检索结果-内蒙古大学图书馆

大肠杆菌刺激和LPS诱导条件下猪小肠上皮细胞FUT1和FUT2基因表达变化

中国畜牧杂志 2018年第4期54卷 24-28页

作者：冯海悦黄焱杰朱国强吴圣龙包文斌扬州大学江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室江苏扬州225009 扬州大学兽医学院江苏扬州225009

本实验运用Real-time PCR方法检测分析α-(1,2)岩藻糖转移酶1(FUT1)和α-(1,2)岩藻糖转移酶2(FUT2)基因在大肠杆菌(***)F18ab、F18ac感染以及内毒素(LPS)诱导小肠上皮细胞(IPEC-J2)前后的mRNA表达差异,在细胞水平上进一步验证FUT1、FUT... 详细信息

本实验运用Real-time PCR方法检测分析α-(1,2)岩藻糖转移酶1(FUT1)和α-(1,2)岩藻糖转移酶2(FUT2)基因在大肠杆菌(***)F18ab、F18ac感染以及内毒素(LPS)诱导小肠上皮细胞(IPEC-J2)前后的mRNA表达差异,在细胞水平上进一步验证FUT1、FUT2基因的功能并探讨其在抗*** F18侵染过程中的作用机制。结果表明:FUT1、FUT2基因在***感染和LPS诱导细胞后的mRNA表达水平均极显著升高(P<0.01),且FUT2基因的上升趋势要高于FUT1基因。由此推测,FUT1和FUT2基因的表达水平与仔猪抵抗*** F18感染的能力密切相关,FUT2基因可能发挥着比FUT1基因更重要的调控作用。

关键词：猪 FUT1基因 FUT2基因大肠杆菌

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IL-6基因启动子区单核苷酸多态对京海黄鸡柔嫩艾美尔球虫抗性指标的影响

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扬州大学学报（农业与生命科学版） 2018年第1期39卷 36-41页

作者：王诗琴辛世杰王晓慧戴国俊安婷婷张菁菁张涛张跟喜谢恺舟王金玉王宏胜扬州大学动物科学与技术学院/江苏省动物遗传育种与分子设计重点实验室江苏扬州225009 江苏京海禽业集团有限公司江苏海门226100

为探究白介素6(IL-6)基因5′启动子区单核苷酸突变对鸡柔嫩艾美尔球虫抗性指标的影响,以京海黄鸡为试验材料,对IL-6基因5′调控区单核苷酸多态性(SNPs)进行检测,根据感染组与对照组血浆抗性指标酶联免疫吸附试验检测结果,分析SNPs突变... 详细信息

为探究白介素6(IL-6)基因5′启动子区单核苷酸突变对鸡柔嫩艾美尔球虫抗性指标的影响,以京海黄鸡为试验材料,对IL-6基因5′调控区单核苷酸多态性(SNPs)进行检测,根据感染组与对照组血浆抗性指标酶联免疫吸附试验检测结果,分析SNPs突变形成的基因型与抗性指标的关联。结果表明:感染组与对照组间过氧化氢酶(CAT)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性和丙二醛(MDA)含量差异极显著,超氧化物歧化酶(SOD)活性及IL-2、IL-16、IL-17、γ干扰素(IFN-γ)水平和体增重差异显著;通过京海黄鸡IL-6基因启动子区基因序列与GenBank上的SNPs数据库比对,发现3个新的SNPs(A-663G、C-447G和G-357A),其中A-663G位点只有1种基因型GG,C-447G和G-357A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态且多态性丰富;C-447G突变位点各基因型间比较发现,血浆CAT、SOD、GSH-Px活性及IL-2、IL-16、IL-17水平和体增重差异极显著,MDA含量差异显著;G-357A突变位点各基因型间比较发现,血浆CAT、SOD活性及IL-16水平和体增重差异极显著,GSH-Px活性和IL-17水平差异显著。就主要抗性指标而言,C-447G和G-357A2个突变位点的CC和AA纯合型个体优于其他基因型个体,CC和AA基因型分别为2个突变位点鸡球虫抗性有利基因型,这一结果为京海黄鸡鸡球虫抗性分子标记辅助育种提供了参考。

关键词：京海黄鸡柔嫩艾美尔球虫白介素6基因单核苷酸多态性抗性指标

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猪Claudin家族基因密码子使用偏好性分析

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浙江农业学报 2018年第12期30卷 2007-2017页

作者：宗秋芳黄焱杰吴丽思吴圣龙包文斌扬州大学江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室江苏扬州225009 扬州大学教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室江苏扬州225009

猪流行性腹泻病毒(PEDV)可通过感染猪肠道上皮细胞引起仔猪腹泻。紧密连接蛋白是肠道黏膜屏障的重要组成部分,而Claudin家族作为重要的紧密连接蛋白之一,是组成肠道黏膜屏障完整性、决定肠道通透性的重要蛋白分子。研究密码子的使用特... 详细信息

猪流行性腹泻病毒(PEDV)可通过感染猪肠道上皮细胞引起仔猪腹泻。紧密连接蛋白是肠道黏膜屏障的重要组成部分,而Claudin家族作为重要的紧密连接蛋白之一,是组成肠道黏膜屏障完整性、决定肠道通透性的重要蛋白分子。研究密码子的使用特性有助于进一步了解某一特定基因的分子机制和进化关系。为了揭示Claudin家族基因密码子使用模式,本研究对Claudin家族22个基因编码序列进行分析,利用CodonW和在线网站EMBOSS Explore计算核苷酸组成、相对同义密码子使用度(RSCU)和密码子使用偏性参数,同时分析了Claudin家族基因密码子使用偏好性的影响因素。结果表明:Claudin家族基因主要偏好以G/C结尾的密码子; RSCU值分析发现,11个密码子CUG、AUC、GUG、UCC、CCC、ACC、GCC、CAG、CGC、CGG、GGC偏好性较强,为优势密码子;聚类结果显示,Claudin-3和Claudin-4较为接近,Claudin-10和Claudin-11较为接近;此外,Claudin家族基因密码子偏好性主要受到突变压力影响。分析Claudin家族基因密码子使用模式,旨在揭示这些基因之间的遗传和进化关系,为今后从密码子优化途径提高外源基因的表达水平提供一定的理论依据。

关键词： Claudin家族密码子偏好性猪紧密连接蛋白

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F18大肠杆菌抗性型与敏感型苏太断奶仔猪十二指肠组织比较转录组分析

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畜牧兽医学报 2018年第10期49卷 2112-2123页

作者：吴正常冯海悦黄焱杰吴丽思吴圣龙包文斌扬州大学动物科学与技术学院江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 扬州大学教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室扬州225009

旨在揭示培育品种—苏太猪(杜洛克×梅山猪)F18大肠杆菌抗性的调控通路和重要候选基因,同时进一步探究中外猪品种F18大肠杆菌抗性调控遗传基础的差异。本研究以课题组前期获得的苏太猪和梅山猪F18大肠杆菌抗性型与敏感型断奶仔猪全... 详细信息

旨在揭示培育品种—苏太猪(杜洛克×梅山猪)F18大肠杆菌抗性的调控通路和重要候选基因,同时进一步探究中外猪品种F18大肠杆菌抗性调控遗传基础的差异。本研究以课题组前期获得的苏太猪和梅山猪F18大肠杆菌抗性型与敏感型断奶仔猪全同胞个体为研究对象,通过转录组测序筛选苏太猪F18大肠杆菌抗性相关的调控通路以及重要候选基因,并在细胞水平,利用qPCR和Western blot分析F18大肠杆菌刺激小肠上皮细胞IPEC-J2后重要候选基因(蛋白)的表达变化,同时利用qPCR检测重要候选基因在苏太和梅山断奶仔猪F18大肠杆菌抗性型与敏感型个体十二指肠组织中的差异表达情况。结果显示:1)在苏太断奶仔猪F18大肠杆菌抗性型与敏感型个体中筛选出238个差异表达基因,主要参与Toll样受体信号通路(toll-like receptor signaling pathway)和糖脂类通路(glycosphingolipid biosynthesis-lacto and neolacto series),其中TLR5、IL-1β、FUT2为重要候选基因;2)不同血清型F18大肠杆菌(F18ac、F18ab)菌体分别刺激小肠上皮细胞IPEC-J2后,FUT2、IL-1β、TLR5基因mRNA表达水平显著上调(P<0.05),并且其蛋白表达水平也表现为明显的上调,由此表明,TLR5、IL-1β和FUT2在断奶仔猪F18大肠杆菌感染过程中发挥重要的调控作用;3)组织差异表达分析显示,TLR5、IL-1β和FUT2在苏太猪抗性型与敏感型个体十二指肠组织中表达差异均达到显著水平(P<0.05),而梅山猪中TLR5、IL-1β表达差异达到极显著水平(P<0.01),FUT2表达水平差异不显著(P>0.05)。结合课题组前期关于梅山猪及外来引进品种F18大肠杆菌抗性相关分子机制研究及报道,本研究进一步证明中外猪品种F18大肠杆菌抗性调控的遗传基础确实存在差异,Toll样受体信号通路及CD14、TLR5等基因可能在中国地方品种—梅山猪抵抗F18大肠杆菌感染过程中发挥着免疫调控作用,而鞘糖脂合成通路及FUT2等基因可能在外来猪品种F18大肠杆菌受体形成过程中起关键作用。

关键词：猪 F18大肠杆菌抗性基因调控通路

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13种哺乳动物MUC4基因密码子使用模式分析

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农业生物技术学报 2018年第9期26卷 1546-1556页

作者：冯海悦张羽吴正常吴圣龙包文斌扬州大学动物科学与技术学院/江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室江苏省种猪繁育和健康养殖工程技术研究中心

大肠杆菌(Escherichia coli)是导致人类和初生幼畜腹泻的重要人畜共患型病原体,而产肠毒素大肠杆菌F4是引起腹泻最常见的病原之一。前期已有研究表明4型黏蛋白基因(Mucin 4 gene,MUC4)可能作为大肠杆菌F4ab/F4ac的重要受体基因。研究密... 详细信息

大肠杆菌(Escherichia coli)是导致人类和初生幼畜腹泻的重要人畜共患型病原体,而产肠毒素大肠杆菌F4是引起腹泻最常见的病原之一。前期已有研究表明4型黏蛋白基因(Mucin 4 gene,MUC4)可能作为大肠杆菌F4ab/F4ac的重要受体基因。研究密码子的使用特性有助于进一步了解某一特定基因的分子机制和进化关系。为了揭示MUC4基因密码子的使用模式,本研究选取13种哺乳动物MUC4基因的编码序列,计算其碱基组成、有效密码子数、同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)等相关参数,同时分析了影响MUC4基因密码子使用偏好性的因素。结果表明:不同物种MUC4基因偏好使用以G或C结尾的密码子,RSCU值分析发现,不同物种中CUG、AGG、GCC、AUC、GUG、ACA为最优密码子(RSCU值>1.6);此外,MUC4基因密码子偏好性主要受密码子第3位碱基的GC含量(GC3s)的影响;聚类分析发现,猪(Sus scrofa)与家猫(Felis catus)聚为一类,人(Homo sapiens)与家犬(Canis lupus familiaris)聚为一类,与系统分类关系不一致。本研究系统揭示了MUC4基因密码子的使用模式,为今后MUC4基因在动物遗传改良中选择合适的受体动物,以及通过基因工程和密码子优化途径提高外源基因表达水平进而提高机体对大肠杆菌F4ab/F4ac病原菌感染的抗性提供理论依据。

关键词： 4型黏蛋白基因(MUC4) 密码子偏好性外源表达

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白王鸽骨骼肌生长发育ceRNA调控网络构建及关键ceRNA鉴定

白王鸽骨骼肌生长发育ceRNA调控网络构建及关键ceRNA鉴定

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江苏省遗传学会2019年学术研讨会

作者：张闪闪陈兰张涛扬州大学动物科学与技术学院动物遗传繁育与分子设计江苏省重点实验室教育部农业与农产品安全国际联合实验室

在我国,鸽肉一直作为珍贵的滋补食品深入人心,素有"一鸽胜九鸡"的美誉。目前,我国已经成为国际上肉鸽生产和消费大国。目前,我国肉鸽的消费以30日龄乳鸽为主,而乳鸽30日龄体重与骨骼肌的生长发育密切相关。不同于其它禽类,鸽... 详细信息

在我国,鸽肉一直作为珍贵的滋补食品深入人心,素有"一鸽胜九鸡"的美誉。目前,我国已经成为国际上肉鸽生产和消费大国。目前,我国肉鸽的消费以30日龄乳鸽为主,而乳鸽30日龄体重与骨骼肌的生长发育密切相关。不同于其它禽类,鸽虽属于晚成雏,在出生后不具有自我觅食能力,但是其出生后早期生长速度快,强度大,7-10日龄既可达到生长拐点,4周龄体重可达初生重的29-36倍,因此,解析肉鸽早期高生长速度的遗传机理,对于肉鸽生长性状的改良具有十分重要的意义。近年来,非编码RNA功能受到广泛关注,大量研究表明,circRNA和lncRNA等非编码RNA作为ceRNA在畜禽骨骼肌生长发育过程中发挥重要的调控作用,但是鸽骨骼肌生长发育相关的ceRNA调控机制尚未见报道。本研究利用高通量测序技术分析了鸽骨骼肌生长发育过程中circRNA、lncRNA、mi RNA和m RNA的表达趋势,筛选了鸽骨骼肌生长发发育过程中的差异表达circRNAs、lncRNAs、mi RNAs和m RNAs,并基于靶基因预测、基因表达关系和超几何分布检验构建鸽骨骼肌生长发育相关的ceRNA调控网络。结果共鉴定到4918条lncRNAs、10346条circRNAs和2363条mi RNAs,基因表达相关性分析显示,鸽骨骼肌8胚龄和13胚龄基因表达模式高度相关,而胚胎期和生长早期基因表达模式相关性较低,表明鸽骨骼肌胚胎期和生长早期生长发育的调控机制存在较大差异。表达趋势分析结果显示,33个显著趋势中,24个为下调,表明鸽骨骼肌在生长期的基因调控活动要弱于胚胎期,胚胎期非编码RNA的调控活动更为活跃。最终,基于ceRNA假说,本研究成功构建了鸽骨骼肌相关的ceRNA调控网络,并从中筛选出5个重要的circRNA-miRNA-mRNA关系对和15个重要的lncRNA-miRNA-mRNA关系对。我们推测,非编码RNA Novelirc09286、Novelirc06689、Novelirc09211、Novelirc06689、Novelirc00030、TCONS0020696、TCONS0056927、TCONS0062175、TCONS0025283、TCONS0071495、TCONS0041483、TCONS0026594、TCONS0041482、TCONS0074320可能分别通过竞争性吸附cli-miR-499-5p、cli-miR-1b-3p、cli-miR-1a-3p,cli-miR-206-5p和cli-miR-133a-3p,调控MAPK6、BDNF、RARB、FSTL1和FZD7基因表达,进而参与调控鸽骨骼肌生长发育调控,但是上述基因调控鸽骨骼肌生长发育的具体分子机制尚待进一步研究。

关键词：鸽 circRNA lncRNA ceRNA 骨骼肌

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猪TLR5基因表达水平与F18大肠杆菌侵染关系分析

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中国畜牧兽医 2018年第5期45卷 1163-1169页

作者：赵呈祥戴开宇杜雨露包文斌吴圣龙扬州大学动物科学与技术学院江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 江苏省种猪繁育和健康养殖工程技术研究中心扬州225009

为了探究猪Toll样受体(Toll-like receptor 5,TLR5)基因表达水平与F18大肠杆菌抗性的关系,试验通过不同血清型产肠毒素大肠杆菌(F18ab和F18ac)侵染猪小肠上皮细胞(IPEC-J2),同时通过脂多糖(LPS)分别诱导IPEC-J2细胞4和8h,利用实时荧光定... 详细信息

为了探究猪Toll样受体(Toll-like receptor 5,TLR5)基因表达水平与F18大肠杆菌抗性的关系,试验通过不同血清型产肠毒素大肠杆菌(F18ab和F18ac)侵染猪小肠上皮细胞(IPEC-J2),同时通过脂多糖(LPS)分别诱导IPEC-J2细胞4和8h,利用实时荧光定量PCR检测TLR5基因表达水平变化,并利用Western blotting进行蛋白表达分析。结果显示,不同血清型大肠杆菌(F18ab和F18ac)菌体侵染IPEC-J2细胞后,TLR5基因表达水平均极显著上调(P<0.01);LPS诱导IPEC-J2细胞4和8h后,TLR5基因表达水平均极显著上调(P<0.01),且在LPS诱导IPEC-J2细胞8h后,TLR5基因表达水平明显高于诱导4h。与对照组相比,细胞中TLR5蛋白的表达水平极显著上调(P<0.01),与LPS诱导及F18大肠杆菌菌体刺激IPEC-J2细胞后mRNA表达水平结果相一致。本研究在细胞水平上分析了TLR5表达水平和F18大肠杆菌侵染的相关性,进一步证实猪TLR5基因的表达水平在细胞抵抗F18大肠杆菌的侵染过程中发挥了重要的调控作用,为今后关于TLR5基因功能及其在大肠杆菌腹泻遗传育种应用的研究奠定基础。

关键词：猪 TLR5基因大肠杆菌 mRNA表达 Western blotting

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猪缝隙连接蛋白43(GJA1)结构和功能的预测与分析

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中国畜牧兽医 2018年第12期45卷 3305-3316页

作者：戴开宇曹越郜重丞王海飞包文斌吴圣龙扬州大学动物科学与技术学院江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 江苏省现代农业(生猪)产业技术体系良种繁育创新团队扬州225009

为了探究猪缝隙连接蛋白43(GJA1)的结构和相关功能,本研究对16个哺乳动物的GJA1蛋白进行多重序列比对及系统发育分析,并通过相关的生物信息学数据库和软件从理化性质、蛋白修饰位点、跨膜区、亚细胞定位、二级结构、三级结构、多态位点... 详细信息

为了探究猪缝隙连接蛋白43(GJA1)的结构和相关功能,本研究对16个哺乳动物的GJA1蛋白进行多重序列比对及系统发育分析,并通过相关的生物信息学数据库和软件从理化性质、蛋白修饰位点、跨膜区、亚细胞定位、二级结构、三级结构、多态位点、功能区域和互作蛋白等方面对猪GJA1蛋白的结构和功能进行系统分析。系统发育分析结果显示,GJA1蛋白在16种哺乳动物中变异未达到饱和,物种间遗传距离小且同源性高,其中猪与马的GJA1蛋白序列最为接近,同源性达93.3%,在进化树上的分类也证实了这一结果。蛋白结构分析结果显示,猪GJA1蛋白分子质量为43.08ku,理论等电点为8.88,由20种氨基酸组成,不稳定指数为44.06,平均疏水系数为-0.240,脂溶指数为82.67,不分泌信号肽,有4个跨膜区、6个O-糖基化位点和38个磷酸化位点,最有可能位于细胞质膜和高尔基体内,其二级结构和三级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成。蛋白功能分析结果显示,在猪GJA1蛋白的CDS序列中有2个超级家族结构功能区域和6个错义突变位点,且猪GJA1蛋白还与ZO-1和Cx36等蛋白及多种蛋白激酶存在相互作用。本研究通过生物信息学分析系统地揭示了猪GJA1蛋白的结构和功能,为后续进一步研究GJA1蛋白在猪体内发挥生物学功能的遗传调控机制提供一定的理论支持。

关键词：猪缝隙连接蛋白43(GJA1) 蛋白结构蛋白功能

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东串猪Mx1基因第14外显子多态性及组织表达谱分析

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中国畜牧兽医 2018年第2期45卷 448-455页

作者：吴嘉韵朱恩昊王海飞吴圣龙包文斌扬州大学动物科学与技术学院江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 江苏省种猪繁育和健康养殖工程技术研究中心扬州225009

为了揭示抗黏液病毒1(myxo-virus resistance 1,Mx1)基因第14外显子在东串猪群体中多态性分布及组织表达特性,试验利用PCR-RFLP技术测定东串猪Mx1基因第14外显子的多态性,同时利用实时荧光定量PCR技术分析其组织特异性表达规律。结果表... 详细信息

为了揭示抗黏液病毒1(myxo-virus resistance 1,Mx1)基因第14外显子在东串猪群体中多态性分布及组织表达特性,试验利用PCR-RFLP技术测定东串猪Mx1基因第14外显子的多态性,同时利用实时荧光定量PCR技术分析其组织特异性表达规律。结果表明,东串猪Mx1基因第14外显子Hin6Ⅰ酶切位点存在G36T突变,可检测到AA、AB、BB 3种基因型,AB为优势等位基因型,A为优势等位基因;东串猪Mx1基因的多态信息含量(polymorphism information content,PIC)值为0.360,表现为中度多态;Mx1基因在淋巴、肺脏、脾脏、十二指肠、空肠、回肠组织中表达量较高。本研究初步揭示了东串猪Mx1基因第14外显子的多态性分布,为探讨其作为有效遗传标记的可行性提供参考。此外,Mx1基因在多种免疫组织中高表达,可能与机体抵抗病原感染有关。

关键词：东串猪 Mx1基因多态性表达谱

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猪FUT2基因密码子使用偏好性分析及优化

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中国畜牧兽医 2018年第7期45卷 1863-1872页

作者：戴开宇黄焱杰吴丽思包文斌吴圣龙扬州大学动物科学与技术学院江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 江苏省现代农业(生猪)产业技术体系良种繁育创新团队扬州225009

为了揭示猪α-(1,2)岩藻糖转移酶2(FUT2)基因密码子使用特性并提高其在外源宿主内的表达量,本研究综合运用EMBOSS Explorer网站和CodonW软件包分析了猪FUT2基因的密码子使用偏好性的相关参数,并与3种模式生物(大肠杆菌、酵母菌和果蝇)... 详细信息

为了揭示猪α-(1,2)岩藻糖转移酶2(FUT2)基因密码子使用特性并提高其在外源宿主内的表达量,本研究综合运用EMBOSS Explorer网站和CodonW软件包分析了猪FUT2基因的密码子使用偏好性的相关参数,并与3种模式生物(大肠杆菌、酵母菌和果蝇)基因组密码子使用模式进行比较,最后参照与之最为相近的模式生物基因组密码子使用方式,利用JCat和OPTIMIZER两个密码子优化网站对猪FUT2基因密码子进行优化。结果显示,猪FUT2基因表达水平不高,存在24种偏好密码子,且这24种偏好密码子中有23种以G/C结尾;猪FUT2基因与果蝇基因组密码子使用模式的差异小于大肠杆菌和酵母基因组,表明果蝇更适合猪FUT2基因的外源表达;根据果蝇基因组密码子使用模式优化猪FUT2基因密码子,优化后其适应指数有了明显提高,而整体GC含量没有明显变化,说明在理论上猪FUT2基因优化成功。本研究从翻译水平上揭示了猪FUT2基因的密码子使用特性,为其在遗传改良中选择最佳外源表达系统及提高其在宿主细胞内的表达水平提供一定的理论依据。

关键词：猪 FUT2基因密码子使用偏好性密码子优化

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