检索结果-内蒙古大学图书馆

畜牧与兽医 2017年第5期49卷 72-76页

作者：韩笑胡序明袁君婷吕贝孙振陈世豪耿拓宇崔恒宓扬州大学表观遗传学及表观基因组学研究所江苏扬州225009 扬州大学动物科学和技术学院江苏扬州225009 扬州大学医学院江苏扬州225009

以鸡巨噬细胞HD11作为研究对象,分别采用5种不同的脂质体试剂转染和电转方法将含有绿色荧光蛋白(GFP)的质粒转入HD11细胞中,然后通过比较并筛选出适合鸡巨噬细胞HD11的最佳转染方法。结果显示:Lipofectamine 2000 Reagent、Attractene T... 详细信息

以鸡巨噬细胞HD11作为研究对象,分别采用5种不同的脂质体试剂转染和电转方法将含有绿色荧光蛋白(GFP)的质粒转入HD11细胞中,然后通过比较并筛选出适合鸡巨噬细胞HD11的最佳转染方法。结果显示:Lipofectamine 2000 Reagent、Attractene Transfection Reagent和Trans IT-2020 Transfection Reagent几种常见的脂质体转染试剂并不适用于HD11细胞转染。而Coming Transfection Reagent、Lip2000 Transfection Reagent脂质体转染试剂和电转可用于HD11细胞转染;其中,Lip2000 Transfection Reagent转染试剂效果最好。在此基础上,通过进一步优化得出:当DNA(μg)和Lip2000(μL)的比例为1∶1.5时转染效率最高。本研究成功筛选出一种有效的鸡巨噬细胞HD11转染方法,为鸡巨噬细胞的转染及其相关研究提供了实验依据。

关键词：鸡巨噬细胞转染效率电穿孔法脂质体法

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转座子介导细胞质显微注射技术的基因转移效率比较

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农业生物技术学报 2016年第1期24卷 151-156页

作者：薛松磊史云强陈才沈丹李庆平宋成义崔恒宓高波扬州大学表观遗传学与表观基因组学研究所扬州大学动物科学与技术学院

为了比较和探索SB(sleeping beauty)、PB(piggy Bac)和Tol2 3种转座子介导下的细胞质显微注射法在小鼠(Mus musculus)和斑马鱼(Danio rerio)上的转基因效率,本研究将包含3种转座子的重组载体p T3-PST-CAG-GFP分别与3种转座酶表达载体以1... 详细信息

为了比较和探索SB(sleeping beauty)、PB(piggy Bac)和Tol2 3种转座子介导下的细胞质显微注射法在小鼠(Mus musculus)和斑马鱼(Danio rerio)上的转基因效率,本研究将包含3种转座子的重组载体p T3-PST-CAG-GFP分别与3种转座酶表达载体以1∶1质量比混合,显微注射至小鼠和斑马鱼受精卵细胞质,经体外培养后在胚胎发育不同时期用荧光显微镜检测报告基因绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)阳性率,结果显示,在培养至4 Ed(96 h)(Ed:embryo day,胚胎发育的天数)的小鼠胚胎中,PB转座子介导的GFP转基因阳性率最高,达52%(N=281),显著高于SB的47%(N=328)和Tol2的36%(N=273)(P<0.05);而受精后36和60 h(hour past fertilization,hpf)斑马鱼胚胎中,荧光显微镜检测表明,Tol2的GFP阳性率分别为36%(N=677)和37%(N=685),显著高于SB(28%N=691和27%N=708)和PB(30%N=687和32%N=675)(P<0.05);转座子介导的细胞质显微注射可获得较高的转基因效率,且转座子活性具有物种差异性,在哺乳动物胚胎中PB转座子的基因转移效率最高,而在鱼类胚胎中Tol2转座子的基因转移效率最高。本研究为提高动物转基因效率研究提供重要参考资料。

关键词：小鼠斑马鱼转座子细胞质显微注射

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利用CRISPR/Cas9系统高效敲除斑马鱼lncRNA基因启动子区

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农业生物技术学报 2016年第5期24卷 649-656页

作者：田净净刘洋洋杨哲刘菲菲杨祎擎韩笑耿拓宇高波宋成义崔恒宓扬州大学表观遗传学与表观基因组学研究所扬州大学动物科学与技术学院

斑马鱼(Danio rerio)长非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)基因Nondret002679与人(Homo sapiens)肿瘤相关基因间长非编码RNA682基因LNC-PHOX2B-2具有同源序列。本研究以斑马鱼为模型,利用成簇规律间隔短回文重复序列/成簇规律间隔... 详细信息

斑马鱼(Danio rerio)长非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)基因Nondret002679与人(Homo sapiens)肿瘤相关基因间长非编码RNA682基因LNC-PHOX2B-2具有同源序列。本研究以斑马鱼为模型,利用成簇规律间隔短回文重复序列/成簇规律间隔短回文重复序列关联蛋白9(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9,CRISPR/Cas9)系统,敲除预测的Nondret002679基因启动子区以沉默Nondret002679基因的表达,研究lnc RNA基因Nondret002679在斑马鱼中的调控功能。首先利用启动子区上下游序列设计靶向不同位点的向导RNA(guide RNA)g R1、g R2、g R3、g R4、g R5和g R6。人工合成g RNA转录模板,体外转录为g RNA,与Cas9 m RNA一起显微注射到斑马鱼卵中。PCR鉴定28尾2月龄斑马鱼发现,11尾发生敲除,敲除率为39%。繁殖启动子区敲除的杂合鱼,获得33尾F1代,经鉴定有6尾F1斑马鱼启动子区缺失,其中3尾缺失是在两条同源染色体上。该初步研究表明,CRISPR/Cas9系统可高效敲除lnc RNA基因的启动子区,并且这种敲除可以遗传至下一代,为研究lnc RNA功能提供了一个有效的基因编辑工具。

关键词： CRISPR/Cas9 向导RNA(g RNA) 长非编码RNA(lnc RNA) 显微注射 Nondret002679 斑马鱼

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miR-155体外特异性靶向鸡内源性反转录病毒ALVE1 env转录物的研究

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畜牧与兽医 2016年第5期48卷 7-11页

作者：朱文奇胡序明陈世豪刘洋洋孙振耿拓宇宋成义高波崔恒宓扬州大学表观遗传学及表观基因组学研究所江苏扬州225009 扬州大学动物科学技术学院江苏扬州225009

通过生物信息学方法,发现了鸡内源性反转录病毒禽白血病E1(ALVE1)的env转录物存在gga-miR-155作用位点(AGCATTA),并在体外验证其靶位点的活性。将鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组中扩增的ALVE1 env转录物构建至荧光素酶报告载体pmir GLO,获... 详细信息

通过生物信息学方法,发现了鸡内源性反转录病毒禽白血病E1(ALVE1)的env转录物存在gga-miR-155作用位点(AGCATTA),并在体外验证其靶位点的活性。将鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组中扩增的ALVE1 env转录物构建至荧光素酶报告载体pmir GLO,获得重组质粒pmirGLO-ALVE1-ENV-WT(野生型),并利用重叠PCR将其miR-155作用位点AGCATTA突变为ATTCAAA,然后构建重组质粒pmir GLO-ALVE1-ENV-MU(突变型),同时将gga-miR-155前体序列构建至pc DNA3.1载体,获得重组质粒pc DNA3.1-gga-miR-155,将这些质粒共转染至DF-1细胞中,48 h后收集细胞并检测荧光素酶活性。结果发现:野生组能显著下调pmir GLO-ALVE1-ENV-WT荧光素酶活性,而对照组无显著改变;对照组和突变组均未能改变pmir GLO-ALVE1-ENV-MU荧光素酶活性。本研究证实gga-miR-155可直接靶向ALVE1 env转录物,为鸡内源性反转录病毒的调控机制提供了新的启示。

关键词： miR-155 靶位点鸡内源性反转录病毒 ALVE1 env

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内源性反转录病毒衍生的长非编码RNA的功能

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生命科学 2016年第6期28卷 695-702页

作者：胡序明崔恒宓扬州大学动物科学与技术学院表观遗传学及表观基因组学研究所

长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度超过200 nt、不编码蛋白质的RNA分子,以RNA的形式参与多层次调控,包括表观遗传学调控、转录调控以及转录后调控等。大量研究结果表明,许多长非编码RNA分子衍生于数百万年前&qu... 详细信息

长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度超过200 nt、不编码蛋白质的RNA分子,以RNA的形式参与多层次调控,包括表观遗传学调控、转录调控以及转录后调控等。大量研究结果表明,许多长非编码RNA分子衍生于数百万年前"入侵"人类基因组的内源性反转录病毒(endogenous retrovirus,ERV)序列。内源性反转录病毒是基因组重要成分,约占基因组的5%~8%,多以"前病毒"形式存在,功能很大程度上未知。就内源性反转录病毒衍生的lncRNA在天然免疫、抗病毒和肿瘤等方面的最新研究进展进行综述。

关键词：长非编码RNA 内源性反转录病毒天然免疫表观遗传

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斑马鱼活性ZB转座子的挖掘及其应用研究

斑马鱼活性ZB转座子的挖掘及其应用研究

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第三届全国斑马鱼PI大会暨中国动物学会斑马鱼分会成立大会

作者：沈丹王赛赛陈才钟继汉陈伟高波王宵燕崔恒宓宋成义扬州大学动物科学与技术学院扬州大学表观遗传学与表观基因组学研究所扬州 225009

DNA转座子是一种在生物界广泛分布,且能够在宿主基因组移动的DNA 元件,是一种重要的遗传操作工具.目前,PB,SB,Tol2 等DNA 转座子在转基因,基因捕获,基因治疗等领域应用广泛,但目前国内具有自主知识产权的转座子的研究相对缺乏.本研究通... 详细信息

DNA转座子是一种在生物界广泛分布,且能够在宿主基因组移动的DNA 元件,是一种重要的遗传操作工具.目前,PB,SB,Tol2 等DNA 转座子在转基因,基因捕获,基因治疗等领域应用广泛,但目前国内具有自主知识产权的转座子的研究相对缺乏.本研究通过生物信息学分析,在斑马鱼基因组中发现5 个结构完整的Tc1/Mariner 家族DNA转座子(图A).经遗传分化比较(图B),表明其中1 个转座子是年轻转座子,可能具有较高的活性,命名为ZB.完整ZB 转座子全长1.4kb,两端各有一个对称的203bp 的末端反向重复序列,中间含有1026bp 的转座酶基因编码序列.将含PGK-NEO 表达盒的转座子质粒和转座酶表达质粒(pCMV-ZB)以不同质量比共转染Hela 细胞,进行转座活性验证,并与PB、SB 和Tol2 转座子进行比较.试验结果表明ZB 转座子在1∶1质量比时含抗性的细胞数量最多,即转座效率最高;且ZB 的转座效率略高于PB(P＞0.05),但显著高于SB 和Tol2(P＜0.05)(图C 和图D).将含FAG-GFP 表达盒的转座子质粒和转座酶mRNA 共注射斑马鱼一细胞期胚胎,通过荧光检测比较4 种转座子的转座效率,试验结果表明,在注射后24hpf 和5dpf 的GFP 阳性率ZB 转座子均高于其它3 种转座子(图E),且显著高于SB转座子(P＜0.05).将含CAG-GFP 表达盒的转座子质粒和转座酶共注射制备转基因小鼠,其效率约为33.33％.阳性首建鼠与野生型杂交后产生F1 代,在F1 代中检测到GFP 阳性鼠(图F),表明ZB 转座子能够有效介导外源基因在鼠生殖系细胞中传播.将含增强子捕获盒的转座子(pZB-En-trap)质粒和转座酶mRNA 共注射斑马鱼一细胞期胚胎,获得阳性斑马鱼F0 与野生型杂交,在F1 代检测到大量的GFP 阳性胚胎(图G),呈现多种组织或者细胞特异的表达模式(图H),提示ZB 介导的增强子捕获载体能够有效捕获增强子,其F0代到F1 代的生殖系传播效率为55.56％(NF0=108),表明ZB 转座子能够有效介导捕获增强子.本研究表明,新发现的ZB 转座子是高活性转座子,该转座子能够在哺乳动物细胞、小鼠和斑马鱼胚胎上高效介导外源基因转移,并能够有效介导增强子捕获,具有较好的应用前景.

关键词：转座子转基因转座活性斑马鱼小鼠增强子捕获

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CRISPR/Cas9系统介导的早期斑马鱼IncRNA的沉默

CRISPR/Cas9系统介导的早期斑马鱼IncRNA的沉默

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2015中国遗传学会大会

作者：田净净杨哲刘菲菲杨祎擎刘洋洋韩笑吕贝宋成义高波崔恒宓扬州大学表观遗传学及表观基因组学研究所扬州大学动物科学与技术学院

长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)是长度大于200个核苷酸的非编码RNA。研究表明,lncRNA在剂量补偿效应(Dosage compensationeffect)、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中具有重要作用。NONIRET002679... 详细信息

长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)是长度大于200个核苷酸的非编码RNA。研究表明,lncRNA在剂量补偿效应(Dosage compensationeffect)、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中具有重要作用。NONIRET002679是斑马鱼lncRNA,利用生物信息学分析的方法得知,其与人的lncRNATCONS 00008475的保守区域序列具有同源性,而TCONS 00008475在人的肺癌组织中异常性高表达。提取斑马鱼囊胚期(3hpf)、原肠期(6hpf)、体节分化期(15hpf)、咽囊期(24hpf)、孵化期(48hpf)5时期的RNA做RT-PCR,NONDRET002679在5个时期都有表达。利用NCBI数据库分析NONDRET002679基因结构,在基因转录起始位点上游选取2kb区域,预测此区域为NONDRET002679启动子区。在这段区域的上下游各设计3个gRNAs靶位点,记为I-1,1-3,I-4,111-3,m-5和1I1-6,利用CRISPR/Cas9系统敲除这段区域,以沉默NONDRET002679的表达。体外转录Cas9 mRNA和6个gRNAs,将Cas9 mRNA和6个gRNAs混合,Cas9 mRNA浓度为300nig/IμL,6个gRNAs浓度分别为12.5ng/μL,注射单细胞斑马鱼胚胎,注射剂量约1.76nl。在预测启动子区,上下游设计引物,收集注射组胚胎和对照组胚胎,提取基因组做PCR,PCR片段测序,与NCBI数据库比对,结果显示注射组斑马鱼的预测启动子区域被成功敲除。下一步计划得到预测启动子区域成功敲除的斑马鱼,观察下一代形态变化,进而研究NONDRET002679的调控功能,以及其与人lncRNATCONS 00008475调控功能的关联性,揭示它们与肿瘤发生发展的关系。

关键词： lncRNA 调控功能斑马鱼 CRISPR/Cas9系统肿瘤

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SB,PB和Tol2转座子介导基因捕获效率比较

SB,PB和Tol2转座子介导基因捕获效率比较

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2015中国遗传学会大会

作者：薛松磊沈丹陈才史云强钟继汉宋成义崔恒宓高波扬州大学表观遗传学与表观基因组学研究所扬州大学动物科学与技术学院

为了比较和探索SB,PB和ro12三种转座子介导下,斑马鱼上的转基因效率和基因捕获效率研究,以及基因捕获个体的F1代的基因捕获效率;本研究将包含三种转座子的转基因载体pT3-PST-FAG-GFP分别与三种转座酶表达载体以五种质量比(2:1,2:3,2:5,2... 详细信息

为了比较和探索SB,PB和ro12三种转座子介导下,斑马鱼上的转基因效率和基因捕获效率研究,以及基因捕获个体的F1代的基因捕获效率;本研究将包含三种转座子的转基因载体pT3-PST-FAG-GFP分别与三种转座酶表达载体以五种质量比(2:1,2:3,2:5,2:8,2:10)混合,细胞质显微注射至斑马鱼受精卵,在胚胎发育早期(24hpf)和幼鱼期(120hpf),用体视荧光显微镜检测报告基因绿色荧光蛋白(Green Fluorecent Protein,GFP)阳性表达率,获得效率最高的转座子和转座酶配比;在此基础上将构建有启动子捕获和PolyA捕获的载体pT3-PST-RG-Trap分别与三种转座酶表达载体以最优比质量比混合,以相同的方法检测FO代基因捕获效率;结果显示:在转基因实验中荧光显微镜检测表明,SB转座子的转座效率与注射浓度呈正相关,PB和Tol2转座子有过量抑制效应,同时胚胎活率都随着注射浓度上升而下降,综合两方面因素可以获得最优注射浓度,在24hpf斑马鱼胚胎中,Tol2(30ng/ul)的GFP阳性率为68%,高于PB(50ng/ul)66%和SB(50ng/ul)的64%,三者差异不显著(P>0.05),在120hpf,Tol2(30ng/ul)与PB(50ng/ul)都为68%,略高于SB(50ng/ul)65%(P>0.05),在基因捕获实验中荧光显微镜检测表明,在24hpf和120hpf时,PB最高(77%和81%),显著高于SB(63%和61%)和Tol2(56%和56%),三者差异显著(P<0.05);研究表明,转座子介导转基因可以获得较高的转基因效率(>64%)和基因捕获效率效率(>56%),受协同和抑制效应的影响,不同的转座子最优注射浓度不同,但最优浓度下的转基因效率三者差异不显著,同时可以得到基因捕获三种转座子效率PB最优,其次为SB和Tol2,本研究为提高动物转基因效率和基因捕获效率研究提供重要参考,为功能基因的获取、分析以及生理功能研究提供了有效的一种有效的途径。

关键词： SB PB To12 转座子 GFP 斑马鱼启动子捕获 PolyA捕获细胞质显微注射。

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斑马鱼活性转座子(ZB)的发现及其活性验证研究

斑马鱼活性转座子(ZB)的发现及其活性验证研究

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2015中国遗传学会大会

作者：沈丹薛松磊钱跃王赛赛陈才史云强高波王宵燕崔恒宓宋成义扬州大学表观遗传学和表观基因组学研究所扬州大学动物科学与技术学院

由于活性转座子在基因组内具有可以移动的特性,因此在转基因和基因治疗等领域具有很好的应用前景,目前PB、SB、Tol2等转座子已经作为基因治疗和转基因的重要介导载体进行广泛应用,并取得显著进展。本研究通过生物信息学分析,在斑马鱼基... 详细信息

由于活性转座子在基因组内具有可以移动的特性,因此在转基因和基因治疗等领域具有很好的应用前景,目前PB、SB、Tol2等转座子已经作为基因治疗和转基因的重要介导载体进行广泛应用,并取得显著进展。本研究通过生物信息学分析,在斑马鱼基因组中发现存在5个完整的Te1/Mariner家族DNA转座子。遗传分化比较表明,其中1个转座子活性最强,是年轻转座子,命名为ZB。完整ZB转座子全长1.4kb,两端各有一个对称的203bp的末端反向重复序列,中间含有1026bp的转座酶基因编码序列。将ZB转座子的203bp的末端反向重复序列和1026bp的转座酶编码序列克隆并构建成转座子框架载体pZB-Msc和转座酶辅助质粒。转座酶辅助质粒包括两种形式,一种是pCMV-ZB真核表达质粒,包括病毒启动子序列(CMV)和ZB转座酶cDNA序列和SV40多聚腺苷酸(PolyA),能自主表达转座酶;另一种是pZB-mRNA体外转录辅助质粒,包括Sp6、T7启动子、ZB转座酶cDNA序列和T7转录终止序列(terminator),可以进行体外转录形成5'加帽ZB转座酶的mRNA。将含有新霉素性基因表达盒、含有鸡beta-act-in启动子和GFP基因的绿色荧光蛋白表达盒、含有鲤鱼beta-act-in启动子和GFP基因的绿色荧光蛋白表达盒分别克隆至转座子框架载体pZB-Msc,形成转座子供体质粒pZB-PGK-NEO、pZB-CAG-GFP和pZB-FAG-GFP,然后分别在哺乳动物细胞、小鼠胚胎和斑马鱼胚胎上验证其转座活性。将转座子供体质粒pZB-PGK-NEO和转座酶辅助质粒pCMV-ZB,以1:1质量比混合,经多聚阳离子PEI包裹,共转染小鼠胚胎成纤维细胞(MEF),转染48h后用终浓度为500μg·mL-1的G418进行耐药性筛选,至正常细胞全部死亡。吉姆萨染色观察并计数,试验结果表明实验组表达新霉素抗性基因的细胞数量显著高于对照组(P<0.05)。将转座子供体质粒pZB-CAG-GFP和转座酶pCMV-ZB/ZB-.mRNA混合注射为实验组,单转座子质粒注射为对照组,注射后4-5d至胚胎发育至囊胚期观察,试验结果显示3组胚胎均有荧光,同等培养条件下,加转座酶质粒组、转座酶mRNA组和未加转座酶组的胚胎阳性率分别为31.76%(n=3)、33.43%(n=3)和4.34%(n=3),加转座酶组的胚胎阳性率均显著高于未加转座酶组(P<0.05),加转座酶组的胚胎阳性率之间差异不显著(P>0.05)。同样将转座子供体质粒pZB-FAG-GFP和ZB转座酶mRNA以不同浓度(10、30、50、100ng/μL)混合注射为实验组,单质粒注射为对照组,分别显微注射斑马鱼一细胞期胚胎,于注射后24hpf和5dpf观察GFP表达情况,结果显示添加转座酶各组的阳性率显著高于对照组(P<0.05),转座酶浓度为50ng/μL时,注射后24hpf和5dpf的阳性率最高。本研究表明,新发现的ZB转座子是活性转座子,该转座子能够在哺乳动物细胞、小鼠胚胎和斑马鱼胚胎上高效介导外源基因转移,在转基因动物制备和基因治疗中具有较好的应用前景。

关键词：转座子转基因转座活性斑马鱼小鼠基因治疗

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九种硬骨鱼基因组转座子分布及扩增差异研究

九种硬骨鱼基因组转座子分布及扩增差异研究

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2015中国遗传学会大会

作者：钱跃陈才沈丹薛松磊王赛赛史云强高波王宵燕崔恒宓宋成义扬州大学表观遗传学和表观基因组学研究所扬州大学动物科学与技术学院

转座子(Transposon,Tn)又名转座因子,是一类可以在基因组中随机移动插入的重复序列,广泛存在于真核和原核生物基因组。其转移的过程往往伴随着转座子序列在基因组中拷贝数的增加,称为转座子的扩增,并在基因组扩张进化过程中扮演了重要... 详细信息

转座子(Transposon,Tn)又名转座因子,是一类可以在基因组中随机移动插入的重复序列,广泛存在于真核和原核生物基因组。其转移的过程往往伴随着转座子序列在基因组中拷贝数的增加,称为转座子的扩增,并在基因组扩张进化过程中扮演了重要角色。因此,在对基因组进行测序分析时,转座子的注释成为整个基因组注释的重要内容。目前,根据不同注释算法的原理特征,大致可以将转座子鉴别和注释的方法分为3大类:①从头算法;②基于同源性的方法;③联合算法。其中从头算法又包括基于基因组序列比对及基于结构特征的方法;基于同源性方法主要包括基于同源序列比对的方法。而在脊椎动物中,硬骨鱼类是唯一在非常相近的谱系里有着显著基因组大小和结构差异的物种,从只有347Mb的金娃娃基因组到2700Mb的矛尾鱼基因组。然而关于硬骨鱼基因组重复序列组成情况的研究较少,而且随着组装测序基因组数据的不断更新,旧时的研究数据己明显滞后。为了更好的了解硬骨鱼基因组中转座子的详细分布信息,我们使用将从头识别与同源搜索相结合的方法,对九种在实验和进化研究中最受欢迎的硬骨鱼(斑马鱼、青鳉、刺鱼、金娃娃、矛尾鱼、红鳍东方纯、剑鱼、罗非鱼和大西洋鳕)基因组转座子进行鉴别和注释分析。首先从Ensembl数据库下载各硬骨鱼基因组,RepeatModeler被用来对基因组进行重复序列的从头识别,鉴别出来的重复序列与重复序列RepBase数据库(更新至20140131)整合在一起构建自定义共性序列库,再在80-80原则基础上消除冗余重复序列,即每两互比对序列长度超过彼此长度的80%,并且相似性大于80%的重复序列被认为属于同一个转座子家族。自定义数据库建立起来后,用RepeatMasker(RepeatMasker-open-4.0.5)鉴定和识别九种硬骨鱼基因组中转座子的种类分布和覆盖率。结果表明,硬骨鱼中基因组的大小和散在重复序列即转座子在基因组中的占比显示强相关性,在基因组最大的斑马鱼和矛尾鱼基因组中,转座子占到基因组的54.37%和41.66%,而在基因组最小的东方红鳍纯(381Mb)和金娃娃(347Mb)中仅占到基因组的3.11%和5.88%;九种硬骨鱼基因组中鉴别出种类极其丰富的DNA转座子(19个超家族),几乎代表了存在于硬骨鱼基因组中的所有已知类型的DNA转座子。这些转座子构成基因组的重要组成部分,其中两个DNA超家族转座子(hAT和Tcl/Mariner)对硬骨鱼基因组大小具有显著影响,在斑马鱼中DNA转座子占所有重复序列的69.8%,罗非鱼中占到47.7%等;逆转录转座子三个超家族(LINE,SINE,LTR)转座子中多个家族及分支被鉴别出来,其中LINE转座子中L2家族转座子为主要组成部分,SINE转座子主要由tRNA家族转座子组成,而LTR转座子中最重要的组成为Gypsy家族。整体上,我们的数据详细描绘了硬骨鱼基因组中转座子的分布蓝图,揭示了其与宿主基因组的组成关系,进一步阐述了硬骨鱼中各家族转座子之间的分布差异,为进一步研究转座子与基因组的进化关系、转座子对基因组的功能影响提供参考。

关键词：硬骨鱼 DNA 数据库基因组大小重复序列差异研究

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