检索结果-内蒙古大学图书馆

草地学报 2025年第3期33卷 739-747页

作者：孔卫青禚苏杨金宏安康学院现代农业与生物科技学院/陕西省蚕桑重点实验室陕西安康725000

本研究对苋色藜(Chenopodium amaranticolor)的叶绿体基因组进行了高通量测序、组装和注释分析,比较了藜属植物叶绿体基因组的特征和系统发育关系,发现苋色藜叶绿体基因组长152193 bp,GC含量37.25%,编码131个基因,其中蛋白质编码基因86... 详细信息

本研究对苋色藜(Chenopodium amaranticolor)的叶绿体基因组进行了高通量测序、组装和注释分析,比较了藜属植物叶绿体基因组的特征和系统发育关系,发现苋色藜叶绿体基因组长152193 bp,GC含量37.25%,编码131个基因,其中蛋白质编码基因86个,偏好使用A/U结尾的密码子。共线性和滑动窗口分析藜属植物叶绿体基因组具有较高序列相似性,核苷酸多态性主要在LSC和SSC区的基因间隔区以及ndhF和ycf1基因内部;SSR以单碱基重复为主,主要组成碱基为A、T;散在重复序列主要为正向重复和回文重复;系统发育分析苋色藜与台湾藜(Chenopodium formosanum)的亲缘关系较近;计算基于核基因的苋色藜与藜麦(Chenopodium quinoa)的遗传距离大于叶绿体基因。本研究可为藜属植物遗传结构与多样性、特异基因挖掘以及系统发育等研究提供参考。

关键词：苋色藜叶绿体基因组高通量测序系统发育

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千里光叶绿体基因组特征及系统发育分析

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中国野生植物资源 2025年第1期44卷 65-73页

作者：孔卫青江微杨金宏安康学院陕西省蚕桑重点实验室陕西安康725000 安康学院现代农业与生物科技学院陕西安康725000

目的:研究中药材千里光的叶绿体基因组特征,为千里光属植物的系统发育关系和进化研究提供依据。方法:通过高通量测序获得千里光的叶绿体基因组,Codon W、MISA、REPuter、MAFFT等软件分析其密码子偏好、SSR、重复序列、核苷酸多态性、系... 详细信息

目的:研究中药材千里光的叶绿体基因组特征,为千里光属植物的系统发育关系和进化研究提供依据。方法:通过高通量测序获得千里光的叶绿体基因组,Codon W、MISA、REPuter、MAFFT等软件分析其密码子偏好、SSR、重复序列、核苷酸多态性、系统发育等特征。结果:千里光叶绿体基因组大小为150 456 bp,编码133个基因,其中蛋白质编码基因88个,偏好使用A/U结尾的密码子。千里光属植物叶绿体基因组的简单重复序列以A/T型单核苷酸重复最多,散在重复序列主要类型为正向重复和回文重复。IR边界和基因组序列比对分析显示千里光属植物有一定的保守性,SSC区的变异程度最高。系统发育分析结果显示千里光属植物分为2个分支,千里光与Senecio asperifolius和Senecio nudicaulis的亲缘关系较近。结论:对千里光属植物叶绿体基因组特征及系统发育的比较研究,为千里光属植物的分子鉴定、遗传多样性和系统进化研究提供了依据。

关键词：千里光叶绿体基因组简单重复序列遗传多样性系统发育

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黄精对麦曲及其酿造黄酒挥发性风味的影响

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食品工业科技 2025年

作者：董建伟张国泰廖慧颖田洪磊耿敬章朱新鹏娄在祥陕西理工大学生物科学与工程学院陕西省资源生物重点实验室陕南秦巴山区生物资源综合开发协同创新中心秦巴生物资源与生态环境重点实验室柳州工学院食品与化学工程学院安康学院现代农业与生物科技学院江南大学食品学院

为研究黄精对麦曲及其酿造黄酒挥发性风味的影响，以普通麦曲（PTMQ）及其酿造黄酒（PTMQ-W）为对照，利用气相色谱-离子迁移谱（Gas Chromatography-Ion Mobility Spectrometry，GC-IMS）对添加2.5%和5%的黄精麦曲（HJ100，HJ200）及... 详细信息

为研究黄精对麦曲及其酿造黄酒挥发性风味的影响，以普通麦曲（PTMQ）及其酿造黄酒（PTMQ-W）为对照，利用气相色谱-离子迁移谱（Gas Chromatography-Ion Mobility Spectrometry，GC-IMS）对添加2.5%和5%的黄精麦曲（HJ100，HJ200）及其酿造黄酒（HJ100-W，HJ200-W）的挥发性风味物质进行了定性分析，并探究了风味化合物与微生物的相关性。结果表明，3种麦曲及其酿造黄酒的整体挥发性风味存在明显差异，黄精对麦曲及其酿造黄酒的风味均具有重要影响。3种麦曲共定性出10类46个挥发性味化合物，主要包括醇类（26%）、醛类（22%）及酯类（20%）；与PTMQ相比，HJ100和HJ200中醇类、醛类和酮类的含量升高，差异倍数较大的风味化合物有2-丁醇、反-2-己烯醛、1-己醛、2-甲基丁酸-3-甲基丁酯、2，3-丁二醇以及大部分酮类物质。3种黄酒共定性出9类37个挥发性风味化合物，主要包括酯类（36%）、醇类（28%）及醛类（11%）；与PTMQ-W相比，HJ100-W和HJ200-W中醇类、醛类及烯类的含量占比升高，差异倍数较大的风味化合物包括3-丁酸-甲基乙酯、异丁酸乙酯、α-蒎烯等。主要差异风味化合物的风味特征与果香味、甜味及酒味有关。将麦曲及其酿造黄酒中差异显著的风味化合物与麦曲优势微生物群落进行相关性分析，表明黄精促进麦曲中Puccinia、Pantoea及Klebsiella等微生物的生长繁殖间接提高麦曲及其酿造黄酒中的醇类、醛类等风味物质的丰度，为中草药制曲改善黄酒风味提供了理论依据和方法借鉴。

关键词：黄精麦曲黄酒挥发性风味化合物微生物群落相关性分析

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非洲猪瘟病毒拮抗宿主cGAS-STING信号通路的研究进展

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生物技术通报 2024年第3期40卷 109-117页

作者：赵鸿远刘强成温玉安康学院现代农业与生物科技学院安康725000 安康学院陕西省蚕桑重点实验室安康725000

非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)拥有多种逃逸宿主免疫应答的策略,造成病毒难以被宿主清除。cGAS-STING信号通路介导的天然免疫在抗ASFV感染中发挥了重要作用,然而病毒编码的多个蛋白靶向该通路中的不同分子以拮抗宿主的... 详细信息

非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)拥有多种逃逸宿主免疫应答的策略,造成病毒难以被宿主清除。cGAS-STING信号通路介导的天然免疫在抗ASFV感染中发挥了重要作用,然而病毒编码的多个蛋白靶向该通路中的不同分子以拮抗宿主的I型干扰素应答。利用基因编辑技术敲除这些病毒基因后,ASFV对宿主的致病性降低,成为基因缺失疫苗的研制潜在靶点。本文对目前已知参与调控宿主cGAS-STING信号通路的病毒蛋白进行总结,旨在阐明这些蛋白免疫逃逸cGAS-STING信号通路的分子机制,加深对ASFV免疫逃逸策略的理解,以期为ASFV致病机制研究与疫苗创制提供参考。

关键词：非洲猪瘟病毒天然免疫 cGAS-STING信号通路免疫逃逸

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茶网蝽线粒体基因组全序列测定及系统发育分析

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茶叶科学 2022年第6期42卷 839-850页

作者：杨金宏谢满超文欣茹陈蕊茹孔卫青安康学院现代农业与生物科技学院/陕西省茶叶省市共建重点实验室陕西安康725000 安康学院陕西省蚕桑重点实验室陕西安康725000

为明确茶网蝽(Stephanitis chinensis)线粒体基因组序列特征,探究其系统发育地位。利用Illumina和Sanger测序对陕西省安康市茶网蝽线粒体基因组进行测定。结果显示,茶网蝽线粒体基因组全长18085 bp,包含37个基因(13个蛋白质编码基因,22... 详细信息

为明确茶网蝽(Stephanitis chinensis)线粒体基因组序列特征,探究其系统发育地位。利用Illumina和Sanger测序对陕西省安康市茶网蝽线粒体基因组进行测定。结果显示,茶网蝽线粒体基因组全长18085 bp,包含37个基因(13个蛋白质编码基因,22个tRNA,2个rRNA)和1个3678 bp的控制区,基因排列与昆虫线粒体祖先基因顺序(Ancestralgeneorder)相同。基因组AT含量为78.10%。13个蛋白质编码基因中,6个以ATG起始,7个以ATT或ATA起始,10个以TAA或TAG为终止密码子,cox2、atp6和cox3以T终止,蛋白质编码基因使用频率最高的密码子是UUA、AUU、UUU和AUA,使用频率最高的氨基酸为亮氨酸(Leu)、异亮氨酸(Ile)、苯丙氨酸(Phe)和丝氨酸(Ser)。22个tRNA基因存在GU、UU、GA和AA错配23处,trnS1(GCU)缺少DHU臂,其他tRNA均能形成典型三叶草结构。控制区包含位于前端的3种非串联重复、4个(TTAG)_(n)和1个位于后端的串联重复序列,含有多个茎环结构。系统发育分析结果表明,茶网蝽与直脊冠网蝽(Stephanitis mendica)的亲缘关系最近,所有网蝽科聚为一簇,位于发育树的根部。

关键词：茶网蝽线粒体基因组序列分析系统发育

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野桑蚕基因组Survey分析及线粒体基因组注释

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基因组学与应用生物学 2021年第7期40卷 2505-2512页

作者：孟刚王瑞娴楚渠安康学院陕西省蚕桑重点实验室安康725000 安康学院现代农业与生物科技学院安康725000

为制定野桑蚕全基因组denovo测序策略及分析不同地理来源的野桑蚕(Bombyx mandarina)、家蚕(Bombyx mori)之间的亲缘关系,利用Illumina Hiseq 2500测序平台对单只雌性秦巴山区野桑蚕基因组进行Survey调研,分析基因组大小、杂合度、GC含... 详细信息

为制定野桑蚕全基因组denovo测序策略及分析不同地理来源的野桑蚕(Bombyx mandarina)、家蚕(Bombyx mori)之间的亲缘关系,利用Illumina Hiseq 2500测序平台对单只雌性秦巴山区野桑蚕基因组进行Survey调研,分析基因组大小、杂合度、GC含量等基本信息,对基因组进行初步组装;从测序数据中提取并组装线粒体基因组,基于其分析家蚕、野桑蚕的系统进化关系。结果获得测序clean data 25.8 Gb,基因组预估大小为456.5 Mb,杂合率为1.94%;基因组预组装结果Scaffold N50为1792 bp,Scaffold数量为737055;Contig N50为587 bp,Contig数量为1477268。线粒体组装和注释表明,野桑蚕线粒体长度为15662 bp,包含基因37个,没有发生基因重排;系统进化分析表明,中国野桑蚕总体上可构成2个以地理来源区分的南北群体,其中北方野桑蚕群体与家蚕亲缘关系最为接近。本研究表明,野桑蚕基因组杂合率较高,后续需综合利用第二代、三代测序方法,辅以Hi-C技术,才能组装获得高质量的野桑蚕基因组图谱,同时本研究支持了家蚕驯化起源于中国北方的观点,表明陕南秦巴山区可能是家蚕的驯化起源地之一。

关键词：野桑蚕基因组大小线粒体杂合率

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陕西秦巴山区野桑蚕线粒体COⅠ序列的遗传多样性与系统进化分析

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2020年第7期48卷 17-26页

作者：孟刚彭云武王瑞娴楚渠梁嘉俊凌君安康学院陕西省蚕桑重点实验室陕西安康725000 安康学院现代农业与生物科技学院陕西安康725000

【目的】分析野桑蚕(Bombyx mandarina)的遗传多样性,为发掘和利用其基因资源提供参考。【方法】克隆8份秦巴野桑蚕线粒体COⅠ序列,联合GenBank中39份家蚕、17份野桑蚕COⅠ序列,用DnaSP 5.0软件统计核苷酸多样性和单倍型多样性,采用MEG... 详细信息

【目的】分析野桑蚕(Bombyx mandarina)的遗传多样性,为发掘和利用其基因资源提供参考。【方法】克隆8份秦巴野桑蚕线粒体COⅠ序列,联合GenBank中39份家蚕、17份野桑蚕COⅠ序列,用DnaSP 5.0软件统计核苷酸多样性和单倍型多样性,采用MEGA X软件构建系统发育树,Network 5.0软件构建单倍型中介网络。基于64份COⅠ序列进行聚类分析,分析遗传多样性和单倍型中介网络,探讨家蚕起源。【结果】克隆了8份秦巴野桑蚕线粒体COⅠ及其侧翼序列,序列长1531 bp,序列间存在18处核苷酸变异,定义了4个单倍型,8份秦巴野桑蚕与沈阳、青州等北方野桑蚕亲缘关系最近。系统发育树将64份线粒体COⅠ序列聚为4个类群,其中中国野桑蚕聚为2个类群,一是来自陕西、辽宁、山东等的北方野桑蚕,与家蚕遗传距离为0.00721;二是来自江苏、湖北、重庆等的南方野桑蚕,与家蚕遗传距离为0.01959;日本野桑蚕群体与家蚕遗传距离为0.03196。64份COⅠ序列共存在84处单碱基变异位点,定义了31种单倍型。单倍型中介网络图显示,31种家蚕、野桑蚕单倍型总体上可分为3个支系,其中单倍型H_22可能为家蚕祖先单倍型。【结论】秦巴山区野桑蚕与北方省份的野桑蚕亲缘关系最近,秦巴山区可能是家蚕驯化的起源地之一。

关键词：野桑蚕遗传多样性聚类分析秦巴山区

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全长转录组测序技术在非模式植物转录组学研究中的应用

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分子植物育种 2019年第2期17卷 502-508页

作者：王瑞娴李川安康学院现代农业与生物科技学院安康725000 安康学院陕西省蚕桑重点实验室安康725000

转录组连接基因组遗传信息与蛋白质组,也是基因功能研究的基础和出发点。单分子测序技术是近年逐渐成熟的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,在转录组学研究方面较前代测序技术具有独到优势,应用前景广阔。在非模式植物的功能基因组... 详细信息

转录组连接基因组遗传信息与蛋白质组,也是基因功能研究的基础和出发点。单分子测序技术是近年逐渐成熟的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,在转录组学研究方面较前代测序技术具有独到优势,应用前景广阔。在非模式植物的功能基因组学研究中,全长转录本的获得可有力地推进相应基础研究水平,而第三代测序技术为此提供了较好的解决方案。本研究就目前技术较为成熟且应用较广泛的SMRT等单分子测序技术原理进行了介绍,综述了该技术在非模式植物转录组学研究中的应用现状,对其应用前景进行了展望。

关键词：单分子测序全长转录组 SMRT 非模式植物

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肥大性菌核病桑椹的转录组学分析

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蚕业科学 2020年第6期46卷 685-692页

作者：王瑞娴楚渠安康学院现代农业与生物科技学院陕西安康725000 安康学院陕西省蚕桑重点实验室陕西安康725000

桑椹肥大性菌核病是果桑中发病率最高、危害最严重的病害。本研究利用第二代高通量测序技术,对正常桑椹和感染肥大性菌核病的桑椹进行转录组测序,筛选差异基因,并与GO和KEGG数据库比对进行注释,分析感染肥大性菌核病相关基因。结果显示... 详细信息

桑椹肥大性菌核病是果桑中发病率最高、危害最严重的病害。本研究利用第二代高通量测序技术,对正常桑椹和感染肥大性菌核病的桑椹进行转录组测序,筛选差异基因,并与GO和KEGG数据库比对进行注释,分析感染肥大性菌核病相关基因。结果显示,测序共获得30.49 GB的数据,组装得到70788条UniGene序列,其中35714条UniGene获得注释信息,占全部UniGene的50.45%。差异基因表达分析发现,与对照组相比,感染肥大性菌核病的桑椹中有2217个基因表达上调,2724个基因表达下调。根据GO功能分类可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类63项功能组。根据KEGG代谢通路分析,1578个差异表达基因参与120个信号通路,其中56个基因参与植物激素信号转导,包括木葡聚糖内糖基转移/水解酶(XTH)、蛋白磷酸酶、转运蛋白、生长素应答蛋白、乙烯响应因子、脱落酸受体和多种转录因子等,36个基因参与植物与病原菌相互作用,包括蛋白激酶、钙调蛋白、爆发式氧化酶和分子伴侣等。本研究丰富了桑椹研究的转录组信息,获得了差异表达基因,为深入研究桑椹肥大性菌核病的致病机制及防治技术开发提供了理论基础。

关键词：桑椹肥大性菌核病转录组

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不同地域来源野桑蚕基于线粒体COⅠ序列的遗传多样性和系统进化分析

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蚕业科学 2018年第2期44卷 249-256页

作者：孟刚彭云武楚渠陕西省蚕桑重点实验室陕西安康725000 安康学院现代农业与生物科技学院陕西安康725000

家蚕（Bombyx mori）由野桑蚕（Bombyx mandarina）驯化而来,深入分析野桑蚕的遗传多样性,对发掘和利用其基因资源有重要意义。对来自秦巴山区的3份野桑蚕种质材料的线粒体COⅠ基因及其侧翼序列进行测序,并与从Gen Bank数据库中获取的1... 详细信息

家蚕（Bombyx mori）由野桑蚕（Bombyx mandarina）驯化而来,深入分析野桑蚕的遗传多样性,对发掘和利用其基因资源有重要意义。对来自秦巴山区的3份野桑蚕种质材料的线粒体COⅠ基因及其侧翼序列进行测序,并与从Gen Bank数据库中获取的15份野桑蚕、30份家蚕种质材料的线粒体COⅠ序列进行单核苷酸多态性（SNP）位点和遗传进化分析。16份中国野桑蚕种质材料之间、2份日本野桑蚕种质材料之间的COⅠ序列分别存在65个和10个碱基的差异;30份家蚕种质材料的COⅠ序列中只存在7个碱基的差异。与来自中国四川、江苏等地的野桑蚕相比,来自日本、中国山东青州及秦巴山区的野桑蚕具有更为丰富的SNP位点。18份野桑蚕种质材料和30份家蚕种质材料的COⅠ序列共定义了25种单倍型,其中野桑蚕18种,家蚕7种。基于18份野桑蚕种质材料、30份家蚕种质材料的COⅠ序列的聚类分析表明：18份野桑蚕种质材料的聚类与其地理来源存在一定关联性,四川、江苏等地的野桑蚕各自独立成一枝,来自秦巴山区的5份野桑蚕种质材料分别与来自山东青州、四川地区的野桑蚕聚类;家蚕与中国野桑蚕的亲缘关系较近,与日本野桑蚕的亲缘关系较远,而来源于安康市汉阴县、岚皋县、汉滨区及山东青州的野桑蚕又与家蚕的亲缘关系最为接近。研究结果表明即使同是来自秦巴山区的野桑蚕也存在丰富的遗传多样性,研究结果也再次佐证了家蚕起源于中国野桑蚕的论述。

关键词：野桑蚕线粒体COⅠ基因遗传多样性家蚕聚类分析

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