检索结果-内蒙古大学图书馆

华南农业大学学报 2025年

作者：周天乐滕金言徐志婷张哲华南农业大学动物科学学院/广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室

【目的】通过对比不同机器学习模型利用基因顺式单核苷酸多态性（Single-nucleotide polymorphisms， SNP）预测猪的基因表达量的效果，探究基因顺式遗传力(Cis-heritability， cis-h2)和顺式SNP（Cis-SNP）数量与不同模型预测准确性间... 详细信息

【目的】通过对比不同机器学习模型利用基因顺式单核苷酸多态性（Single-nucleotide polymorphisms， SNP）预测猪的基因表达量的效果，探究基因顺式遗传力(Cis-heritability， cis-h2)和顺式SNP（Cis-SNP）数量与不同模型预测准确性间的关系。【方法】基于PigGTEx项目猪的肌肉组织样本的蛋白编码基因，使用18种不同机器学习模型，将基因转录起始位点±1Mb范围内的cis-SNP用于训练，评估每种模型的预测准确性。【结果】机器学习模型的预测准确性与基因cis-h2间存在正相关，弹性网络回归模型和Lasso回归模型整体预测准确性最高，R2平均值分别为0.0362和0.0358；一定范围内，模型预测准确性与基因cis-SNP数量间存在正相关。【结论】使用机器学习模型预测猪基因表达的准确性受基因cis-h2和基因cis-SNP数量影响较大，根据不同基因的cis-h2和cis-SNP数量选择合适的机器学习模型预测猪的基因表达量有利于提高预测准确性。

关键词：机器学习基因表达量全转录组关联分析顺式遗传力顺式SNP

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Pcgf2促进鸡胚成纤维细胞重编程形成诱导多能干细胞

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华南农业大学学报 2024年第3期45卷 311-320页

作者：姚梓淇廖立钦宋佳蓓张新珩谢青梅华南农业大学动物科学学院/岭南现代农业科学与技术广东省实验室河源分中心/广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室广东广州510642

【目的】以提高诱导鸡多能干细胞的干性为目的,利用Pcgf2基因与传统诱导多能干细胞的重编程因子共同诱导鸡多能干细胞。【方法】以鸡早期胚胎为模板,对Oct4、Sox2、Nanog、Lin28、C-myc、Klf4这6种传统的重编程因子及Pcgf2进行基因扩增... 详细信息

【目的】以提高诱导鸡多能干细胞的干性为目的,利用Pcgf2基因与传统诱导多能干细胞的重编程因子共同诱导鸡多能干细胞。【方法】以鸡早期胚胎为模板,对Oct4、Sox2、Nanog、Lin28、C-myc、Klf4这6种传统的重编程因子及Pcgf2进行基因扩增,并与慢病毒载体重组为慢病毒质粒,在包装慢病毒并测定相对应的病毒滴度后,分组感染鸡胚成纤维细胞,在诱导的过程中对干细胞标记物进行检测。【结果】利用传统的重编程因子组合与加入Pcgf2共同诱导后的细胞都较早地表达出磷酸酶活性。加入Pcgf2诱导多能干细胞可以使细胞更早地出现类干细胞形态,且内源性基因Oct4、Sox2、Nanog和Lin28的表达得到更稳定的提高。【结论】Pcgf2在加入诱导体系后可以有效提高细胞的重编程接近干细胞状态。该研究可为选择重编程因子诱导鸡细胞完全重编程及其机制研究提供理论参考。

关键词：鸡慢病毒多能转录因子鸡胚成纤维细胞体细胞重编程诱导多能干细胞

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GHR基因多态性与鸡生长、屠体性状的相关性分析

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中国畜牧杂志 2024年第7期60卷 95-100页

作者：张帅郑子健罗文华南农业大学动物科学学院广东广州510642 广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室广东广州510642

鸡的生长轴上,GH(生长激素)作为调节动物生长的重要激素,具有促进生长的功能。GH通过结合靶细胞表面的GHR(生长激素受体),形成GHR传导信号进入细胞产生生理功能。因此,GHR基因是GH调节细胞生理功能的关键基因。为了解GHR基因多态性与肉... 详细信息

鸡的生长轴上,GH(生长激素)作为调节动物生长的重要激素,具有促进生长的功能。GH通过结合靶细胞表面的GHR(生长激素受体),形成GHR传导信号进入细胞产生生理功能。因此,GHR基因是GH调节细胞生理功能的关键基因。为了解GHR基因多态性与肉鸡生长、屠体性状的关联,本试验以“杏花鸡×隐性白洛克鸡”F2代资源群作为试验材料,通过PCR扩增和直接测序方法对GHR基因外显子的多态性进行检测,在第10外显子区域中发现2个SNP位点:A1514T和G1595A。关联分析结果显示,A1514T与鸡的活重、胸重、腿重、翅膀重、屠体重、胸肌剪切力等多个与生长和肉质相关的性状显著关联,G1595A与鸡的活重、腿肉重、屠体重、腿肌肉色、腿肌剪切力、胸肌剪切力、腿肌pH值和腿肌电导率等多个性状显著相关。生物信息学分析表明,2个SNPs属于同义突变,其可能导致GHR mRNA二级结构改变,还将导致GHR mRNA翻译过程中选择使用频率更低的密码子,从而可能影响GHR mRNA的翻译效率,进而影响GHR蛋白含量。综上所述,鸡GHR基因第10外显子上的2个同义突变可影响肉鸡生长和屠体性状。

关键词：生长激素受体基因(GHR) SNP 生长性状同义突变鸡

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饲喂青贮黄梁木代替青贮玉米川中黑山羊肝转录组的表达分析

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畜牧兽医学报 2024年第1期55卷 232-244页

作者：张德安杨若渚刘杰刘德武邓铭柳广斌孙宝丽郭勇庆李耀坤华南农业大学动物科学学院广州510642 华南农业大学畜禽育种国家地方联合工程研究中心广州510642 华南农业大学广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室广州510642

旨在分析饲喂青贮黄梁木替代50%青贮玉米的川中黑山羊肝转录组测序中差异表达的mRNA、lncRNA及其靶基因,挖掘饲喂青贮黄梁木影响川中黑山羊肝代谢的关键基因,从而探究青贮黄粱木的饲喂效果。试验共选取6只雄性健康川中黑山羊[5月龄,平... 详细信息

旨在分析饲喂青贮黄梁木替代50%青贮玉米的川中黑山羊肝转录组测序中差异表达的mRNA、lncRNA及其靶基因,挖掘饲喂青贮黄梁木影响川中黑山羊肝代谢的关键基因,从而探究青贮黄粱木的饲喂效果。试验共选取6只雄性健康川中黑山羊[5月龄,平均体重(21.07±4.05)kg]并随机分为两组,试验组为青贮黄梁木替代50%青贮玉米组,对照组为青贮玉米组。试验期间采用全混合日粮(TMR)进行饲喂。于试验期的最后1 d对山羊进行屠宰并取其肝,提取肝组织的RNA,构建文库后使用高通量测序技术进行转录组测序,以P<0.05为阈值筛选出差异mRNA和lncRNA,进行生物学功能富集分析并构建靶向关系网络。再从差异表达lncRNA和mRNA中各随机选择3个基因,采用RT-qPCR进行验证分析。结果表明,共发现差异表达的mRNA有1696个,其中943个上调,753个下调;差异表达lncRNA共有33个,其中22个上调,11个下调。结合差异表达lncRNA的靶基因与差异表达mRNA的交集基因的富集分析发现,NDUFA10、NDUFB11、NDUFS 5参与肝功能相关的信号通路,如多糖代谢过程、葡聚糖分解代谢过程、纤维素分解代谢等。结合lncRNA靶基因预测发现,GSTA3、GSTA 4基因参与肝功能相关的信号通路如药物代谢-细胞色素P450及细胞色素P450对异源物质的代谢等代谢通路。本研究发现,在饲喂青贮黄梁木川中黑山羊的肝组织中,NDUFA10、NDUFB11、NDUFS 5以及GSTA3、GSTA 4等可能从营养物质代谢和毒素代谢等方面影响肝功能。

关键词：青贮黄粱木川中黑山羊肝 lncRNA mRNA

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高脂饲喂对肉鸡腹脂和肝脏组织RNA可变剪接的影响

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广东农业科学 2024年第2期51卷 112-123页

作者：敖广宇陈庚华夏燚琳罗文华南农业大学动物科学学院/广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室/农业农村部鸡遗传育种与繁殖重点实验室广东广州510642

【目的】腹脂过度沉积会降低肉鸡抗病力和屠宰率。RNA可变剪接是影响基因功能的重要调控方式,对肉鸡腹脂沉积过程的RNA可变剪接事件进行系统分析,有助于进一步了解肉鸡腹脂沉积的分子调控机理。【方法】利用高脂饲喂肉鸡和普通饲喂肉鸡... 详细信息

【目的】腹脂过度沉积会降低肉鸡抗病力和屠宰率。RNA可变剪接是影响基因功能的重要调控方式,对肉鸡腹脂沉积过程的RNA可变剪接事件进行系统分析,有助于进一步了解肉鸡腹脂沉积的分子调控机理。【方法】利用高脂饲喂肉鸡和普通饲喂肉鸡肝脏组织和腹脂组织的转录组测序结果,鉴定高脂饲喂过程中肉鸡腹脂和肝脏组织的差异表达和差异剪接基因。采用GO功能注释、KEGG通路富集分析和Metascape富集分析对显著差异剪接基因进行分析,并对显著差异剪接事件进行可视化处理,以及分析调控这些差异剪接事件的剪接因子。【结果】对高脂饲喂肉鸡与普通饲喂肉鸡的腹脂和肝脏组织进行转录组测序,在腹脂组织中发现233个显著差异表达基因和349个显著差异剪接基因,对显著差异剪接基因进行富集分析,发现显著差异剪接基因主要富集于细胞分裂、细胞生长等细胞增殖相关生物学进程,还富集于甘油磷脂代谢和胰岛素信号通路等脂肪生成相关通路。在肝脏组织中发现276个显著差异表达基因和224个显著差异剪接基因,对显著差异剪接基因进行富集分析,发现显著差异剪接基因主要富集于蛋白质乙酰化、蛋白质内部氨基酸乙酰化和mRNA加工等细胞代谢相关生物进程,还富集于胰岛素信号通路、胰高血糖素信号通路、AMPK信号通路等脂肪生成相关通路。在腹脂和肝脏的显著差异剪接基因中,共筛选到影响肉鸡腹脂沉积性状的相关候选基因4个,包括GPAT4、RELCH、CYP39A1和PPARA。【结论】研究结果初步揭示高脂饲喂下肉鸡腹脂和肝脏组织的RNA可变剪接调控规律。推断高脂饲喂可能通过影响基因可变剪接过程,进而激活前脂肪细胞的增殖和脂肪生成相关细胞代谢,从而导致肉鸡的腹脂沉积现象;剪接因子对靶基因的调控显著参与影响肉鸡的腹脂沉积过程。

关键词：杏花鸡高脂饲料腹脂沉积转录组可变剪接差异表达基因

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12株桑源克雷伯菌属细菌耐药性、毒力基因及分子分型分析

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中国抗生素杂志 2024年第7期49卷 823-831页

作者：张雪吟罗龙辉刘吉平华南农业大学动物科学学院广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室广州510642 华南农业大学食品学院广州510642 华南农业大学群体微生物中心广州510642

目的为了解不同来源的人类条件病原体的特征和耐药机制,预防环境病原体和医院病原体交叉感染,对桑树中分离的克雷伯菌进行耐药性、毒力基因、分子分型特点的探究。方法从广东和广西两地采集桑树和桑树根际土壤样本,其中共分离得到12株... 详细信息

目的为了解不同来源的人类条件病原体的特征和耐药机制,预防环境病原体和医院病原体交叉感染,对桑树中分离的克雷伯菌进行耐药性、毒力基因、分子分型特点的探究。方法从广东和广西两地采集桑树和桑树根际土壤样本,其中共分离得到12株克雷伯菌,对其采用纸片扩散法(K-B法)检测菌株耐药性表征;采用PCR技术对6类9个抗生素相关耐药基因和毒力基因进行检测;采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术进行遗传分析。结果12株桑源克雷伯菌检测到bla_(SHV)、tet(D)、tet(A)和aadA14种耐药基因,其中携带氨基糖苷类相关基因aadA1的有5株(41.67%);12株桑源克雷伯菌均对氨基糖苷类抗生素红霉素和链霉素表现出耐药,对6种以上抗生素耐药的菌株有6株(50%),对7种抗生素耐药的菌株有2株(16.67%);8株(66.67%)携带脂多糖相关的wabG毒力基因;MLST分析显示12株桑源克雷伯菌划分为3大类,包括产酸克雷伯菌复合体(Klebsiella oxytoca species complex,KoSC)、肺炎克雷伯菌复合体(*** species complex,KpSC)以及产气克雷伯菌(***);可分成7个序列型(sequence typing,ST),ST260为优势序列型,有5株(41.67%)。结论12株桑源克雷伯菌对氨基糖苷类抗生素耐药情况严峻,氨基糖苷类aadA1耐药基因检出率最高;ST260是主要的序列型,菌株之间存在遗传多样性,为环境中桑树来源的克雷伯菌病原体致病机制提供理论依据。

关键词：克雷伯菌属条件致病菌耐药性毒力基因 ST分型

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T-2毒素对雄性动物生殖系统毒害机制的研究进展

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畜牧兽医学报 2025年第5期56卷 2038-2046页

作者：陈云陈丽圆宋文静张新科徐菡吴嘉仪赵翠燕张守全韶关学院生物与农业学院/广东省粤北食药资源利用与保护重点实验室韶关512005 华南农业大学动物科学学院/广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室广州510642

T-2毒素是一种广泛存在于谷物和饲料中的霉菌毒素,对人类和动物的健康构成严重威胁。本文旨在全面总结T-2毒素的来源、理化性质及其对雄性生殖系统的毒性作用,尤其是其在生殖过程中的机制与影响。本文回顾了T-2毒素通过氧化应激、线粒... 详细信息

T-2毒素是一种广泛存在于谷物和饲料中的霉菌毒素,对人类和动物的健康构成严重威胁。本文旨在全面总结T-2毒素的来源、理化性质及其对雄性生殖系统的毒性作用,尤其是其在生殖过程中的机制与影响。本文回顾了T-2毒素通过氧化应激、线粒体损伤、细胞凋亡等途径对睾丸、精子质量及生殖内分泌系统的损害,还探讨了T-2毒素暴露对雄性动物睾丸间质细胞、支持细胞及精子生成的影响,并总结了抗氧化物质及天然解毒剂在减轻T-2毒素引起的生殖障碍中的潜在应用。通过分析T-2毒素的毒性机制,本文为未来研究提供了指导,为制定有效的防治策略和开发解毒药物提供科学依据,进而保障畜禽生殖健康及畜牧业的可持续发展。

关键词： T-2毒素雄性动物生殖氧化应激炎症细胞凋亡

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Pcgf2对鸡胚胎成纤维细胞重编程为诱导多能干细胞的促进

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华南农业大学学报 2024年

作者：姚梓淇廖立钦宋佳蓓张新珩谢青梅华南农业大学动物科学学院/岭南现代农业科学与技术广东省实验室河源分中心/广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室

【目的】以提高诱导鸡多能干细胞干性为目的，利用Pcgf2基因与传统诱导多能干细胞的重编程因子共同诱导鸡多能干细胞。【方法】以鸡早期胚胎为模板对Oct4、Sox2、Nanog、Lin28、C-myc、Klf4这6种传统的重编程因子及Pcgf2进行基因扩增，... 详细信息

【目的】以提高诱导鸡多能干细胞干性为目的，利用Pcgf2基因与传统诱导多能干细胞的重编程因子共同诱导鸡多能干细胞。【方法】以鸡早期胚胎为模板对Oct4、Sox2、Nanog、Lin28、C-myc、Klf4这6种传统的重编程因子及Pcgf2进行基因扩增，并与慢病毒载体重组为慢病毒质粒，在包装慢病毒后且测定相对应的病毒滴度后，分组感染鸡胚胎成纤维细胞，在诱导的过程中对干细胞标记物进行检测。【结果】利用传统的重编程因子组合与加入Pcgf2共同诱导后的细胞都较早地表达出磷酸酶活性。加入Pcgf2诱导多能干细胞可以使细胞更早地出现类干细胞形态，且内源性基因Oct4、Sox2、Nanog以及Lin28的表达得到更为稳定的提高。【结论】Pcgf2在加入诱导体系后可以有效提高细胞的重编程接近干细胞状态。该试验结果可为诱导鸡完全重编程细胞的重编程因子的选择与机制研究提供理论参考。

关键词：慢病毒多能转录因子 CEF 体细胞重编程鸡iPSC

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敲除热敏瞬时受体电位锚蛋白1(BmTRPA1)基因后家蚕蛹脑-咽下神经节复合体的转录组学分析

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昆虫学报 2025年 2-13页

作者：白新宇冯嘉伟张明蔚包玫邢东旭杨婉莹华南农业大学动物科学学院广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室广东省农业科学院蚕业与农产品加工研究所

[目的]二化性家蚕Bombyx mori蚕卵在25℃下催青时,热敏瞬时受体电位锚蛋白1（TRPA1）被激活,随后可能激活一条与滞育激素（diapause hormone,DH）释放相关的未知信号通路。本研究旨在研究家蚕BmTRPA1调控DH分泌的分子机制,以及BmTRPA1与... 详细信息

[目的]二化性家蚕Bombyx mori蚕卵在25℃下催青时,热敏瞬时受体电位锚蛋白1（TRPA1）被激活,随后可能激活一条与滞育激素（diapause hormone,DH）释放相关的未知信号通路。本研究旨在研究家蚕BmTRPA1调控DH分泌的分子机制,以及BmTRPA1与GABAergic信号通路的关系。[方法]利用CRISPR/Cas9敲除25℃下催青的家蚕BmTRPA1基因,通过转录组测序筛选野生型（WT）和BmTRPA-/-突变型家蚕在蛹期第3天脑-咽下神经节（brainsuboesophagealganglion,Br-SG）复合体中的差异表达基因;对差异表达基因和特异表达基因分别进行GO分类和KEGG功能富集分析;qRT-PCR检测调控GABAergic信号通路10个关键基因和神经肽基因K5的相对表达量。[结果]WT的Br-SG复合体中有13 039个基因表达,BmTRPA1-/-BrSG复合体中有12 937个基因表达,其中12 484个基因在WT和BmTRPA1-/-Br-SG复合体中共表达,有555个基因在WT中Br-SG复合体特异表达,453个基因在BmTRPA1-/-Br-SG复合体中特异表达;相比于WT Br-SG复合体,BmTRPA1-/-Br-SG复合体有32个基因表达上调,13个基因表达下调。这些差异表达基因主要富集在正反馈调节过程、新陈代谢、应激和细胞调控等关键生命活动过程,其中富集于蛋白质转运过程与内分泌的差异表达蛋白GAT属于质膜GABA转运蛋白,是调控家蚕DH释放的关键蛋白。qRT-PCR检测结果显示,GAT在BmTRPA1-/-Br-SG复合体中的相对表达量与WT Br-SG复合体中的相比显著下调,K5的相对表达量与WT Br-SG复合体中的相比显著降低。[结论]本研究在组学水平上证明,敲除TRPA1将降低GAT的表达,从而调控GABAergic信号通路,减少DH释放。研究结果为后续探索家蚕响应环境温度诱导滞育发生的分子调控机制提供了靶标蛋白和数据参考。

关键词：家蚕滞育瞬时受体电位锚蛋白转录组脑-咽下神经节复合体

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ARG2基因在ALV-J感染DF-1细胞中的作用研究

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黑龙江畜牧兽医 2024年第7期 74-80页

作者：赵永霞赵昌滨梁锦萍李红梅华南农业大学动物科学学院广州510642 农业农村部鸡遗传育种与繁殖重点实验室广州510642 广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室广州510642

为了研究线粒体相关基因精氨酸酶2(arginase-2,ARG2)在J亚群禽白血病病毒(J subgroup leukosis virus,ALV-J)感染中的作用,试验采用qRT-PCR方法分别检测感染ALV-J后试验组鸡不同器官和DF-1细胞中ARG2基因的表达情况,分析ARG2基因和ALV-... 详细信息

为了研究线粒体相关基因精氨酸酶2(arginase-2,ARG2)在J亚群禽白血病病毒(J subgroup leukosis virus,ALV-J)感染中的作用,试验采用qRT-PCR方法分别检测感染ALV-J后试验组鸡不同器官和DF-1细胞中ARG2基因的表达情况,分析ARG2基因和ALV-J感染之间是否有联系;设计ARG2基因的过表达载体(过表达ARG2组)和干扰片段(干扰ARG2组)转染DF-1细胞,并以pcDNA3.1或Si-NC为对照,采用qRT-PCR方法检测ARG2基因的过表达和干扰效率;采用qRT-PCR、Western-blot和间接免疫荧光试验检测过表达或干扰ARG2基因后感染ALV-J的DF-1细胞中gp85基因及Env蛋白表达情况,从而综合分析ARG2基因对ALV-J复制的影响。结果表明:与对照组相比,试验组鸡的脾脏、法氏囊中ARG2基因相对表达量极显著降低(P<0.01),而肾脏中ARG2基因相对表达量极显著升高(P<0.01)。同时在体外试验中,ARG2基因在感染后第6,12小时时相对表达量降低(P>0.05或P<0.05),而在第24,48,74,108小时相对表达量显著或极显著升高(P<0.05或P<0.01)。与对照组相比,过表达ARG2组ARG2基因相对表达量极显著升高(P<0.01),干扰ARG2组ARG2基因相对表达量降低(P>0.05或P<0.05),并选择干扰片段SI-ARG2-001进行后续试验。过表达ARG2基因后,与对照组相比,过表达ARG2组第12,24小时的gp85基因相对表达量显著或极显著升高(P<0.05或P<0.01),Env蛋白表达量显著上调(P<0.05),Env免疫荧光信号强度增强;干扰ARG2基因后,与对照组相比,干扰ARG2组第6,12,48小时的gp85基因相对表达量显著或极显著降低(P<0.05或P<0.01),Env蛋白表达量显著下调(P<0.05),Env免疫荧光信号强度减弱。说明ARG2基因可以促进ALV-J在DF-1细胞中的复制。

关键词：线粒体相关基因精氨酸酶2(ARG2) J亚群禽白血病病毒(ALV-J) 病毒复制 DF-1细胞

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