检索结果-内蒙古大学图书馆

广东海洋大学学报 2015年第6期35卷 1-8页

作者：刘金豆刘丽黄元佳广东海洋大学水产学院//南海水产经济动物增养殖广东省普通高校重点实验室//南海生物资源开发与利用协同创新中心广东湛江524088

以高通量测序技术Illumina Hi SeqTM2000对稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)进行转录组测序分析,共获得50 360 620条短序列(reads)。利用Trinity软件对所有reads从头组装后得到81 014条单基因簇(Unigenes),60 471条(74.58%)编码蛋白框(Coding Sequences,CDs)。与Nr(Non-redundant,非冗余)、COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins,蛋白相邻类的聚簇)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,京都基因与基因组百科全书)、Swissprot四大数据库比对共获得36 545条注释基因。其中与COG数据库比对获得14 491条注释基因,分为24个功能类别,其中参与一般功能预测类的Unigene数最多,有4 642条;KEGG分析比对获得16 021条注释基因,分成241类,包括代谢通路、钙离子信号通路、MAPK信号通路等,在所有通路中参与代谢途径的基因数最多,共有2 450条(15.29%);GO(Gene Ontology,基因本体)功能分类将Unigene分为47个类别。

关键词：转录组稀杯盔形珊瑚 Unigene 信号通路

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丛生盔形珊瑚ferritin基因cDNA的克隆及原核表达

丛生盔形珊瑚ferritin基因cDNA的克隆及原核表达

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2015年中国水产学会学术年会

作者：刘金豆刘丽刘楚吾广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东省普通高校重点实验室南海生物资源开发与利用协同创新中心

利用Polymerase Chain Reaction(PCR)技术获得丛生盔形珊瑚(Galaxea fascicularis)Ferritin(Fe)基因的全长c DNA。结果表明:该基因序列长680bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)为519bp,编码一条含172个氨基酸的多肽。采用PET-32a载体和BL21(DE3)菌株构建铁蛋白原核表达系统,通过异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(Isopropylβ-D-1-thiogalac-topyranoside)IPTG诱导,SDS-PAGE电泳显示出分子量大小约41k Da的特异性融合蛋白。对表达条件进行优化,发现当IPTG浓度为0.7mmol/L,温度为32℃时融合蛋白表达量达到最大。随着时间的延长蛋白表大量逐渐增多,6h获得最大量的融合蛋白。

关键词：丛生盔形珊瑚(Galaxea fascicularis) ferritin基因原核表达

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稀杯盔形珊瑚转录组分析

稀杯盔形珊瑚转录组分析

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第三届环北部湾高校研究生海洋论坛

作者：刘金豆刘丽广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东省普通高校重点实验室南海生物资源开发与利用协同创新中心广东湛江524088

本文使用高通量测序技术Illumina HiSeqTM2000对稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)进行转录组测序分析,共获得50360620条短序列(reads).利用Trinity软件对所有reads从头组装后得到81014条单基因簇(unigenes).60471条(74.58％)编码蛋白框(Coding Sequences,CDs).与Nr(Non-redundant,非冗余)、COG Cluster of Orthologous Groups of proteins,蛋白相邻类的聚簇)、KEGG Kyoto encyclopedia of genes and genomes,京都基因与基因组百科全书)、Swissprot四大数据库比对共获得36545条注释基因.其中与C0G数据库比对获得14491条注释基因并分为24个功能类别,参与一般功能预测类的unigene数最多,有4642条;KEGG分析比对获得16021条注释基因,分成241类,包括代谢通路、钙离子信号通路、MAPK信号通路等,在所有通路中参与代谢途径的基因数最多共有2450条(15.29％);GO(Gene Ontology,基因本体)功能分类将unigene分为47个类别.本次研究获得了稀杯盔形珊瑚大量的unigene,为挖掘新的功能基因,如:耐热基因、钙化基因等提供可能,也为了解珊瑚对环境变化的适应性打下基础.

关键词：稀杯盔形珊瑚转录组高通量测序功能基因

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丛生盔形珊瑚ferritin基因cDNA的克隆及原核表达

丛生盔形珊瑚ferritin基因cDNA的克隆及原核表达

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第六届海峡两岸珊瑚礁生物学与海洋保护区研讨会

作者：刘金豆刘丽刘楚吾广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东省普通高校重点实验室南海生物资源开发与利用协同创新中心广东湛江 524088

利用Polymerase Chain Reaction(PCR)技术获得丛生盔形珊瑚(Galaxeafascicularis)Ferritin(Fe)基因的全长cDNA.结果表明：该基因序列长680bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)为519bp,编码一条含172 个氨基酸的多肽.

关键词：

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高温胁迫下稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)转录组测序及Hsp90基因的克隆及表达分析

高温胁迫下稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)转录组测序及Hsp90基...

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第六届海峡两岸珊瑚礁生物学与海洋保护区研讨会

作者：刘丽刘金豆刘楚吾广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东省普通高校重点实验室南海生物资源开发与利用协同创新中心广东湛江 524088

随着全球气候变暖，世界范围内珊瑚礁出现大面积的白化和死亡现象。本研究应用高通量测序技术获得常温和高温胁迫下稀杯盔形珊瑚转录组数据，分析了高温胁迫下上调和下调表达的基因，揭示了其复杂的调控网络。同时，克隆了温度相关的hsp...

随着全球气候变暖，世界范围内珊瑚礁出现大面积的白化和死亡现象。本研究应用高通量测序技术获得常温和高温胁迫下稀杯盔形珊瑚转录组数据，分析了高温胁迫下上调和下调表达的基因，揭示了其复杂的调控网络。同时，克隆了温度相关的hsp90 基因并应用实时荧光定量技术分析其基因表达量的变化。

关键词：

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