与分子生物学研究所浙江省病理生理学技术研究重点实验室浙江宁波315211

近年来,随着RNA研究技术的进步,研究者们在多种生物中发现了数量众多的环状RNA,且发现它们具有重要的生物学功能。环状RNA来源于内含子或外显子,可以充当微小RNA海绵,还能与蛋白质相结合,从而参与基因表达调控并影响蛋白质的功能,此外,... 详细信息

近年来,随着RNA研究技术的进步,研究者们在多种生物中发现了数量众多的环状RNA,且发现它们具有重要的生物学功能。环状RNA来源于内含子或外显子,可以充当微小RNA海绵,还能与蛋白质相结合,从而参与基因表达调控并影响蛋白质的功能,此外,个别环状RNA甚至能编码蛋白质。更重要的是,环状RNA在肿瘤(如:胃癌、肝癌、结直肠癌、乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌等)的发生和发展过程中起着重要的调控作用。因此,环状RNA有希望成为肿瘤诊断的标志物和治疗的新靶点。

关键词：环状RNA 微小RNA海绵肿瘤发生

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竞争性内源RNA的生物学功能及其调控

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遗传 2015年第8期37卷 756-764页

作者：李静秋杨杰周平乐燕萍龚朝辉宁波大学医学院生物化学与分子生物学研究所宁波315211 浙江省病理生理学技术研究重点实验室宁波315211

最新研究表明,RNA之间可以通过竞争结合共同的microRNA反应元件(micro RNA response element,MRE)实现相互调节,这种调控模式构成竞争性内源RNA(Competing endogenous RNA,ceRNA)。已发现的ceRNA包括蛋白编码mRNA和非编码RNA,其中后者... 详细信息

最新研究表明,RNA之间可以通过竞争结合共同的microRNA反应元件(micro RNA response element,MRE)实现相互调节,这种调控模式构成竞争性内源RNA(Competing endogenous RNA,ceRNA)。已发现的ceRNA包括蛋白编码mRNA和非编码RNA,其中后者包括假基因转录物、长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、环状RNA(Circular RNA,circ RNA)等。文章主要从ceRNA分类的角度,阐述各类ceRNA构成的调控网络发挥的生物学功能在病理和生理相关过程中的作用,以及可能影响ceRNA调控有效性的因素。

关键词：竞争性内源RNA 微RNA反应元件假基因长链非编码RNA 环状RNA

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胃肠道肿瘤相关长链非编码RNA研究进展

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中华医学遗传学杂志 2015年第2期32卷 284-287页

作者：葛嘉欣庞倩倩郭俊明浙江省宁波大学医学院生物化学与分子生物学研究所浙江省病理生理学技术研究重点实验室 315211

长链非编码RNA（long non-coding RNAs，1neRNAs）是一类不参与编码蛋白质，长度超过200个核苷酸的转录产物，具有多种生物学功能。研究发现1neRNAs在胃肠道肿瘤的发生、发展过程中发挥着较为重要的作用，影响肿瘤细胞的增生、血管形成... 详细信息

长链非编码RNA（long non-coding RNAs，1neRNAs）是一类不参与编码蛋白质，长度超过200个核苷酸的转录产物，具有多种生物学功能。研究发现1neRNAs在胃肠道肿瘤的发生、发展过程中发挥着较为重要的作用，影响肿瘤细胞的增生、血管形成、转移和耐药等。本文在总结胃肠道肿瘤相关1ncRNAs的基础上，重点阐述其与胃肠道肿瘤发生、诊断和治疗的关系。

关键词：长链非编码RNA 胃肠道肿瘤基因表达

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竞争性内源RNA：一种全新的基因表达调控模式

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中国生物化学与分子生物学报 2012年第12期28卷 1075-1081页

作者：夏天肖丙秀郭俊明宁波大学医学院生物化学与分子生物学研究所、浙江省病理生理学技术研究重点实验室宁波315211

竞争性内源RNA(ceRNA)假说是一种全新的基因表达调控模式:mRNA、假基因转录物和长链非编码RNA等转录物通过microRNA应答元件竞争结合相同的microRNA来调控各自的表达水平,从而影响细胞的功能.迄今为止,多家实验室已从生物信息学、细胞... 详细信息

竞争性内源RNA(ceRNA)假说是一种全新的基因表达调控模式:mRNA、假基因转录物和长链非编码RNA等转录物通过microRNA应答元件竞争结合相同的microRNA来调控各自的表达水平,从而影响细胞的功能.迄今为止,多家实验室已从生物信息学、细胞生物学和动物实验等层面验证了该假说.本文追溯了ceRNA假说提出的历程,讨论了ceRNA调控网络的影响因素,并提出了一些有待进一步完善的内容.ceRNA假说大大拓展了人类基因组中功能遗传信息的范畴,也为解析一些人类疾病发生的机制提供了新线索.

关键词：基因表达调控竞争性内源RNA(ceRNA) 转录物 microRNA应答元件

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核仁小RNA在肿瘤发生中的作用

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中国生物化学与分子生物学报 2012年第12期28卷 1087-1092页

作者：肖丙秀夏天郭俊明宁波大学医学院生物化学与分子生物学研究所、浙江省病理生理学技术研究重点实验室宁波315211

核仁小RNA(small nucleolar RNA,snoRNA)是一类真核细胞核仁中的60～300个核苷酸长度的非编码RNA,主要参与rRNA和其它小RNA转录后的成熟加工过程.它们与肿瘤的关系曾一度被人们所忽视,然而,近年来有关snoRNA新功能的研究证明,它们与肿... 详细信息

核仁小RNA(small nucleolar RNA,snoRNA)是一类真核细胞核仁中的60～300个核苷酸长度的非编码RNA,主要参与rRNA和其它小RNA转录后的成熟加工过程.它们与肿瘤的关系曾一度被人们所忽视,然而,近年来有关snoRNA新功能的研究证明,它们与肿瘤的发生、发展密切相关.snoRNA以多种方式参与肿瘤的发生:一些snoRNA(如:U50、SNORD12、SNORD12b、SNORD12c、SNORD44和h5sn2等)具有抑癌活性,而另一些snoRNA(如:SNORD33、SNORD66、SNORD76、SNORD112、SNORD113、SNORD114、SNORA42、U70C和ACA59B等)具有促癌活性.另外,编码snoRNA基因的异常也被发现与肿瘤的发生有关.因此,开展snoRNA与肿瘤关系的研究将有可能为肿瘤诊治提供新线索.

关键词：核仁小RNA 肿瘤肿瘤发生促癌活性抑癌活性

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