检索结果-内蒙古大学图书馆

中国比较医学杂志 2022年第12期32卷 57-65页

作者：吴玥魏强张连峰薛婧鲍琳琳刘江宁向志光孟爱民杨志伟高苒孔琪中国医学科学院医学实验动物研究所国家人类疾病动物模型资源库国家卫生健康委员会人类疾病比较医学重点实验室新发再发传染病动物模型研究北京市重点实验室北京市人类重大疾病实验动物模型工程技术研究中心北京100021

目的建立国内外首个比较医学大数据平台服务系统,为研究人员获得有效的实验动物和动物模型科学数据提供服务,为决策者提供数据支撑,解决研究中对于数据的获取及分析问题。方法制定元数据和数据采集相关表格,对实验动物相关数据、比较医... 详细信息

目的建立国内外首个比较医学大数据平台服务系统,为研究人员获得有效的实验动物和动物模型科学数据提供服务,为决策者提供数据支撑,解决研究中对于数据的获取及分析问题。方法制定元数据和数据采集相关表格,对实验动物相关数据、比较医学相关数据资源进行整合。集成大规模实验动物、动物模型、表型数据、动物实验数据,构建基于PHP(hypertext preprocessor)的比较医学大数据平台。结果比较医学大数据平台(https://***/)基于国内外比较医学相关研究成果,系统梳理了实验动物、动物模型和动物实验数据,形成多维度跨时空数据比较分析结果。以比较医学科学数据为主体内容,提供实验动物、人类疾病、比较医学、动物实验和相关产品数据。结论本文建立了比较医学大数据平台,实现了科学数据资源的统一保存及比较医学大数据的集成共享。

关键词：比较医学实验动物动物模型数据库

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冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库的建立

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中国实验动物学报 2022年第1期30卷 92-99页

作者：吴玥向志光高苒孔琪中国医学科学院医学实验动物研究所北京协和医学院比较医学中心国家卫生健康委员会人类疾病比较医学重点实验室新发再发传染病动物模型研究北京市重点实验室北京市人类重大疾病实验动物模型工程技术研究中心国家中医药管理局人类疾病动物模型三级实验室北京100021

目的构建冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库,从基因表达水平比较冠状病毒感染人和动物模型后的异同,为动物实验与临床研究提供数据支撑。方法从GEO、ArrayExpress等数据库中下载冠状病毒(以SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV为主)... 详细信息

目的构建冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库,从基因表达水平比较冠状病毒感染人和动物模型后的异同,为动物实验与临床研究提供数据支撑。方法从GEO、ArrayExpress等数据库中下载冠状病毒(以SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV为主)感染动物模型与人的转录组数据,对测序数据进行质控、标准化、去除批次效应,分析不同病毒株在感染不同物种、细胞或组织后所引起的基因表达变化,构建基于Django网络应用框架的数据库,建立检索界面,提供数据分析与可视化展示功能。结果本研究系统性整理了43套测序数据集,建立了冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库。数据库包含3种冠状病毒、4个物种、14种组织/细胞、2373个样本。数据库展示不同基因在不同物种、不同病毒株、不同感染时间、不同滴度、不同细胞或组织中的表达差异。同时嵌入生物信息学分析工具可挖掘基因表达差异,富集差异基因的分子功能、信号通路,并预测对细胞的潜在影响。结论本文建立了冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库。可为冠状病毒感染动物模型基因表达水平研究提供数据资源和分析工具。

关键词：冠状病毒数据库 SARS-CoV-2 动物模型基因表达比较分析

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心脏病动物模型比较转录组学数据库的构建

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中国比较医学杂志 2023年第3期33卷 75-81页

作者：吴玥王珏薛婧魏强杨志伟孔琪中国医学科学院医学实验动物研究所国家人类疾病动物模型资源库国家卫生健康委员会人类疾病比较医学重点实验室新发再发传染病动物模型研究北京市重点实验室北京市人类重大疾病实验动物模型工程技术研究中心北京100021

目的整合心脏病动物模型与心脏病患者基因表达谱,系统表征基因表达差异,筛选差异基因,分析基因表达异同,为动物实验与比较医学研究提供依据。方法从公共数据库下载心脏病动物模型与患者的基因芯片、转录组数据。按照物种、病种、病程等... 详细信息

目的整合心脏病动物模型与心脏病患者基因表达谱,系统表征基因表达差异,筛选差异基因,分析基因表达异同,为动物实验与比较医学研究提供依据。方法从公共数据库下载心脏病动物模型与患者的基因芯片、转录组数据。按照物种、病种、病程等对数据进行整理、标准化处理、批次校正,转换为数据库可用格式,搭建在线数据库。结果心脏病动物模型比较转录组学数据库实现基因、功能通路全局检索查询,分析基因在不同物种(人与小鼠)、不同病种、不同组织、不同病程的表达。交互式展示样品表达谱,可视化基因表达量,进行比较分析。在线差异基因挖掘,功能通路富集鉴定,探索差异、易感基因参与调控的生物过程,解释易感机制,提供在线数据分析。结论本文建立了心脏病动物模型比较转录组学数据库,为心脏病基因水平研究提供数据资源与在线分析工具。

关键词：心脏病数据库动物模型基因表达比较分析

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冠状病毒感染动物模型组学数据集成分析

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实验动物与比较医学 2024年第4期44卷 357-373页

作者：吴玥李璐张阳王珏冯婷婷李依桐王凯孔琪中国医学科学院医学实验动物研究所国家人类疾病动物模型资源库国家动物模型技术创新中心国家卫生健康委员会比较医学重点实验室新发再发传染病动物模型研究北京市重点实验室北京市人类重大疾病实验动物模型工程技术研究中心北京100021 上海宇道生物技术有限公司上海201210

目的分析各个公共数据库中可感染人的冠状病毒感染动物模型的组学数据资源情况,包括数据分布、数据集数量、数据类型、物种、品系、研究内容等,从而深入理解冠状病毒的生物学特征和致病机制,为研究有效的治疗方案和预防措施奠定基础。... 详细信息

目的分析各个公共数据库中可感染人的冠状病毒感染动物模型的组学数据资源情况,包括数据分布、数据集数量、数据类型、物种、品系、研究内容等,从而深入理解冠状病毒的生物学特征和致病机制,为研究有效的治疗方案和预防措施奠定基础。方法定义特定病毒名称、时间范围和物种等检索策略与纳入排除标准,检索GEO、ArrayExpress等大型公共组学数据库。根据不同字段类型进行二次过滤,获取更精确的数据列表。建立组学数据文本库,进行文献计量学分析,构建共现网络图,分析不同研究主题、技术方法和涉及物种之间的关联强度。同时,分析研究涉及的细胞类型、器官和参与的生物途径,以进一步阐明病原体与宿主之间的致病相互作用。结果含有冠状病毒组学数据的公共数据库有20余个,以新型冠状病毒感染组学数据为主。常用物种为人、小鼠、仓鼠和猴,常用病毒株为Wuhan-Hu-1和USA-WA1/2020。此外,人类相关研究主要集中于气道上皮细胞和Calu-3细胞,动物模型(如小鼠、猕猴与雪貂)则多采用肺组织。表达谱数据显示感染后参与炎症、细胞因子反应、补体途径、细胞损伤、增殖和分化等通路基因显著上调。蛋白组学研究揭示,在不同感染阶段的患者样本中磷酸化蛋白质组、泛素组和全蛋白质组具有显著变化。特定蛋白质类别,包括病毒受体和蛋白酶、转录因子、细胞因子、凝血系统相关蛋白、血管生成相关蛋白及纤维化标志物等六类蛋白均在冠状病毒感染后发生改变。此外,代谢组数据提示磷酸胆碱、磷酸乙醇胺、花生四烯酸和油酸可作为潜在的代谢标志物。表观组学研究结果显示,m6A甲基化在新冠病毒复制、感染和传播过程中发挥作用,并且对宿主细胞-病毒互作产生影响。N、S、非结构蛋白2和3泛素化最为显著。微生物组学研究趋势表明,肠道和废水中的微生物群落正在成为新的研究重点。结论冠状病毒组学数据类型丰富,模型与细胞类型多样。根据不同病毒的特征,造模物种和技术方法的选择具有差异性。研究冠状病毒感染动物模型的多组学数据可以揭示宿主-病原体之间的关键相互作用,发现生物标志物和潜在的治疗靶点,为深入理解冠状病毒的生物学特性和感染机制提供丰富信息。

关键词：冠状病毒感染动物模型组学数据 SARS-CoV-2 SARS-CoV MERS-CoV 集成分析

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骨髓间充质干细胞移植对急性肝衰竭大鼠Caspase1和IL-18表达的影响

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世界华人消化杂志 2014年第6期22卷 759-765页

作者：袁淑芳姜涛胡兰英孙丽华郑嵘炅张跃新新疆医科大学第一附属医院感染病中心新疆医科大学医学动物模型研究重点实验室新疆医科大学第五附属医院

目的:探讨骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem cells,BMSCs)移植治疗急性肝衰竭(acute liver failure,ALF)大鼠的疗效、移植途径.方法:用D-氨基半乳糖(D-galactosamine,D-GalN)/脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导大鼠ALF模型.72只大鼠随机分为ALF对照组、尾静脉移植组、门静脉移植组.于BMSCs移植后24、72、120、168 h取血清和肝组织,分别检测血清丙氨酸氨基转移酶(alanine aminotransferase,ALT)、谷草转氨酶(aspartate aminotransferase,AST);采用TUNEL法检测肝细胞凋亡;采用免疫组织化学、Western blot方法检测肝组织中半胱氨酸蛋白酶1(cysteinecontaining aspartate-specific proteases 1,Caspase1)和白介素18(interleukin-18,IL-18)蛋白的表达情况.结果:ALF对照组大鼠血清ALT、AST水平随病程逐渐升高.在移植后120、168 h,BMSCs移植组的血清ALT、AST与对照组相比差别有统计学意义(P<0.05);尾静脉、门静脉移植组细胞凋亡指数分别为28.17%±17.08%、20.67%±12.68%、19.67%±11.82%、13.00%±6.84%,与对照组相比差异有统计学意义(P<0.01).BMSCs移植组Caspase1、IL-18蛋白表达水平逐渐降低,在移植后120、168 h与对照组相比差异有统计学意义(P<0.05);且二者的表达有明显的相关性(P<0.01).尾静脉、门静脉移植途径对ALF大鼠均有治疗作用,但二种途径相比差异无统计学意义(P>0.05).结论:BMSCs能够改善ALF肝衰竭大鼠的肝功能,抑制肝细胞凋亡、降低Caspase1、IL-18蛋白水平.Caspase1和IL-18在肝衰竭的发病过程中起重要作用;Caspase1和IL-18可望成为急性肝衰竭的预测因子和未来的治疗靶点.

关键词：骨髓间充质干细胞急性肝衰竭细胞移植半胱氨酸蛋白酶1 白介素-18 大鼠模型

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遗传多样性高血压小鼠模型的建立与基因转录调控分析

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中国实验动物学报 2024年第5期32卷 576-584页

作者：黄智滨潘吉荣张伶燕赵大路王谦魏承志马旭白琳秦川中国医学科学院北京协和医学院医学实验动物研究所北京100021 国家人类疾病动物模型资源库国家卫生健康委员会人类疾病比较医学重点实验室新发与再发传染病动物模型研究北京市重点实验室北京市人类重大疾病动物模型工程技术研究中心国家动物模型技术创新中心北京100021 昌平实验室(CPNL) 北京102206 呼吸健康与共病国家重点实验室北京100005

目的探讨13个品系的遗传多样性高血压小鼠的血压表型差异、肾病理变化以及相关致病通路。方法将13个品系的遗传多样性小鼠分别与Cckbr-/-小鼠进行杂交,得到不同遗传背景的Cckbr+/+、Cckbr+/-、Cckbr-/-3种基因型的小鼠。利用BP-2000无... 详细信息

目的探讨13个品系的遗传多样性高血压小鼠的血压表型差异、肾病理变化以及相关致病通路。方法将13个品系的遗传多样性小鼠分别与Cckbr-/-小鼠进行杂交,得到不同遗传背景的Cckbr+/+、Cckbr+/-、Cckbr-/-3种基因型的小鼠。利用BP-2000无创血压分析系统测量小鼠血压,利用Western Blot检测小鼠肾CCKBR蛋白表达变化,利用苏木素-伊红(HE)染色、免疫组化(IHC)检测小鼠肾组织病理学变化,利用转录组测序(RNA-Seq)分析筛选原发性高血压致病相关通路。结果3个特定小鼠品系(A/J、LOT、FIM)中,收缩压(systolic blood pressure,SBP)Cckbr-/-组较Cckbr+/+组具有显著性差异(P<0.05)。HE染色及IHC发现高血压对小鼠造成了一定程度的肾损伤。通过GO与Pathway富集分析,发现差异表达基因富集在新陈代谢与昼夜节律调节等方面。结论遗传多样性高血压小鼠在血压表型、病理特征及基因表达等方面呈现显著性差异,有效模拟了人群的遗传异质性对疾病表型的影响。

关键词：遗传多样性小鼠 Cckbr 原发性高血压动物模型

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白细胞介素-37在流感病毒感染导致的重症肺炎中作用的研究进展

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中国实验动物学报 2021年第1期29卷 99-103页

作者：刘明娅戚菲菲鲍琳琳中国医学科学院医学实验动物研究所北京协和医学院比较医学中心国家卫生健康委员会人类疾病比较医学重点实验室新发再发传染病动物模型研究北京市重点实验室北京市人类重大疾病实验动物模型工程技术研究中心国家中医药管理局人类疾病动物模型三级实验室北京100021

流感是由流感病毒引起的急性呼吸道传染病,流感病毒感染机体过程中,常因免疫反应过度促使细胞因子大量分泌,形成细胞因子风暴,导致肺损伤、肺衰竭甚至死亡。流感病毒感染导致的重症肺炎是流感患者死亡的重要原因之一,目前临床上用于流... 详细信息

流感是由流感病毒引起的急性呼吸道传染病,流感病毒感染机体过程中,常因免疫反应过度促使细胞因子大量分泌,形成细胞因子风暴,导致肺损伤、肺衰竭甚至死亡。流感病毒感染导致的重症肺炎是流感患者死亡的重要原因之一,目前临床上用于流感治疗的药物主要是抗病毒药物,通常不能调控机体的过度免疫反应,也不能减轻肺部的炎症损伤。白细胞介素-37(interleukin-37,IL-37)是新发现的白细胞介素-1(interleukin-1,IL-1)家族的成员,具有强大的抑炎功能,通过抑制多种炎症因子的分泌阻止细胞因子风暴的发生,在感染性疾病、自身免疫病及肿瘤等疾病中发挥重要的作用。因此,若能将IL-37的抗炎作用运用到H1N1流感病毒感染导致的重症肺炎治疗中,无疑给重症肺炎的治疗提供新的思路。

关键词：流感病毒重症肺炎细胞因子风暴 IL-37

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新冠病毒感染转录组学数据及比较医学分析

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实验动物与比较医学 2024年第1期44卷 62-73页

作者：冯婷婷李依桐吴玥王珏孔琪中国医学科学院医学实验动物研究所北京协和医学院比较医学中心国家人类疾病动物模型资源库国家卫生健康委员会人类疾病比较医学重点实验室新发再发传染病动物模型研究北京市重点实验室北京市人类重大疾病实验动物模型工程技术研究中心北京100021

目的通过系统梳理与分析新冠病毒感染相关的转录组数据,为研究新冠病毒感染过程中的生物学变化和致病机制提供更多的比较医学基础信息。方法按照检索策略,以COVID-19和SARS-CoV-2为检索词,从GEO、ArrayExpress、GEN三大转录组数据库收... 详细信息

目的通过系统梳理与分析新冠病毒感染相关的转录组数据,为研究新冠病毒感染过程中的生物学变化和致病机制提供更多的比较医学基础信息。方法按照检索策略,以COVID-19和SARS-CoV-2为检索词,从GEO、ArrayExpress、GEN三大转录组数据库收集获得2020年1月—2023年5月的新冠病毒感染转录组数据集,分析得到新冠病毒感染转录组的数据资源组成、分布和研究应用情况,并对数据分布进行可视化展示及关联分析。从临床医学和比较医学两个方面,围绕临床相关分子机制、生物标志物及相关免疫反应、治疗干预策略等方面,分析现有新冠病毒感染转录组数据的研究应用和局限性,阐述其研究价值和应用前景。结果共纳入新冠病毒感染转录组数据975组,在3个数据库中样本来源于人的数据集最多,分别占71.9%、77.9%和90.0%。除人以外,小鼠等是数据主要来源物种,呼吸系统和神经系统是数据分布排名在前的两个系统。在临床意义方面关联27个数据集。分析显示,基于转录组数据挖掘得到呼吸道损伤等相关分子机制,cfDNA等生物标志物可作为治疗靶点,以M1型巨噬细胞为代表的细胞变化和失调与新冠病毒感染严重程度相关。比较医学分析表明小鼠、仓鼠等均为新冠病毒易感动物,其中恒河猴和食蟹猴与人类的感染特征高度相似,仓鼠除了呼吸道症状还存在消化系统症状。新冠病毒能在各种易感动物呼吸系统器官、雪貂的肠道及水貂的耳部进行复制,产生肺炎、弥漫性肺损伤等不同程度的病理变化,基于免疫应答差异,可使用仓鼠进行中和抗体反应研究。结论目前新冠病毒感染转录组数据较多,但缺少比较转录组研究,可将转录组学与比较医学进一步结合,从而对新冠病毒感染的比较医学差异进行更深入的挖掘。

关键词：新冠病毒转录组大数据分子机制数据分析

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病毒性皮肤疣小鼠模型的建立

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中国实验动物学报 2021年第2期29卷 204-209页

作者：李丹蔡方舟李哲王卫北京协和医学院比较医学中心中国医学科学院医学实验动物研究所新发再发传染病动物模型研究北京市重点实验室国家卫生健康委员会人类疾病比较医学重点实验室北京100021

目的疣是因人乳头瘤病毒(HPV)感染导致的皮肤科疾病之一,常表现为寻常疣、尖锐湿疣等症状,治疗后易复发,目前尚无有效的小鼠模型。为研究皮肤疣的防治策略及产品,本研究拟建立病毒性皮肤疣小鼠模型。方法免疫缺陷小鼠麻醉后,利用刀片轻... 详细信息

目的疣是因人乳头瘤病毒(HPV)感染导致的皮肤科疾病之一,常表现为寻常疣、尖锐湿疣等症状,治疗后易复发,目前尚无有效的小鼠模型。为研究皮肤疣的防治策略及产品,本研究拟建立病毒性皮肤疣小鼠模型。方法免疫缺陷小鼠麻醉后,利用刀片轻轻刮擦小鼠尾部皮肤制造轻微创口,接种1.5×10^(8) copies小鼠乳头瘤病毒,定期观察尾部皮肤变化,使用不同方法检测病毒DNA、病毒载量及病理分析。结果MmuPV1感染小鼠尾部皮肤16周后,肉眼可见乳头瘤状增生,伴有过度角化以及表面粗糙;HE染色分析为皮肤表面鳞状上皮增生,棘层和颗粒层有空泡变性,可原位检测MmuPV1 E4 RNA转录本。增生部位也可检测到MmuPV1 DNA以及病毒载量。结论本研究利用小鼠乳头瘤病毒MmuPV1感染免疫缺陷小鼠尾部皮肤,成功建立病毒性皮肤疣小鼠模型,支撑皮肤型HPV感染、致病机制等研究。

关键词：皮肤疣人乳头瘤病毒(HPV) 小鼠动物模型小鼠乳头瘤病毒

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脊髓灰质炎疫苗脑内法猴体神经毒力试验病理学评价方法的探讨

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中国比较医学杂志 2016年第10期26卷 1-4页

作者：徐艳峰邓巍于品朱华黄澜徐玉环韩云林乔红伟秦川中国医学科学院医学实验动物研究所卫生部人类疾病比较医学重点实验室国家中医药管理局人类疾病动物模型三级实验室新发再发传染病动物模型研究北京市重点实验室北京100021

目的探讨脊髓灰质炎疫苗脑内法猴体神经毒力试验病理评价方法。方法采用恒河猴双侧丘脑内注射给药,观察21 d后进行解剖,完整取出脑和脊髓,经修切后脱水包埋,切片经HE染色和没食子蓝染色后在光镜下观察,对神经组织病变进行评分,根据分值... 详细信息

目的探讨脊髓灰质炎疫苗脑内法猴体神经毒力试验病理评价方法。方法采用恒河猴双侧丘脑内注射给药,观察21 d后进行解剖,完整取出脑和脊髓,经修切后脱水包埋,切片经HE染色和没食子蓝染色后在光镜下观察,对神经组织病变进行评分,根据分值对病变严重程度进行判定。本研究涉及12批实验中的240动物。结果本方法对左右大脑包括针迹在内的不同部位、中脑、小脑、脑桥、延髓、颈膨大、腰膨大进行取材,参照脊髓法神经毒力试验病理学评价的半切面评分方法,对双侧脑干、颈髓和腰髓的病变进行评价并计分,根据平均分值并结合具体病变情况分别判定此3个部位的病变程度。本研究中特异性的神经系统病变的发生率15%。各型疫苗病变发生率相似,轻微病变出现的比例最高。较严重的病变主要见于Ⅲ型疫苗。结论在脑内法神经毒力试验中,用半切面评分方法对病变进行评分,较客观地反映了神经系统病变的情况,方法简便易行,实用性较强,利于判断标准的统一,可作为脊髓灰质炎疫苗脑内法神经毒力试验病理学评价方法的参考。

关键词：脑内法神经毒力试验脊髓灰质炎疫苗病理学评价

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