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医学信息 2022年第16期35卷 7-12页

作者：袁晓霞肖杨罗瑶敏魏晨蒋振川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室

目的运用生物信息学分析方法分析长链非编码RNA(CASC9)在细胞内的调控靶基因及信号通路，并对其进行生物学功能注释，阐述CASC9在细胞内的功能。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与CASC9有miRNA-lncRNA互作关系的miRNA，... 详细信息

目的运用生物信息学分析方法分析长链非编码RNA(CASC9)在细胞内的调控靶基因及信号通路，并对其进行生物学功能注释，阐述CASC9在细胞内的功能。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与CASC9有miRNA-lncRNA互作关系的miRNA，将结果取交集；在Starbase3.0数据库中预测miRNAs靶基因，并进行GO功能注释和Pathway通路富集。结果 miRDB数据库预测到50个miRNA与CASC9相作用，Starbase数据库预测到23个miRNA与之相作用，取交集共得当16个miRNA;GO功能注释显示16个miRNA的靶基因主要分布在细胞内金属离子功能，如镁离子等；生物学过程主要分布在蛋白质的磷酸化和信号通路方面；信号通路富集结果主要分布在泛素介导的蛋白质降解通路、Autophage相关信号通路、MAPK信号通路、RAS信号通路以及细胞内的肿瘤信号通路等。结论长链非编码RNA CASC9在细胞内的调控作用与镁离子结合、蛋白质磷酸化调控、蛋白质泛素化降解、自噬以及多种肿瘤发生信号通路密切相关，其可通过上述作用通路调控疾病的病理进展。

关键词： CASC9 长链非编码RNA 信号通路肿瘤

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长链非编码RNA-Hexokinase 2的生物信息学分析

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医学信息 2022年第19期35卷 1-5+10页

作者：魏晨蒋振川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室

目的运用生物信息学分析方法，分析长链非编码RNA-Hexokinase 2(HK2)在细胞内的调控靶基因及信号通路，并对其进行生物学功能注释，阐述lncRNA-HK2在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与lncRNA-HK2有miRN... 详细信息

目的运用生物信息学分析方法，分析长链非编码RNA-Hexokinase 2(HK2)在细胞内的调控靶基因及信号通路，并对其进行生物学功能注释，阐述lncRNA-HK2在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与lncRNA-HK2有miRNA-lncRNA互作关系的miRNA，将结果取交集。在Starbase3.0数据库中预测miRNAs靶基因，并进行GO功能注释和Pathway通路富集分析。结果在miRDB数据库预测到50个miRNAs与lncRNA-HK2相作用，Starbase3.0数据库预测到14个miRNAs与之相作用，取2个数据库的交集得到hsa-miR-374a-5p、hsa-miR-374b-5p 2个miRNAs;GO功能注释显示hsamiR-374a-5p的靶基因主要调控蛋白磷酸化、肿瘤发生通路、转录调控、DNA损伤反应、脂肪细胞分化及胚胎发育等基因及信号通路；hsa-miR-374b-5p作用的靶基因主要调控基因表达，调控序列特异性DNA结合转录因子的活性、翻译调控、细胞对于胰岛素的反应、细胞粘附及细胞周期等生物学过程，信号通路富集结果主要分布在TNF信号通路、RAS信号通路、人乳头状瘤病毒感染、转录错误调控及多种肿瘤信号通路等方面。结论长链非编码RNA HK2在细胞内的重要的调控作用，具体与蛋白磷酸化、肿瘤发生通路、转录调控、DNA损伤反应、翻译以及细胞周期等多条信号通路密切相关，其主要通过上述作用通路调控生理和病理进程。

关键词：长链非编码RNA-Hexokinase 2 信号通路蛋白磷酸化

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长链非编码RNA-MAL2的靶基因预测及信号通路富集分析

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医学信息 2022年第19期35卷 11-14页

作者：罗瑶敏蒋振川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室

目的运用生物信息学分析方法，分析长链非编码RNA-MAL2(lncRNA-MAL2)在细胞内的调控靶基因及信号通路，并对其进行生物学功能注释，阐述lncRNA-MAL2在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与lncRNA-MAL2有mi... 详细信息

目的运用生物信息学分析方法，分析长链非编码RNA-MAL2(lncRNA-MAL2)在细胞内的调控靶基因及信号通路，并对其进行生物学功能注释，阐述lncRNA-MAL2在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与lncRNA-MAL2有miRNA-lncRNA互作关系的miRNA，将结果取交集；在Starbase3.0数据库中预测miRNAs靶基因，并进行GO功能注释和Pathway通路富集。结果在miRDB数据库预测到95个miRNAs与lncRNA-MAL2相作用，Starbase3.0数据库预测到167个miRNAs与之相作用，取2个数据库的交集共获得5个miRNAs;GO功能注释显示其靶基因主要分布在镁离子结合、酶结合、蛋白激酶、蛋白泛素化等方面；生物学过程主要分布在细胞迁移、抑制细胞增殖、凋亡、蛋白转运和细胞周期等功能方面；信号通路富集主要分布在ErbB信号通路、生长激素合成、TNF信号通路、TGF-beta信号通路及雌激素信号通路等方面。结论 lncRNA-MAL2在细胞内的重要调控作用具体与酶结合、蛋白激酶、蛋白泛素化、细胞迁移、抑制细胞增殖、凋亡、蛋白转运和细胞周期等多条信号通路密切相关。

关键词： lncRNA-MAL2 调控靶基因细胞迁移蛋白泛素化

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长链非编码RNA-Keratin 8的调控通路分析

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医学信息 2022年第19期35卷 6-10页

作者：袁晓霞蒋振川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室

目的运用生物信息学分析方法，分析长链非编码RNA-细胞角蛋白8(KRT8)在细胞内的调控靶基因及信号通路，并对其进行生物学功能注释，阐述lncRNA-KRT8在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与lncRNA-KRT8有mi... 详细信息

目的运用生物信息学分析方法，分析长链非编码RNA-细胞角蛋白8(KRT8)在细胞内的调控靶基因及信号通路，并对其进行生物学功能注释，阐述lncRNA-KRT8在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与lncRNA-KRT8有miRNA-lncRNA互作关系的miRNA，将结果取交集；在Starbase3.0数据库中预测miRNAs靶基因，并进行GO功能注释和Pathway通路富集。结果在miRDB数据库预测到15个miRNAs与lncRNA-KRT8相作用，Starbase3.0数据库预测到60个miRNAs与之相作用，取2个数据库的交集共获得2个miRNAs;GO功能注释显示lncRNA-KRT8通过hsamiR-150-5p作用的靶基因主要调控蛋白结合、RNA结合、金属离子结合信号通路、转录调控作用及蛋白质的磷酸化过程；通过hsa-miR-512-3p作用的靶基因主要调控蛋白结合、DNA结合、金属离子的结合信号通路、蛋白质的泛素化降解过程；通过hsa-miR-150-5p主要调控ErbB信号通路、肿瘤中糖蛋白信号通路、miRNAs、胃癌信号通路等；通过hsa-miR-512-3p作用的信号通路主要是乙型肝炎、人T细胞白血病病毒、前列腺癌、胰岛素抵抗和MAPK信号通路等。结论长链非编码RNAKRT8在细胞内的调控作用具体与蛋白质的结合和金属离子结合及糖蛋白、脂代谢信号通路密切相关，其可通过上述作用通路调控疾病的病理进展。

关键词： lncRNA-KRT8 肿瘤靶基因信号通路

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IncRNA-HMGCS1的靶基因预测及信号通路富集分析

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医学信息 2022年第17期35卷 7-11页

作者：肖杨蒋振川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室四川南充637000

目的运用生物信息学方法,分析长链非编码RNA-HMGCS1在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述IncRNA-HMGCS1在细胞内的功能作用.方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中分别以IncRNA-HMGCS1作为目标基因,搜索... 详细信息

目的运用生物信息学方法,分析长链非编码RNA-HMGCS1在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述IncRNA-HMGCS1在细胞内的功能作用.方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中分别以IncRNA-HMGCS1作为目标基因,搜索与其结合的所有miRNAs,将2个数据库搜索的结果取交集,得到候选miRNAs.在Starbase3.0数据库中预测miRNAs的靶基因,并在DAVID数据库进行GO功能注释和Pathway通路富集.结果 miRDB数据库预测到95个miRNA与lncRNA-HMGCS1相作用,Starbase3.0数据库预测到167个miRNA与之相作用,选取2个数据库的交集共14个miRNA;GO功能注释显示14个miRNA的靶基因主要分布在转录调控、转录因子结合及细胞双链DNA结合等方面,生物学过程主要分布在细胞内转运,内质网-高尔基复合体物质转运等功能方面,信号通路富集结果主要分布在细胞衰老、细胞节律、细胞长时程增强以及泛素介导的蛋白降解方面.结论长链非编码RNA-HMGCS1调控的细胞内靶基因及信号通路主要包括内质网-高尔基复合体物质转运、细胞衰老、细胞节律、细胞长时程增强以及泛素介导的蛋白降解等方面,进而调控细胞的生理和病理过程.

关键词：生物学功能靶基因 IncRNA-HMGCS1 内质网-高尔基复合体

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dUTPase在胃癌中的表达及其对癌细胞增殖、迁移的影响

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中国细胞生物学学报 2022年第10期44卷 1885-1895页

作者：蒋振谢杰斌肖杨罗瑶敏魏晨袁晓霞川北医学院基础医学与法医学研究所南充637100 川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室南充637100 川北医学院附属医院胃肠外科南充637100 川北医学院药学院南充637100

脱氧尿苷三磷酸核苷酸水解酶(deoxyuridine 5’-triphosphate nucleotidohydrolase,dUTPase)是由DUT基因编码的DNA合成过程中的关键酶。研究显示其在维护基因组稳定性过程中充当基因组管家的作用,而其在胃癌中的表达及作用尚不清楚。该... 详细信息

脱氧尿苷三磷酸核苷酸水解酶(deoxyuridine 5’-triphosphate nucleotidohydrolase,dUTPase)是由DUT基因编码的DNA合成过程中的关键酶。研究显示其在维护基因组稳定性过程中充当基因组管家的作用,而其在胃癌中的表达及作用尚不清楚。该研究首先利用iTRAQ标记的定量蛋白组学从胃癌组织样本中鉴定出dUTPase高表达,经TIMER数据库分析得出dUTPase在胃癌中高表达,并经实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)及免疫组化(immunohistochemistry,IHC)等方法检测显示,dUTPase在胃癌组织中显著高表达,且其表达与组织学分级及TNM分期等临床病理因素相关。预后分析结果显示:dUTPase高表达与胃癌患者的首次进展生存期(first progression survival,FP)、总生存期(overall survival,OS)、复发后生存期(post progression survival,PPS)及HER2阳性状态显著相关。基因富集分析(gene set enrichments analysis,GSEA)结果显示:DUT高表达胃癌患者中有185条信号通路显著被激活,涉及DNA合成、DNA修复及基因组稳定性等多个方面。一系列体外功能实验结果显示,体外抑制DUT基因表达可显著抑制胃癌细胞的增殖及体外迁移。总之,该研究证实了dUTPase在胃癌中显著高表达,其表达可能与多条参与DNA合成、修复及基因组稳定性的肿瘤信号通路相关,靶向dUTPase可显著抑制胃癌细胞的增殖及迁移。

关键词： dUTPase GSEA 增殖迁移胃癌

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lncRNA-HMGCS1的靶基因预测及信号通路富集分析

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医学信息 2022年第17期35卷 7-11页

作者：肖杨蒋振川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室

目的运用生物信息学方法，分析长链非编码RNA-HMGCS1在细胞内的调控靶基因及信号通路，并对其进行生物学功能注释，阐述lncRNA-HMGCS1在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中分别以lncRNA-HMGCS1作为目标基因，... 详细信息

目的运用生物信息学方法，分析长链非编码RNA-HMGCS1在细胞内的调控靶基因及信号通路，并对其进行生物学功能注释，阐述lncRNA-HMGCS1在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中分别以lncRNA-HMGCS1作为目标基因，搜索与其结合的所有miRNAs，将2个数据库搜索的结果取交集，得到候选miRNAs。在Starbase3.0数据库中预测miRNAs的靶基因，并在DAVID数据库进行GO功能注释和Pathway通路富集。结果 miRDB数据库预测到95个miRNA与lncRNA-HMGCS1相作用，Starbase3.0数据库预测到167个miRNA与之相作用，选取2个数据库的交集共14个miRNA;GO功能注释显示14个miRNA的靶基因主要分布在转录调控、转录因子结合及细胞双链DNA结合等方面，生物学过程主要分布在细胞内转运，内质网-高尔基复合体物质转运等功能方面，信号通路富集结果主要分布在细胞衰老、细胞节律、细胞长时程增强以及泛素介导的蛋白降解方面。结论长链非编码RNA-HMGCS1调控的细胞内靶基因及信号通路主要包括内质网-高尔基复合体物质转运、细胞衰老、细胞节律、细胞长时程增强以及泛素介导的蛋白降解等方面，进而调控细胞的生理和病理过程。

关键词：生物学功能靶基因 lncRNA-HMGCS1 内质网-高尔基复合体

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代谢组学技术在食管癌标志物研究中的应用

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中国细胞生物学学报 2017年第2期39卷 238-243页

作者：蒋振张欣王含彦候丽魏玲川北医学院生物化学教研室南充637000 四川大学华西基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室成都610041

作为一门广泛应用于疾病、肿瘤、营养、药物及微生物等领域的组学技术,代谢组学已成为近年来组学技术的研究热点之一。食管癌是严重危害我国居民健康的恶性肿瘤,运用代谢组学技术在早期肿瘤标志物的筛选中取得了重要进展。该文对代谢组... 详细信息

作为一门广泛应用于疾病、肿瘤、营养、药物及微生物等领域的组学技术,代谢组学已成为近年来组学技术的研究热点之一。食管癌是严重危害我国居民健康的恶性肿瘤,运用代谢组学技术在早期肿瘤标志物的筛选中取得了重要进展。该文对代谢组学与食管癌研究作一综述,为食管癌防治工作提供参考依据。

关键词：代谢组学食管癌肿瘤标志物

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载脂蛋白CⅢ基因多态性对不同体质量指数青少年血脂水平的影响

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四川大学学报（医学版） 2015年第1期46卷 65-70,74页

作者：宋永砚龚仁蓉张珍李元昊樊梅胡敏珊方定志四川大学华西基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室成都610041 川北医学院基础医学院生物化学教研室南充637007

目的探讨载脂蛋白CⅢ基因(APOC3)SstⅠ和-482C>T多态性与不同体质量指数(BMI)健康青少年血脂水平的相关性。方法根据BMI将723例青少年按四分位数分为4组,从低到高依次为1组〔BMI=(17.80±0.75)kg/m2,n=180〕、2组〔BMI=(19.39... 详细信息

目的探讨载脂蛋白CⅢ基因(APOC3)SstⅠ和-482C>T多态性与不同体质量指数(BMI)健康青少年血脂水平的相关性。方法根据BMI将723例青少年按四分位数分为4组,从低到高依次为1组〔BMI=(17.80±0.75)kg/m2,n=180〕、2组〔BMI=(19.39±0.32)kg/m2,n=182〕、3组〔BMI=(20.68±0.43)kg/m2,n=181〕和4组〔BMI=(23.40±2.05)kg/m2,n=180〕。抽取空腹静脉血5mL,测定血脂,提取基因组DNA并采用PCR-RFLP法对APOC3 SstⅠ和-482C>T多态性位点进行分型。结果随着BMI增加,身高和高密度脂蛋白胆固醇降低(P<0.001);体质量、腰围、臀围、腰臀比、甘油三酯(TG)、总胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇升高(P<0.001)。SstⅠ多态性不同基因型青少年的血脂水平在1组、2组和3组中差异无统计学意义;在第4组中,血浆TG水平在不同基因型之间差异有统计学意义(P=0.022),S2等位基因携带者的TG水平高于S1S1基因型青少年。-482C>T多态性不同基因型青少年的血脂水平在各组中差异无统计学意义。结论在健康青少年中,APOC3 SstⅠ多态性S2等位基因对血浆TG的升高作用与BMI有关,降低体质量或可改善S2等位基因对血浆TG的增高作用。

关键词：载脂蛋白CⅢ基因体质量指数血脂多态性

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载脂蛋白A1基因rs670和rs5069多态性对不同体质量指数青少年血脂的影响

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中国医学科学院学报 2014年第4期36卷 369-376页

作者：宋永砚龚仁蓉张珍李元昊樊梅欧国进方定志四川大学华西基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室成都610041 川北医学院基础医学院生物化学教研室四川南充637007

目的探讨载脂蛋白A1基因(APOA1)rs670和rs5069多态性与不同体质量指数(BMI)健康青少年血脂水平的相关性。方法根据BMI将723名青少年分成4组,从低到高依次为1组[BMI=(17.80±0.75)kg/m2]、2组[BMI=(19.39±0.32)kg/m2]、3组[BMI=... 详细信息

目的探讨载脂蛋白A1基因(APOA1)rs670和rs5069多态性与不同体质量指数(BMI)健康青少年血脂水平的相关性。方法根据BMI将723名青少年分成4组,从低到高依次为1组[BMI=(17.80±0.75)kg/m2]、2组[BMI=(19.39±0.32)kg/m2]、3组[BMI=(20.68±0.43)kg/m2]和4组[BMI=(23.40±2.05)kg/m2]。测定身高、体质量、腰围、臀围、血压、心率、血脂及血糖等指标,计算BMI和腰臀比,提取基因组DNA并采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性法对研究群体进行APOA1 rs670和rs5069多态性分型。结果 APOA1 rs670和rs5069多态性不同基因型青少年的身高、体质量、BMI、腰围、臀围、腰臀比、血压、心率、血脂及血糖等指标在1、2和3组中差异均无统计学意义,4组rs670多态性A等位基因携带者的收缩压(P=0.017)和血糖水平(P=0.009)显著高于GG基因型青少年,rs5069多态性T等位基因携带者的身高(P=0.013)、体质量(P=0.011)和臀围(P=0.026)显著高于CC基因型青少年。结论在BMI较高的健康青少年中,APOA1 rs670多态性A等位基因与收缩压和血糖水平相关,降低体质量可能改善A等位基因对收缩压和血糖的增高作用。

关键词：载脂蛋白A1基因体质量指数血脂多态性

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