为探究稻鱼综合种养对土壤微生物多样性的影响，本研究采用16S测序技术，对实施稻鱼综合种养模式和水稻单一栽培模式下的土壤进行了微生物对比分析。结果表明，土壤样品中绿弯菌门（Chloroflexi）、酸杆菌门（Acidobacteriota）在第2个月和第4个月的土壤中差异显著；在属水平上，杆菌属（Bacillus）、酸杆菌属（Acidobacteriales）在部分时期存在显著差异，而梭状芽孢杆菌（Clostridium sensu stricto）在3个时期均存在显著差异，其中杆菌属（Bacillus）在稻鱼综合种养模式下较仅水稻种植模式在第4个月时显著降低，而梭状芽胞杆菌属则在各时期均显著增加。对2种模式下土壤微生物进行多样性和功能富集分析表明，稻鱼综合种养模式下从放鱼养殖1月到4月土壤微生物chao多样性指数极显著提升了，提升幅度大于水稻单一种植模式；稻鱼综合种养模式下土壤微生物在化学异养、有氧化能异养、固氮、甲基营养、碳氢化合物分解、甲烷营养、动物寄生虫或共生体等功能上存在显著差异，其中稻鱼综合种养模式下土壤的固氮和甲烷营养代谢功能微生物富集量显著提高。综上表明，稻鱼综合种养模式养殖不仅能够增产增收，而且对于改善土壤微生物多样性、提升肥力作用显著，土壤生态效益量化指标提升显著。
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