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光谱学与光谱分析 2019年第11期39卷 3614-3618页

作者：杨露露杨雾易忠胜赵赛段家喜广西高校食品安全与检测重点实验室岩溶地区水污染控制与用水安全保障协同创新中心桂林理工大学化学与生物工程学院

在模拟人体生理条件下,采用分子模拟结合三维荧光、圆二色谱、荧光光谱、时间分辨荧光等光谱方法,研究了四溴联苯醚(BDE47)与溶菌酶的相互作用机制。结果表明:BDE47能有效地猝灭溶菌酶的内源性荧光,猝灭机制为静态猝灭。分子对接显示,BD... 详细信息

在模拟人体生理条件下,采用分子模拟结合三维荧光、圆二色谱、荧光光谱、时间分辨荧光等光谱方法,研究了四溴联苯醚(BDE47)与溶菌酶的相互作用机制。结果表明:BDE47能有效地猝灭溶菌酶的内源性荧光,猝灭机制为静态猝灭。分子对接显示,BDE47与溶菌酶分子中的TRP62,TRP63,ARG61,ASN59,ALA107和ILE98等氨基酸残基具有相互作用,且BDE47分子中的醚键O原子与TRP63形成了氢键,氢键距离为2.2A。三维荧光的实验结果表明,BDE47的加入导致了溶菌酶的荧光强度降低,峰位置发生略微红移,BDE47与溶菌酶之间的结合作用改变了溶菌酶的微环境。圆二色谱分析则进一步证明,BDE47的存在引起了溶菌酶的构象发生改变,导致α-螺旋结构的含量减少。根据Foster非辐射能量转移理论计算得出,供体(溶菌酶)与受体(BDE47)的结合距离r为3.31nm,满足非辐射能量的条件。分析四个温度下的热力学参数发现,BDE47与溶菌酶之间的结合是一个自发放热的过程,主要驱动力为氢键和范德华力,与分子对接、结合自由能分析结论一致。

关键词：四溴联苯醚溶菌酶分子模拟光谱结合自由能

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基于分子对接、分子动力学模拟的新型酰胺-膦酸酯类hsEH抑制剂的QSAR研究

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分子科学学报 2018年第3期34卷 183-194页

作者：易忠胜段家喜聂瑾芳赵赛桂林理工大学化学与生物工程学院广西高校食品安全与检测重点实验室岩溶地区水污染控制与用水安全保障协同创新中心

结合定量结构-活性相关（QSAR）技术和分子对接、分子动力学（MD）模拟,研究了新型酰胺-膦酸酯类衍生物与可溶性环氧化物水解酶（hsEH）结合的相互作用特征.二维QSAR模型表现出较好的拟合能力和预测能力（r^2=0.942,q2=0.918）,并且模... 详细信息

结合定量结构-活性相关（QSAR）技术和分子对接、分子动力学（MD）模拟,研究了新型酰胺-膦酸酯类衍生物与可溶性环氧化物水解酶（hsEH）结合的相互作用特征.二维QSAR模型表现出较好的拟合能力和预测能力（r^2=0.942,q2=0.918）,并且模型表明酰胺-膦酸酯类衍生物中C—N键的频数对hsEH活性抑制能力具有重要影响.采用比较分子力场分析方法（CoMFA）和比较分子相似性指数分析方法（CoMSIA）建立了相关性显著、预测能力强的三维QSAR定量模型（CoMFA：r^2=0.986,q2=0.619;CoMSIA：r^2=0.912,q2=0.630）,模型指出疏水作用力、静电作用力和氢键作用力对hsEH活性抑制能力有重要的影响.二维QSAR模型的预测结果更为准确,三维QSAR模型更为直观地表现了由于分子结构差异导致不同的力场效应对预测结果的影响.分子对接结果指出了分子内酰胺基团、膦酸酯基团、以及—NH—分子结构能与氨基酸残基HIS524,ASP335,TYR383,TYR466,GLN384和Trp525形成稳定氢键来增加结合的稳定性,并且小分子受到氢键作用力的同时还受到结合位点疏水残基的强疏水作用力和芳香性π环之间相互吸引的π-π堆积的非共价键作用.分子动力学模拟通过残基结合后的柔性差异变化验证了结合位点分子对接结果的可靠性,结合自由能也为对接作用机制的合理性提供了验证.

关键词： hsEH抑制剂酰胺-膦酸酯衍生物定量结构-活性相关分子对接分子动力学模拟

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新型噻唑-2-乙胺类HAT抑制剂的QSAR研究

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桂林理工大学学报 2018年第3期38卷 529-536页

作者：段家喜赵赛易忠胜聂瑾芳桂林理工大学化学与生物工程学院广西桂林541004 桂林理工大学广西高校食品安全与检测重点实验室广西桂林541004 桂林理工大学岩溶地区水污染控制与用水安全保障协同创新中心广西桂林541004

采用VSMVI变量筛选方法从大量描述符中筛选最优子集,再由MLR回归方法建立了83个噻唑-2-乙胺类化合物与非洲人类锥虫病(HAT)抑制活性之间的二维定量结构-活性相关(2D-QSAR)模型,最优模型的拟合相关系数(r^2=0. 889 2)和交叉验证相关系数(... 详细信息

采用VSMVI变量筛选方法从大量描述符中筛选最优子集,再由MLR回归方法建立了83个噻唑-2-乙胺类化合物与非洲人类锥虫病(HAT)抑制活性之间的二维定量结构-活性相关(2D-QSAR)模型,最优模型的拟合相关系数(r^2=0. 889 2)和交叉验证相关系数(q^2=0. 857 4)表明模型具有良好的稳健性、拟合能力和预测能力。模型的描述符在一定程度上反映了分子的二维结构和疏水性对抑制活性具有重要影响。同时采用基于CoMFA和CoMSIA方法的三维定量结构-活性相关(3D-QSAR)建立了相关性显著、预测能力强的定量模型(CoMFA:r^2=0. 924,q^2=0. 516; CoMSIA:r^2=0. 944,q^2=0. 531),其中CoMSIA的疏水场贡献率最高,说明了分子的疏水作用对抑制活性的重要影响。

关键词：噻唑-2-乙胺类化合物非洲人类锥虫病(HAT) 二维定量结构-活性相关(2D-QSAR) 基于变量相互作用的变量筛选方法(VSMVI) 比较分子场分析方法(CoMFA) 比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)

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计算模拟与光谱法研究4-羟基-2,2’,3,4’-四溴二苯醚与人血清白蛋白的相互作用

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化学通报 2017年第2期80卷 185-190,207页

作者：杨露露杨雾伍智蔚易忠胜桂林理工大学化学与生物工程学院广西高校食品安全与检测重点实验室岩溶地区水污染控制与用水安全保障协同创新中心桂林541004

利用分子模拟、荧光光谱、紫外吸收光谱等方法,研究了4-羟基-2,2’,3,4’-四溴二苯醚(4-OHBDE-42)与人血清白蛋白(HSA)的相互作用。三维荧光分析表明,4-OH-BDE-42的存在降低了HSA的荧光强度,且使HSA的微环境和构象发生变化。荧光光谱和... 详细信息

利用分子模拟、荧光光谱、紫外吸收光谱等方法,研究了4-羟基-2,2’,3,4’-四溴二苯醚(4-OHBDE-42)与人血清白蛋白(HSA)的相互作用。三维荧光分析表明,4-OH-BDE-42的存在降低了HSA的荧光强度,且使HSA的微环境和构象发生变化。荧光光谱和紫外吸收光谱显示,4-OH-BDE-42与HSA结合后显著猝灭了HSA的内源性荧光,猝灭机制为静态猝灭与非辐射能量转移。结合常数Ka>106L·mol-1,表明两者的结合作用较强,结合距离r为3.66nm。根据热力学参数分析,ΔH>0,ΔS>0,即4-OH-BDE-42与HSA之间结合的主要作用力为疏水作用,这与分子对接、结合自由能分析结论一致。结合自由能贡献分析表明,LYS199、GLU292、ARG257、ARG218、ALA291、HIS242为4-OH-BDE-42与HSA结合的关键氨基酸残基。

关键词：羟基化多溴联苯醚人血清白蛋白光谱法计算模拟相互作用

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羟基多溴二苯醚与甲状腺转运蛋白结合的光谱与计算模拟研究

羟基多溴二苯醚与甲状腺转运蛋白结合的光谱与计算模拟研究

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第四届生态毒理学学术研讨会

作者：杨雾杨露露易忠胜徐婕魏雨晨聂瑾芳广西高校食品安全与检测重点实验室岩溶地区水污染控制与用水安全保障协同创新中心桂林理工大学化学与生物工程学院桂林541004

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溶菌酶与羟基多溴联苯醚的相互作用研究

溶菌酶与羟基多溴联苯醚的相互作用研究

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第四届生态毒理学学术研讨会

作者：杨露露杨雾易忠胜聂瑾芳广西高校食品安全与检测重点实验室岩溶地区水污染控制与用水安全保障协同创新中心桂林理工大学化学与生物工程学院桂林 541006

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5'-羟基-2,2',4,4',5-五溴二苯醚与人血清白蛋白结合特征研究

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分析测试学报 2016年第9期35卷 1079-1086页

作者：杨雾杨露露伍智蔚易忠胜广西高校食品安全与检测重点实验室岩溶地区水污染控制与用水安全保障协同创新中心桂林理工大学化学与生物工程学院广西桂林541004

在模拟生理环境下,通过稳态荧光光谱、时间分辨荧光光谱、傅立叶变换红外光谱和三维荧光光谱等方法研究了5'-羟基-2,2',4,4',5-五溴二苯醚(5'-OH-BDE-99)与人血清白蛋白的结合特征,并结合分子对接与分子动力学模拟技术... 详细信息

在模拟生理环境下,通过稳态荧光光谱、时间分辨荧光光谱、傅立叶变换红外光谱和三维荧光光谱等方法研究了5'-羟基-2,2',4,4',5-五溴二苯醚(5'-OH-BDE-99)与人血清白蛋白的结合特征,并结合分子对接与分子动力学模拟技术对其作用机制进行了分析。荧光光谱实验、非辐射能量转移理论及动力学模拟研究表明,5'-OH-BDE-99能使HSA发生猝灭作用,且猝灭机制为静态猝灭。傅立叶变换红外光谱、三维荧光光谱及动力学模拟研究表明,5'-OH-BDE-99可诱导HSA构象和周围环境发生变化。此外,分子对接和热力学方法研究表明,二者间的主要作用力为疏水作用力。

关键词：多溴二苯醚人血清白蛋白荧光光谱分子对接动力学模拟

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结合QSAR、分子对接和动力学模拟剖析小分子与不同受体的结合亲和力

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分析科学学报 2016年第3期32卷 320-324页

作者：伍智蔚易忠胜董露冯理涛广西高校食品安全与检测重点实验室岩溶地区水污染控制与用水安全保障协同创新中心桂林理工大学化学与生物工程学院广西桂林541004

本文从三种不同的角度分析小分子与受体的结合情况,互相补充,为探讨不同类型结合模式提供有用的信息和研究手段。利用比较分子相似性指数法(CoMSIA)和分子全息定量构效关系法(HQSAR),建立一系列小分子与不同受体(AhR和TTR)亲和力活性数... 详细信息

本文从三种不同的角度分析小分子与受体的结合情况,互相补充,为探讨不同类型结合模式提供有用的信息和研究手段。利用比较分子相似性指数法(CoMSIA)和分子全息定量构效关系法(HQSAR),建立一系列小分子与不同受体(AhR和TTR)亲和力活性数据的定量构效关系预测模型。结果表明模型均具有较高稳定性和预测能力(q^2>0.55,r^2>0.85)。同时,根据CoMSIA模型的等值线图和HQSAR模型的原子贡献图得出BDE154和BDE019与受体之间的结合作用方式,主要为疏水作用,带羟基基团化合物不利于与受体结合。此外,分子对接结果表明模型的结合力类型分别为疏水作用和π-π堆积作用。而分子动力学模拟的结果表明,随着小分子的加入,受体的二级结构发生转变。

关键词：多溴二苯醚分子对接定量构效关系法分子动力学模拟亲和力

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模拟和光谱相互验证2＇-OH-BDE-28对HSA构象的影响

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生态毒理学报 2016年第1期11卷 159-166页

作者：伍智蔚易忠胜董露杨露露杨雾张爱茜广西高校食品安全与检测重点实验室岩溶地区水污染控制与用水安全保障协同创新中心桂林理工大学化学与生物工程学院桂林541004 中国科学院生态环境研究中心环境化学与生态毒理学国家重点实验室北京100085

利用分子对接、分子动力学模拟(molecular dynamics simulation,MD)和光谱法研究2'-羟基-2,4,4'-三溴二苯醚(2'-OHBDE-28)与人血清白蛋白(HSA)的作用机制。MD模拟研究表明2'-OH-BDE-28诱导HSA的内部疏水性增强,结构松... 详细信息

利用分子对接、分子动力学模拟(molecular dynamics simulation,MD)和光谱法研究2'-羟基-2,4,4'-三溴二苯醚(2'-OHBDE-28)与人血清白蛋白(HSA)的作用机制。MD模拟研究表明2'-OH-BDE-28诱导HSA的内部疏水性增强,结构松散膨胀,致使其二级结构发生改变;圆二色光谱实验与MD模拟结果相吻合,验证2'-OH-BDE-28可诱导HSA的构象变化。荧光光谱实验表明,2'-OH-BDE-28能通过静态猝灭和非辐射能量转移机制引起HSA荧光猝灭。分子对接推断2'-OH-BDE-28以氢键和疏水作用力键合在HSA的位点I处;热力学分析和竞争实验结果一致验证分子对接结果。本文将计算模拟和光谱实验相结合,从模拟和实验2个角度共同探讨2'-OH-BDE-28与HSA的作用机制,结果高度吻合。

关键词： 2'-羟基-2,4,4'-三溴二苯醚人血清白蛋白分子动力学模拟光谱法

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基于新变量筛选方法的孕激素效应QSAR研究

基于新变量筛选方法的孕激素效应QSAR研究

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第三届生态毒理学学术研讨会

作者：易忠胜广西高校食品安全与检测重点实验室岩溶地区水污染控制与用水安全保障协同创新中心桂林理工大学化学与生物工程学院广西桂林 541004

本文利用Dragon软件计算56个类固醇化合物的分子结构描述符，采用基于变量相互作用的变量筛选方法建立了类固醇化合物与PR结合的相对亲合力logRBA之间的QSAR模型。相对亲合力logRBA的范围从-0.52到2.3，最大值与最小值之间相差2.8个对... 详细信息

本文利用Dragon软件计算56个类固醇化合物的分子结构描述符，采用基于变量相互作用的变量筛选方法建立了类固醇化合物与PR结合的相对亲合力logRBA之间的QSAR模型。相对亲合力logRBA的范围从-0.52到2.3，最大值与最小值之间相差2.8个对数单位。这些数据来自文献，考虑到能更好地与文献结果进行对比，训练集与检验集的划分方式完全按照文献进行。

关键词：外源性污染物孕激素效应定量构效关系变量筛选

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