检索结果-内蒙古大学图书馆

遗传 2015年第8期37卷 811-820页

作者：张涛王文浩张跟喜王金玉薛倩顾玉萍扬州大学动物科学与技术学院扬州225009 江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 江苏京海集团南通226103

体重性状是肉鸡重要的经济性状。为了寻找可用于京海黄鸡体重性状遗传改良的分子标记及候选基因，本文以400只京海黄鸡核心群母鸡为基础，测定了0～14周龄体重，利用简化基因组测序技术（Specific—locusamplifiedfragmentsequencing，S... 详细信息

体重性状是肉鸡重要的经济性状。为了寻找可用于京海黄鸡体重性状遗传改良的分子标记及候选基因，本文以400只京海黄鸡核心群母鸡为基础，测定了0～14周龄体重，利用简化基因组测序技术（Specific—locusamplifiedfragmentsequencing，SLAF—seq）对京海黄鸡体重性状进行全基因组关联研究（Genome—wideassociationstndy，GWAS），筛选与京海黄鸡体重性状相关的SNPs位点。结果共检测到100个与京海黄鸡体重相关的SNPs位点，其中15个位点效应达到全基因组显著水平（P〈1．87E-06），85个位点效应达到全基因组潜在显著水平（P〈3．73E-05）。通过筛选每个显著SNP周围1Mb区域内的基因，共找到9个可能的候选基因，其中FAMl24A（Familywithsequencesimilarity124A）、QDPR（Quinoiddihydropteridinereductase）、WDRI（WDrepeatdomain1）和SLC2A9（Solutecarrierfamily2（facilitatedglucosetransporter），member9）4个基因可能是影响体重性状的重要候选基因。同时还发现，4号染色体75．6～80．7Mb区域集中了大部分与京海黄鸡中后期体重性状显著相关的SNPs位点，该区域可能是影响京海黄鸡中后期生长体重的重要候选区域。

关键词：京海黄鸡全基因组关联分析体重性状简化基因组测序

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黑素皮质素受体3基因(MC3R)多态性及其单倍型组合与京海黄鸡屠体性状的关联分析

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农业生物技术学报 2015年第3期23卷 344-351页

作者：薛倩王金玉张跟喜张涛王文浩段炼韩昆鹏王永娟扬州大学动物科学与技术学院/江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室江苏京海集团

本研究旨在探讨黑素皮质素受体3基因(melanocortin 3 receptor,MC3R)对鸡(Gallus gallus)屠体性状的影响。采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)检测及测序的方法,检测MC3R在京海黄鸡群体中的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),并对这些多态位点进行连锁不平衡和单倍型分析。结果表明,在MC3R编码区序列(coding sequence,CDS)共检测到6个SNPs位点,各位点间均不存在强连锁不平衡;6个SNPs位点在379只京海黄鸡的群体中形成了5种单倍型和11种单倍型组合。最小二乘法分析结果表明,不同单倍型组合间京海黄鸡屠体性状(包括活体重、屠体重、胸肌重、腿肌重、全净膛重、半净膛重和腹脂重)存在显著或极显著差异(P<0.05或P<0.01),其中单倍型组合H3H4和H3H3的各种屠体性状均极显著高于单倍型组合H4H5(P<0.01),也显著高于其他部分单倍型组合(P<0.05),为屠体性状优势组合;单倍型组合H4H5各屠体性状均为最低,均显著或极显著低于其他大部分单倍型组合(P<0.05或P<0.01),为屠体性状劣势组合。因此,MC3R可能是影响鸡屠体性状的主效基因或与主效基因连锁,本研究为京海黄鸡屠体性状分子标记辅助选择提供了参考依据。

关键词：京海黄鸡黑素皮质素受体3基因(MC3R) 屠体性状单核苷酸多态性(SNPs) 单倍型分析

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基于简化基因组测序的京海黄鸡上市体重全基因组关联分析

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农业生物技术学报 2015年第8期23卷 1067-1075页

作者：张涛王文浩张向前张跟喜王金玉韩昆鹏王永娟扬州大学动物科学与技术学院/江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室江苏京海集团

为了揭示京海黄鸡（Gallus gallus）上市体重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡上市体重性状改良的分子标记及候选基因,本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了400只母鸡16周龄时上市体重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分... 详细信息

为了揭示京海黄鸡（Gallus gallus）上市体重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡上市体重性状改良的分子标记及候选基因,本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了400只母鸡16周龄时上市体重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）,筛选与上市体重相关的单链核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）位点。结果利用一般线性模型（general liner model,GLM）共检测到15个与京海黄鸡上市体重显著相关的SNPs位点,其中4个位点达到全基因组显著水平（P<1.87E-06）,11个位点达到全基因组潜在显著水平（P<3.73E-05）;利用混合线性模型（mixed linear model,MLM）筛选到6个与京海黄鸡上市体重显著相关的SNPs位点,其中2个SNPs位点达到全基因组显著水平（P<1.87E-06）,4个位点达到全基因组潜在显著水平（P<3.73E-05）。两种模型筛选到6个相同的显著SNPs位点,分别为rs1169337928、rs475641139、rs31633105、rs475856030、rs476878211和rs477915563。筛选每个显著SNP周围1 Mb区域内的基因,共找到14个可能的候选基因,其中FAM124A、QDPR、BCL11A、LDB2、BOD1L1和WDR1 6个基因可能为影响上市体重的重要候选基因。同时还发现,14个SNPs中有9个集中分布在4号染色体上的75.641;9.592 Mb的区域内,表明该区域是影响京海黄鸡上市体重的重要候选区域。本研究为京海黄鸡的分子标记辅助选育提供理论素材。

关键词：简化基因组测序京海黄鸡上市体重全基因组关联分析

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猪α(1,2)岩藻糖转移酶基因(FUT1)启动子区结构特征及多态性分析

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农业生物技术学报 2015年第7期23卷 917-922页

作者：刘颖吴森夏日炜孙寿永朱国强吴圣龙包文斌扬州大学动物科学与技术学院/江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州大学兽医学院

α-（1,2）岩藻糖转移酶基因1（FUT1）是断奶仔猪F18大肠杆菌（Escherichia coli）抗性的重要候选基因。为探讨FUT1基因启动子区的分子结构特征和重要的变异位点,本研究基于前期猪（Sus scrofa）FUT1基因上游序列转录活性双荧光素酶报... 详细信息

α-（1,2）岩藻糖转移酶基因1（FUT1）是断奶仔猪F18大肠杆菌（Escherichia coli）抗性的重要候选基因。为探讨FUT1基因启动子区的分子结构特征和重要的变异位点,本研究基于前期猪（Sus scrofa）FUT1基因上游序列转录活性双荧光素酶报告基因的检测结果,对表现出启动子活性的FUT1基因上游非编码区-1150;0 bp区域Cp G岛、启动子和转录因子结合位点等结构特征进行生物信息学分析,并利用聚合酶链式反应-单链构象多态（polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP）方法对该段序列在野猪和11个不同猪品种中的多态性进行分析。实验结果表明,FUT1基因上游启动子区序列存在3个Cp G岛（Cp G islands）,分别位于-1104;886 bp、-796;619 bp和-316;130 bp;启动子和转录因子结合位点的特征分析显示,该序列存在特异性蛋白-1（specificity protein 1,Sp1）、核转录因子-2（nuclear transcription factor 2,NRF-2）、E26特异性转录因子（E26 transformation-specific,c-Ets）和GATA结合蛋白1（GATA-binding protein 1,GATA-1）等转录因子结合位点;PCR-SSCP结果显示,FUT1基因的启动子区存在一个T（-726）C的突变位点,共检测到AA、AB和BB 3种基因型,分型后计算出各群体的基因型和等位基因频率,分析结果显示,梅山、荣昌、小梅山AA基因型频率很低,而野猪以及二花脸、枫泾、淮猪、香猪等中国地方猪品种中仅检测到BB和AB基因型,未检测到AA基因型。本研究结果进一步证实,中国地方猪种和引进猪种F18大肠杆菌抗性的遗传基础存在明显差异,这种差异可能与FUT1基因启动子区T（-726）C位点变异有关。研究结果为可稳定遗传的功能多态位点的筛选以及开展FUT1基因的启动子区调控机理研究奠定基础。

关键词：猪 α(1,2)岩藻糖转移酶基因(FUT1) 启动子区多态性分析

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大白猪肿瘤坏死因子α基因启动子区多态性及其对mRNA表达水平的影响

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中国畜牧兽医 2015年第6期42卷 1518-1523页

作者：孙丽夏日炜刘颖孙寿永包文斌吴圣龙扬州大学动物科学与技术学院江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009

肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor,TNF-α)基因在机体固有免疫和炎症反应中发挥重要作用,本研究旨在分析大白猪TNF-α基因启动子区C-791T多态性及其与基因表达之间的关系,为分析TNF-α基因启动子区C-791T突变的遗传学效应提供科学... 详细信息

肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor,TNF-α)基因在机体固有免疫和炎症反应中发挥重要作用,本研究旨在分析大白猪TNF-α基因启动子区C-791T多态性及其与基因表达之间的关系,为分析TNF-α基因启动子区C-791T突变的遗传学效应提供科学依据。本试验利用PCR-SSCP方法对201头大白猪TNF-α基因启动子区C-791T位点多态性进行检测,同时利用Real-time PCR方法分析TNF-α基因C-791T位点不同基因型在大白猪11个组织中的mRNA差异表达情况。结果表明,大白猪TNF-α基因启动子区-791bp处存在碱基突变(C>T),并检测到3种基因型,分别为:CC、CT和TT。TNF-α基因在断奶仔猪脾脏、肺脏、胸腺和淋巴结等免疫器官中表达量均较高;TT和CT基因型个体在11个组织中TNF-α基因表达量普遍高于CC基因型个体,且在十二指肠及空肠组织中达到差异显著性水平(P<0.05)。因此,TNF-α基因启动子区C-791T突变对该基因的mRNA表达水平产生显著影响,有必要将TNF-α基因启动子区C-791T位点多态性作为提升机体肠道病原菌抗性的遗传标记进行深入研究。

关键词：猪 TNF-α基因多态性差异表达

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胎次、产仔月份及纯繁／杂交对母猪产仔性能的影响

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中国畜牧兽医 2015年第2期42卷 420-425页

作者：朱世平夏日炜孙丽霍永久包文斌吴圣龙扬州大学动物科学与技术学院江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009

本研究统计分析了部分非遗传因素（胎次、产仔月份及纯繁／杂交）对长白、大白和杜洛克母猪产仔性能（总产仔数、产活仔数及初生窝重）的影响，旨在为后备母猪的选种提供指导。结果表明，2～5胎仔猪的初生窝重较重；其中2、3胎的初生窝... 详细信息

本研究统计分析了部分非遗传因素（胎次、产仔月份及纯繁／杂交）对长白、大白和杜洛克母猪产仔性能（总产仔数、产活仔数及初生窝重）的影响，旨在为后备母猪的选种提供指导。结果表明，2～5胎仔猪的初生窝重较重；其中2、3胎的初生窝重极显著高于头胎及6胎之后的仔猪初生窝重（P〈0．01）。3月份总产仔数、产活仔数及初生窝重极显著高于其他月份（P〈0．01），且11月份初生窝重显著低于其他月份（P〈0．05）。长白纯繁母猪在产活仔数方面极显著优于大白纯繁母猪和长白×大白杂交母猪（P〈0．01）；在初生窝重方面，大自×长白杂交母猪的初生窝重极显著高于大白纯繁母猪和长白×大白杂交母猪（P〈0．01）。第2胎与3～4胎、第3胎与第4胎的总产仔数呈极显著正相关（P〈0．01）。综上所述，该猪场母猪3～6胎的产仔性能较好，且以1～4月份的产仔性能为佳；配种方式以长白纯繁和大白×长白杂交为宜；第2胎产仔性能可作为后备母猪选留的重要依据。

关键词：胎次产仔月份纯繁/杂交产仔性能

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猪MyD88基因干扰重组慢病毒载体的构建、病毒包装及效果评价

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畜牧兽医学报 2015年第4期46卷 657-664页

作者：訾臣夏日炜殷学梅喻礼怀朱国强吴圣龙包文斌扬州大学动物科学与技术学院江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 扬州大学兽医学院扬州225009

髓性分化因子88(MyD88)作为TLRs/IL-1R信号通路中重要的接头蛋白,在免疫应答和疾病防御中起重要作用,作者拟通过慢病毒介导的RNA干扰技术获得MyD88基因沉默的猪小肠上皮细胞,为致病菌引起肠道疾病机制研究提供有效模型。共构建4个靶向猪... 详细信息

髓性分化因子88(MyD88)作为TLRs/IL-1R信号通路中重要的接头蛋白,在免疫应答和疾病防御中起重要作用,作者拟通过慢病毒介导的RNA干扰技术获得MyD88基因沉默的猪小肠上皮细胞,为致病菌引起肠道疾病机制研究提供有效模型。共构建4个靶向猪MyD88基因的shRNA表达载体和1个MyD88基因高表达载体,通过实时荧光定量PCR方法鉴定瞬时共转染293细胞中MyD88基因转录水平,筛选获得干扰猪MyD88基因效率最高的shRNA表达载体,将其包装成慢病毒载体,用于建立MyD88基因稳定沉默的猪小肠上皮细胞。最终成功获得MyD88基因沉默效率达到69.3%的小肠上皮细胞,达到基因功能分析的要求。MyD88基因稳定沉默猪肠上皮细胞的获得,为猪肠道病原微生物所引起的TLRs/IL-1R信号通路作用机制的研究提供了宝贵材料。

关键词：猪 MyD88基因基因沉默慢病毒载体

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LPS诱导条件下猪小肠上皮细胞TLR4及其信号通路基因表达变化分析

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畜牧兽医学报 2015年第7期46卷 1095-1101页

作者：孙丽夏日炜殷学梅喻礼怀朱国强吴圣龙包文斌扬州大学动物科学与技术学院江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 扬州大学兽医学院扬州225009

本试验通过0.1和1μg·mL-1浓度的LPS诱导处理猪小肠上皮细胞(IPEC-J2),分别在2、4、6h时利用实时荧光定量PCR方法检测TLR4及其信号通路相关基因(CD14、MyD88、TNF-α、IL-1β和IFN-α)mRNA水平相对表达量,初步探讨猪小肠上皮细胞... 详细信息

本试验通过0.1和1μg·mL-1浓度的LPS诱导处理猪小肠上皮细胞(IPEC-J2),分别在2、4、6h时利用实时荧光定量PCR方法检测TLR4及其信号通路相关基因(CD14、MyD88、TNF-α、IL-1β和IFN-α)mRNA水平相对表达量,初步探讨猪小肠上皮细胞受到产肠毒素大肠杆菌侵扰发生炎症反应的相关分子反应机理。结果发现,两种浓度的LPS均使得所检测的TLR4及其信号通路相关基因表达量上调,诱导后4~6h的表达量急速上升,且高浓度的LPS诱导处理后各基因表达量上调倍数明显高于低浓度LPS诱导时各基因表达量上调倍数,高浓度的LPS对机体肠道的刺激引起了更为强烈的免疫反应,使正常机体更快地产生炎症反应。由此推测,大肠杆菌侵染猪肠道后将释放LPS,TLR4作为LPS的受体,受LPS诱导其表达量上调,进而引起TLR4信号途径的信号传递,传递过程中由于MyD88的依赖机制,MyD88表达量上调相对稳定,再经过级联免疫放大效应,大量的促炎细胞因子释放,导致炎症及腹泻水肿病的产生。

关键词：猪 TLR4基因信号通路细胞因子

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京海黄鸡体组成性状的全基因组关联分析

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畜牧兽医学报 2015年第9期46卷 1502-1514页

作者：张涛樊庆灿张向前张跟喜王金玉顾玉萍扬州大学动物科学与技术学院扬州225009 江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 江苏京海集团南通226103

为了获得影响京海黄鸡体组成性状的SNPs标记及候选基因,为京海黄鸡的进一步遗传改良提供新的方法,本研究使用Illumina公司的鸡60KSNP芯片,对京海黄鸡13个体组成性状进行全基因组关联分析。共筛选出13个与体组成性状达到5%Bonferroni全... 详细信息

为了获得影响京海黄鸡体组成性状的SNPs标记及候选基因,为京海黄鸡的进一步遗传改良提供新的方法,本研究使用Illumina公司的鸡60KSNP芯片,对京海黄鸡13个体组成性状进行全基因组关联分析。共筛选出13个与体组成性状达到5%Bonferroni全基因组显著相关的SNPs(P<1.8E-6),130个达到5%Bonferroni全基因组潜在相关的SNPs(P<3.59E-5)。13个显著SNPs位于GRIK1、NCAPG、KCNIP4和CACNA2 D2等12个基因的附近或内部,其中6个SNPs位于4号染色体上一个1.6Mb区域(74.3~75.9Mb)。130个潜在显著的SNPs中,有25个集中分布在4号染色体上的一个7.4Mb(71.5~78.9Mb)的区域内。共构建了5 650种单倍型,其中,14个与京海黄鸡6个体组成性状显著相关,14个单倍型中,9个位于4号染色体74.3~75.9Mb区域内,该区域内包括LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B在内的多个功能基因。本研究结果表明,位于4号染色体的71.5~78.9 Mb区域以及该区域附近的GRIK1、NCAPG、KCNIP4、CACNA2 D2、LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B基因对京海黄鸡的体组成有重要影响。

关键词：京海黄鸡全基因组关联分析体组成单倍型

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悬滴培养法促进鸡胚胎干细胞形成类胚体

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畜牧兽医学报 2015年第8期46卷 1333-1340页

作者：张蕾王宵燕左其生路镇宇王飞纪艳芹王颖洁张亚妮李碧春扬州大学动物科学与技术学院江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 江苏农牧科技职业学院泰州225300

本研究旨在通过悬浮培养法培养鸡胚胎干细胞(Embryonic stem cells,ESCs),摸索鸡胚胎干细胞形成类胚体(Embryoid body,EB)的最佳方案,以期提高鸡胚胎干细胞体外诱导效率。将鸡ESCs培养传代至第3代,采用1×104、3×104和6×1... 详细信息

本研究旨在通过悬浮培养法培养鸡胚胎干细胞(Embryonic stem cells,ESCs),摸索鸡胚胎干细胞形成类胚体(Embryoid body,EB)的最佳方案,以期提高鸡胚胎干细胞体外诱导效率。将鸡ESCs培养传代至第3代,采用1×104、3×104和6×104 mL-13个细胞浓度,使用悬滴培养后,观察类胚体的形成效率。对悬滴培养形成的类胚体进行形态学观察,qRT-PCR检测干细胞标记基因的表达,免疫细胞化学检测相关蛋白的表达,并进行类胚体自分化检测和核型分析。3×104 mL-1细胞浓度生成的类胚体数量最高,单个视野下可观察到约267个类胚体,且形成的类胚体大小均一,呈圆球状。qRT-PCR检测结果表明,在类胚体形成48h内,干细胞标记基因Nanog、Sox2、Oct4和C-kit仍维持表达。免疫细胞化学检测显示,该方法形成的类胚体表面抗原检测Nanog和SSEA-1呈阳性。自分化检测三胚层分化标记基因SOX17、SMA和TUJ-1呈阳性。核型分析显示,悬滴培养形成的类胚体具有并保持正常的核型。鸡ESCs悬滴培养形成类胚体的适宜细胞浓度为3×104 mL-1,且形成的类胚体可分化成3个胚层,用于体外定向诱导过程。本研究建立了鸡ESCs体外悬滴培养形成类胚体的培养体系,为后期信号通路的体外验证提供试验基础。

关键词：类胚体悬滴培养鸡胚胎干细胞

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