为探究影响乌头叶绿体基因组中密码子使用偏好性的主要因素,本研究以乌头叶绿体基因组53个蛋白质编码序列为对象,采用Codon W 1.4.2、CUSP在线程序、SPSS在线程序、Excel等软件对其碱基组成、GC含量、有效密码子数、相对同义密码子使...
为探究影响乌头叶绿体基因组中密码子使用偏好性的主要因素,本研究以乌头叶绿体基因组53个蛋白质编码序列为对象,采用Codon W 1.4.2、CUSP在线程序、SPSS在线程序、Excel等软件对其碱基组成、GC含量、有效密码子数、相对同义密码子使用度进行了统计分析。结果表明,乌头叶绿体基因组编码序列的密码子第3位碱大部分以A/T结尾,GC含量仅为29.20%,有效密码子数ENC介于40.77~58.98之间,该范围内的密码子距离标准曲线较远,其ENC值大,偏好性较弱。相对同义密码子使用度RSCU大于1的密码子有30个,其中29个以A/U结尾,占97%,说明乌头基因密码子偏好以A/U结尾,且偏好性较弱。结合ENC-plot分析、PR2-plot分析及中性绘图分析,推测自然选择在乌头叶绿体基因组同义密码子使用偏性中发挥重要作用。对应性分析结果表明,编码光合系统蛋白基因的密码子具有相似的使用模式,编码其它类型基因的密码子则具有不同的使用模式。最终筛选出最优密码子11个。本研究为改良外源基因,提高其在叶绿体中的表达效率提供一定的参考。
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