检索结果-内蒙古大学图书馆

遗传 2014年第8期36卷 835-841页

作者：张哲罗元宇李晴晴贺金龙高宁张豪丁向东张勤李加琪华南农业大学动物科学学院国家生猪种业工程中心广东省农业动物基因组与分子育种重点实验室广州510642 中国农业大学动物科学学院北京100193

系谱是人类遗传及动植物育种研究与实践的重要信息来源之一。系谱记录错误是育种生产中普遍存在的一种记录错误,影响基因定位、遗传值及表型值预测等相关研究结果的可靠性。现有的方法软件可以利用遗传标记信息对疑似亲子进行亲子鉴定,... 详细信息

系谱是人类遗传及动植物育种研究与实践的重要信息来源之一。系谱记录错误是育种生产中普遍存在的一种记录错误,影响基因定位、遗传值及表型值预测等相关研究结果的可靠性。现有的方法软件可以利用遗传标记信息对疑似亲子进行亲子鉴定,但这些软件方法操作复杂,限制标记数量,如Cervus。针对当前高密度SNP标记在人类及动植物研究中广泛应用的现状,文章提出了一种基于全基因组高密度SNP数据的亲子鉴定新方法,命名为EasyPC。对EasyPC及Cervus的运行效率进行了对比,并用中国荷斯坦牛(n=2180)和杜洛克猪(n=191)的全基因组SNP芯片数据对EasyPC进行了验证。结果表明:EasyPC运行效率高于Cervus,牛和猪群体系谱错误率分别为20%和6%,与相关研究报道相符。通过使用全基因组SNP标记对群体孟德尔错误率的经验分布进行分析,该方法不仅可以简单、快速、准确地判别系谱的正确性,而且还可以对错误系谱进行校正。EasyPC为解决全基因组研究中基因型及系谱数据前处理过程中的系谱校正问题提供了一种新的途径。

关键词：亲子鉴定系谱校正遗传标记孟德尔错误动物育种

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畜禽群体中基于SNP标记的亲子鉴定及亲本推断方法

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华中农业大学学报 2016年第5期35卷 68-74页

作者：罗元宇吴鹏贺金龙陈赞谋张豪李加琪张哲华南农业大学动物科学学院/广东省农业动物基因组与分子育种重点实验室/国家生猪种业工程中心广州510642

利用双亲高密度SNP标记信息,在畜禽群体中进行亲子鉴定及亲本推断新方法的计算机程序开发,并使用模拟的600 000个SNP标记对该程序进行测试。结果表明:对系谱正确性进行鉴定时,SNP标记数大于100即可达到100%的亲子鉴定准确率;对错误的系... 详细信息

利用双亲高密度SNP标记信息,在畜禽群体中进行亲子鉴定及亲本推断新方法的计算机程序开发,并使用模拟的600 000个SNP标记对该程序进行测试。结果表明:对系谱正确性进行鉴定时,SNP标记数大于100即可达到100%的亲子鉴定准确率;对错误的系谱关系进行潜在亲子关系推断时,SNP标记数大于300可保证100%的推断准确率。标记平均MAF较低会降低亲子推断准确率。在程序运行效率方面,当使用50 000的SNP标记对1 000条错误率为10%的系谱进行亲子鉴定和推断时,共耗时332.87s,且计算耗时与标记数及个体数呈线性变化。本研究基于孟德尔遗传原理,设计并开发了基于双亲及后代基因型的亲子鉴定及亲本推断程序,该方法运行速度快,操作简单,准确性高,值得在畜禽群体基因组相关研究方面进行推广应用。

关键词：亲子鉴定亲本推断 SNP标记孟德尔错误准确率

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miR-144-5p靶向WNT5a对山羊卵巢颗粒细胞增殖、凋亡的影响

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畜牧兽医学报 2023年第6期54卷 2421-2435页

作者：刘杰许香萍邓铭邹娴江声伟刘德武柳广斌孙宝丽郭勇庆李耀坤华南农业大学动物科学学院广州510642 广东省农业科学院动物科学研究所畜禽育种国家重点实验室广东省畜禽育种与营养研究重点实验室广州510640 华南农业大学畜禽育种国家地方联合工程研究中心广州510642 华南农业大学广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室广州510642

旨在探究miR-144-5p靶向WNT5a对山羊颗粒细胞增殖和凋亡的影响。本研究选用2岁健康雷州母山羊的卵巢颗粒细胞来过表达和抑制表达miR-144-5p及WNT5a,通过荧光定量PCR(real-time qPCR, RT-qPCR)、Western blot、双荧光素酶报告基因、CCK-... 详细信息

旨在探究miR-144-5p靶向WNT5a对山羊颗粒细胞增殖和凋亡的影响。本研究选用2岁健康雷州母山羊的卵巢颗粒细胞来过表达和抑制表达miR-144-5p及WNT5a,通过荧光定量PCR(real-time qPCR, RT-qPCR)、Western blot、双荧光素酶报告基因、CCK-8等技术来探究miR-144-5p与WNT5a对颗粒细胞增殖和凋亡的影响。结果表明,miR-144-5p在大卵泡颗粒细胞中的表达量极显著高于小卵泡颗粒细胞(P<0.01),WNT5a在大卵泡颗粒细胞中的表达量极显著低于小卵泡颗粒细胞(P<0.01);CCK-8检测发现,miR-144-5p抑制了GCs增殖,过表达miR-144-5p后,抑凋亡基因BCL-2的mRNA和蛋白表达极显著下调(P<0.01),促凋亡基因BAX的mRNA和蛋白表达极显著上调(P<0.01);Wnt/β-Catenin通路CTNNB1 mRNA和β-Catenin蛋白水平极显著降低(P<0.01);另外,miR-144-5p能靶向WNT5a抑制其表达。同时,CCK-8检测结果表明,WNT5a可促进GCs增殖,过表达WNT5a后,抑凋亡基因BCL-2的mRNA和蛋白水平极显著上调(P<0.01),促凋亡基因BAX的mRNA显著下调(P<0.05)、蛋白水平极显著下调(P<0.01),Wnt/β-Catenin通路CTNNB1 mRNA和β-Catenin蛋白水平极显著提高(P<0.01)。综上所述,在GCs中,miR-144-5p靶向负调控WNT5a的表达,调控Wnt/β-Catenin通路,进而上调BAX/BCL-2的比值来抑制颗粒细胞增殖并促进其凋亡,这可能对山羊的排卵数和产羔数产生一定的影响。

关键词：颗粒细胞 miR-144-5p WNT 5a 山羊繁殖

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栽培稻与普通野生稻BC_2F_2群体产量相关性状的QTL分析

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中国水稻科学 2006年第5期20卷 553-556页

作者：程桂平冯九焕梁国华刘向东李金泉华南农业大学广东省植物分子育种重点实验室广东广州510642 扬州大学植物功能基因组学教育部重点实验室江苏扬州225009

以广陆矮4号(***)为母本及轮回亲本,普通野生稻(Oryzarufipogon)为父本,分单株连续回交2次,构建BC2F2群体。首先用241对具有双亲多态性的SSR标记对BC2F1单株进行代换片段分析,在此基础上,根据BC2F1的表型选产量较优的单株自交获得BC2F2... 详细信息

以广陆矮4号(***)为母本及轮回亲本,普通野生稻(Oryzarufipogon)为父本,分单株连续回交2次,构建BC2F2群体。首先用241对具有双亲多态性的SSR标记对BC2F1单株进行代换片段分析,在此基础上,根据BC2F1的表型选产量较优的单株自交获得BC2F2群体,用代换片段上具有双亲杂合型基因型的24对SSR标记进行QTL定位。在所选的BC2F1单株上,共检测到分布于7条染色体上的20个野生稻的代换片段,平均每条染色体上有2.86个;代换片段长度最小为0.55cM,最大为33.00cM,平均长度为12.36cM,总覆盖长度为247.20cM,覆盖率为16.21%。利用BC2F2群体对14个产量相关性状进行QTL定位,共检测到控制8个性状的20个QTL。对性状表型值起增效作用的有11个,占总检出数的55%。控制产量相关性状的QTL存在簇状分布现象,这与表型相关分析结果相符合。

关键词：栽培稻普通野生稻 BC2F2群体产量相关性状数量性状座位

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VIPR-1基因5′调控区多态位点与鸡就巢性的关联分析

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畜牧兽医学报 2012年第3期43卷 343-352页

作者：周敏和俊谢袖娟沈栩徐海平张细权江西教育学院生物技术研究所南昌330029 华南农业大学动物科学学院广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室广州510642

本研究旨在探索血管活性肠肽I型受体(Vasoacitve intestinal peptide type I receptor,VIPR-1)基因5′调控区(-496～-1bp)多态性及其单倍型效应对鸡就巢性的影响,寻找影响肉鸡就巢性的分子标记,为降低或者剔除肉鸡就巢行为的育种研究提... 详细信息

本研究旨在探索血管活性肠肽I型受体(Vasoacitve intestinal peptide type I receptor,VIPR-1)基因5′调控区(-496～-1bp)多态性及其单倍型效应对鸡就巢性的影响,寻找影响肉鸡就巢性的分子标记,为降低或者剔除肉鸡就巢行为的育种研究提供相应依据。采用测序技术对498只清远麻鸡VIPR-1基因5′调控区进行多态性检测及基因型分析,利用最小二乘均数对VIPR-1基因5′调控区的多态位点与就巢性状进行相关分析,利用PHASE软件对多态位点进行单倍型分析。结果,VIPR-1基因5′调控区存在12个多态性位点,G-359T、G-266T、A-134G、A-94G、C-72G对18～43周龄的就巢持续天数影响达到显著水平(P<0.05),A-94G位点对18～54周龄的就巢率的影响达到显著水平(P<0.05);构建的单倍型对18～54周龄的就巢持续天数的影响达到极显著水平(P<0.01)。最小二乘分析结果表明,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体的就巢持续天数比其它单倍型个体极显著的延长(P<0.01)。结果表明,VIPR-1基因5′调控区(-496～-1bp)可能存在影响鸡就巢行为的分子标记,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体对鸡就巢性具有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于家鸡就巢行为的筛选。

关键词：鸡血管活性肠肽I型受体基因 5′调控区多态位点单倍型就巢性

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基于Tet-on系统的RFP基因表达载体构建及功能验证

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2017年第8期45卷 36-41,55页

作者：张景锋朱宽佑徐秋良卫恒习李莉高凤磊张守全华南农业大学动物科学学院广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室广东广州510642 河南牧业经济学院动物科技学院河南郑州450046

【目的】构建四环素诱导表达调控系统的表达载体,并对其功能进行验证。【方法】利用pTRE-tight和pdsred-Express2-N1构建带有红色荧光蛋白(red fluorescence protein,RFP)基因的载体pTRE-DSred,用其与另一载体pTet-on共转染293T细胞,并... 详细信息

【目的】构建四环素诱导表达调控系统的表达载体,并对其功能进行验证。【方法】利用pTRE-tight和pdsred-Express2-N1构建带有红色荧光蛋白(red fluorescence protein,RFP)基因的载体pTRE-DSred,用其与另一载体pTet-on共转染293T细胞,并加入不同质量浓度(0,0.1,1,10μg/mL)的强力霉素(doxycycline,DOX)诱导,以未经质粒转染的293T细胞为对照组,在荧光显微镜下观察RFP基因的表达情况。【结果】成功构建了pTRE-DSred重组质粒,将其与pTet-on质粒共转染293T细胞,在细胞培养液中分别添加0.1,1,10μg/mL DOX,48h后均有红色荧光蛋白的表达,但10μg/mL DOX组红色荧光蛋白的表达水平明显低于前2个组;0μg/mL DOX诱导组中也有红色荧光蛋白表达,但水平极低;在未转染质粒对照组中未观察到红色荧光蛋白的表达。RT-PCR结果显示,pTREDsred和pTet-on共转染组均检测到RFP基因的转录。【结论】成功构建了Tet-on系统RFP基因表达载体,适宜质量浓度的DOX诱导有助于目的基因的高水平表达,但在不添加DOX诱导剂时,该Tet-on系统存在目的基因低渗漏表达现象。

关键词：红色荧光蛋白基因 Tet-on系统强力霉素载体构建

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FAM213B基因启动子在猪子宫内膜细胞的转录调控

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中国农业科学 2017年第23期50卷 4632-4643页

作者：张爱玲孙显月卢孝璋吴琦李加琪张豪广东高校应用生态工程技术开发中心/广东第二师范学院生物与食品工程学院华南农业大学动物科学学院/广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室

【目的】分析猪FAM213B基因启动子转录活性区域,并检测转录因子NFκB对启动子活性及猪FAM213B基因表达影响,为深入了解FAM213B基因的转录调控机制影响前列腺素合成、母猪妊娠等繁殖活动奠定基础。【方法】采集卵泡期子宫,分离子宫内膜... 详细信息

【目的】分析猪FAM213B基因启动子转录活性区域,并检测转录因子NFκB对启动子活性及猪FAM213B基因表达影响,为深入了解FAM213B基因的转录调控机制影响前列腺素合成、母猪妊娠等繁殖活动奠定基础。【方法】采集卵泡期子宫,分离子宫内膜上皮组织,经胶原酶方法获得猪原代子宫内膜细胞,用于猪FAM213B基因启动子活性检测。参照笔者所在课题组前期研究获得的猪FAM213B基因m RNA全序列(Gen Bank登录号:KX444503)以及5￠调控区序列(Gen Bank登录号:100134955),通过PCR扩增猪FAM213B基因较长启动子序列,并进行测序鉴定;在此基础上,PCR扩增带有Mlu I和Xho I限制性酶切位点的FAM213B基因启动子7个5’端缺失片段,并通过双荧光素酶报告基因载体系统构建猪FAM213B基因启动子7个不同的5’端缺失载体。将7个载体经无内毒素处理后与p RL-TK质粒用阳离子脂质体法一起转染猪子宫内膜细胞,用双荧光素酶报告基因系统进行Luciferase活性检测,比较各启动子片段转录活性。生物信息学分析FAM213B基因启动子潜在转录因子结合位点,通过Ch IP试验验证FAM213B基因启动子与潜在转录因子NFκB的相互作用。构建NFκB1和Rel A的超表达载体,化学合成NFκB1和Rel A的干扰si RNA片段,分别转染猪子宫内膜细胞,通过双荧光素酶报告基因系统进行Luciferase活性检测和荧光定量PCR分别检测超表达和干扰表达NFκB1和Rel A对猪FAM213B基因启动子活性和m RNA表达影响。【结果】PCR和测序获得猪FAM213B基因启动子长度为2 261bp(-2178/+83)。生物信息学预测结果表明猪FAM213B基因启动子区存在潜在的CREB、CCAAT增强子结合蛋白、E-box因子的结合位点,炎性因子NFκB潜在结合位点分别位于-1143/-1132和-664/-655区间。启动子报告基因活性检测结果表明:重组载体P2(-1352/+30)荧光活性最高,极显著高于P1(-1 760/+30)(P<0.01),在-1 760/-1 352区域存在负调控元件;而P2显著高于P3(-919/+30)(P<0.05),表明在-1352/-919区域存在正调控元件;P3(-919/+30)活性极显著高于P4(-604/+80)(P<0.01),表明在-919/-604区域存在正调控元件;P4、P5、P6和P7活性差异不显著,-1352/-919区域为核心启动子区,-1352/-604对于维持该启动子较高转录活性起着重要的作用。Ch IP结果表明启动子区-1143/-1132存在NFκB1结合位点,-664/-655存在Rel A结合位点。超表达载体pc DNA3.1-NFκB1与P2(-1352/+30)启动子片段重组载体共转染猪子宫内膜细胞后,P2启动子活性极显著高于对照组(P<0.01),pc DNA3.1-NFκB1载体单独转染猪子宫内膜细胞后FAM213B基因m RNA表达量显著高于对照组(P<0.05);超表达载体pc DNA3.1-Rel A与P3(-919/+30)启动子片段重组体共转染猪子宫内膜细胞,P3启动子活性极显著低于对照组(P<0.05),pc DNA3.1-Rel A载体单独转染猪子宫内膜细胞后,FAM213B基因的mRNA表达量显著低于对照组。转染NFκB1和Rel A的si RNA片段干扰片段,FAM213B基因启动子活性和m RNA表达量则表现与超表达相反的结果。【结论】获得了猪FAM213B基因启动子核心启动子序列为-1352/-919区域,NFκB是FAM213B基因启动子的转录因子,NFκB成员NFκB1和Rel A在猪子宫内膜细胞中对FAM213B基因的表达起调控作用。

关键词：猪 FAM213B基因启动子 NFκB 子宫内膜细胞

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用微卫星技术研究珠江流域三个野生大眼鳜群体的遗传多样性

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中山大学学报（自然科学版） 2015年第1期54卷 103-109页

作者：杨慧荣欧阳徘徊李桂峰孙际佳赵会宏张勇夏雨王紫钰刘丽华南农业大学动物科学学院广东广州510642 华南农业大学动物科学学院∥广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室广东广州510642 中山大学生命科学大学院广东广州510275 中山大学水生经济动物研究所∥广东省水生经济动物良种繁育重点实验室广东广州510275

采用微卫星标记技术，探讨了广西右江、左江及红水河三江段野生大眼鳜群体的遗传多样性。采用生物信息学方法，自主开发了4对大眼鳜微卫星 DNA 引物，此外，还从28对鳜属微卫星通用引物中筛选出15对，19对标记均表现为高度多态性。对32... 详细信息

采用微卫星标记技术，探讨了广西右江、左江及红水河三江段野生大眼鳜群体的遗传多样性。采用生物信息学方法，自主开发了4对大眼鳜微卫星 DNA 引物，此外，还从28对鳜属微卫星通用引物中筛选出15对，19对标记均表现为高度多态性。对32尾右江（YJ）、35尾左江（ZJ）及36尾红水河（HSH）三地理群体野生大眼鳜进行遗传多样性分析，总群体的固定指数 Fix 范围为0.0014～1.000，表明19个位点在总群体内表现为杂合子缺失，其对环境的应对能力有所下降。遗传参数统计结果表明，总群体观测等位基因数（Na ＝19.4737）、香农指数（I ＝2.3998）、平均杂合度（Ave Het ＝0.7206）、多态信息含量（0.447＜PIC ＜0.947）均显示：在哈温平衡下，大眼鳜3群体遗传多样性丰富；但3群体遗传多样性存在差异，红水河群体的遗传多样性比左江群体、右江群体的遗传多样性丰富，左江和右江群体的遗传多样性水平较为接近。群体间遗传分化水平较大（0.15＞群体间近交系数 Fst ＝0.1539＜0.25），15.39％的遗传变异来自于群体间，84.61％的遗传变异来自于群体内，群体内近交系数 Fis 为0.5761，各座位的基因流 Nm 分布范围较广（0.1474～8.9091），平均 Nm 值为1.3745，表明3群体间属于中等遗传分化水平，基因流基本顺畅，群体内的近交系数较高，容易引起遗传结构的变化。基于 Nei＆#39;s 遗传距离的聚类分析显示左江群体与右江群体首先聚为一支，再与红水河聚为一支，符合其在地理位置上的关系。

关键词：大眼鳜珠江遗传多样性微卫星

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鸡PDK4基因的组织表达分析

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广东农业科学 2014年第15期41卷 121-125页

作者：张榕婧何小梅闫景旭韩琦琦雷文龙聂庆华刘满清华南农业大学动物科学学院广东广州510642 华南农业大学兽医学院广东广州510642 广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室/农业部鸡遗传育种与繁殖重点实验室广东广州510642

利用Real Time-PCR的方法研究PDK4基因在肉鸡中的组织表达规律、在不同生长阶段的组织表达趋势及在不同生长速度肉鸡中的组织差异表达。结果表明:(1)鸡PDK4基因在肌肉组织(包括腿肌、胸肌、心脏)表达最高;(2)肌肉组织PDK4基因在12胚龄... 详细信息

利用Real Time-PCR的方法研究PDK4基因在肉鸡中的组织表达规律、在不同生长阶段的组织表达趋势及在不同生长速度肉鸡中的组织差异表达。结果表明:(1)鸡PDK4基因在肌肉组织(包括腿肌、胸肌、心脏)表达最高;(2)肌肉组织PDK4基因在12胚龄的表达较低,初生1日龄时表达最高,此后有所下降;(3)在垂体、胸肌、心脏中,PDK4基因在杏花鸡中的表达高于白洛克鸡,而在腿肌中的表达趋势相反;胸肌中,PDK4基因表达在体重轻组中表达高于重组,而在腿肌中的表达趋势相反。

关键词：肉鸡 PDK4基因组织表达

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家蚕BmPGRP-S5蛋白的抑菌活性及其在细胞免疫中的作用

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昆虫学报 2020年第11期63卷 1333-1344页

作者：陈雪周虹李晓凤肖阳钟仰进杨婉莹华南农业大学动物科学学院广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室广州510642 广东省农业科学院蚕业与农产品加工研究所广州510610

【目的】肽聚糖识别蛋白(peptidoglycan-recognition proteins,PGRP)可以特异性识别细菌细胞壁中的肽聚糖(peptidoglycan,PGN),并通过免疫缺陷(immune deficiency,IMD)途径和Toll途径诱导昆虫抗菌肽的产生。本研究旨在探讨家蚕Bombyx mori肽聚糖识别蛋白BmPGRP-S5的抑菌活性及在引发家蚕细胞免疫中的作用。【方法】用果蝇胚胎S2细胞表达BmPGRP-S5蛋白;通过细菌生长曲线法检测BmPGRP-S5蛋白对大肠杆菌Escherichia coli K 12 D 31、金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus和巨大芽孢杆菌Bacillus megaterium的抑菌活性;ELISA检测BmPGRP-S5蛋白与大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis胞壁组分的结合力;通过测定吸光值和观察家蚕血淋巴黑化反应分析BmPGRP-S5对细菌胞壁组分激活酚氧化酶原(prophenoloxidase,PPO)的影响,并通过异硫氰酸荧光素(FITC)标记法检测BmPGRP-S5对家蚕血细胞吞噬细菌的影响。【结果】获得表达纯化的BmPGRP-S5蛋白。BmPGRP-S5蛋白对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌K 12 D 31和巨大芽孢杆菌无抑菌效果,加入40μmol/L的Zn 2+后,其对巨大芽孢杆菌的抑菌效果明显增强。ELISA结果表明,BmPGRP-S5蛋白与来自金黄色葡萄球菌的PGN和枯草芽孢杆菌脂磷壁酸(LTA)的结合能力较强,同时也促进了这两种细菌胞壁组分激活家蚕血淋巴酚氧化酶原,加快胞璧组分介导的家蚕血淋巴黑化反应。加入BmPGRP-S5蛋白后,家蚕血细胞对金黄色葡萄球菌的吞噬率提高到53.33%左右,对大肠杆菌K 12 D 31的吞噬率在25.83%左右,对巨大芽孢杆菌的吞噬率达30.83%左右,与对照组相比显著增强。【结论】BmPGRP-S5抑菌作用依赖于Zn 2+,可能与其酰胺酶活性有关。BmPGRP-S5可以通过识别细菌胞壁组分PGN或LTA在家蚕的黑化反应和细胞吞噬中发挥作用。本研究使用的BmPGRP-S5蛋白是通过在果蝇S2细胞进行重组表达获得,更能真实地反映其在昆虫体内生理状态下的功能活性。因此,本研究的结果对进一步开发利用BmPGRP-S5有指导意义。

关键词：家蚕 BmPGRP-S5蛋白黑化反应细胞吞噬抑菌活性

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