目的 基于网络药理学与分子对接技术探究桑寄生抗炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选桑寄生的活性成分及作用靶点。采用Gene Cards、TTD及OMIM数据库检索炎症相关靶点。通过Cytoscape 3.7.1构建“化合物-靶点-疾病”网络。利用String数据库绘制蛋白互作网络,采用clusterprofiler R package对桑寄生干预炎症进行基因本体GO和KEGG通路富集分析。利用Auto Dock Tools及Auto Dock Vina软件中进行分子对接验证,通过PyMOL软件进行可视化。结果 收集桑寄生46个活性成分、418个潜在作用靶点、696个炎症相关靶点,桑寄生-炎症共同靶点71个;GO及KEGG通路富集分析筛选出1703个条目、139条信号通路(P<0.05),主要涉及脂质和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF-α、IL-17信号通路、Toll样受体信号通路等。分子对接结果示槲皮素与AKT1结合能力最强。结论 桑寄生可能通过槲皮素、齐墩果酸、扁蓄苷等活性成分作用于IL-6、IL-1β、Rel A、MAPK1、AKT1等靶点调节多条信号通路发挥抗炎作用,为后续研究提供参考。
目的:基于网络药理学和分子对接技术探究鸭跖草治疗高热惊厥的作用机制。方法:通过检索中药系统药理学(the Chinese Medicine System Pharmacology,TCMSP)数据库、BATMAN-TCM数据库提取鸭跖草的有效成分并提取相关作用靶点,通过GeneCard...
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目的:基于网络药理学和分子对接技术探究鸭跖草治疗高热惊厥的作用机制。方法:通过检索中药系统药理学(the Chinese Medicine System Pharmacology,TCMSP)数据库、BATMAN-TCM数据库提取鸭跖草的有效成分并提取相关作用靶点,通过GeneCards和OMIM数据库检索高热惊厥疾病靶点。运用Uniport将蛋白与基因symbol转换,通过Darw venn diagram平台得出venn图及药物成分与疾病的交集基因。通过STRING数据库构建PPI网络。利用Cytoscape3.9.1软件构建“中药-有效成分-靶点”网络及“关键靶点-信号通路”网络,采用在线分析平台DAVID v6.8对关键靶点进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析和基因本体(gene ontology,GO)富集分析。利用软件R x644.0.2及绘图包ggplot2绘制KEGG信号通路和GO富集分析图。利用AutoDockTools 1.5.7,Pymol 2.0.1和Openbable3.1.1软件完成分子对接。结果:鸭跖草主要有效成分8种,对应靶点140个,疾病靶点2210个,药物疾病共同靶点64个,GO富集分析得到262条目(P<0.05)、KEGG通路富集分析筛选出67条信号通路(P<0.05),分子对接的结果显示,鸭跖草的活性成分黄酮类化合物主要通过3QXY,1GFW和2K7W等靶点调节多条信号通路发挥抗高热惊厥作用。结论:鸭跖草中的黄酮、β-谷甾醇和丙二酸单酰基人参皂苷Rb2等成分可与高热惊厥疾病靶点稳定结合并且结合能力强于临床上用于治疗高热惊厥的苯巴比妥,鸭跖草可通过多成分、多靶点、多通路治疗高热惊厥,本研究为鸭跖草用于高热惊厥治疗的研究与开发提供了新的思路。
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