检索结果-内蒙古大学图书馆

中国全科医学 2018年第14期21卷 1750-1756页

作者：何伟明卢光兴梁碧玉何玉清广东医科大学公共卫生学院广东省东莞市523808 广东医科大学医学系统生物学研究所广东省东莞市523808 广东医科大学广东省分子诊断重点实验室广东省东莞市523808

消化系统肿瘤的发病率和死亡率均较高,肿瘤标志物与肿瘤的发生、发展密切相关,因此肿瘤标志物检测是当前进行癌症筛查和诊断的重要方法之一。但单一的肿瘤标志物检测灵敏度和特异度不高,不利于肿瘤的筛查和早期诊断。因此,开发高效的肿... 详细信息

消化系统肿瘤的发病率和死亡率均较高,肿瘤标志物与肿瘤的发生、发展密切相关,因此肿瘤标志物检测是当前进行癌症筛查和诊断的重要方法之一。但单一的肿瘤标志物检测灵敏度和特异度不高,不利于肿瘤的筛查和早期诊断。因此,开发高效的肿瘤标志物联合检测技术对消化系统肿瘤的早期诊断和治疗具有重要意义。本文系统地综述了消化系统肿瘤标志物联合检测的最新进展,为评价其在消化系统肿瘤诊疗方面的临床应用价值和发展前景提供理论依据。

关键词：消化系统肿瘤肿瘤标志物,生物学诊断综述

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基于CIBERSORT算法分析皮肌炎免疫浸润机制与中药治疗靶点预测

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中国免疫学杂志 2025年第4期41卷 783-791,I0001页

作者：王朴胡敏潘素跃黄巧陈东宇樊文龙杨晓雨王红心何玉清广东医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系广东医科大学医学系统生物学研究所东莞523808 东莞市寮步医院东莞523400

目的:基于生物信息学方法分析皮肌炎基因芯片并利用CIBERSORT反卷积算法探究皮肌炎关键基因的免疫浸润机制,预测其中药治疗靶点。方法:在GEO数据库检索皮肌炎基因芯片,筛选出差异共表达基因并进行分析;运用R软件包对差异共表达基因进行G... 详细信息

目的:基于生物信息学方法分析皮肌炎基因芯片并利用CIBERSORT反卷积算法探究皮肌炎关键基因的免疫浸润机制,预测其中药治疗靶点。方法:在GEO数据库检索皮肌炎基因芯片,筛选出差异共表达基因并进行分析;运用R软件包对差异共表达基因进行GO分析、KEGG分析、构建蛋白质互作网络(PPI);验证关键基因的表达水平;利用CIBERSORT反卷积法分析免疫细胞浸润机制;通过医学本体信息检索平台Coremine medical数据库,筛选皮肌炎的中药治疗靶点并进行归纳分析。结果:共筛选出196个差异共表达基因。GO富集分析显示这些差异共表达基因主要富集在病毒的防御反应、血液微粒、双链RNA结合、多肽抗原结合力等方面;KEGG富集分析显示其主要涉及RIG-Ⅰ样受体信号通路、Toll样受体信号通路等以及与皮肌炎发病相关的信号通路。本研究最终得到了STAT1、ISG15、IRF7、IRF94个皮肌炎关键基因。CIBERSORT算法分析结果显示,M1巨噬细胞、M2巨噬细胞、CD8+T细胞平均占比最高,是免疫浸润最明显的3种细胞;活化的自然杀伤细胞与活化的树突状细胞之间存在较为明显的正相关性,静息的肥大细胞与活化的肥大细胞之间存在较为明显的负相关性。通过Coremine medical数据库筛选出鱼脑石等相关中药治疗靶点;归经分析显示这些中药主要集中在肝经、肺经、脾经;功效分析则主要集中在清热、解毒、活血化瘀以及止咳化痰等方面。结论:本研究通过生物信息学方法得到了STAT1、ISG15、IRF7、IRF94个皮肌炎关键基因;通过CIBERSORT算法表明其与免疫浸润细胞之间存在较强相关性;筛选出了鱼脑石等具有治疗潜力的中药靶点,为研究皮肌炎的发病机制和治疗方法提供了新的参考。

关键词：皮肌炎 CIBERSORT 生物信息学免疫浸润中药靶点

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中国5种性传播感染的流行趋势

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中国循证医学杂志 2022年第7期22卷 778-784页

作者：杨晓雨陈东宇王红心樊文龙潘素跃胡敏黄巧王朴何玉清广东医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系广东医科大学医学系统生物学研究所广东东莞523808

目的分析1990—2019年我国5种性传播感染(STIs)的流行病学负担及变化趋势。方法从2019全球疾病负担数据库获取我国及其他地区STIs发病、患病及伤残调整生命年(DALY)指标的估计数和标准化率,评估我国STIs的流行病学负担及变化趋势。结果2... 详细信息

目的分析1990—2019年我国5种性传播感染(STIs)的流行病学负担及变化趋势。方法从2019全球疾病负担数据库获取我国及其他地区STIs发病、患病及伤残调整生命年(DALY)指标的估计数和标准化率,评估我国STIs的流行病学负担及变化趋势。结果2019年,STIs造成我国约2.42亿人患病,造成1.73亿新发病例和35万人年的DALY损失。与1990年相比,我国患病和发病人数分别增加了59.75%和30.02%,DALY数量下降了35.19%。1990—2019年,15~49岁中青年组衣原体感染和淋菌感染的发病率、生殖器疱疹和滴虫病的DALY率呈上升趋势。5种STIs中,滴虫病感染对女性造成的疾病负担远高于男性。随着社会人口学指数(SDI)的增加,我国STIs负担逐渐降低,在SDI超过0.65后,标化DALY率下降速度加快。结论我国STIs总体疾病负担在1990—2019年呈下降趋势,但15~49岁中青年的疾病负担最重,尤其在滴虫病和衣原体感染上。

关键词：中国性传播感染伤残调整生命年流行趋势

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胃癌相关mRNA和miRNA融合网络构建及关键节点分析

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中华肿瘤防治杂志 2020年第8期27卷 612-618页

作者：赵小蕾陈应坚廖苑君修良昌覃继恒饶绍奇广东医科大学医学系统生物学研究所广东东莞523808 广东医科大学公共卫生学院广东东莞523808

目的胃癌是一种常见的消化道恶性肿瘤,多个基因和miRNA参与了胃癌的发生、发展和转移。本研究选取胃癌相关的mRNA和miRNA表达数据,利用生物信息学方法构建胃癌相关的mRNA-miRNA融合网络并识别胃癌相关的关键基因。方法从基因表达综合数... 详细信息

目的胃癌是一种常见的消化道恶性肿瘤,多个基因和miRNA参与了胃癌的发生、发展和转移。本研究选取胃癌相关的mRNA和miRNA表达数据,利用生物信息学方法构建胃癌相关的mRNA-miRNA融合网络并识别胃癌相关的关键基因。方法从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中选取胃癌相关的mRNA(GSE54129)和miRNA(GSE23739)表达数据,利用GEO2R筛选出差异表达mRNA和miRNA,利用STRING数据库和DAVID软件进行网络构建和功能富集分析,应用Cytoscape软件进行网络拓扑结构分析,应用TFcheckpoint数据库识别网络中的转录因子,应用Kaplan-Meier ploter进行生存分析。结果共计识别出704个差异表达的mRNA和38个差异表达的miRNA。构建的mRNA和miRNA融合网络包含了71个基因、15个miRNA和145条边。这些基因主要富集到RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、细胞黏附、细胞外空间(基质和胞外囊泡)和肝素结合等(经Benjamini校正后均P<0.05)。通过网络拓扑学结构分析识别出了14个胃癌相关的关键节点,其中包含CTNNB1、IGF1、THBS1、PTGS2、ACTA2、CTGF和APOE 7个基因,hsa-miR-375、hsa-miR-107、hsa-miR-199a-3p、hsa-miR-513a-5p和hsa-miR-146b-5p 5个miRNA,SOX2和GATA62个转录调控因子。针对以上7个基因和2个转录调控因子的生存分析证实这些节点均与胃癌患者的生存曲线有关联,均P<0.05。结论胃癌的发生与发展受到涉及多个基因、miRNA和其他转录因子的生物分子网络调控,其关键节点对胃癌预后的预测有重要临床意义。

关键词：胃癌 mRNA miRNA 转录因子网络

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基于转录组数据的网络分析挖掘鼻咽癌与口腔鳞癌的共享功能模块

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遗传 2019年第2期41卷 146-157页

作者：陈应坚廖苑君林帆孙胜南赵小蕾覃继恒饶绍奇广东医科大学公共卫生学院东莞523808 广东医科大学医学系统生物学研究所东莞523808

鼻咽癌和口腔鳞癌是两种在临床上高度相关的疾病,从分子层面系统性研究这两种疾病的相互关系却鲜见报道。本研究通过大规模的转录组数据分析识别鼻咽癌和口腔鳞癌的共享功能模块及其核心基因(一因多效模块和基因),以期阐明这两种疾病共... 详细信息

鼻咽癌和口腔鳞癌是两种在临床上高度相关的疾病,从分子层面系统性研究这两种疾病的相互关系却鲜见报道。本研究通过大规模的转录组数据分析识别鼻咽癌和口腔鳞癌的共享功能模块及其核心基因(一因多效模块和基因),以期阐明这两种疾病共享的分子机制。从GEO数据库获取这两种癌症的两套转录组数据,应用倍数法和经验贝叶斯方法筛选出鼻咽癌差异表达基因1279个,口腔鳞癌差异表达基因1293个,其中两者共享基因278个。以共享基因为种子,通过蛋白质-蛋白质互作知识引导构建基因网络,其中最大子网包含1290个基因和1766互作对。应用Newman算法提取了15个共享功能模块。对这些模块进行拓扑学分析,挖掘出58个核心基因,包括已知的与鼻咽癌或口腔鳞癌相关的基因(如PCNA、CDK1、STAT1、CCL5和MMP1等)和鲜有报道的基因(如MELK、NME1、RACGAP1、INHBA和NID1等)。通路富集分析发现鼻咽癌和口腔鳞癌的共享功能模块参与多个生物学通路,包括p53信号通路、ECM受体相互作用、黏着斑、细胞周期等。本研究表明鼻咽癌和口腔鳞癌具有相似的致癌机制,所挖掘的共享模块可能是这两种疾病演化的核心分子相互作用机制。

关键词：鼻咽癌口腔鳞癌基因芯片网络分析基因多效性

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亚洲5国居民1990—2019年特应性皮炎发病趋势年龄–时期–队列分析

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中国公共卫生 2023年第5期39卷 650-655页

作者：樊文龙陈东宇王红心杨晓雨何玉清广东医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系广东医科大学医学系统生物学研究所广东东莞523808 东莞市寮步医院

目的了解中国和亚洲4个发达国家居民1990—2019年特应性皮炎(AD)的发病趋势及年龄、时期、出生队列对AD发病率的影响,为我国AD的预防控制提供参考依据。方法收集2019年全球疾病负担研究(GBD2019)数据库中1990—2019年中国、日本、韩国... 详细信息

目的了解中国和亚洲4个发达国家居民1990—2019年特应性皮炎(AD)的发病趋势及年龄、时期、出生队列对AD发病率的影响,为我国AD的预防控制提供参考依据。方法收集2019年全球疾病负担研究(GBD2019)数据库中1990—2019年中国、日本、韩国、以色列和新加坡亚洲5国居民AD发病率相关数据,采用年估计变化百分比(EAPC)描述AD发病率的变化趋势,并构建年龄–时期–队列(APC)模型分析AD发病率的年龄、时期、出生队列效应及其对发病率的风险。结果1990—2019年中国居民AD年龄标化发病率逐年递增,EAPC值为0.0212%(95%CI=0.0077%~0.0347%);而日本、韩国、以色列和新加坡居民AD年龄标化发病率均逐年递减,EAPC值依次为-0.0433%(95%CI=-0.0655%~-0.0211%)、-0.0206%(95%CI=-0.0380%~-0.0032%)、-0.0073%(95%CI=-0.0077%~-0.0069%)和-0.0276%(95%CI=-0.0452%~-0.0099%)。APC模型分析结果显示,0~4岁和70~94岁居民是亚洲5国AD发病的高危人群;中国居民AD发病风险随时期推移而增加、随出生年份推进而下降,而日本、韩国、以色列和新加坡4个亚洲发达国家居民AD发病风险则随时期推移而下降、随出生年份推进而上升。结论中国居民1990—2019年AD的发病率逐年增加,较亚洲其他发达国家AD的防治工作需进一步完善,尤其应重点关注儿童和老年人AD的预防和控制。

关键词：特应性皮炎(AD) 发病趋势年龄–时期–队列(APC)模型亚洲

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中国1990年与2019年新生儿疾病负担比较

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中国公共卫生 2023年第5期39卷 556-561页

作者：王红心樊文龙杨晓雨陈东宇黄巧潘素跃王朴胡敏何玉清广东医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系广东医科大学医学系统生物学研究所广东东莞523808 东莞市寮步医院皮肤科

目的比较中国1990年与2019年新生儿疾病的疾病负担,为新生儿疾病的预防控制提供参考依据。方法收集2019年全球疾病负担研究(GBD 2019)中1990年和2019年中国新生儿疾病负担的相关数据,采用患病数、标化患病率、死亡数、标化死亡率、过早... 详细信息

目的比较中国1990年与2019年新生儿疾病的疾病负担,为新生儿疾病的预防控制提供参考依据。方法收集2019年全球疾病负担研究(GBD 2019)中1990年和2019年中国新生儿疾病负担的相关数据,采用患病数、标化患病率、死亡数、标化死亡率、过早死亡损失寿命年(YLLs)、标化YLLs率、伤残损失健康寿命年(YLDs)、标化YLDs率、伤残调整寿命年(DALYs)和标化DALYs率和年估计变化百分比(EAPC)等指标分析中国1990年与2019年新生儿疾病负担的变化情况。结果2019年与1990年比较,中国新生儿疾病的患病数和标化患病率均呈上升趋势,EAPC分别为2.83%(95%UI=2.59%~3.07%)和2.52%(95%UI=2.33%~2.72%);而死亡数和标化死亡率均呈下降趋势,EAPC分别为–6.40%(95%UI=–6.64%~–6.16%)和–5.10%(95%UI=–5.59%~–4.62%);YLDs和标化YLDs率上升,EAPC分别为4.05%(95%UI=3.88%~4.21%)和3.86%(95%UI=3.68%~4.04%);而YLLs、标化YLLs率、DALYs和标化DALYs率下降,EAPC分别为–6.40%(95%UI=–6.16%~–6.64%)、–5.11%(95%UI=–4.62%~–5.59%)、–4.75%(95%UI=–4.48%~–5.02%)和–4.09%(95%UI=–3.74%~–4.45%)。2019年中国新生儿疾病标化患病率、标化死亡率、标化YLLs率和标化DALYs率最高的均为新生儿早产,标化YLDs率最高的为新生儿脓毒症及其他新生儿感染。结论2019年与1990年比较,中国新生儿疾病的患病率和YLDs率上升,新生儿健康问题不容忽视,应落实新生儿保健的相关管理措施,对新生儿疾病早发现、早治疗,进一步降低新生儿疾病负担。

关键词：新生儿疾病疾病负担比较

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脂联素基因多态性与冠心病的关联研究

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临床心血管病杂志 2018年第6期34卷 585-588页

作者：赵小蕾覃继恒修良昌曾景堂陈应坚林美华饶绍奇广东医科大学医学系统生物学研究所广东东莞523808 广东医科大学公共卫生学院

目的:探讨广东汉族人群脂联素基因(ADIPOQ)单核苷酸多态性(SNP)位点与冠心病的关联性。方法:运用SNPscanTM多重SNP分型试剂盒对1 044例冠心病和1 349例健康对照进行SNP位点检测。χ~2检验和Logistic回归分析用于检测SNP位点与冠心病的... 详细信息

目的:探讨广东汉族人群脂联素基因(ADIPOQ)单核苷酸多态性(SNP)位点与冠心病的关联性。方法:运用SNPscanTM多重SNP分型试剂盒对1 044例冠心病和1 349例健康对照进行SNP位点检测。χ~2检验和Logistic回归分析用于检测SNP位点与冠心病的关联性。结果:冠心病组rs266729的GG、GC和CC基因型频数(频率)分别为69(6.6%)、385(36.9%)和590(56.5%),对照组分别为77(5.7%)、498(36.9%)和774(57.4%);冠心病组rs16861205位点的AA、AG和GG基因型频数(频率)分别为28(2.7%)、250(23.9%)和766(73.4%),对照组分别为37(2.7%)、365(27.1%)和947(70.2%)。两位点的等位基因和基因型频率在冠心病组和对照组间差异无统计学意义(P>0.05)。Logistic回归分析显示在3种遗传模型(加性、显性和隐性)下两位点的基因型不是冠心病的危险因素(P>0.05)。结论:本研究未提示脂联素基因rs266729和rs16861205位点与广东汉族人群冠心病有关联。

关键词：冠心病脂联素基因单核苷酸多态性

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基于Joinpoint回归和年龄-时期-队列模型分析中国皮肤癌的长期发病趋势

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中华疾病控制杂志 2022年第7期26卷 756-765页

作者：陈东宇杨晓雨王红心樊文龙何玉清广东医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系广东医科大学医学系统生物学研究所东莞523808 东莞市寮步医院皮肤科东莞523400

目的分析中国皮肤癌的发病趋势并分别估计其年龄、时期、队列效应。方法从2019年全球疾病负担研究中估计中国皮肤癌发病率的变化趋势。采用Joinpoint回归分析模型分析年度变化百分比和平均年度变化百分比(average annual percentage cha... 详细信息

目的分析中国皮肤癌的发病趋势并分别估计其年龄、时期、队列效应。方法从2019年全球疾病负担研究中估计中国皮肤癌发病率的变化趋势。采用Joinpoint回归分析模型分析年度变化百分比和平均年度变化百分比(average annual percentage change,AAPC);利用年龄-时期-队列模型评估年龄、时期和出生队列效应对皮肤癌发病率的影响。结果1990-2019年中国皮肤癌男性和女性年龄标准化发病率均上升。Joinpoint回归分析模型分析显示皮肤恶性黑色素瘤男性AAPC为2.8%(95%CI:2.6~3.0),女性AAPC为3.0%(95%CI:2.8~3.2);基底细胞癌男性AAPC为4.2%(95%CI:3.9~4.4),女性AAPC为4.0%(95%CI:3.7~4.3);鳞状细胞癌男性AAPC为3.7%(95%CI:3.5~3.9),女性AAPC为2.9%(95%CI:2.7~3.0)。此外,年龄-时期-队列模型表明无论男女,皮肤癌的发病风险均随年龄增长和年份推移而增加,且较晚出生的队列的发病风险均低于之前出生的队列。结论1990-2019年中国皮肤癌的发病率呈上升趋势,年龄越大、出生越早且生活在当代的人其发病风险更高。应重视皮肤癌的防治工作。

关键词：皮肤癌发病率 Joinpoint回归分析年龄-时期-队列模型

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细胞因子与特应性皮炎关系的双向孟德尔随机化分析

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中国免疫学杂志 2023年

作者：李伟佳彭怡黄巧王朴胡敏潘素跃刘凌宇戚嘉慧江千帆何玉清广东医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系广东医科大学医学系统生物学研究所东莞市寮步医院

目的：本文基于孟德尔随机化（Mendelian randomization，MR）方法，探讨41种细胞因子与特应性皮炎（atopic dermatitis，AD）的双向因果关联。方法：利用41种细胞因子和AD的全基因组关联研究（genome wide association study，GWAS）... 详细信息

目的：本文基于孟德尔随机化（Mendelian randomization，MR）方法，探讨41种细胞因子与特应性皮炎（atopic dermatitis，AD）的双向因果关联。方法：利用41种细胞因子和AD的全基因组关联研究（genome wide association study，GWAS）汇总数据进行工具变量（instrumental variable，IV）的筛选，并通过MR-PRESSO的离群值检验以及MR Steiger filtering方法排除影响MR分析结果的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）。使用逆方差加权法、MR-Egger回归和加权中值法进行两样本双向MR分析。MR-Egger截距项检验和Cochran’s Q检验对IVs的多效性和异质性进行检验，并通过散点图、漏斗图和留一图对MR结果进行可视化。结果：正向MR分析结果显示，MIG（IVW：OR=0.89；95%CI：0.81～0.97；P=0.006）会降低AD发病的风险。而IL5（IVW：OR=1.17；95%CI：1.01～1.36；P=0.042）和IL18（MR Egger：OR=1.17；95%CI：1.03～1.33；P=0.030）则会增加AD发病风险。反向MR分析结果显示，AD与MIG（IVW：Beta=0.10；95%CI：0.02～0.17；P=0.014）的增加有潜在的因果关联。敏感性分析均未表明纳入的IVs具有多效性与异质性。结论：MIG可能是AD进展过程中的重要标志物，与发病风险之间具有潜在的双向因果关联。IL5与IL18对AD具有潜在的正向因果关联。

关键词：特应性皮炎细胞因子孟德尔随机化因果推断

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