目的通过生物信息学方法对头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)患者的基因表达进行分析,寻找影响HNSCC患者预后的免疫相关基因,探索HNSCC新的治疗靶点。方法本研究基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atl...
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目的通过生物信息学方法对头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)患者的基因表达进行分析,寻找影响HNSCC患者预后的免疫相关基因,探索HNSCC新的治疗靶点。方法本研究基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因表达综合数据库,下载HNSCC和非肿瘤组织样本的RNA测序数据。分别对两数据库样本进行差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析,筛选免疫相关基因。采用单因素Cox回归、Lasso回归和多因素Cox回归分析识别出与HNSCC预后显著相关的基因,并以此为基础计算每个TCGA样本的风险评分,构建相关预后模型。根据风险评分中位数将样本分为高、低风险组;对高、低风险组进行基因差异表达分析,揭示不同免疫状态下的基因表达变化,并对差异基因进行通路富集分析。结果筛选发现MS4A1、IL12RB2、DMBT1、LTF是影响HNSCC患者预后的免疫相关基因。其中MS4A1和IL12RB2在HNSCC中高表达,DMBT1和LTF低表达。HNSCC死亡组的风险评分显著高于生存组。风险评分可作为HNSCC的独立预后指标。高、低风险组差异基因显著富集于免疫应答调节细胞表面受体信号通路。结论MS4A1、IL12RB2、DMBT1、LTF可用于HNSCC的风险评估、疾病监测和疗效评估。免疫反应在HNSCC患者的预后中至关重要,进一步的研究有望推动新治疗策略的开发。
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