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安徽医科大学学报 2009年第3期44卷 299-301页

作者：何君肖风丽张晓燕孙良丹韩建文陆闻生张安平周伏圣郑厚峰杨森张学军安徽医科大学第一附属医院皮肤性病科合肥230022 安徽医科大学皮肤病研究所合肥230032 教育部重要遗传基因资源利用重点实验室(省部共建) 合肥230032 安徽医科大学皮肤病与性病学系合肥230032

目的研究9q33～34区域8个单核苷酸多态性(SNPs)与汉族人银屑病易感性的关系。方法结合本课题组银屑病易感基因的全基因组关联分析数据,应用Sequen-om Mass Array质谱阵列技术对9q33～34区域8个SNPs进行基因分型(1103例银屑病患者和1104... 详细信息

目的研究9q33～34区域8个单核苷酸多态性(SNPs)与汉族人银屑病易感性的关系。方法结合本课题组银屑病易感基因的全基因组关联分析数据,应用Sequen-om Mass Array质谱阵列技术对9q33～34区域8个SNPs进行基因分型(1103例银屑病患者和1104例正常对照),用Plink1.03软件对数据资料进行统计分析。结果8个SNPs的等位基因频率在病例组和对照组之间的差异无显著性(P>0.05)。结论9q33～34区域8个SNPs与汉族人银屑病易感性不相关。

关键词：银屑病/遗传学多态性单核苷酸

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HapMap计划掀起人类研究复杂疾病易感基因的浪潮

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安徽医科大学学报 2009年第3期44卷 289-291页

作者：张学军安徽医科大学第一附属医院皮肤性病科合肥230022 安徽医科大学皮肤病研究所合肥230032 教育部重要遗传资源利用重点实验室(省部共建) 合肥230032 安徽医科大学皮肤病与性病学系合肥230032

全基因组关联分析研究(GWAS)能精确揭示影响人民健康的重大疾病的易感性,从而阐明这些重大疾病的遗传学发病机制,是目前科学界公认的最为有效的重大疾病研究方法,被《科学》杂志评选为2007年世界十大科学进展之首。正是由于GWAS的兴起,... 详细信息

全基因组关联分析研究(GWAS)能精确揭示影响人民健康的重大疾病的易感性,从而阐明这些重大疾病的遗传学发病机制,是目前科学界公认的最为有效的重大疾病研究方法,被《科学》杂志评选为2007年世界十大科学进展之首。正是由于GWAS的兴起,掀起了人类基因组计划研究复杂疾病易感基因的浪潮。值得一提的是安徽医科大学皮肤病研究所已建立了目前国际上最为先进的GWAS平台,有关常见复杂疾病——银屑病易感基因的GWAS成果,已在国际顶级学术杂志《自然遗传》(Nat Genet,2009)上发表。本期以专题形式刊登的复杂疾病关联研究系列论文,均是前期GWAS的主要参与者,虽然报道的结果中有部分阴性结果,但对于后续的复杂疾病遗传易感性研究将起到重要的启示和借鉴作用。这些研究成果将会为复杂疾病的机制研究明确方向,为疾病预防、诊断和治疗提供新的契机,为优化的个体化诊断、治疗奠定了坚实的基础。

关键词：疾病遗传易感性

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麻风病的全基因组关联研究

麻风病的全基因组关联研究

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中华医学会第16次全国皮肤性病学术年会

作者：张福仁黄薇陈树民孙良丹刘红李毅崔勇颜潇潇杨海涛杨荣德初同胜张弛张林韩建文于功奇权晟于永翔张铮史本青张连华程晖王昌媛林燕郑厚峰付希安左先波王强龙恒孙一萍程义林田洪青周伏圣刘华绪陆闻生何素敏杜文丽沈珉金祺祎王颖 Hui-Qi Low Tantoso Erwin 李金勇赵欣娇曰林毛立国殷刚姜珍霞王晓东于京平胡宗厚巩翠华柳玉强刘瑞玉王德民魏东刘金献曹巍鲲曹恒仲李永平阎维国魏世玉王奎军 Martin L Hibberd 杨森张学军刘建军山东省皮肤病性病防治研究所上海国家人类基因组健康与疾病基因组学重点实验室安徽医科大学第一附属医院皮肤科教育部和安徽省重大疾病基因资源利用重点实验室/安徽医科大学皮肤性病学教研室新加坡基因组研究所江苏省疾病预防控制中心云南省文山州皮肤病防治所安徽省皮肤病防治所潍坊市皮肤病防治所临沂市皮肤病防治所烟台市皮肤病防治所济宁市皮肤病防治所枣庄市皮肤病防治院青岛市疾病预防控制中心济南市皮肤病防治院威海市疾病预防控制中心日照市皮肤病防治所淄博市疾病预防控制中心栖霞市皮肤病防治所临朐县皮肤病防治站诸城市皮肤病防治站邹城市皮肤病防治站临沭县皮肤病防治站费县第二人民医院泗水县皮肤病防治站滕州市皮肤病防治站寿光市皮肤病防治站莱西市皮肤病防治站平度市皮肤病防治站

背景:麻风分枝杆菌宿主的局限和难以在体外培养,限制了对麻风的研究及其生物学方面的了解。宿主的遗传因素不仅影响对麻风菌的易感性,也影响麻风病的病程。方法 :本研究采用Illumina Human 610-Quad BeadChips对706个麻风病例及1225个... 详细信息

背景:麻风分枝杆菌宿主的局限和难以在体外培养,限制了对麻风的研究及其生物学方面的了解。宿主的遗传因素不仅影响对麻风菌的易感性,也影响麻风病的病程。方法 :本研究采用Illumina Human 610-Quad BeadChips对706个麻风病例及1225个正常对照进行全基因组扫描,扫描的结果采用PLINK软件进行统计学分析。根据分析结果对可能阳性的93个SNPs位点在3254个麻风病例及5955个正常对照中验证,以确定麻风病的易感基因。同时我们在麻风的不同临床型别中进行了异质性检验,以期发现与型别相关的易感基因。结果:（1）研究发现位于6个区域的15个SNPs达到了全基因关联研究水平(P值<1.0×10),定位了6个麻风病的易感基因:HLA-DR,RIPK2,TNFSF15,CCDC122,C13ORF31,NOD2。另外LRRK2基因对应SNP的P值为5.10×10,提示该基因可能为麻风病的易感基因。（2）研究发现5个SNPs在多菌型麻风病中的遗传效力强于少菌型。结论:位于调节固有免疫NOD2介导的信号通路中基因的变异与麻风病的易感性相关。

关键词：麻风病易感基因易感性全基因组关联研究

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COMT基因遗传多态性与汉族人白癜风易感性关联分析

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安徽医科大学学报 2009年第3期44卷 302-304页

作者：王丹妮权晟袁锋张麟左先波孙良丹杨森张学军安徽医科大学第一附属医院皮肤性病科合肥230022 安徽医科大学皮肤病研究所合肥230032 教育部重要遗传病基因资源利用重点实验室(省部共建) 合肥230032 安徽医科大学皮肤性病学系合肥230032

目的研究汉族人COMT基因多态性与白癜风易感性的相关性。方法应用Illumina 610-Quad芯片在1123例白癜风患者和1227例正常对照中进行全基因组关联分析,选取芯片上覆盖COMT基因的单核苷酸多态性(single nu-cleotide polymorphism,SNP)分... 详细信息

目的研究汉族人COMT基因多态性与白癜风易感性的相关性。方法应用Illumina 610-Quad芯片在1123例白癜风患者和1227例正常对照中进行全基因组关联分析,选取芯片上覆盖COMT基因的单核苷酸多态性(single nu-cleotide polymorphism,SNP)分型数据,用Plink1.03软件进行分析处理。结果COMT基因上10个SNP位点的等位基因频率在病例组和对照组之间差异无统计学意义(rs1544325,P=0.1802),(rs165722,P=0.1513),(rs165774,P=0.3729),(rs174675,P=0.6802),(rs2239393,P=0.4598),(rs4646312,P=0.4787),(rs4646316,P=0.4427),(rs4680,P=0.0886),(rs5993883,P=0.1819),(rs737866,P=0.1225)。结论COMT基因的10个SNP位点(rs1544325、rs165722、rs165774、rs174675、rs2239393、rs4646312、rs4646316、rs4680、rs5993883、rs737866)可能与汉族人白癜风易感性无关联。

关键词：白癜风多态性单核甘酸

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PSORS1区域单核苷酸多态性rs1265181与汉族人银屑病表型相关性研究

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安徽医科大学学报 2009年第3期44卷 292-295页

作者：朱铖垚范星张弛权晟唐先发李敏孙良丹刘建军张学军安徽医科大学第一附属医院皮肤性病科合肥230022 安徽医科大学皮肤病研究所合肥230032 教育部重要遗传病基因资源利用重点实验室(省部共建) 合肥230032 安徽医科大学皮肤性病学系合肥230032

目的研究PSORS1区域单核苷酸多态性(SNP)rs1265181与汉族人银屑病临床表型(有无家族史、发病年龄、皮损类型)的相关性。方法利用1139例银屑病患者和1132例对照的Illumina610芯片基因分型数据,采用χ2检验比较SNPrs1265181等位基因和基... 详细信息

目的研究PSORS1区域单核苷酸多态性(SNP)rs1265181与汉族人银屑病临床表型(有无家族史、发病年龄、皮损类型)的相关性。方法利用1139例银屑病患者和1132例对照的Illumina610芯片基因分型数据,采用χ2检验比较SNPrs1265181等位基因和基因型在各表型分组间的分布频率差异。结果rs1265181等位基因和基因型的分布频率在病例组与对照组、有家族史患者与无家族史患者之间的差异有显著性(P<0.05),在少儿发病患者与成人发病患者、点滴型患者与斑块型患者之间的差异无显著性(P>0.05)。结论SNPrs1265181与汉族人银屑病的易感性相关,特别是与家族性银屑病相关性更为明显,但与银屑病患者的发病年龄、皮损类型可能无显著相关性。

关键词：银屑病/遗传学多态性单核苷酸表型汉族

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PTPN22基因多态性与汉族人白癜风易感性关联分析

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安徽医科大学学报 2009年第3期44卷 308-310页

作者：袁锋权晟王丹妮张麟左先波孙良丹杨森张学军安徽医科大学第一附属医院皮肤性病科合肥230022 安徽医科大学皮肤病研究所合肥230032 教育部重要遗传病基因资源利用重点实验室(省部共建) 合肥230032 安徽医科大学皮肤性病学系合肥230032

目的研究PTPN22基因的5个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)rs3811021、rs2476599、rs3789607、rs1217407、rs1217418与汉族人白癜风易感性的关系。方法利用Illumina 610-Quad芯片对1123例白癜风患者和1227例正常对照进行全基因组关联分析,选取芯片上覆盖PTPN22基因的5个SNP位点分型数据,用Plink1.03软件对数据进行统计分析。结果PTPN22基因上的5个SNP位点的等位基因频率在病例组和正常组之间的差异无统计学意义(rs3811021,P=0.730),(rs2476599,P=0.099),(rs3789607,P=0.875),(rs1217407,P=0.636),(rs1217418,P=0.274)。结论PTPN22基因的5个SNP位点(rs3811021、rs2476599、rs3789607、rs1217407、rs1217418)可能与汉族人白癜风易感性不相关。

关键词：白癜风多态性单核苷酸

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IL-23R基因多态性与汉族人银屑病易感性关联分析研究

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安徽医科大学学报 2009年第3期44卷 321-324页

作者：任为沈颂科张晓燕张弛韩建文孙良丹崔勇周文明郑厚峰周伏圣杨森张学军安徽医科大学第一附属医院皮肤性病科合肥230022 安徽医科大学皮肤病研究所合肥230032 教育部重要遗传病基因资源利用重点实验室(省部共建) 合肥230032 安徽医科大学皮肤病与性病学系合肥230032

目的研究白细胞介素-23受体(IL-23R)基因多态性与汉族人银屑病易感性的关系。方法结合本课题组银屑病易感基因的全基因组关联分析数据,在1103例银屑病患者和1104例正常对照中,应用Sequenom Mass Array质谱阵列技术对IL-23R基因及其上、... 详细信息

目的研究白细胞介素-23受体(IL-23R)基因多态性与汉族人银屑病易感性的关系。方法结合本课题组银屑病易感基因的全基因组关联分析数据,在1103例银屑病患者和1104例正常对照中,应用Sequenom Mass Array质谱阵列技术对IL-23R基因及其上、下游各大约10kb范围内的8个标签单核苷酸多态性(TagSNP)进行基因分型,用Plink1.03软件对数据资料进行统计分析。结果8个TagSNP位点的等位基因频率在病例组和对照组之间的差异无统计学意义(P>0.05)。结论IL-23R基因多态性可能与汉族人银屑病易感性无关联。

关键词：银屑病遗传学多态性单核苷酸

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PXK基因多态性与汉族人系统性红斑狼疮易感性关联分析

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安徽医科大学学报 2009年第3期44卷 325-327页

作者：张鑫韩建文沈颂科范星杨春俊郑厚峰周伏圣孙良丹杨森张学军安徽医科大学第一附属医院皮肤性病科合肥230022 安徽医科大学皮肤病研究所合肥230032 教育部重要遗传病基因资源利用重点实验室(省部共建) 合肥230032 安徽医科大学皮肤病与性病学系合肥230032

目的研究PXK基因多态性与汉族人系统性红斑狼疮(SLE)易感性的相关性。方法利用Illumina 610-Quad芯片对590例SLE患者和1135例正常对照样本进行基因分型,选取PXK基因的单核苷酸多态性(SNP)分型数据,用Plink1.03软件进行统计分析。结果PX... 详细信息

目的研究PXK基因多态性与汉族人系统性红斑狼疮(SLE)易感性的相关性。方法利用Illumina 610-Quad芯片对590例SLE患者和1135例正常对照样本进行基因分型,选取PXK基因的单核苷酸多态性(SNP)分型数据,用Plink1.03软件进行统计分析。结果PXK基因上7个SNPs(rs6445975、rs7622074、rs6786088、rs12637163、rs9817356、rs11710823和rs6767291)的等位基因频率在病例组和对照组间差异无统计学意义(P>0.05)。结论PXK基因多态性可能与汉族人SLE易感性不相关。

关键词：红斑狼疮系统性多态性单核苷酸

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COL11A1基因启动子多态与汉族人身高的关联分析

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安徽医科大学学报 2009年第3期44卷 331-334页

作者：周伏圣孙良丹高敏左先波杜文辉肖风丽方巧云杨森张学军教育部重要遗传病基因资源利用重点实验室(省部共建) 合肥230032 安徽医科大学皮肤病研究所合肥230032 安徽医科大学皮肤病与性病学系合肥230032 安徽医科大学第一附属医院皮肤性病科合肥230022

目的探讨COL11A1基因启动子多态与汉族人群成人身高的相关性。方法分析1289例汉族人全基因组分型数据,发现位于COL11A1基因启动子区域的标签SNPs rs6692914和rs11164719与身高显著相关(P分别为6.0×10-4和8.1×10-4)。对两个SNP... 详细信息

目的探讨COL11A1基因启动子多态与汉族人群成人身高的相关性。方法分析1289例汉族人全基因组分型数据,发现位于COL11A1基因启动子区域的标签SNPs rs6692914和rs11164719与身高显著相关(P分别为6.0×10-4和8.1×10-4)。对两个SNPs在另一独立人群1073例样本进行验证,Plink软件计算累加模式下线性回归P值及等位基因对身高的贡献效应值。结果COL11A1基因rs6692914和rs11164719与汉族人群身高相关,其线性回归Pcombined值分别为1.8×10-5和1.9×10-5。rs6692914等位基因A对总体样本身高的贡献值为0.54cm。结论COL11A1基因启动子多态可能与汉族人群身高相关。

关键词：身高遗传学多态性单核苷酸汉族

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LCE3D基因多态性与汉族人寻常型银屑病表型的相关性研究

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安徽医科大学学报 2009年第3期44卷 337-340页

作者：唐先发李敏朱城垚路顺孙良丹郑厚峰王培光高敏周文明杜卫东杨森张学军安徽医科大学第一附属医院皮肤性病科合肥230022 安徽医科大学皮肤病研究所合肥230032 教育部"重要遗传病基因资源利用"重点实验室(省部共建) 合肥230032 安徽医科大学皮肤病与性病学系合肥230032

目的探讨LCE3D基因多态性rs4085613位点与汉族人寻常型银屑病临床表型(发病年龄、家族史及临床类型)的相关性。方法选取1139例患者和1132例正常对照的LCE3D基因多态性rs4085613位点基因分型资料(基因分型采用Illumina 610芯片)。χ2检... 详细信息

目的探讨LCE3D基因多态性rs4085613位点与汉族人寻常型银屑病临床表型(发病年龄、家族史及临床类型)的相关性。方法选取1139例患者和1132例正常对照的LCE3D基因多态性rs4085613位点基因分型资料(基因分型采用Illumina 610芯片)。χ2检验用于比较各组间基因型和等位基因频率的分布。结果病例组与对照组间LCE3D基因多态性rs4085613位点基因型和等位基因频率分布差异具有统计学意义(P<0.05)。少儿发病患者与成人发病患者、家族史阳性患者与阴性患者、急性点滴型患者与慢性斑块型患者之间的基因型和等位基因频率分布差异均无统计学意义(P>0.05)。结论LCE3D基因rs4085613遗传多态性与汉族人寻常型银屑病的易感性相关,但与发病年龄、家族史及临床类型可能无明显相关性。

关键词：银屑病/遗传学多态性单核苷酸表型

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