检索结果-内蒙古大学图书馆

生物信息学 2010年第1期8卷 30-33页

作者：曹永忠顾敏刘文博张小荣刘秀梵扬州大学农业部畜禽传染病学重点开放实验室江苏扬州225009

Z曲线是DNA序列信息的一种几何学表示形式。利用Z曲线坐标所对应的生物学含义,可以对DNA序列的生物信息进行系统分析。本文对40株自测序和从GenBank下载的新城疫病毒(NDV)全基因组序列,利用网络提供和自开发的Z曲线分析系统,对NDV生物... 详细信息

Z曲线是DNA序列信息的一种几何学表示形式。利用Z曲线坐标所对应的生物学含义,可以对DNA序列的生物信息进行系统分析。本文对40株自测序和从GenBank下载的新城疫病毒(NDV)全基因组序列,利用网络提供和自开发的Z曲线分析系统,对NDV生物信息进行了比较分析,构建了NDV全基因组的X、Y、Z分量沿序列的分布曲线和三维Z曲线,比较了不同基因型NDV基因组Z曲线的特征。结果显示,在NDV全基因组中A、G碱基或A、C碱基是占优势的,在基因组的前1/3序列中,G、C含量大于A、T的含量。不同基因型NDV全基因组的Z曲线(从ClassI到ClassII的I-VIII型)有向Z轴靠拢的趋势。

关键词：新城疫病毒基因组 Z曲线分子进化

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猪源H9N2亚型流感病毒的分离鉴定和遗传进化分析

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中国动物传染病学报 2010年第4期18卷 19-25页

作者：赵国赵明军鹿欣伦钟蕾刘晓文刘秀梵扬州大学兽医学院农业部畜禽传染病学重点开放实验室扬州225009

2008年10月~2009年3月采集剖检病死猪喉拭样品41份,从中分离鉴定了2株H9N2亚型猪流感病毒,对其进行部分生物学特性的研究、全基因测序和遗传演化分析,发现血凝素（hemagglutinin,HA）蛋白335~338的裂解位点上,A/Swine/Yangzhou/1/08为RS... 详细信息

2008年10月~2009年3月采集剖检病死猪喉拭样品41份,从中分离鉴定了2株H9N2亚型猪流感病毒,对其进行部分生物学特性的研究、全基因测序和遗传演化分析,发现血凝素（hemagglutinin,HA）蛋白335~338的裂解位点上,A/Swine/Yangzhou/1/08为RSNR,A/Swine/Taizhou/5/08为RSSR,均为典型低致病性禽流感病毒的特征性序列。2株病毒的HA、神经氨酸酶（neuraminidase,NA）、核衣壳蛋白（nucleocapsid protein,NP）、非结构蛋白（nonstructural protein,NS）、血清前白蛋白（prealbumin,PA）和多聚酶蛋白（polymerase protein1,PB1）基因均来源于A/Chicken/Shanghai/F/98,基质蛋白（matrix,M）基因与A/Swine/Yangzhou/1/08的PB2基因来源于A/Quai/Hong Kong/G1/97,值得注意的是A/Swine/Taizhou/5/08的PB2基因虽然可能来源于A/Chicken/Shanghai/F/98但与A/environment/Hunan/1-35/2007（H5N1）的高度同源,生物学特性试验也表明A/Swine/Taizhou/5/08比A/Swine/Yangzhou/1/08毒力强。

关键词：猪流感病毒 H9N2亚型基因分析

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两株鸭源H1N3亚型流感病毒的分离鉴定和遗传进化分析

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中国动物传染病学报 2010年第5期18卷 1-6页

作者：赵国赵坤坤鹿欣伦陈朝阳王晓泉刘秀梵扬州大学兽医学院农业部畜禽传染病学重点开放实验室扬州225009

从2008年10月至2010年7月,每月定期在华东地区扬州活禽市场采集健康家鸭泄殖腔拭子,并从中分离鉴定了14株H1亚型禽流感病毒。对其中的2株病毒进行全基因测序和遗传演化分析,发现2株病毒均属于H1N3低致病性禽流感病毒。各基因遗传进化分... 详细信息

从2008年10月至2010年7月,每月定期在华东地区扬州活禽市场采集健康家鸭泄殖腔拭子,并从中分离鉴定了14株H1亚型禽流感病毒。对其中的2株病毒进行全基因测序和遗传演化分析,发现2株病毒均属于H1N3低致病性禽流感病毒。各基因遗传进化分析均与类禽猪流感的分离株的亲缘关系相对较近;除血凝素(haemagglutini,HA)基因外,其它所有的基因均发生了不同程度基因重组。其中H5N1病毒参与了多聚酶蛋白PB1与PB2基因的重组,H9N2病毒参与了PA基因的重组。

关键词：禽流感病毒 H1N3亚型基因分析

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新城疫病毒弱毒骨架表达强毒F基因的重组病毒生物学特性研究

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中国动物传染病学报 2010年第6期18卷 22-26页

作者：王晓泉刘晓文胡顺林陈素娟刘文博刘秀梵扬州大学兽医学院农业部畜禽传染病学重点开放实验室扬州225009

为了解目前中国新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)优势基因VIId型的毒力机制,应用反向遗传技术将我国优势流行基因VIId型强毒株I4的F基因替换弱毒LX的F基因,获得表达NDV强毒株I4F基因的重组病毒NDV/LX-If。测定重组病毒的致病指... 详细信息

为了解目前中国新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)优势基因VIId型的毒力机制,应用反向遗传技术将我国优势流行基因VIId型强毒株I4的F基因替换弱毒LX的F基因,获得表达NDV强毒株I4F基因的重组病毒NDV/LX-If。测定重组病毒的致病指数和组织分布,结果发现,重组病毒NDV/LX-If毒力比骨架病毒有了显著的提高。NDV/LX-If的鸡胚平均致死时间(mean death time,MDT)为56 h,雏鸡脑内接种致病指数(intracebral pathogenicity index,ICPI)为1.49,属于中等毒力,毒力比亲本病毒毒力低,但都能使自然途径感染的鸡100%死亡,同时获得了亲本毒株的组织嗜性。可见,新城疫病毒F基因是毒力和组织嗜性的主要决定因素,但是其它基因对新城疫病毒的毒力也可以产生影响。

关键词：新城疫病毒 F基因反向遗传致病指数

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鸡白痢沙门氏菌分离株生物膜的测定

鸡白痢沙门氏菌分离株生物膜的测定

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中国畜牧兽医学会禽病学分会第十五次学术研讨会

作者：卢艳张小荣董洪燕陈素娟彭大新刘秀梵扬州大学兽医学院农业部畜禽传染病学重点开放实验室

【前言】细菌生物膜的形成是细菌为适应环境维持自身生命所发生的形态学变化,处于生物膜状态的细菌可增强对外界环境、机体的免疫力和各种杀菌作用的抵抗力,造成持续感染和重复感染。有研究表明鸡白痢沙门氏菌可形成生物膜,但有关鸡白... 详细信息

【前言】细菌生物膜的形成是细菌为适应环境维持自身生命所发生的形态学变化,处于生物膜状态的细菌可增强对外界环境、机体的免疫力和各种杀菌作用的抵抗力,造成持续感染和重复感染。有研究表明鸡白痢沙门氏菌可形成生物膜,但有关鸡白痢沙门氏菌生物膜检测方法的报道甚少,鸡白痢

关键词：沙门氏菌分离株生物膜鸡白痢沙门氏菌

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鸡白痢沙门氏菌生物膜形成相关基因的鉴定

鸡白痢沙门氏菌生物膜形成相关基因的鉴定

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中国畜牧兽医学会禽病学分会第十五次学术研讨会

作者：卢艳陈素娟董洪燕张小荣彭大新刘秀梵扬州大学兽医学院农业部畜禽传染病学重点开放实验室

【前言】前期研究采用转座子随机插入法鉴定出8个肠炎沙门氏菌生物膜形成相关基因,为了鉴定这些基因在鸡白痢沙门氏菌生物膜形成中的作用,我们以生物膜形成能力强的鸡白痢沙门氏菌S6702为母本构建了相关基因的缺失突变株,并对其生物学... 详细信息

【前言】前期研究采用转座子随机插入法鉴定出8个肠炎沙门氏菌生物膜形成相关基因,为了鉴定这些基因在鸡白痢沙门氏菌生物膜形成中的作用,我们以生物膜形成能力强的鸡白痢沙门氏菌S6702为母本构建了相关基因的缺失突变株,并对其生物学特性进行了研究。

关键词：鸡白痢沙门氏菌突变株生物膜形成相关基因

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1株对小鼠呈高致病性H5N1亚型禽流感病毒的遴选

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免疫学杂志 2010年第2期26卷 132-135,143页

作者：董梅顾敏曹军平彭大新王希良刘秀梵军事医学科学院微生物流行病研究所免疫研究室病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071 扬州大学畜牧兽医学院农业部畜禽传染病学重点开放实验室 225009

目的观察从死禽体内分离的禽流感H5N1病毒株对小鼠的致病情况,筛选一株可用于小鼠攻毒实验的H5N1毒株。方法将17株禽源H5N1病毒分别滴鼻感染6～8周龄Balb/c小鼠,观察其对小鼠的致病和致死情况。通过测定其中毒力较强一株的EID_(50)、TCI... 详细信息

目的观察从死禽体内分离的禽流感H5N1病毒株对小鼠的致病情况,筛选一株可用于小鼠攻毒实验的H5N1毒株。方法将17株禽源H5N1病毒分别滴鼻感染6～8周龄Balb/c小鼠,观察其对小鼠的致病和致死情况。通过测定其中毒力较强一株的EID_(50)、TCID_(50)、小鼠LD_(50)及濒死小鼠不同组织中病毒载量,判定其致病力;采用遗传进化分析绘制HA基因进化树,了解其进化特征。结果动物实验表明,17株高致病性禽源H5N1毒株中,仅有一株对小鼠为高致病性。该毒株TCID_(50)/100μl=7.2,EID_(50)/100μl=8.325,小鼠1 LD_(50)/100μl=6.318≈10~2EID_(50)。鼻粘膜感染4～6 d小鼠发病,表现为精神萎靡、食欲减退、竖毛、弓背等临床症状,体重明显减轻。小鼠死亡集中在发病后的2～5 d,耐过死亡者12 d完全恢复正常。从濒死感染小鼠脾、肺、鼻及脑组织中皆可检出流感病毒NS片段,病毒数载量以脑组织中最多,达3.56×10^(10)拷贝/5μl。结论筛选到一株对小鼠呈强致病性H5N1亚型禽流感毒株,可以用于禽流感疫苗交叉保护效果评价的小鼠攻击实验,也可以作为感染模型用于H5N1禽流感病毒致病机制的研究。

关键词：禽 H5N1病毒株致病性小鼠

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简化RACE方法测定基因Ⅲ、Ⅵb和Ⅶd型新城疫病毒leader和trailer序列及分析

简化RACE方法测定基因Ⅲ、Ⅵb和Ⅶd型新城疫病毒leader和trailer...

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中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第二次学术研讨会

作者：仇旭升丁铲陈鸿军刘秀梵中国农业科学院上海兽医研究所扬州大学农业部畜禽传染病学重点开放实验室

【目的】利用cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplificationofcDNA ends,RACE)测定基因Ⅲ、Ⅵb和VⅦd型新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)基因组两侧末端序列,并对NDV的leader和trailer进行分析。【方法】利用T4 RNA连接酶将特定寡聚核苷酸片段的连接于病毒基因组RNA和cDNA,再利用RT-PCR或PCR方法对病毒基因组的末端进行快速的扩增。【结果】建立一套操作简单、低成本、可重复性高的RACE方法,测定了三种基因型5株NDV 3'末端leader和5'末端trailer序列比对分析【结论】本实验测定的鹅源VII型毒株JS/7/05/Ch基因组的15,184nt由一个T变为了C,5'端trailer与3'端leader的连续互补序列由8 nt变为12 nt,而其它4株基因Ⅲ型和Ⅵ型NDV均未发现该突变。通过RNA的二级结构分析,NDV基因组和反向基因组RNA的3'末端形成一个发卡结构。JS/7/05/Ch等3株NDV U→C(T→C)的突变位于发卡环上,不影响二级结构的形成,发卡环的RNA序列突变为3'-UCUC-5',与基因组3'端发卡环的3'-UCUUA-5'相似,推测可能影响了基因组RNA的复制速度。

关键词： RACE 基因Ⅲ型基因Ⅵb型新城疫病毒 leader trailer

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华东地区家鸭中N1亚型禽流感病毒NA基因的遗传进化分析

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病毒学报 2009年第2期25卷 131-136页

作者：仇保丰刘武杰唐应华彭大新刘秀梵扬州大学农业部畜禽传染病学重点开放实验室扬州225009

为了解华东地区家鸭内禽流感病毒的遗传进化情况,对2002-2006年分离自华东地区家鸭的3种主要N1亚型的禽流感病毒：2株H1N1、10株H3N1和14株H5N1,共26株病毒的NA基因进行了遗传进化分析。结果表明,华东地区家鸭中的N1亚型的禽流感病毒正... 详细信息

为了解华东地区家鸭内禽流感病毒的遗传进化情况,对2002-2006年分离自华东地区家鸭的3种主要N1亚型的禽流感病毒：2株H1N1、10株H3N1和14株H5N1,共26株病毒的NA基因进行了遗传进化分析。结果表明,华东地区家鸭中的N1亚型的禽流感病毒正处于不断进化状态中。14株H5N1禽流感病毒均在NA的茎部缺失20个氨基酸（49-68位）,而其他N1亚型的禽流感病毒的NA都未见发生此缺失。H3N1病毒可能与H1N1病毒发生了NA基因的重排,但是目前还没有直接证据表明华东地区家鸭中H5N1禽流感参与了基因重排。

关键词：家鸭禽流感病毒 NA基因遗传进化分析

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新城疫病毒分离株的生物学特性鉴定及F蛋白基因序列分析

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病毒学报 2009年第2期25卷 117-124页

作者：姚春峰刘文博胡顺林马怀良薛峰刘慧谋刘秀梵扬州大学农业部畜禽传染病学重点开放实验室江苏扬州225009

通过部分生物学特性鉴定、RT-PCR及F基因的序列测定与遗传进化分析,对2005~2006年从我国江苏省和广西省部分地区的发病鸡群和鹅群中分离到的20株新城疫病毒(NDV)进行了研究。各分离株经典毒力测定结果显示:MDT在45.3h^58.2h之间,ICPI在1... 详细信息

通过部分生物学特性鉴定、RT-PCR及F基因的序列测定与遗传进化分析,对2005~2006年从我国江苏省和广西省部分地区的发病鸡群和鹅群中分离到的20株新城疫病毒(NDV)进行了研究。各分离株经典毒力测定结果显示:MDT在45.3h^58.2h之间,ICPI在1.61~2.00之间,均为新城疫病毒强毒株特征。血凝解脱及血凝素热稳定性试验显示:各分离株的血凝解脱时间短,血凝素热稳定性较差,符合NDV强毒株的特征。F基因的序列测定表明,分离株之间的核苷酸序列具有79.7%~100%的同源性,与疫苗株LaSota的同源性为78.1%~83.4%;与国内标准强毒株F48E8同源性为80.2%~90.1%。推导其氨基酸序列分析表明,各分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112R-R-Q-R/K-R-F117,具有NDV强毒株特征,与毒力测定结果相符。根据序列所绘制系统进化发生树,表明20株NDV分离株中有18株为基因Ⅶd型,2株为基因Ⅲ型。

关键词：新城疫病毒生物学特性毒力 F基因序列分析

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