检索结果-内蒙古大学图书馆

生物信息学 2024年

作者：黄平平王佳容单亚男周百灵山东省生物物理重点实验室(德州学院生物物理研究院)

长非编码RNA（Long noncoding RNA， lncRNA）是一类转录本长度大于200 nt、缺乏蛋白质编码能力的RNA分子，可通过与mRNA、蛋白质和miRNA等分子相互作用从而以多种形式在不同水平调控基因表达。近年来，lncRNA在人类疾病发生发展、动物... 详细信息

长非编码RNA（Long noncoding RNA， lncRNA）是一类转录本长度大于200 nt、缺乏蛋白质编码能力的RNA分子，可通过与mRNA、蛋白质和miRNA等分子相互作用从而以多种形式在不同水平调控基因表达。近年来，lncRNA在人类疾病发生发展、动物生长发育和植物应对环境胁迫等方面的研究一直是国内外研究热点和持续关注的焦点。目前，关于人类、动植物lncRNA的研究主要采用lncRNA测序（lncRNA-sequencing， lncRNA-seq）的方法。LncRNA-seq数据的分析依赖众多软件，且大部分是在Linux系统通过命令行的方式运行，对于大多数研究者开展数据分析可能存在困难。因此，文中在调研现有的lncRNA-seq数据分析流程的基础上，基于Linux系统构建lncRNA-seq本地分析平台，平台主要包括以下几个步骤：首先采用trimmomatic对原始测序数据进行质量控制，使用软件Hisat2和StringTie进行序列的比对、组装，通过Salmon软件进行转录本的定量，结合CPC2，CNCI，Pfam 和PLEK对新的转录本进行编码能力预测。另外，以2组马铃薯测序数据为例详细介绍数据分析过程，以便同领域研究者在服务器构建本地化分析平台、灵活地开展数据分析。

关键词：长非编码RNA 分析平台 Linux 生物信息学

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基于随机序列的固有无序蛋白预测算法比较分析

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生物学杂志 2020年第3期37卷 46-49页

作者：董晴晴赵亚伟袁增于家峰王芳华唐胡成德州学院生物物理研究院山东省生物物理重点实验室德州253023 淄博市第四人民医院淄博255067

固有无序蛋白质(IDPs)是一种普遍存在且缺乏稳定空间结构的重要功能蛋白,为传统的蛋白质序列-结构-功能研究模式提出了挑战,成为当前蛋白质科学研究的热点领域。由于其特殊的柔性结构特征,IDPs的实验研究难度大,通过计算方法来预测IDPs... 详细信息

固有无序蛋白质(IDPs)是一种普遍存在且缺乏稳定空间结构的重要功能蛋白,为传统的蛋白质序列-结构-功能研究模式提出了挑战,成为当前蛋白质科学研究的热点领域。由于其特殊的柔性结构特征,IDPs的实验研究难度大,通过计算方法来预测IDPs成为IDPs研究的重要手段。然而由于被实验证实的IDPs还很少,对IDPs预测算法的有效评价还缺少可靠的数据集,因而通过人工设计随机蛋白序列并提出分析数理模型,从无序区残基分布、组成等多角度对两种代表性IDPs预测算法的预测结果进行了深入对比研究。结果表明各随机序列中不同IDPs预测算法得到的预测结果具有不同程度的差别,预测得到的无序区与天然蛋白中无序区序列特征一致,因此对IDPs的研究应充分考虑不同预测算法差异特征,提高研究结果的可靠性。

关键词：蛋白质固有无序蛋白序列分析

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固有无序蛋白质无序区和有序区氨基酸组成偏好性分析

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江苏农业科学 2014年第4期42卷 38-39页

作者：王红梅武恩斯朱玉风德州学院物理与电子信息学院/山东省功能大分子生物物理重点实验室山东德州253023 山东师范大学山东济南250358

以固有无序蛋白质为研究对象,通过CD-HIT对数据进行去冗余处理,然后利用编程软件对数据进行统计而得到新的数据。对所有无序区及有序区的氨基酸含量进行对比,认为氨基酸Val、Ile、Leu、Phe、Trp、Asn、Tyr、His具有形成有序结构的偏好性... 详细信息

以固有无序蛋白质为研究对象,通过CD-HIT对数据进行去冗余处理,然后利用编程软件对数据进行统计而得到新的数据。对所有无序区及有序区的氨基酸含量进行对比,认为氨基酸Val、Ile、Leu、Phe、Trp、Asn、Tyr、His具有形成有序结构的偏好性;氨基酸Pro、Ser、Gln、Asp、Lys具有形成无序结构的偏好性。研究结论有助于进一步挖掘固有无序蛋白质的序列特征,并为固有无序蛋白质的预测提供一些借鉴。

关键词：固有无序蛋白质功能位点无序区序列分析

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银纳米树突/石墨烯/铜箔增强拉曼基底用于饮用水中微塑料检测

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德州学院学报 2024年第2期40卷 37-42页

作者：申海娅孙文喜李新娟邹积芳崔清华李玉静郝明晶褚肖迪刘汉平林晓卉李崇辉德州学院山东省生物物理重点实验室生物物理研究院山东德州253023

随着全球塑料产品的生产和增加,微塑料污染问题日益受到关注,因此,对于微塑料的监测,就显得尤为重要。本文提出的以石墨烯为纳米间隔的银纳米树突/石墨烯/铜箔SERS基底,具有三维多孔的结构,有利于大分子纳米颗粒进入纳米间隙;同时,在激... 详细信息

随着全球塑料产品的生产和增加,微塑料污染问题日益受到关注,因此,对于微塑料的监测,就显得尤为重要。本文提出的以石墨烯为纳米间隔的银纳米树突/石墨烯/铜箔SERS基底,具有三维多孔的结构,有利于大分子纳米颗粒进入纳米间隙;同时,在激光激发下,这些纳米间隙间产生强大的“热点”,增加了被检测纳米颗粒的拉曼信号。因此,该SERS基底可以很好的应用于饮用水中100 nm级别聚苯乙烯微塑料的检测。我们通过控制反应时的电流的大小不变,改变反应时间来得到不同的银纳米结构,然后再对基底的灵敏度以及均匀性展开研究,不断优化制备条件,当电沉积时间为15 s时,得到了一种可以用于饮用水中聚苯乙烯微塑料检测的SERS基底,最低检测浓度可达到100μg/mL。因此,制备得到的该SERS基底可以广泛应用于食品安全等领域的SERS检测。

关键词：增强拉曼三维多孔银纳米树突等离激元结构微塑料检测

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蛋白质折叠动力学的网络分析

蛋白质折叠动力学的网络分析

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第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会

作者：李海彦王吉华山东省高校生物物理重点实验室德州学院物理系

＜正＞蛋白质是生命体系中重要的功能物质,理解它的结构特征和动力学行为,特别是认识它的天然结构的形成过程有重要的理论和现实意义。蛋白质分子是由氨基酸残基组成

关键词：

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非编码RNA的Z曲线研究

非编码RNA的Z曲线研究

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第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会

作者：杨延玲王吉华山东省高校生物物理重点实验室德州学院物理系

＜正＞DNA序列作为一种遗传语言,遗传信息不仅体现在编码序列之中,而且隐含在非编码序列之中.人们已经逐渐认识到非编码区在蛋白质翻译过程中起着非常重要的调控作用。

关键词：非编码区 ncRNA microRNA Z曲线序列特征

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应用物理学(生物物理)人才培养模式改革探讨

应用物理学(生物物理)人才培养模式改革探讨

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第十七届全国原子、原子核物理研讨会暨全国近代物理研究会第十届年会

作者：于家峰王吉华山东省高校生物物理重点实验室德州学院物理系

结合我系应用物理学(生物物理)人才培养模式改革的情况,对几个重要问题进行了探讨,并提出了一定的措施,同时对我国地方本科院校应用物理学及相关专业的人才培养模式改革给出了一些建议。

关键词：应用物理学人才培养模式改革生物物理问题

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比较不同分子力场对H1小肽结构特征的描述

比较不同分子力场对H1小肽结构特征的描述

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第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会

作者：曹赞霞王吉华山东省高校生物物理重点实验室德州学院物理系

＜正＞分子动力学模拟方法对我们理解小肽在溶剂环境中如何折叠形成它特定结构能提供很大的帮助。蛋白质模拟结果的准确性以及可靠性主要依赖于经验力场的精确性。分

关键词：动力学模拟分子力场副本交换 H1小肽

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淀粉样蛋白Aβ在高压作用下构象变化的分子动力学模拟研究

淀粉样蛋白Aβ在高压作用下构象变化的分子动力学模拟研究

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第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会

作者：罗秀萍王吉华山东省高校生物物理重点实验室德州学院物理系

＜正＞β淀粉样蛋白（Aβ）是阿尔茨海默（AD）患者脑中斑块的核心蛋白,它由多种衍生自淀粉样前体蛋白（APP）的不同长度的肽组成,其中Aβ40和Aβ42是主要的组分。

关键词：淀粉样蛋白Aβ40和Aβ42 高压作用分子动力学模拟构象变化

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石墨烯场效应管及增强拉曼生物传感器研究

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中国科技成果 2020年第22期21卷 29-29,31页

作者：许士才王吉华姜守振德州学院山东省生物物理重点实验室山东师范大学德州学院

纳米生物传感器是将纳米材料作为新型生物传感介质,基于电学、光学等物理原理设计而成的新型生物传感器.该类传感器具有体积小、响应速度快、测量精度高等优点.可对病原微生物、疾病标志物及药物小分子等多类物质进行灵敏检测,在食品安... 详细信息

纳米生物传感器是将纳米材料作为新型生物传感介质,基于电学、光学等物理原理设计而成的新型生物传感器.该类传感器具有体积小、响应速度快、测量精度高等优点.可对病原微生物、疾病标志物及药物小分子等多类物质进行灵敏检测,在食品安全、疾病诊断、药物开发等领域具有十分重要的应用价值.当前,纳米生物传感器在稳定性、低浓度定量检测及分子动态信息检测等方面仍然面临一些问题.制备新型优质纳米传感材料、研制高性能传感器,揭示传感器物理工作机理、建立精准的分析模型等是解决这些问题,推动纳米生物传感器技术进一步发展的有效途径.该项目发展了多种制备优质纳米传感材料的方法,制备了大尺寸石墨烯单晶及多种石墨烯/纳米金属复合材料;首次以石墨烯单晶为导电沟道研制了高稳定、高灵敏、高通量、低消耗的单晶石墨烯场效应管(G-FET)生物传感器,发展了G-FET检测分子互作(相互作用)动态信息的新方法;提出了石墨烯/纳米金属表面增强拉曼(SERS)的方法,利用纳米金属优良的电磁增强效应及石墨烯隔离钝化、分子富集、抑制激光漂白、化学增强及抗氧化等综合理化效应,发展了一种高灵敏、高稳定、可定量的SERS传感方法;基于G-FET及SERS实现了对分子互作动力学及亲和力、基因突变、疾病标志物等灵敏可靠的检测.该研究的实施得到国家自然科学基金、山东省自然科学基金、泰山学者基金资助.

关键词：纳米生物传感器动态信息信息检测疾病标志物纳米传感国家自然科学基金金属复合材料生物传感

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