在微生态研究中,常见的研究方法主要包括一些传统的方法和新兴的分子生物学技术,它们各有各自的特点。传统方法主要是通过微生物的选择性培养,再进行鉴定和分类。培养技术只能定量检测可培养的细菌,不能鉴定未知的细菌,低估了正常菌群的数量和多样性,同时不能阐明微生物之间或与宿主、环境的相互关系。而且培养方法费时、费力,易受操作方法的影响。近年来大量的分子生物学技术应用于肠道微生态的研究,使我们对肠道微生物有了更完整的评价,对肠道中不能培养的细菌的研究在增加。其中,末端限制性片断长度多态性(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism.T-RFLP),又称16S rRNA 基因的末端限制性片段(Temainal Restriction Fragment TRF)分析技术,具有非常广阔的应用前景。该技术建立在 PCR 的基础之上,综合了 DNA 限制性酶切技术、荧光标记技术和 DNA 序列自动分析技术,是 RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism)技术的延展.它克服了传统微生物培养方法的限制、应用快速、灵敏度高且输出定量的数据结果。已被成功的应用到了菌种鉴定、微生物群落的对比分析、微生物群落多样性及结构特征等领域。
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