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红笛鲷(Lutjanus sanguineus)C型凝集素基因的克隆与组织表达分析

生物技术通报 2015年第5期31卷 179-185页

作者：蔡佳张雪利吴灶和简纪常鲁义善冯东岳焦茂兴广东海洋大学水产学院湛江524088 广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室湛江524088 广东省水产经济动物病害控制重点实验室湛江524088 农业部全国水产技术推广总站北京100125 宜春学院宜春336000

根据已知的海水鱼类C型凝集素基因的核苷酸保守区序列设计一对简并引物,先后通过RT-PCR和RACE PCR法从红笛鲷脾脏中首次克隆获得红笛鲷C型凝集素(CTL)基因的c DNA全长(登录号:AGT37609)。该序列长828 bp,开放阅读框663 bp,编码220个氨... 详细信息

根据已知的海水鱼类C型凝集素基因的核苷酸保守区序列设计一对简并引物,先后通过RT-PCR和RACE PCR法从红笛鲷脾脏中首次克隆获得红笛鲷C型凝集素(CTL)基因的c DNA全长(登录号:AGT37609)。该序列长828 bp,开放阅读框663 bp,编码220个氨基酸。氨基酸序列分析显示,红笛鲷CTL基因氨基酸序列与其他物种CTL的相似性在30%-68%之间。系统进化分析表明,红笛鲷C型凝集素与鳉鱼、条石鲷、斜带石斑鱼CTL蛋白亲缘关系最近,聚成一支。通过荧光定量PCR分析红笛鲷基因的组织差异表达,红笛鲷CTL基因在肝、脾以及皮肤中表达水平较高,其次是头肾、肾、胃、肠及肌肉,在心脏与脑中表达量较低。

关键词：红笛鲷 C型凝集素基因克隆组织表达分析

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溶藻弧菌耐药基因qnr的克隆及生物信息学分析

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生物技术 2015年第5期25卷 414-419页

作者：周维汤菊芬甘桢简纪常吴灶和丁燏广东海洋大学水产学院广东湛江524088 广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室广东湛江524088 仲恺农业工程学院广东广州510225

[目的]克隆溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)喹诺酮类耐药基因qnr并分析其蛋白结构,为研究该蛋白的生物学功能奠定基础。[方法]根据NCBI上公布的相关序列设计qnr基因特异性引物,利用PCR方法扩增基因序列,进行DNA测序及生物信息学分析。[... 详细信息

[目的]克隆溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)喹诺酮类耐药基因qnr并分析其蛋白结构,为研究该蛋白的生物学功能奠定基础。[方法]根据NCBI上公布的相关序列设计qnr基因特异性引物,利用PCR方法扩增基因序列,进行DNA测序及生物信息学分析。[结果]从溶藻弧菌染色体上获得qnr基因大小为651 bp,编码216个氨基酸,进化分析可知其与副溶血弧菌有很近的亲缘关系,二级结构分析含有五肽重复序列,三维结构与大肠杆菌质粒上的qnr蛋白空间结构极为相似。[结论]通过对蛋白质序列分析和结构预测,初步确定该基因为喹诺酮耐药基因,为水产细菌的耐药机制研究奠定基础。

关键词：溶藻弧菌喹诺酮耐药基因五肽重复序列生物信息学

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红笛鲷MAPKK5基因的克隆及生物信息学分析

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水产科学 2015年第5期34卷 288-293页

作者：蔡佳黄郁葱吴灶和鲁义善简纪常冯东岳焦茂兴广东海洋大学水产学院广东湛江524088 广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室广东湛江524088 广东省教育厅水产经济动物病害控制重点实验室广东湛江524088 农业部全国水产技术推广总站北京100125 宜春学院江西宜春336000

利用本实验室构建红笛鲷头肾cDNA文库中的MAPKK5基因EST序列,通过RACE PCR技术克隆红笛鲷MAPKK5基因cDNA全长(Ls-MAPKK5,登录号为KM657202)。序列分析结果显示,Ls-MAPKK5cDNA全长2632bp,其中开放阅读框1317bp,可编码438个氨基酸,预测其... 详细信息

利用本实验室构建红笛鲷头肾cDNA文库中的MAPKK5基因EST序列,通过RACE PCR技术克隆红笛鲷MAPKK5基因cDNA全长(Ls-MAPKK5,登录号为KM657202)。序列分析结果显示,Ls-MAPKK5cDNA全长2632bp,其中开放阅读框1317bp,可编码438个氨基酸,预测其编码蛋白的分子量为49.29ku,理论等电点为6.12。SignalP 4.0、TMHMM Server 2.0和SoftBerry-Psite预测结果显示,Ls-MAPKK5没有信号肽和跨膜结构,含有22个磷酸化位点。氨基酸序列分析显示LsMAPKK5具有保守的PB1与S_TKc结构域。利用MEGA5.0软件,根据邻位相连法构建MAPKK5系统进化树,结果显示Ls-MAPKK5与雀鲷、吉富罗非鱼该蛋白有较近的亲缘关系。

关键词：红笛鲷 MAPKK5 基因克隆生物信息学分析

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基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测

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海洋与湖沼 2015年第3期46卷 687-693页

作者：王忠良丁燏许尤厚简纪常鲁义善王蓓陈刚吴灶和广东海洋大学水产学院湛江524088 广东海洋大学南海水产经济动物增养殖重点实验室湛江524088 广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室湛江524088 广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室(钦州学院) 钦州535000 仲恺农业工程学院广州510225

为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频... 详细信息

为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频率为13.34%,平均每5102 bp含有1个SSR位点。在转录组SSR中共有132种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的81.46%;单核苷酸重复以A/T基序为主,占SSR总数的71.27%。基于筛选的SSR序列,应用Primer3软件进行引物的批量设计,共为5922条EST-SSR序列成功设计出17766对引物。随机选择80对引物对EST-SSR多态性进行检测,共有62对引物成功扩增出稳定条带,占引物总数的77.5%;其中,17对EST-SSR引物表现出个体多态性,多态性比率为27.42%。以上研究为马氏珠母贝遗传多样性、遗传图谱构建及分子辅助育种研究提供了有效工具,对于马氏珠母贝种质资源保护、优良品种培育和珍珠养殖业的健康发展均具有重要意义。

关键词：马氏珠母贝简单重复序列转录组分子标记

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溶藻弧菌肽聚糖对凡纳滨对虾白斑综合征病毒的抑制作用

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广东海洋大学学报 2015年第6期35卷 40-46页

作者：朱卫卫邱德全甘桢鲁义善简纪常广东海洋大学水产学院//广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室//广东省教育厅水产经济动物病害控制重点实验室广东湛江524025

从患病凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)体内提取白斑综合征病毒(WSSV),PCR证实WSSV毒性,将病毒粗提液稀释10-2、10-3、10-4和10-5倍,攻毒实验表明,最佳攻毒剂量为10-4倍稀释液。对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)分别注射0.05、0.10、0.15 mg/m L的溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)肽聚糖,免疫24 h后感染WSSV,测定其免疫保护率和肝胰腺的免疫学指标,探讨溶藻弧菌肽聚糖对凡纳滨对虾抗WSSV的影响。结果表明:对虾的保护率随着肽聚糖的浓度增大而增大,与对照组相比,0.05、0.10、0.15 mg/m L组的保护率分别为36.67%、46.67%、56.67%;实验组凡纳滨对虾肝胰腺中的酸性磷酸酶(ACP)、碱性磷酸酶(AKP)、超氧化物歧化酶(SOD)和一氧化氮合成酶(NOS)活力与对照组相比的差异有统计学意义(P<0.01)。溶藻弧菌肽聚糖可有效增强凡纳滨对虾自身的非特殊性免疫能力,提高抗WSSV的能力。

关键词：肽聚糖抑制作用凡纳滨对虾白斑综合症病毒免疫指标

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拟穴青蟹抗菌肽hyastatin基因原核表达条件的优化

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生物技术通报 2015年第7期31卷 138-142页

作者：彭银辉蔡小辉熊向英刘旭佳黄国强广西海洋生物技术重点实验室北海536000 广西海洋研究所北海536000 广东海洋大学海洋学院湛江524088 广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室湛江524088

旨在优化拟穴青蟹抗菌肽hyastatin基因原核表达条件。克隆拟穴青蟹抗菌肽hyastatin基因成熟肽片段,与p ET-28a表达载体连接后,转入到大肠杆菌BL21(DE3)中,通过优化条件进行诱导表达。结果显示,在异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)浓度0.2 ... 详细信息

旨在优化拟穴青蟹抗菌肽hyastatin基因原核表达条件。克隆拟穴青蟹抗菌肽hyastatin基因成熟肽片段,与p ET-28a表达载体连接后,转入到大肠杆菌BL21(DE3)中,通过优化条件进行诱导表达。结果显示,在异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)浓度0.2 mmol/L、37℃条件下培养4 h后表达量最大,分子大小与预期值相符。融合蛋白主要以包涵体形式高效表达,通过His Trap HP柱子使其得到进一步纯化。Western blot分析表明,该融合蛋白可与鼠抗His-tag单克隆抗体发生特异性结合。说明通过优化表达条件,获得拟穴青蟹抗菌肽hyastatin基因原核表达表达产物。

关键词：拟穴青蟹 hyastatin基因原核表达条件优化

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中草药复合益生菌制剂对凡纳滨对虾生长、抗病力及水质的影响

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广东海洋大学学报 2015年第6期35卷 47-52页

作者：汤菊芬黄瑜蔡佳鲁义善吴灶和简纪常广东海洋大学水产学院广东湛江524088 广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室广东湛江524088

将枯草芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等比例混合,制成芽孢杆菌制剂;将芽孢杆菌制剂与粪肠球菌、嗜酸乳杆菌等比例混合制成复合益生菌制剂;将分别用3种芽孢杆菌发酵的中草药等比例混合制成中草药芽孢杆菌制剂;将分别用5种益生菌... 详细信息

将枯草芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等比例混合,制成芽孢杆菌制剂;将芽孢杆菌制剂与粪肠球菌、嗜酸乳杆菌等比例混合制成复合益生菌制剂;将分别用3种芽孢杆菌发酵的中草药等比例混合制成中草药芽孢杆菌制剂;将分别用5种益生菌发酵的中草药等比例混合,制成中草药复合益生菌制剂。在饲料中分别添加4种益生菌制剂（活菌为2×10~7 cfu/g）,研究4种制剂对凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）生长、抗病力及水质的影响。结果表明：1）4种益生菌制剂均可提高凡纳滨对虾的成活率、增重率和饲料利用率（P〈0.05）,中草药益生菌制剂组的促生长效果优于益生菌制剂组,以中草药复合益生菌制剂组促生长效果为最佳（P〈0.05）;2）4种益生菌制剂均可维持对虾养殖水体p H值、氨态氮和亚硝酸盐含量的稳定（P〈0.05）,中草药益生菌制剂对水质的改良效果优于益生菌制剂（P〈0.05）;3）用1×10~8 cfu/m L的哈维氏弧菌（Vibro harveyi）菌液浴浸泡凡纳滨对虾10 d,凡纳滨对虾的累计死亡率由大到小依次为中草药复合益生菌制剂组（31.11%）、复合益生菌制剂组（35.56%）、中草药芽孢杆菌制剂组（37.78%）、芽孢杆菌制剂组（44.44%）、对照组（93.33%）。在饲料中添加一定比例的中草药复合益生菌制剂可提高凡纳滨对虾的生长指标、改善养殖水体环境、提高对虾的抗病力。

关键词：凡纳滨对虾饲料添加剂益生菌制剂中草药复合制剂生长水质抗病力

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石斑鱼遗传多样性及其系统发育分析

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安徽农业科学 2015年第29期43卷 75-79页

作者：李庆黄毅昌闫秀英简纪常吴灶和广东海洋大学广东湛江524088 广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室水产经济动物病害控制广东普通高校重点实验室广东湛江524088

石斑鱼不仅是重要的海水经济鱼类,而且具有重要的生态地位。但是,石斑鱼的分类、物种多样性、资源保护及其合理开发等需要对石斑鱼系统发育的分析与研究。线粒体基因是研究石斑鱼系统进化的理想分子标记,因此获得了青石斑鱼***长度为1 0... 详细信息

石斑鱼不仅是重要的海水经济鱼类,而且具有重要的生态地位。但是,石斑鱼的分类、物种多样性、资源保护及其合理开发等需要对石斑鱼系统发育的分析与研究。线粒体基因是研究石斑鱼系统进化的理想分子标记,因此获得了青石斑鱼***长度为1 039bp的16S r DNA、tRNA-Leu和NA1部分序列,基于其及ND2、cyt b对石斑鱼系统发育进行了分析,结果表明石斑鱼遗传多样性与地域分布关系不大,不同系统树分析都表明同一石斑鱼物种的系统发生关系基本一致,石斑鱼种间亲缘关系较近。此外,也发现某些异种间亲缘关系比同种间亲缘关系近的现象。

关键词：石斑鱼遗传多样性系统发育

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卵形鲳鲹PPARα基因cDNA序列的克隆、组织表达及生物信息学分析

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广东海洋大学学报 2015年第4期35卷 1-9页

作者：方玲玲陈刚王忠良汤保贵张健东黄建盛周晖广东海洋大学水产学院广东湛江524088 广东省普通高校南海水产经济动物增养殖重点实验室广东湛江524088 广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室广东湛江524088

采用RACE-PCR 克隆卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferator activated receptors-α,PPAR α）基因的cDNA 序列全长,并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征.结果表明... 详细信息

采用RACE-PCR 克隆卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferator activated receptors-α,PPAR α）基因的cDNA 序列全长,并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征.结果表明：卵形鲳鲹PPAR α 基因（GenBank 登录号KP893147） cDNA 全长1 930 bp,开放阅读框（ORF）为1 425 bp,共编码474 个氨基酸,其编码的蛋白质为不稳定蛋白,无信号肽和跨膜结构,二级结构由α 螺旋、β转角、伸展片段和无规则卷曲组成,且α 螺旋占较大比例;预测显示,该蛋白有PPARs 基因家族典型的DNA 结合区（DBD）和配体结合区（LBD）;序列对比表明,卵形鲳鲹PPAR α 基因与尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）、花鲈（Lateolabrax japonicas）、大黄鱼（Larimichthys crocea）、金头鲷（Sparus aurata）、军曹鱼（Rachycentroncanadum）等有较高的同源性（81% - 89%）;蛋白系统进化树分析显示,在人（Homo sapiens）、鼠（Mus musculus）、鸭（Gallus gallus）、花鲈、大黄鱼、军曹鱼等动物中,卵形鲳鲹的PPAR α 蛋白与军曹鱼的进化关系最为密切（94%）,与人（68%）、鼠（68%）、鸭（67%）等的同源性较低.荧光定量分析显示,卵形鲳鲹PPAR α mRNA 在脑、肾脏、肠、脾脏等组织表达水平较高,其次是皮肤、肌肉,在心脏、肝脏中表达量较低.

关键词：卵形鲳鲹过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα) 基因克隆 cDNA末端快速扩增(RACE) 生物信息学组织表达

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照度对龙虎斑幼鱼行为活动的影响

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广东海洋大学学报 2015年第1期35卷 43-50页

作者：李国聪陈刚黄建盛张健东周晖施纲潘传豪汤保贵王忠良广东海洋大学水产学院广东湛江524088 广东省普通高校南海水产经济动物增养殖重点实验室广东湛江524088 广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室广东湛江524088

龙虎斑幼鱼在运输、转池、过筛等过程中存在应激严重、怕人畏光、食欲低下、抗逆力差、成活率低等问题。以体长5.64±0.16cm、体质量4.99±0.46 g的龙虎斑幼鱼为实验对象,于室内自制循环水养殖系统中研究幼鱼在0、50、100、200... 详细信息

龙虎斑幼鱼在运输、转池、过筛等过程中存在应激严重、怕人畏光、食欲低下、抗逆力差、成活率低等问题。以体长5.64±0.16cm、体质量4.99±0.46 g的龙虎斑幼鱼为实验对象,于室内自制循环水养殖系统中研究幼鱼在0、50、100、200、400、800、1 600、3 200 lx等8种照度下的日常行为及摄食状况,实验周期30 d。结果表明：0、50 lx照度组的幼鱼可快速（1 d）适应环境,状态自由,摄食积极;1 600、3 200 lx照度组适应性较差,长时间处于紧张应激状态,于低水层高密度集群;其余各照度组在10 d后达到完全适应状态。摄食水层随着照度的降低而升高,表现出较强的规律性：0 lx〉50 lx〉100 lx〉200 lx〉400 lx〉800 lx〉1 600 lx〉3 200 lx,且15 d前0、50 lx组的摄食水层高于1 600、3 200 lx照度组,差异有统计学意义（P〈0.05）;摄食水平0~800 lx照度组普遍优于1 600、3 200 lx照度组,且10 d前两者差异有统计学意义（P〈0.05）。

关键词：龙虎斑行为活动摄食水层照度

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