检索结果-内蒙古大学图书馆

基于引物交换反应的非标记荧光探针用于脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1的高灵敏检测

分析化学 2025年第3期53卷 464-471页

作者：王芸花王乐如杨力改陈佳政杜雨润侯嘉慧翟翔赵旭华于保锋山西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室

脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1(Apurinic/apyrimidinic endonuclease 1, APE 1)是一种多功能蛋白质，在DNA修复和基因表达调控中发挥重要作用。由于APE 1在多种癌症中过表达，因此可作为癌症生物标志物，用于辅助临床诊断、指导用药及预后... 详细信息

脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1(Apurinic/apyrimidinic endonuclease 1, APE 1)是一种多功能蛋白质，在DNA修复和基因表达调控中发挥重要作用。由于APE 1在多种癌症中过表达，因此可作为癌症生物标志物，用于辅助临床诊断、指导用药及预后监测。本研究采用引物交换反应（Primer exchange reaction, PER）策略，设计了一种非标记型荧光探针，用于APE 1活性的高灵敏检测。当体系中不存在APE 1时，催化发夹（Catalytic hairpin, HP）的结构稳定，无G-四链体（G-quadruplex）生成。此时，游离的硫磺素T(Thioflavin T,ThT)不发射荧光，体系的背景荧光很低。加入APE 1后，催化发夹上的无嘌呤/嘧啶（Apurinic/apyrimidinic,AP）位点被特异性识别并切割，断裂生成的短核酸序列可直接作为引物引发PER扩增，生成大量G-四链体。游离的ThT嵌入G-四链体结构并发出荧光，导致传感体系的荧光信号显著增强。PER扩增反应策略和催化发夹的低背景设计使此探针展现出很高的灵敏度，线性检测范围为0.001～0.07 U/mL，检出限（3σ）为0.0008 U/mL。此外，引物序列可由APE 1切割直接生成而不需要额外添加，这不仅提高了反应的特异性，还简化了操作步骤。非标记型荧光信号的使用大大降低了实验成本，实现了APE 1的快速检测。利用此荧光探针检测人血清样品中APE 1的含量，回收率在91%～104%之间，表明其在生物酶研究方面拥有巨大的应用潜力。

关键词：脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1 引物交换反应 G-四链体硫磺素T 非标记荧光探针

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NUF2对泛癌的预后和免疫治疗效果的预测价值

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南方医科大学学报 2025年第1期45卷 137-149页

作者：王耀彬陈柳燕罗伊凌申继清周素芳广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室//广西高校生物分子医学研究重点实验室广西南宁530021

目的探讨NUF2表达水平与肿瘤预后的关系及在肿瘤微环境中的作用。方法综合利用人类蛋白质图谱(HPA)、癌症基因组图谱(TCGA)、基因型-组织表达计划(GTEx)、癌细胞系百科全书(CCLE)、TIMER的数据集,采用生物信息学方法挖掘NUF2的潜在致癌... 详细信息

目的探讨NUF2表达水平与肿瘤预后的关系及在肿瘤微环境中的作用。方法综合利用人类蛋白质图谱(HPA)、癌症基因组图谱(TCGA)、基因型-组织表达计划(GTEx)、癌细胞系百科全书(CCLE)、TIMER的数据集,采用生物信息学方法挖掘NUF2的潜在致癌作用,包括剖析NUF2在各种类型肿瘤组织中的表达水平、预后价值及免疫价值;采用RT-qPCR、Western blotting、免疫组化(IHC)等实验检测NUF2在肝癌细胞系和肝癌患者癌组织及血液中的表达情况。利用基因本体论(GO)、基因组百科全书(KEGG)和基因集富集分析(GSEA)探索NUF2及相关基因的分子机制并在肝癌中构建了NUF2的竞争性内源RNA(ceRNA)网络。结果与正常组织相比,NUF2表达在27种肿瘤中上调并与多种类型肿瘤的临床分期相关(P<0.05)。在部分肿瘤中,NUF2的表达上调与肿瘤患者的不良预后(总体生存期、疾病特异性生存期、无病生存期和无进展生存期)相关(P<0.05)。NUF2表达水平与多种肿瘤的肿瘤突变负荷、微卫星不稳定、浸润免疫细胞(B细胞、髓样树突状细胞、中性粒细胞、CD4+T细胞)、免疫细胞maker基因(CCR7、CD163、CD19、CD4、CD79A、CD8A、CD8B、IRF5、ITGAX和MS4A4A)以及免疫检查点基因(CTLA4、HAVCR2、LAG3、PDCD1和PDCD1LG2)呈正相关(P<0.05)。RT-qPCR等实验结果显示NUF2在肝癌细胞系、肝癌患者癌组织和血液中表达上调(P<0.05),其中肝癌患者经手术治疗之后,使得血液中NUF2表达下调(P<0.05)。GO和KEGG富集分析表明,NUF2相关基因与染色体分离、微管运动以及细胞周期相关(P<0.05)。GSEA分析提示,在肝癌中NUF2高表达与甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢以及调控神经活性配体受体相互作用有关(P<0.05)。结论NUF2在27种肿瘤中表达上调并与部分肿瘤的临床分期、不良预后有关。此外NUF2的表达与多种肿瘤的免疫细胞浸润密切相关,可能作为这些癌症免疫治疗效果的潜在预测因子。

关键词： NUF2 泛癌分析免疫浸润预后

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泛凋亡在肿瘤中的研究进展

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生理学报 2025年第02期77卷 277-288页

作者：罗伊凌陈柳燕王耀彬周素芳广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室广西高校生物分子医学研究重点实验室

泛凋亡(PANoptosis)是一种由泛凋亡复合体调控的程序性细胞死亡，具有细胞焦亡、凋亡和(或)坏死性凋亡的关键特征。作为最复杂的程序性细胞死亡方式，泛凋亡涉及多种程序性细胞死亡之间的补偿作用，可以通过多种信号通路调节肿瘤细胞的... 详细信息

泛凋亡(PANoptosis)是一种由泛凋亡复合体调控的程序性细胞死亡，具有细胞焦亡、凋亡和(或)坏死性凋亡的关键特征。作为最复杂的程序性细胞死亡方式，泛凋亡涉及多种程序性细胞死亡之间的补偿作用，可以通过多种信号通路调节肿瘤细胞的增殖，迁移和侵袭等恶性表型的发生过程，从而影响恶性肿瘤的进展。研究发现泛凋亡在肿瘤进展和治疗中具有抑癌和促癌双重作用，因此深入研究泛凋亡在肿瘤发生、发展中的相关分子机制意义重大。本文综述了细胞凋亡、焦亡和坏死性凋亡的分子机制，总结了泛凋亡及其复合体的激活和调控机制以及泛凋亡在肿瘤发生、发展中的作用，以期为癌症治疗和预后评估提供新的思路。

关键词：细胞凋亡焦亡坏死性凋亡泛凋亡泛凋亡复合体肿瘤

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丹皮酚对人神经母细胞瘤细胞帕金森病模型的保护作用及其初步机制

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解放军医学杂志 2025年第1期50卷 69-75页

作者：孙胜男和璐璐秦劭晨徐磊王利然于保锋马存根樊慧杰柴智山西中医药大学多发性硬化益气活血重点研究室/神经生物学研究中心山西晋中 030619 山西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室山西太原 030001 山西中医药大学第一临床学院山西太原 030024 山西中医药大学第二临床学院山西太原 030012

目的探究丹皮酚(PAE)对过表达α-突触核蛋白(α-Syn)诱导的人神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)损伤中自噬的影响及其相关作用机制.方法以SH-SY5Y细胞为对照组,含A53T-α-Syn突变的SH-SY5Y细胞为模型组、PAE(150 μg/ml)组、3-甲基腺嘌呤(3-M... 详细信息

目的探究丹皮酚(PAE)对过表达α-突触核蛋白(α-Syn)诱导的人神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)损伤中自噬的影响及其相关作用机制.方法以SH-SY5Y细胞为对照组,含A53T-α-Syn突变的SH-SY5Y细胞为模型组、PAE(150 μg/ml)组、3-甲基腺嘌呤(3-MA,1 mmol/L)组和PAE(150 μg/ml)+3-MA(1 mmol/L)组.采用CCK-8法检测各组细胞存活率,光学显微镜下观察细胞形态,Western blotting检测α-Syn和自噬通路相关蛋白Beclin-1、p62、微管相关蛋白轻链3-Ⅱ(LC3-Ⅱ)、磷酸化c-Jun氨基末端激酶(p-JNK)、Bcl-2表达水平.结果与对照组比较,模型组细胞存活率明显降低(P＜0.01),α-Syn蛋白表达水平明显增高(P＜0.001),自噬相关蛋白LC3-Ⅱ、Beclin-1蛋白表达水平明显降低(P＜0.01或P＜0.05),自噬底物蛋白p62蛋白表达水平升高(P＜0.05),调节自噬通路相关蛋白p-JNK、Bcl-2蛋白表达水平降低(P＜0.05或P＜0.01).与模型组比较,PAE组细胞存活率增高(P＜0.01),α-Syn、p62蛋白表达水平降低(P＜0.01或P＜0.05),LC3-Ⅱ、Beclin-1、p-JNK、Bcl-2蛋白表达水平增高(P＜0.05).与PAE组比较,PAE+3-MA组细胞α-Syn蛋白表达水平增高(P＜0.05).结论 PAE可缓解A53T-α-Syn突变诱导的SH-SY5Y细胞损伤,并通过激活自噬途径清除过表达的α-Syn,其机制可能与上调JNK/Bcl-2介导的自噬途径有关.

关键词：丹皮酚帕金森病 α-突触核蛋白自噬

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基于分子信标策略的CRISPR/Cas12a荧光传感器用于循环肿瘤DNA的放大检测

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分析化学 2023年第2期51卷 184-193页

作者：张函笑代晓春周亚楠吕旭珍弓韬赵旭华于保锋山西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室

构建了一种以分子信标（Molecular beacon, MB）为信号探针的CRISPR/Cas12a生物传感器，用于循环肿瘤DNA(Circular tumor DNA, ctDNA)的快速放大检测。MB具有良好的稳定性，其颈部末端分别标记有荧光素（FAM）和四甲基罗丹明（TAMRA）... 详细信息

构建了一种以分子信标（Molecular beacon, MB）为信号探针的CRISPR/Cas12a生物传感器，用于循环肿瘤DNA(Circular tumor DNA, ctDNA)的快速放大检测。MB具有良好的稳定性，其颈部末端分别标记有荧光素（FAM）和四甲基罗丹明（TAMRA）两种荧光基团。ctDNA不存在时，CRISPR/Cas12a体系无活性，无法切割MB，因此MB两端的荧光基团由于形成发夹结构的颈部相互靠近而发生荧光共振能量转移（Fluorescence resonance energy transfer, FRET），显示出TAMRA的荧光。当ctDNA存在时，ctDNA特异性识别Cas12a/crRNA二元复合物并激活Cas12a的反式切割活性。由于单链DNA是Cas12a最敏感的底物，因此MB的环部单链首先被切割，继而引起颈部双链的解离而导致两种荧光团彼此远离，无法发生FRET，最终显示出FAM的荧光信号。对MB环部的碱基数目、MB浓度以及crRNA与Cas12a的浓度比例等实验条件进行了优化。在最优条件下，1.7～500 pmol/L范围内，ctDNA浓度与传感器在518 nm处的荧光强度呈线性关系，检出限为0.6 pmol/L(3σ)。将此传感器用于血清样品中ctDNA的检测，回收率在93%～110%之间。

关键词： CRISPR 生物传感器荧光共振能量转移循环肿瘤DNA

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线粒体核糖体蛋白质与人类恶性肿瘤

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中国生物化学与分子生物学报 2019年第6期35卷 620-624页

作者：张利桃杨利军杨涛山西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室山西医科大学基础医学院药理教研室太原030001

线粒体拥有自身独特的核糖体——线粒体核糖体,用于翻译线粒体DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)编码的基因。线粒体核糖体由核基因编码的线粒体核糖体蛋白质(mitochondrial ribosomal protein,MRPs)和线粒体自身编码的rRNA组装而成。MRPs... 详细信息

线粒体拥有自身独特的核糖体——线粒体核糖体,用于翻译线粒体DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)编码的基因。线粒体核糖体由核基因编码的线粒体核糖体蛋白质(mitochondrial ribosomal protein,MRPs)和线粒体自身编码的rRNA组装而成。MRPs表达失调会引发代谢紊乱、呼吸链受损,导致细胞发生功能障碍和异常增殖,甚至发生癌变等恶性转化。大量研究证明,MRPs在不同的肿瘤细胞中表达异常,提示着MRPs在肿瘤发生发展过程中发挥着重要作用。本文就线粒体核糖体蛋白质与人类恶性肿瘤发生的关系作一综述,为进一步阐明其在恶性肿瘤发生过程中的作用机制奠定基础。

关键词：线粒体核糖体蛋白质恶性肿瘤肿瘤发生

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氮氟共掺杂荧光碳点的制备及其在核黄素检测中的应用

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分析测试学报 2020年第6期39卷 762-768页

作者：张丽婷高杉马榕李宁波乔洁山西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室山西太原030001 山西医科大学基础医学院化学教研室山西太原030001

以柠檬酸、L-赖氨酸和氟化钠为原料,利用水热法制备了具有明亮蓝色荧光的氮氟共掺杂碳点(NFCDs),通过透射电子显微镜(TEM)、傅立叶变换红外光谱(FT-IR)、紫外-可见吸收光谱(UV-Vis)和荧光光谱对合成的NFCDs进行表征,并基于核黄素与NFCD... 详细信息

以柠檬酸、L-赖氨酸和氟化钠为原料,利用水热法制备了具有明亮蓝色荧光的氮氟共掺杂碳点(NFCDs),通过透射电子显微镜(TEM)、傅立叶变换红外光谱(FT-IR)、紫外-可见吸收光谱(UV-Vis)和荧光光谱对合成的NFCDs进行表征,并基于核黄素与NFCDs之间的荧光共振能量转移构建了NFCDs荧光探针用于核黄素的检测。在优化实验条件下,该方法对核黄素的线性范围为3.0~66.5μmol/L,检出限为0.26μmol/L,将其用于牛奶和奶粉中核黄素的测定,回收率为96.7%~103%。经MTT法测定NFCDs对HeLa细胞为低毒性,并成功用于细胞中核黄素的检测。

关键词：氮氟共掺杂碳点(NFCDs) 荧光探针荧光共振能量转移核黄素

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SSN6-TUP1复合物在真菌基因转录中的功能和机制

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中国生物化学与分子生物学报 2021年第12期37卷 1561-1568页

作者：王磊陆昕解军山西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室太原030001

精准的转录调控是保证细胞基因适时适量表达以应对外界环境变化的重要前提。SSN6-TUP1是酵母菌中第一个被鉴定的转录抑制复合物。过去十几年里,在其他的真菌中也发现了功能保守的同源蛋白质复合物。尽管在高等真核生物中未发现SSN6-TUP... 详细信息

精准的转录调控是保证细胞基因适时适量表达以应对外界环境变化的重要前提。SSN6-TUP1是酵母菌中第一个被鉴定的转录抑制复合物。过去十几年里,在其他的真菌中也发现了功能保守的同源蛋白质复合物。尽管在高等真核生物中未发现SSN6-TUP1的同源蛋白质,但是却鉴定出类似结构和功能的蛋白质复合物。研究发现,SSN6-TUP1复合物参与真菌多种生理过程,它主要是在转录水平通过调控基因的表达实现的。SSN6-TUP1不仅可以参与基因的转录抑制,还能介导基因的转录激活。此外,SSN6-TUP1调控目标基因转录的分子机制也呈现出多样性。本文综述了SSN6-TUP1复合物的蛋白质分子结构、细胞定位、翻译后修饰及其调控基因转录的分子机制,有助于强化人们对SSN6-TUP1参与真菌基因表达调控的理解和认识,也可为研究高等真核生物中类似蛋白质因子的生物学功能提供借鉴。

关键词： SSN6-TUP1 蛋白质结构细胞定位翻译后修饰转录抑制/激活

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基于双相动力学分析靶向药物联合应用对肝癌细胞SNU-387增殖的影响及其作用机制

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中国生物制品学杂志 2021年第10期34卷 1184-1190页

作者：刘畅裴晋红穆秀丽于保锋长治医学院基础部生物化学与分子生物学教研室山西长治046000 山西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室山西太原030001

目的基于双相动力学分析靶向药物联合应用对肝癌细胞SNU-387增殖的影响,并探讨其作用机制。方法 MTT法检测肝癌细胞SNU-387对11种酪氨酸激酶抑制剂(AZD6244、AZD6482、BGJ-398、BMS-754807、bosutinib、crizotinib、dasatinib、gefitinib、imatinib、sunitinib、HG6-64-1)的敏感性;分别采用单靶点动力学公式和双相动力学公式分析肝癌细胞SNU-387与BMS-754807、dasatinib和HG6-64-1的相互作用,计算拟合曲线的残差平方和(the sums of squared residues,SSR);Western blot法检测BMS-754807、dasatinib和HG6-64-1对SNU-387细胞关键信号通路的影响;MTT法检测BMS-754807、dasatinib和HG6-64-1联合应用对SNU-387细胞增殖的影响,计算减量指数(dose reduction index,DRI)。结果 SNU-387细胞对BMS-754807、HG6-64-1及1 μmol/L的dasatinib比较敏感。与单靶点动力学公式比较,双相动力学公式可更好地分析肝癌细胞SNU-387与酪氨酸激酶抑制剂的相互作用。BMS-754807、dasatinib和HG6-64-1联合应用时F1相靶点不重合,对SNU-387细胞增殖具有显著协同抑制作用。结论 BMS-754807、dasatinib和HG6-64-1通过同时抑制不同靶点协同抑制肝癌细胞SNU-387的增殖,三者联合应用有望成为一种治疗肝癌的潜在药物组合。

关键词：双相动力学分析肝癌细胞蛋白激酶抑制剂联合靶向治疗减量指数

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新型肿瘤免疫抑制靶点唾液酸结合免疫球蛋白样凝集素-15的生物信息学预测

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中国生物制品学杂志 2021年第2期34卷 135-140页

作者：文朝朝王晰魏艳李文龙王海龙郭睿赵虹张栋弓韬于保锋山西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室山西太原030001

目的预测唾液酸结合免疫球蛋白样凝集素-15(sialic acid binding Ig like lectin-15,SIGLEC-15)的生物学信息。方法应用多种生物信息学工具对SIGLEC-15的理化性质、组织表达特异性、亚细胞定位、空间结构、翻译后修饰位点、蛋白相互作... 详细信息

目的预测唾液酸结合免疫球蛋白样凝集素-15(sialic acid binding Ig like lectin-15,SIGLEC-15)的生物学信息。方法应用多种生物信息学工具对SIGLEC-15的理化性质、组织表达特异性、亚细胞定位、空间结构、翻译后修饰位点、蛋白相互作用等进行预测,同时建立SIGLEC-15的系统进化树,并进行分析。结果 SGLEC-15是一种碱性不稳定蛋白,具有亲水性,含有信号肽结构。SGLEC-15具有1个跨膜结构域,主要定位于细胞外(34.80%)、细胞膜(30.40%)、内质网(21.70%)和高尔基体(13.00%),在正常细胞及癌细胞中均有表达。SGLEC-15的高级结构弹性较大,拥有2个N-糖基化位点,1个O-糖基化位点及8个可能的蛋白磷酸化位点。SGLEC-15与TYROBP等4个蛋白具有高置信度的相互作用关系。人类SIGLEC-15与猩猩、白狨猴等灵长类动物SIGLEC-15的同源性最高,在脊椎动物进化过程中相对保守。结论 SIGLEC-15可作为肿瘤免疫抑制的靶点,为进一步肿瘤免疫疗法的研究奠定了基础。

关键词：唾液酸结合免疫球蛋白样凝集素-15 肿瘤免疫抑制靶点生物信息学

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