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基于Illumina MiSeq测序技术的塔克拉玛干沙漠东缘细菌多样性分析

微生物学通报 2021年第9期48卷 2941-2955页

作者：张哲瑄夏占峰张利莉塔里木大学生命科学学院新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室新疆阿拉尔843300

【背景】塔克拉玛干沙漠凭借其独特的地理位置、恶劣的生存环境以及较少的人为干扰,造就了其独特的微生物资源。【目的】探究塔克拉玛干沙漠东缘沙土细菌群落结构多样性及其影响因素。【方法】采集塔克拉玛干沙漠东缘沙土样品并测定其... 详细信息

【背景】塔克拉玛干沙漠凭借其独特的地理位置、恶劣的生存环境以及较少的人为干扰,造就了其独特的微生物资源。【目的】探究塔克拉玛干沙漠东缘沙土细菌群落结构多样性及其影响因素。【方法】采集塔克拉玛干沙漠东缘沙土样品并测定其理化性质,使用基于原核微生物16S rRNA基因的Illumina MiSeq测序技术,对塔克拉玛干沙漠东缘沙土进行细菌群落结构多样性及其影响因素的分析。【结果】从塔克拉玛干沙漠东缘沙土中获得明确分类地位的细菌种类为21门42纲304属,其中优势菌门为拟杆菌门(Bacteroidetes,31.26%)、变形菌门(Proteobacteria,29.47%)、放线菌门(Actinobacteria,15.71%)和厚壁菌门(Firmicutes,15.69%);在属水平上相对丰度最高的菌属为Salinimicrobium(10.06%),其次为盐单胞菌属(Halomonas,7.39%)、芽胞杆菌属(Bacillus,3.25%)、蓬托斯菌属(Pontibacter,3.14%)、Aliifodinibius(2.76%)和考克氏菌属(Kocuria,1.76%)。全磷(Total Phosphorus,TP)、SO_(4)^(2−)和HCO_(3)^(−)含量对塔克拉玛干沙漠东缘微生物群落结构影响显著。【结论】揭示了塔克拉玛干沙漠东缘微生物群落结构及物种多样性,为后续塔克拉玛干沙漠微生物资源的研究提供理论依据。

关键词：塔克拉玛干沙漠 Illumina MiSeq 细菌多样性

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新疆东帕米尔高原慕士塔格峰洋布拉克冰川雪冰及融水中可培养细菌多样性分析

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冰川冻土 2015年第6期37卷 1634-1641页

作者：李明源王继莲古丽巴哈尔.萨吾提新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室新疆阿拉尔843300 喀什大学叶尔羌绿洲生态与生物资源研究重点实验室新疆喀什844006

采用LB和PYGV两种培养基分离培养慕士塔格峰洋布拉克冰川雪冰及融水中可培养细菌,通过分离菌株16S r DNA的PCR-RFLP图谱和基于基因序列相似性的系统发育分析揭示细菌多样性.结果从样品中共分离到178株菌,分属于变形菌门(Proteobacteria... 详细信息

采用LB和PYGV两种培养基分离培养慕士塔格峰洋布拉克冰川雪冰及融水中可培养细菌,通过分离菌株16S r DNA的PCR-RFLP图谱和基于基因序列相似性的系统发育分析揭示细菌多样性.结果从样品中共分离到178株菌,分属于变形菌门(Proteobacteria)中的α-Proteobacteria、β-Proteobacteria、γ-Proteobacteria纲,厚壁菌门(Firmicutes),放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)6个类群,以假单胞菌Pseudomonas、黄杆菌Flavobacterium、紫色杆菌Janthinobacterium为优势菌群.LB和PYGV两种培养基在分离的细菌数量及种群多样性、优势菌属、特有菌属方面呈现一定差异.结果表明,慕士塔格峰洋布拉克冰川地区可培养细菌多样性丰富,且存在一定的地方特异性菌属,寡营养培养基更利于极端微生物的恢复生长.

关键词：洋布拉克冰川 PCR-RFLP 系统发育

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添加抗生素对新疆特殊生境微生物分离培养的影响

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微生物学通报 2023年第8期50卷 3314-3329页

作者：文凤宋迎张珍李丽霞罗晓霞万传星夏占峰塔里木大学生命科学与技术学院新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室新疆阿拉尔843300

【背景】新疆特殊生境罗布泊及温宿峡谷凭借其特殊的地理位置、极端的周边自然生态环境及较少的人为活动影响,促成了其独特的微生物优质资源。【目的】为探索添加抗生素对微生物选择性分离培养的作用,优化改良新疆特殊生境微生物选择性... 详细信息

【背景】新疆特殊生境罗布泊及温宿峡谷凭借其特殊的地理位置、极端的周边自然生态环境及较少的人为活动影响,促成了其独特的微生物优质资源。【目的】为探索添加抗生素对微生物选择性分离培养的作用,优化改良新疆特殊生境微生物选择性分离培养,以减少对菌株的重复分离,还可以选择性培养更多耐受此类抗生素的微生物,发现更多生物活性产物。【方法】以高氏一号培养基为基础,添加不同浓度的β-内酰胺类抗生素阿莫西林(amoxicillin)、氨基糖苷类抗生素卡那霉素(kanamycin)、安莎大环内酯类抗生素利福平(rifampicin)、喹诺酮类抗生素诺氟沙星(norfloxacin)、酰胺醇类抗生素氯霉素(chloramphenicol)、氨基糖苷类抗生素链霉素(streptomycin),分离新疆特殊生境罗布泊及温宿峡谷土壤样品中的微生物。【结果】添加诺氟沙星分离获得的微生物种类和数量最多,其次是卡那霉素和阿莫西林,再次是利福平和氯霉素。所选用的大多抗生素在1/10 MIC和1/15 MIC浓度时分离效果最好。罗布泊土样共分离到19株菌,分布在8个属。其中芽孢杆菌属6株、链霉菌属5株、类芽孢杆菌属3株、根瘤菌属1株、副芽孢杆菌属1株、原小单孢菌属1株、海洋杆菌属1株、野野村氏菌属1株,分离获得了5株新物种。温宿峡谷土样共分离获得73个菌株,分布在27个属。其中链霉菌属33株、鞘氨醇单胞菌属1株、假黄单胞菌属2株、假诺卡氏菌5株、假节杆菌1株、原小单孢菌2株、普里斯特氏菌属1株、植物放线孢菌1株、副球菌属1株、类芽孢杆菌属2株、类节杆菌属2株、诺卡氏菌属1株、小单胞菌属1株、红色甲基杆菌属1株、甲基杆菌属1株、副芽孢杆菌属5株、伦茨氏菌属1株、克里布所菌属2株、耐盐白蚁菌属1株、剑菌属1株、博斯氏菌属1株、节杆菌属1株、壤霉菌属2株、土壤球菌属1株、放线动孢菌属1株、异壁放线菌属1株、芽孢杆菌属1株,分离获得了14株新物种。【结论】添加诺氟沙星和卡那霉素有利于微生物的选择性分离培养,有利于发掘新菌种,本研究的开展为选择性分离培养特殊环境中的稀有微生物提供了指导。

关键词：抗生素特殊生境选择性分离

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河岸带生态学研究进展与展望

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生态环境学报 2013年第5期22卷 879-886页

作者：韩路王海珍于军塔里木大学植物科学学院新疆阿拉尔843300 新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室新疆阿拉尔843300

河岸带是河流—陆地生态系统之间进行物质、能量、信息交换的重要生态过渡区,具有独特的生态系统结构和服务功能,近年来成为国内外生态学和环境科学的研究热点之一。在阐述河岸带结构与功能基础上,分析了河岸带的影响因素与其退化机制,... 详细信息

河岸带是河流—陆地生态系统之间进行物质、能量、信息交换的重要生态过渡区,具有独特的生态系统结构和服务功能,近年来成为国内外生态学和环境科学的研究热点之一。在阐述河岸带结构与功能基础上,分析了河岸带的影响因素与其退化机制,退化河岸带的生态恢复理论、基本原则、生态重建技术和发展方向。认为影响河岸带结构与功能的主要因素可归纳为水文与地貌过程、植被与人为干扰4个方面;识别影响河岸带生态系统的生物和物理作用过程及其退化成因是关键,指出了生态恢复应遵循的原则与宜采用的生态重建技术。在此基础上,提出河岸带生态恢复应在景观或流域尺度上借助"3S"技术和多学科协作从微观、中观和宏观不同层次开展研究,甄别生态退化的主导因素,采用植被重建与水文调控技术尽可能恢复与重建原有自然景观。从系统生态学与景观生态学的角度,提出河岸带生态学未来研究方向。建议今后应加强对河岸带生态系统结构、生态过程与功能及生态重建技术的研究成果进行系统整合,建立能够预测河岸带结构与功能动态的数量模型和评价体系,为实现河岸带重建与高效管理提供科学指导。

关键词：河岸带生态过渡区结构与功能干扰生态恢复与重建

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不同方法提取黑果枸杞多糖的研究

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食品工业科技 2007年第3期28卷 145-146页

作者：白红进汪河滨褚志强王奇新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护与利用重点实验室塔里木大学植物科技学院新疆阿拉尔843300

目的比较不同提取方法对黑果枸杞多糖的提取效果。方法采用常规水浴法、超声法、微波法、超声-微波协同萃取法提取多糖,用蒽酮-硫酸比色法测定其含量。结果四种方法提取的黑果枸杞多糖含量分别为:9.64%、5.70%、7.35%、10.89%。提取效果... 详细信息

目的比较不同提取方法对黑果枸杞多糖的提取效果。方法采用常规水浴法、超声法、微波法、超声-微波协同萃取法提取多糖,用蒽酮-硫酸比色法测定其含量。结果四种方法提取的黑果枸杞多糖含量分别为:9.64%、5.70%、7.35%、10.89%。提取效果为:超声-微波协同萃取法>常规水浴提取法>微波提取法>超声波提取法。结论采用超声-微波协同萃取法提取黑果枸杞多糖效果好。

关键词：黑果枸杞多糖超声提取微波提取超声-微渡协同萃取

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帕米尔高原可培养需氧冷适应细菌及古菌多样性

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微生物学报 2022年第7期62卷 2568-2581页

作者：卜旭莹任敏万传星张利莉塔里木大学生命科学与技术学院新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室——省部共建国家重点实验室培育基地新疆阿拉尔843300

【目的】帕米尔高原是贫营养、高辐射、干燥的冷环境,可能蕴藏丰富的冷适应微生物资源。本研究基于分离培养技术,探究帕米尔高原不同海拔梯度及不同培养条件下的冷适应微生物多样性。【方法】针对采集自帕米尔高原1000-2000m、2000-3000... 详细信息

【目的】帕米尔高原是贫营养、高辐射、干燥的冷环境,可能蕴藏丰富的冷适应微生物资源。本研究基于分离培养技术,探究帕米尔高原不同海拔梯度及不同培养条件下的冷适应微生物多样性。【方法】针对采集自帕米尔高原1000-2000m、2000-3000m、3000-4000m和4000-5000 m四个海拔梯度的土壤样品,选用TSA和R2A两种培养基于4℃进行冷适应细菌的分离培养,NOM和F6两种培养基于4℃和15℃进行冷适应古菌的分离培养。根据16S rRNA基因序列同源性对分离菌株进行鉴定,分析不同海拔梯度和不同培养条件的物种多样性及之间的差异性。【结果】本研究从帕米尔高原共分离得到419株需氧原核微生物,16S rRNA基因测序鉴定结果表明,分离菌株隶属于2个域、5个门、8个纲、18个目、28个科、49个属及118个种,为115种冷适应细菌及3种古菌。冷适应细菌中,γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)为第一优势纲,放线菌纲(Actinobacteria)中物种多样性最为丰富。高海拔地区的冷适应细菌物种多样性存在差异,海拔1000-4000 m的优势菌群均为γ-变形菌纲,而4000-5000 m高海拔地区放线菌纲占比最高。古菌域微生物隶属于钠线菌属(Natrinema)和盐陆生菌属(Haloterrigena),且仅在1000–2000 m低海拔地区,培养温度为15℃时分离得到。4种培养基分离菌株中,γ-变形菌纲在TSA和R2A培养基分离的冷适应细菌中占优越地位,而NOM和F6培养基仅分离得到盐杆菌纲(Halobacteria)的古菌。此外,本研究获得23株潜在新物种,隶属于放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和广古菌门(Euryarchaeota)5个门。【结论】本研究从帕米尔高原分离获得了大量冷适应细菌以及古菌资源,揭示了帕米尔高原不同海拔的冷适应细菌及古菌分布多样性,以及不同培养条件下的分离效果,为冷适应细菌及古菌资源的开发与利用及其生态学功能研究提供了菌株材料和科学理论支持。

关键词：帕米尔高原需氧冷适应细菌古菌多样性

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锦鸡儿属两种植物种子萌发生理研究

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西北植物学报 2011年第12期31卷 2509-2515页

作者：周正立王琳于军陈加利塔里木大学植物科学学院新疆阿拉尔843300 新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室新疆阿拉尔843300

对不同种源柠条锦鸡儿、小叶锦鸡儿种子在培养过程中可溶性蛋白质、可溶性糖含量变化及其吸水特性进行分析,以探讨不同种源种子的萌发生理。结果表明:(1)随种子培养时间的延长,各种源柠条锦鸡儿、小叶锦鸡儿种子中可溶性蛋白质、可溶性... 详细信息

对不同种源柠条锦鸡儿、小叶锦鸡儿种子在培养过程中可溶性蛋白质、可溶性糖含量变化及其吸水特性进行分析,以探讨不同种源种子的萌发生理。结果表明:(1)随种子培养时间的延长,各种源柠条锦鸡儿、小叶锦鸡儿种子中可溶性蛋白质、可溶性糖含量呈总体降低趋势,并且0～24h是种子中可溶性蛋白质、可溶性糖含量降解转化速率较快的时期。(2)各种源柠条锦鸡儿、小叶锦鸡儿种子的相对吸水量随时间变化表现不一,并且柠条锦鸡儿、小叶锦鸡儿的吸水增量有两个明显峰值,第一个峰值均出现在24h,第二个峰值分别出现在96h和120h。(3)各种源柠条锦鸡儿、小叶锦鸡儿的种子活力大小表现为N-5>X-1>X-2>N-4>N-1>N-2>N-3。

关键词：可溶性蛋白质可溶性糖吸水特性柠条锦鸡儿小叶锦鸡儿

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^(15)N同位素稀释法测定燕麦根际固氮菌固氮量的研究

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核农学报 2007年第4期21卷 417-420页

作者：席琳乔张德罡姚拓新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室甘肃农业大学草业学院甘肃兰州730070

用15N同位素稀释法对接种到燕麦上的不同固氮菌的固氮能力进行了测定,结果表明:固氮菌处理的地上植株15N原子百分超为1.0871%～1.3791%,其中Pseudomonas spN4最低(1.0871%);植株地下部分为1.0921%～1.2751%,Pseudomonas spN4也是最低(1.... 详细信息

用15N同位素稀释法对接种到燕麦上的不同固氮菌的固氮能力进行了测定,结果表明:固氮菌处理的地上植株15N原子百分超为1.0871%～1.3791%,其中Pseudomonas spN4最低(1.0871%);植株地下部分为1.0921%～1.2751%,Pseudomonas spN4也是最低(1.0921%)。Pseudomonas spN4、***6和Zoogloea spW6固氮能力较好。植株全氮含量增加2.08%～39.58%,***6处理的全氮含量最高(39.58%)。接种固氮菌能够提高燕麦的全氮含量、固氮百分率和固氮量。

关键词：燕麦固氮菌固氮量 ^15N同位素稀释

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不同温度下灰胡杨叶片气孔导度对光强响应的模型分析

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生态环境学报 2015年第5期24卷 741-748页

作者：王海珍韩路徐雅丽牛建龙塔里木大学植物科学学院新疆阿拉尔843300 新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室新疆阿拉尔843300

气孔通过调节植物体水分散失和CO2吸收在植物适应环境变化中发挥重要作用,而气孔导度模型是评价植物叶片气孔调节的重要工具。利用LI-6400光合仪测定了灰胡杨(Populus prunisoa Schrenk)在不同温度下的气孔导度响应曲线,采用几种常用的... 详细信息

气孔通过调节植物体水分散失和CO2吸收在植物适应环境变化中发挥重要作用,而气孔导度模型是评价植物叶片气孔调节的重要工具。利用LI-6400光合仪测定了灰胡杨(Populus prunisoa Schrenk)在不同温度下的气孔导度响应曲线,采用几种常用的气孔导度模型对灰胡杨气孔导度进行拟合和比较,并将气孔导度模型与光响应修正模型进行耦合(耦合模型)分析了灰胡杨气孔导度的光响应特征。结果表明:灰胡杨净光合速率随气孔导度的增大而升高,但当气孔导度增大到0.397mol·m-2·s-1以上,光合速率逐渐下降。Ball-Berry模型(BB)决定系数最大(0.937)、根均方差最小(0.013 7),较Leuning修正模型(BBL)、气孔导度机理模型(BBY)和Jarvis模型(JA)能更好地描述灰胡杨气孔导度与光合速率之间的关系及拟合气孔导度对光合有效辐射的响应曲线;直角双曲线修正模型与非直角双曲线模型均能较好地描述灰胡杨光合速率与光合有效辐射之间的关系,但直角双曲线修正模型拟合的光饱和点、最大光合速率、光补偿点和暗呼吸速率与实测值更吻合,拟合效果更好。构建BB模型+直角双曲线修正模型(BBP耦合模型)拟合气孔导度的光响应曲线,并与气孔导度机理模型+直角双曲线修正模型(BBYP耦合模型)进行比较与验证,BBP耦合模型的模拟值与观测值更接近且根均方差最小(0.009 9),其拟合效果优于BBYP耦合模型。此外,不同温度下灰胡杨最大气孔导度与最大净光合速率并不同步,最大净光合速率早于最大气孔导度。构建的BBP耦合模型较为合理,可为定量探讨荒漠植物叶片气孔调节行为,进一步估算叶片光合作用和构建适合极端干旱区的水-碳耦合循环机理模型奠定基础。

关键词：灰胡杨气孔导度光响应数值模拟耦合模型

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黑果枸杞叶片甲醇提取物清除自由基活性的研究

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时珍国医国药 2008年第2期19卷 326-327页

作者：白红进周忠波杜红梅徐卿棚塔里木大学.新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护与利用重点实验室新疆阿拉尔843300

目的测定黑果枸杞叶片甲醇提取物对DPPH自由基、羟自由基(.OH)和超氧阴离子自由基(O.-2)的清除能力。方法采用DPPH法、水杨酸法、邻苯三酚自氧化法分别测定黑果枸杞叶片甲醇提取物清除DPPH自由基、羟自由基和超氧自由基的能力。结果在... 详细信息

目的测定黑果枸杞叶片甲醇提取物对DPPH自由基、羟自由基(.OH)和超氧阴离子自由基(O.-2)的清除能力。方法采用DPPH法、水杨酸法、邻苯三酚自氧化法分别测定黑果枸杞叶片甲醇提取物清除DPPH自由基、羟自由基和超氧自由基的能力。结果在实验条件下,黑果枸杞叶片甲醇提取物对超氧阴离子,羟自由基,DPPH自由基均有不同程度的抑制作用,最高清除活性分别达72.72%,54.90%,92.08%。结论黑果枸杞叶片甲醇提取物对DPPH.,.OH和O.2-自由基均具有较好的清除作用。

关键词：黑果枸杞叶片自由基抗氧化作用

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