检索结果-内蒙古大学图书馆

经济动物学报 2025年第1期29卷 62-67页

作者：孟庆达侯嘉怡杨潍菡王静曾长军四川农业大学动物科技学院猪禽种业全国重点实验室农业生物信息教育部重点实验室农业农村部畜禽生物组学重点实验室畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室西部宠物生命科学研究院

低温保存已经广泛应用于犬精液人工授精，有效促进了优良犬品种间的遗传交流。在低温保存过程中，温度、pH与渗透压变化可导致精子出现氧化应激与冷休克等现象，严重影响犬精子质量与受精率。近年来，在犬精液稀释液中常加入抗冷物质和... 详细信息

低温保存已经广泛应用于犬精液人工授精，有效促进了优良犬品种间的遗传交流。在低温保存过程中，温度、pH与渗透压变化可导致精子出现氧化应激与冷休克等现象，严重影响犬精子质量与受精率。近年来，在犬精液稀释液中常加入抗冷物质和抗氧化物质，以防止精子冷休克，缓解氧化应激和脂质过氧化。对国内外犬精液低温保存的研究进展进行综述，为高效保存犬精液，促进犬种质资源保护以及人工授精技术的推广和应用等提供参考。

关键词：犬精液低温保存抗冷物质抗氧化物质

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哺乳动物可变多聚腺苷酸化

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生物化学与生物物理进展 2025年第1期52卷 32-49页

作者：张宇池红霞杨乌日吐左永春邢永强内蒙古科技大学生命科学与技术学院包头014010 内蒙古科技大学内蒙古自治区生命健康与生物信息学重点实验室包头014010 呼和浩特职业学院计算机系呼和浩特010070 内蒙古大学生命科学学院呼和浩特010020 内蒙古大学省部共建草原家畜生殖调控与繁育国家重点实验室呼和浩特010020

随着测序技术的快速发展,哺乳动物可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)得到了更加精准的检测。APA通过改变poly(A)尾巴的长度和位置,精细地调控基因的表达,参与疾病发生、胚胎发育等生命过程。哺乳动物APA的研究主要聚... 详细信息

随着测序技术的快速发展,哺乳动物可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)得到了更加精准的检测。APA通过改变poly(A)尾巴的长度和位置,精细地调控基因的表达,参与疾病发生、胚胎发育等生命过程。哺乳动物APA的研究主要聚焦于以下三个方面:第一,基于转录组数据识别APA事件,并阐明其特征;第二,研究APA与基因表达调控的相互关系,揭示其在生命调控中的重要作用;第三,挖掘APA与疾病发生、胚胎发育、分化等生命过程的内在联系,为疾病的诊治、胚胎发育调控机制的解析等提供新的视角和方法。本文详细阐述了APA的分类、发生机制及功能,系统总结了基于多种转录组数据的APA识别方法和APA数据资源,对APA研究进行了总结与展望,强调了测序技术对哺乳动物APA研究的推动作用。未来,随着测序技术的进一步发展,哺乳动物APA的调控机制将更加明晰。

关键词：可变多聚腺苷酸化调控机制转录组识别方法数据资源

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学龄儿童睡眠时长与血压关系的队列研究

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中华医学杂志 2025年第16期105卷 1223-1232页

作者：吴晓菲刘琴张美玲陈栏灵 Tahir Muhammad Fahad 贺向前彭支莲肖伦袁双贵马军陈镜宇安曦洲黄道超钟海英王莉陈丽静梁小华重庆医科大学附属儿童医院儿研所临床流行病与生物信息学室国家儿童健康与疾病临床医学研究中心儿童发育疾病研究教育部重点实验室儿童感染与免疫罕见病重庆市重点实验室重庆重庆医科大学附属儿童医院儿研所重庆市卫生健康委儿童重要器官发育与疾病重点实验室重庆重庆医科大学生物医学工程学院重庆重庆市九龙坡区中医院中医科重庆重庆市九龙坡区疾病控制中心办公室重庆贵州省习水县妇幼保健院办公室遵义四川省石棉县人民医院办公室雅安

目的探讨学龄儿童睡眠时长与血压水平的关联。方法前瞻性队列研究。研究对象来自2021—2024年建立的西部地区健康儿童队列, 其中分别于2021(四川省石棉县、重庆市九龙坡区)、2022(重庆市九龙坡区)、2023年(贵州省习水县)进行了基线调查,... 详细信息

目的探讨学龄儿童睡眠时长与血压水平的关联。方法前瞻性队列研究。研究对象来自2021—2024年建立的西部地区健康儿童队列, 其中分别于2021(四川省石棉县、重庆市九龙坡区)、2022(重庆市九龙坡区)、2023年(贵州省习水县)进行了基线调查, 2023、2024年进行了随访。最终纳入15 662人次进行分析, 其中基线:2021年2 716名, 2022年2 766名, 2023年1 977名;第1次随访:2023年3 831名, 2024年2 058名;第2次随访:2024年2 314名。采集人口学特征、生活方式、睡眠状况等信息, 统一测量身、高体重、血压和臂踝脉搏波传导速度。采用限制性立方样条(RCS)回归模型分析平均睡眠时长、休息日与工作日平均睡眠时长差异与血压偏高风险的非线性关系, 确定切点值。基于多因素混合效应logistic回归模型分析不同平均睡眠时长、平均睡眠时长差异与血压偏高的关联。基于广义线性混合模型估计不同平均睡眠时长、睡眠时长差异组间血压及臂踝脉搏波传导速度的差异。结果基线时7 459名儿童年龄(10.8±2.3)岁, 男生3 848名(51.6%), 总体血压偏高率为13.4%(1 003/7 459)。血压偏高组年龄、身高、体质指数、体力活动、臂踝脉搏波传导速度均高于血压正常组(均P<0.05)。RCS回归模型分析结果显示, 平均睡眠时长切点值为9 h/d, 当平均睡眠时长<9 h/d, 平均睡眠时长与血压偏高风险呈负相关(P=0.008);平均睡眠时长差异与血压偏高风险呈正相关(P=0.005), 平均睡眠时长差异切点值是2.5 h/d。以平均睡眠时长<9 h/d组为参照, ≥9 h/d组的血压偏高风险降低(OR=0.86, 95%CI:0.75～0.99)。以平均睡眠时长差异<2.5 h/d组为参照, ≥2.5 h/d组血压偏高风险增加(OR=1.23, 95%CI:1.06～1.43)。平均睡眠时长≥9 h/d组收缩压、舒张压和臂踝脉搏波传导速度均低于<9 h/d组(均P<0.05);平均睡眠时长差异≥2.5 h/d组收缩压、舒张压和臂踝脉搏波传导速度均高于<2.5 h/d组(均P<0.05)。结论平均睡眠时长不足(<9 h/d)和睡眠规律性差(休息日与工作日平均睡眠时长差异≥2.5 h/d)是儿童血压偏高的危险因素。

关键词：睡眠儿童血压脉搏波传导速度队列研究

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母亲妊娠期糖尿病或妊娠期高血压疾病对儿童血压的影响

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中国校医 2025年第1期39卷 38-42,63页

作者：余明珠瞿平罗顺清钟海英安曦洲陈镜宇梁小华重庆医科大学附属儿童医院儿科研究所临床流行病与生物信息学室儿童发育疾病研究教育部重点实验室国家儿童健康与疾病临床医学研究中心儿童发育重大疾病国家国际科技合作基地儿科学重庆市重点实验室重庆400014

目的探究母亲妊娠期糖尿病(GDM)或妊娠期高血压疾病(HDP)对儿童血压水平及高血压患病率的影响。方法纳入2014年建立队列中的6~12岁儿童共9734名。根据其母亲孕期情况,采用倾向性评分方法(PSM),以母亲GDM/HDP为分组变量,儿童性别为匹配变... 详细信息

目的探究母亲妊娠期糖尿病(GDM)或妊娠期高血压疾病(HDP)对儿童血压水平及高血压患病率的影响。方法纳入2014年建立队列中的6~12岁儿童共9734名。根据其母亲孕期情况,采用倾向性评分方法(PSM),以母亲GDM/HDP为分组变量,儿童性别为匹配变量,按1∶5比例成功匹配182对(GDM/HDP组182例,对照组910例)。分析匹配后2组的基本信息、临床数据及生活方式等资料,探究母亲GDM/HDP对儿童血压的影响。结果与对照组相比,GDM/HDP组子代收缩压水平及高血压患病率升高(P均<0.05)。logistic回归分析显示母亲GDM/HDP是子代高血压的危险因素;广义线性模型结果显示GDM/HDP组子代的收缩压水平显著升高;分层分析显示这些结果在≤9岁的儿童群体中更加显著。结论母亲GDM/HDP是儿童远期收缩压水平升高及高血压患病风险增加的显著危险因素。

关键词：妊娠期糖尿病妊娠期高血压疾病子代血压儿童高血压

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Isomap在基因表达谱数据聚类分析中的应用

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清华大学学报（自然科学版） 2004年第9期44卷 1286-1289页

作者：袁远季星来孙之荣李衍达清华大学生物信息学教育部重点实验室

基因表达谱数据的聚类分析对于研究基因功能和基因调控机制有重要意义。基于非线性降维算法等容特征映射 ,提出了一种新的大规模基因表达谱数据聚类算法 ,该方法改进了样本向量之间的距离度量 ,用测地距离代替传统的欧式距离 ,有助于挖... 详细信息

基因表达谱数据的聚类分析对于研究基因功能和基因调控机制有重要意义。基于非线性降维算法等容特征映射 ,提出了一种新的大规模基因表达谱数据聚类算法 ,该方法改进了样本向量之间的距离度量 ,用测地距离代替传统的欧式距离 ,有助于挖掘高维数据内在的几何结构。将该算法应用于两个公开的基因表达数据集 ,并用一种新的评价方法Normalized Cut将聚类结果与其他聚类方法的结果进行了比较。结果表明 ,该文的聚类算法优于其他聚类算法 ,聚类结果具有明显的生物学意义。

关键词：基因表达谱等容特征映射 k均值算法聚类算法

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CRIP1生物学功能的定量蛋白质组学分析

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质谱学报 2017年第4期38卷 486-493页

作者：杨超霍祎邓海腾清华大学生命科学学院教育部生物信息学重点实验室北京100084

CRIP1(cysteine-rich intestinal protein 1)是含有双锌指结构域的蛋白,在很多肿瘤细胞中高表达,但其在肺癌细胞中的生理学功能尚不明确。本研究应用定量蛋白质组学探究CRIP1过表达对肺癌顺铂耐药细胞(A549/DDP)的影响及作用机制。运用... 详细信息

CRIP1(cysteine-rich intestinal protein 1)是含有双锌指结构域的蛋白,在很多肿瘤细胞中高表达,但其在肺癌细胞中的生理学功能尚不明确。本研究应用定量蛋白质组学探究CRIP1过表达对肺癌顺铂耐药细胞(A549/DDP)的影响及作用机制。运用慢病毒载体系统构建了CRIP1过表达的A549/DDP稳转细胞系,利用Western Blotting证实了单克隆细胞系中CRIP1的过表达。发现CRIP1过表达能够加快细胞增殖,增加细胞的耐药性。通过定量蛋白质组学分析,鉴定了CRIP1过表达引起的蛋白质组的变化,并且对上调和下调的蛋白进行聚类分析。结果表明,CRIP1过表达上调了烟酰胺磷酸核糖转移酶(NAMPT)和NAD依赖型氧化还原酶的表达,从而促进细胞的增殖,并且提高了细胞的耐药性。

关键词： CRIP1 过表达生长速率蛋白质组学烟酰胺磷酸核糖转移酶(NAMPT)

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蛋白质亚细胞定位的生物信息学研究

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生物化学与生物物理进展 2007年第6期34卷 573-579页

作者：张松黄波夏学峰孙之荣清华大学生物信息与系统生物学研究所教育部生物信息学重点实验室生物膜和膜生物技术国家重点实验室北京100084

细胞中蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,如果定位发生偏差,将会对细胞功能甚至生命产生重大影响.蛋白质的亚细胞定位是蛋白质功能研究的重要方面,也是生物信息学中的热点问题,数据... 详细信息

细胞中蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,如果定位发生偏差,将会对细胞功能甚至生命产生重大影响.蛋白质的亚细胞定位是蛋白质功能研究的重要方面,也是生物信息学中的热点问题,数据库的构建和亚细胞定位分析及预测加速了蛋白质结构和功能的研究.

关键词：亚细胞定位生物信息学数据库预测蛋白质

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新型长链非编码RNA(lncRNA)的生物信息学研究进展

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生物化学与生物物理进展 2013年第7期40卷 634-640页

作者：原佳沛张浩文鲁志生物信息学教育部重点实验室清华大学生命科学学院北京100084

非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不被翻译成蛋白质的一类RNA,近几年来关于它们的功能研究越来越引起人们的重视.现在已经发现了一些中小型ncRNA,比如microRNA、snoRNA、tRNA等,但是关于长ncRNA(lncRNA)的研究还不够完善.本篇综述回... 详细信息

非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不被翻译成蛋白质的一类RNA,近几年来关于它们的功能研究越来越引起人们的重视.现在已经发现了一些中小型ncRNA,比如microRNA、snoRNA、tRNA等,但是关于长ncRNA(lncRNA)的研究还不够完善.本篇综述回顾了ncRNA特别是lncRNA的生物信息学研究进展,包括它们的研究历程、基本特点、与疾病的关系,以及对已有的预测非编码RNA的计算机方法进行了分析和比较,并且介绍了利用机器学习模型整合新一代高通量测序数据的方法.

关键词：非编码RNA 长链非编码RNA 非编码RNA预测机器学习

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三维基因组数据分析方法进展

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生物化学与生物物理进展 2018年第11期45卷 1093-1105页

作者：张祥林方欢汪小我清华大学自动化系合成与系统生物学研究中心生物信息学教育部重点实验室北京信息科学与技术国家研究中心生物信息学研究部北京100084

对染色质三维结构的探究逐渐成为了解基因组功能与基因调控关系的必要手段.近年来,随着高通量染色体构象捕获(Hi-C)等技术的发展和高通量测序成本的降低,全基因组交互作用的数据量快速增长,交互作用图谱分辨率不断提高.这给三维基因组... 详细信息

对染色质三维结构的探究逐渐成为了解基因组功能与基因调控关系的必要手段.近年来,随着高通量染色体构象捕获(Hi-C)等技术的发展和高通量测序成本的降低,全基因组交互作用的数据量快速增长,交互作用图谱分辨率不断提高.这给三维基因组学发展带来机遇的同时,也给计算建模带来了挑战.当前,三维基因组数据的分析方法覆盖面广,包括了数据前期处理、标准化、可视化、特征提取、三维建模等环节,但是如何从中选择高效、准确的方法却成为制约研究者们开展研究的一项关键因素.本文根据这些方法的适用场景、原理及特点进行系统地归纳,并重点关注了针对新技术或新需求的分析方法,以期促进这一领域中信息学方法的应用和开发,助力三维基因组学的研究.

关键词： Hi-C 三维基因组学基因组结构生物信息学

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DNA甲基化的生物信息学研究进展

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生物化学与生物物理进展 2009年第2期36卷 143-150页

作者：凡时财张学工生物信息学教育部重点实验室清华信息国家实验室生物信息学研究部清华大学自动化系北京100084 电子科技大学自动化工程学院成都610054

作为重要的表观遗传学现象之一,DNA甲基化对基因的表达发挥重要的调控功能.随着高通量检测技术的不断发展,对DNA甲基化的生物信息学研究也成为DNA甲基化研究中的一个非常活跃的热点.对生物信息学在DNA甲基化状态的预测、CpG岛不易被甲... 详细信息

作为重要的表观遗传学现象之一,DNA甲基化对基因的表达发挥重要的调控功能.随着高通量检测技术的不断发展,对DNA甲基化的生物信息学研究也成为DNA甲基化研究中的一个非常活跃的热点.对生物信息学在DNA甲基化状态的预测、CpG岛不易被甲基化的机制研究、探索DNA甲基化同其他表观遗传学现象之间的关系以及DNA异常甲基化同癌症的发生和发展之间的关系等方面的研究进展进行综述.

关键词： DNA甲基化生物信息学研究 CpG岛预测机制表观遗传学

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