检索结果-内蒙古大学图书馆

微生物学通报 2022年第7期49卷 2767-2777页

作者：方慧颖张弓暨南大学生命与健康工程研究院功能蛋白质广东省普通高校重点实验室广东广州510632

由于抗生素的大量使用,细菌耐药问题凸显,直接威胁人类生命健康和世界经济发展。过去对于细菌耐药的遗传和分子机制研究较为透彻,而对应的调控机制研究相对较少。翻译调控作为生命体最重要的调控方式之一,在细菌耐药研究领域的重要性尚... 详细信息

由于抗生素的大量使用,细菌耐药问题凸显,直接威胁人类生命健康和世界经济发展。过去对于细菌耐药的遗传和分子机制研究较为透彻,而对应的调控机制研究相对较少。翻译调控作为生命体最重要的调控方式之一,在细菌耐药研究领域的重要性尚未被学术界充分重视。本文介绍了影响翻译过程的抗生素的主要作用机制,重点从核糖体的修饰和突变、tRNA总量的动态调控、tRNA氨酰化、tRNA甲基化、核糖体保护蛋白和翻译因子这几个方面概述了基于翻译调控的细菌耐药研究进展,为研究者们提供了一个基于翻译调控角度研究细菌耐药的新视角,同时也为开发靶向细菌翻译调控的新型抗生素提供一些新思路。

关键词：细菌耐药翻译调控核糖体 tRNA

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癌症中长非编码RNA与RNA结合蛋白相互作用的新见解

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癌症 2024年第12期43卷 563-588页

作者：姚紫婷杨彦铭孙淼淼何妍廖龙陈奎生李斌暨南大学肿瘤分子生物学教育部重点实验室功能蛋白质研究广东普通高校重点实验室生命与健康工程研究院广东广州510632 郑州大学第一附属医院病理学系河南省肿瘤病理重点实验室河南郑州450001 暨南大学肿瘤分子生物学教育部重点实验室广东省生物工程药物重点实验室基因工程药物国家工程研究中心生物医学研究所生命科学与技术学院广东广州510632 广州医科大学附属第五医院广东高校生物靶向诊治与康复重点实验室呼吸疾病全国重点实验室广东广州510700

近年来,随着蛋白质组学和表观遗传学的发展,大量RNA结合蛋白(RNA-binding Proteins,RBPs)被发现,长非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)和RBPs之间的相互作用也受到越来越多关注。深入开展lncRNA-RBP互作网络研究至关重要,尤其是... 详细信息

近年来,随着蛋白质组学和表观遗传学的发展,大量RNA结合蛋白(RNA-binding Proteins,RBPs)被发现,长非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)和RBPs之间的相互作用也受到越来越多关注。深入开展lncRNA-RBP互作网络研究至关重要,尤其是考虑到它在癌症发生发展中的作用。越来越多证据表明,lncRNA-RBP相互作用在癌症进展中起到非常重要的作用;因此,靶向这种相互作用可以为抗癌药物发现提供新的见解。本综述中,我们讨论了lncRNAs如何通过与RBPs互作而调节其定位、修饰、稳定性和活性,并讨论了RBPs对lncRNAs稳定性、转运、转录和定位的影响。同时,我们探讨了这种相互作用对lncRNAs、RBPs以及癌症发展相关下游通路的调节和影响,如lncRNA N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)修饰。此外,我们讨论了lncRNA-RBP互作网络如何调节增殖、凋亡、转移、耐药、免疫、肿瘤微环境和代谢等癌症细胞表型。进一步地,我们总结了靶向lncRNA-RBP互作网络治疗策略的进展。虽然这些疗法还在实验阶段,多种理论和过程仍在研究中,但我们相信这些策略可能为癌症治疗提供新的思路。

关键词：癌症表观遗传学癌症相互作用网络 lncRNA-RBP 长非编码RNA RNA结合蛋白治疗策略

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利用蛋白质组学研究新德里金属β-内酰胺酶1对鲍曼不动杆菌的影响

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微生物学报 2018年第5期58卷 804-816页

作者：曾观娣徐倩刘婉婷阳小燕孙雪松暨南大学生命与健康工程研究院功能蛋白质研究广东普通高校重点实验室广东广州510632

【目的】比较临床分离的亲缘关系近的多药耐药鲍曼不动杆菌MDR-ZJ06(blaNDM-1–)和ABC3229(blaNDM-1+)的差异蛋白质组,以期发现新德里金属?-内酰胺酶1(New Delhimetallo-β-lactamase-1,NDM-1)对鲍曼不动杆菌生长代谢的影响。【方法】利... 详细信息

【目的】比较临床分离的亲缘关系近的多药耐药鲍曼不动杆菌MDR-ZJ06(blaNDM-1–)和ABC3229(blaNDM-1+)的差异蛋白质组,以期发现新德里金属?-内酰胺酶1(New Delhimetallo-β-lactamase-1,NDM-1)对鲍曼不动杆菌生长代谢的影响。【方法】利用2-DE联合MALDI-TOF MS/MS技术鉴定差异表达蛋白,并在GO注析的基础上,对差异蛋白进行通路分析、功能分类和富集分析,并作出蛋白与蛋白相互作用网络。【结果】发现ABC3299相对于MDR-ZJ06有51个差异表达蛋白,其中11个蛋白表达上调,40个蛋白表达下调,并且这些差异蛋白主要涉及降低碳代谢、氨基酸代谢、脂肪酸代谢和细胞壁合成,增加铁离子转运系统形成。【结论】这个结果揭示了NDM-1可能是通过减缓细菌自身的代谢,增加自身铁的摄取使细菌机体系统地抵抗抗生素从而达到耐药。

关键词：鲍曼不动杆菌 NDM-1 多药耐药差异蛋白质组学

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化脓链球菌金属结合蛋白Dpr的相互作用蛋白筛选

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中国人兽共患病学报 2018年第5期34卷 404-410页

作者：何姣姣王南杰孙雪松暨南大学生命科学技术学院功能蛋白研究广东省普通高校重点实验室广州510632

目的 Dpr蛋白是与细菌毒力密切相关的铁离子结合蛋白,从Dpr蛋白潜在的相互作用蛋白网络出发,通过生物信息学手段分析这些蛋白发挥的功能以及参与的生物过程,揭示Dpr蛋白在化脓链球菌(Streptococcus pyogenes)中发挥作用的新机制。方法... 详细信息

目的 Dpr蛋白是与细菌毒力密切相关的铁离子结合蛋白,从Dpr蛋白潜在的相互作用蛋白网络出发,通过生物信息学手段分析这些蛋白发挥的功能以及参与的生物过程,揭示Dpr蛋白在化脓链球菌(Streptococcus pyogenes)中发挥作用的新机制。方法表达和纯化融合蛋白(GST-Dpr);通过GST-Pull down和质谱联用的方式,筛选化脓链球菌中与Dpr蛋白相互作用的蛋白。结果三次独立重复实验共同鉴定到26个相互作用蛋白;基于String分析构建各蛋白间的相互作用网络发现,这些相互作用蛋白中有15个蛋白与Dpr存在直接或间接的联系;利用生物信息学手段分析这些相互作用蛋白的分子功能以及可能参与的生物学途径,发现它们大多能够结合金属离子,主要参与碳代谢、丙酮酸代谢、糖代谢以及糖异生等生物过程。结论 Dpr蛋白可能通过与本研究中鉴定的GAPDH、AccD、Eno、RpsB和Fus等蛋白相互作用来共同完成相关的生物学功能。通过建立的Dpr蛋白相互作用蛋白网络,为全面阐述Dpr蛋白在细菌定植和毒力方面的功能提供了重要的理论基础和新思路。

关键词：化脓链球菌铁转运 Dpr蛋白生物信息学分析

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应用跨中心整合分析策略从芯片数据中挖掘癌症关键分子

应用跨中心整合分析策略从芯片数据中挖掘癌症关键分子

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广东省遗传学会第十届会员代表大会暨学术研讨会

作者：刘婉婷张弓暨南大学生命与健康工程研究院功能蛋白质广东省普通高校重点实验室广州510632

目的：多中心表达谱组学数据常因系统偏差大且难以精确测量而不能直接整合分析，从而浪费了大量珍贵的既往临床组学数据。我们通过高稳健性的跨中心整合分析方法对多中心癌/癌旁芯片数据进行深度挖掘，解决系统偏差问题，从而可以将多... 详细信息

目的：多中心表达谱组学数据常因系统偏差大且难以精确测量而不能直接整合分析，从而浪费了大量珍贵的既往临床组学数据。我们通过高稳健性的跨中心整合分析方法对多中心癌/癌旁芯片数据进行深度挖掘，解决系统偏差问题，从而可以将多中心表达谱数据进行整合，极大地提高样本量，发现对癌症作用最显著的差异表达基因。

关键词：多中心整合策略高稳健性癌症关键分子

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超高精度大规模测序mapping算法FANSe在非模式生物中的应用

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中国科学：生命科学 2017年第7期47卷 702-707页

作者：曹欣张弓暨南大学生命与健康工程研究院功能蛋白质广东省普通高校重点实验室广州510632

大规模测序技术以其高通量、低成本的优势在生物学中得到广泛的应用.但对于基因组尚未被准确测定的非模式生物,传统算法受制于较低的精度、稳健性和容错性,难以有效应对.FANSe系列算法作为目前精度最高、容错性最好的大规模测序快速比... 详细信息

大规模测序技术以其高通量、低成本的优势在生物学中得到广泛的应用.但对于基因组尚未被准确测定的非模式生物,传统算法受制于较低的精度、稳健性和容错性,难以有效应对.FANSe系列算法作为目前精度最高、容错性最好的大规模测序快速比对算法,解决了非模式生物二代测序应用所面临的参考库不准确问题,可为非模式生物的基因组、转录组、蛋白质组研究提供准确的结果.本文总结了目前基于FANSe的多种分析方案在非模式动物、植物、微生物以及复杂的共生体系中的应用,为非模式生物的研究提供参考.

关键词：二代测序 FANSe算法非模式生物高精准

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基于C6流式细胞仪平台应用FRET技术在活细胞中研究蛋白质相互作用

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中国生物工程杂志 2017年第5期37卷 45-51页

作者：孟坤何庆瑜王通卢少华暨南大学生命科学技术学院功能蛋白质研究广东省普通高校重点实验室广州510632

荧光共振能量转移(fluorescence resonance energy transfer,FRET)显微镜技术被广泛应用于在活细胞中研究蛋白质相互作用。随着流式细胞术(fluorescence activated cell sorting,FACS)的发展与应用,FACS-FRET技术不但可以检测活细胞中蛋白质相互作用,还可以进行定量统计分析。由于流式细胞仪价格昂贵、FRET技术对荧光基团发光光谱的特殊要求等原因,目前为止FACS-FRET技术仅仅被应用到一些特殊的科学研究。为了解决这些问题,构建了一对新的FRET荧光基团EGFP-m Cherry,并且在小型流式细胞仪C6上检测了EGFP-m Cherry融合蛋白的FRET信号,最后使用已明确有相互作用关系的p53蛋白和MDM2蛋白做验证,证明了所构建的EGFPm Cherry可以作为检测FRET信号的荧光基团。不仅促进了FACS-FRET技术的发展,还为人类疾病治疗的药物作用靶点研究提供了有利的研究手段。

关键词：荧光共振能量转移流式细胞术活细胞蛋白质相互作用

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翻译组学:方法及应用

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生命的化学 2017年第1期37卷 70-79页

作者：赵晶张弓暨南大学生命与健康工程研究院功能蛋白质广东省普通高校重点实验室

所有产生生物学功能的蛋白质都必须由翻译过程来合成,翻译调控是中心法则诸多层次调控中最重要、最显著的调控环节,其对蛋白质组的调控幅度超过其他所有调控层次的总和。因此对翻译进行总体的研究非常必要,涉及生命科学的方方面面。翻... 详细信息

所有产生生物学功能的蛋白质都必须由翻译过程来合成,翻译调控是中心法则诸多层次调控中最重要、最显著的调控环节,其对蛋白质组的调控幅度超过其他所有调控层次的总和。因此对翻译进行总体的研究非常必要,涉及生命科学的方方面面。翻译组学是总体上研究细胞内翻译状况的新兴学科,已在蛋白质组、肿瘤研究、微生物抗逆研究等方面做出了全新的贡献,极大地拓展了人们在翻译调控和蛋白质合成方面的视野。本文综述了近年来研究翻译组的主要方法,及其在基础研究与工程应用方面的巨大潜力。

关键词：翻译组 RNC-mRNA 蛋白质组翻译调控

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海藻多糖通过下调肝癌细胞Hep3B糖酵解途径抑制细胞增殖和迁移

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中国生物工程杂志 2017年第9期37卷 31-40页

作者：冯源唐云徐蕾谭海刚广东省高校功能蛋白质研究重点实验室暨南大学生命与健康工程研究院广州510632 天津科技大学食品与营养安全教育部实验室天津300222 上海交通大学生命科学技术学院上海200240 青岛农业大学食品科学与工程学院青岛266109

目的:探讨海藻多糖(algal polysaccharides,AP)对肝癌细胞Hep3B的增殖和迁移的影响及其可能的作用机制,为治疗肝癌提供新的思路。方法:(1)比较正常细胞与癌细胞中糖酵解(embden-meyerhof-parnas,EMP)途径的表达差异,用紫外分光光度计比... 详细信息

目的:探讨海藻多糖(algal polysaccharides,AP)对肝癌细胞Hep3B的增殖和迁移的影响及其可能的作用机制,为治疗肝癌提供新的思路。方法:(1)比较正常细胞与癌细胞中糖酵解(embden-meyerhof-parnas,EMP)途径的表达差异,用紫外分光光度计比色法检测EMP限速酶酶活力:己糖激酶(hexokinase,HK)、丙酮酸激酶(pyruvate kinase,PK),用乳酸测定试剂盒测定EMP产物:乳酸。(2)AP处理Hep3B后,检测EMP表达水平变化。(3)AP处理细胞后,检测肝癌细胞Hep3B的增殖和迁移能力及对上皮细胞-间充质转化(EMT)的影响,方法包括MTT、q PCR和Transwell小室实验。(4)MTT、Transwell和q PCR检测HK抑制剂3-溴丙酮酸(3-bromopyruvate,3-BrPA)对肝癌Hep3B细胞的活力和迁移能力及EMT的影响。(5)Western blot和相关试剂盒检测AP与3-BrPA分别处理细胞时,对EMP水平及Akt通路的影响。(6)AP联合3-BrPA处理Hep B3后,检测HK和Akt信号通路表达水平及细胞活力和迁移的变化。结果:(1)癌细胞(Hep3B、He La、SW480)EMP代谢水平均高于正常肝细胞(HL02),其中Hep3B差异最为显著。(2)AP能抑制Hep B细胞EMP代谢水平,且抑制程度随着AP浓度升高而升高,存在浓度依赖性。(3)AP可抑制肝癌细胞Hep3B的增殖和迁移,且抑制EMT的发生。AP浓度为200mg/ml,处理时间为48h时,生长抑制率达(55±2.8)%,细胞迁移数为对照组的(32±2.9)%;(4)3-BrPA可下调Hep3B细胞HK活性,并抑制细胞活力与迁移,且抑制EMT的发生。200μmol/L 3-BrPA作用细胞48h后,与对照组相比,细胞活性下降了(52±5.8)%(P<0.001),细胞迁移数下降了(48±6.1)%(P<0.01)。(5)AP和3-BrPA均下调EMP代谢水平,且抑制Akt信号通路。(6)AP与3-BrPA联合处理Hep3B后,HK表达下降,显著抑制Akt信号通路,细胞活性和迁移能力均较AP单用组显著下降(P<0.05)。结论:肝癌细胞Hep3B EMP代谢水平高于正常肝细胞,AP可下调Hep3B细胞EMP代谢水平,低EMP代谢水平可能通过下调EMT和Akt信号通路抑制Hep3B的增殖和迁移。当AP和3-BrPA联合应用时,抑制肝癌迁移和增殖效果更明显。

关键词：海藻多糖 EMP途径 Hep3B细胞细胞增殖细胞迁移

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磷酸化蛋白质组学鉴定PTPLAD1调控的结肠癌细胞酪氨酸磷酸化蛋白质

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中国病理生理杂志 2015年第5期31卷 845-851页

作者：胡阳杨杰余汝媛汪洋暨南大学生命科学技术学院功能蛋白质研究广东普通高校重点实验室广东广州510632

目的:用磷酸化蛋白质组学的方法鉴定并分析结肠癌细胞中含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1(PTPLAD1)调控的酪氨酸磷酸化蛋白。方法:运用siRNA技术沉默PTPLAD1的表达,于细胞培养条件下运用氨基酸稳定同位素标记技术(stable lsotope label... 详细信息

目的:用磷酸化蛋白质组学的方法鉴定并分析结肠癌细胞中含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1(PTPLAD1)调控的酪氨酸磷酸化蛋白。方法:运用siRNA技术沉默PTPLAD1的表达,于细胞培养条件下运用氨基酸稳定同位素标记技术(stable lsotope labeling with amino acids in cell culture,SILAC)标记细胞,用酪氨酸磷酸化抗体免疫沉淀富集酪氨酸磷酸化蛋白,用LTQ-Orbitrap XL质谱鉴定因敲低PTPLAD1所出现的差异表达的酪氨酸磷酸化蛋白,进一步利用Ingenuity Pathway Analysis(IPA)软件对这些差异蛋白进行生物信息学分析。结果:用real-time PCR筛选得到有效的siRNA干扰片段,Western blot验证其干扰效果及有效干扰时间。质谱鉴定PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白共20个,其中显著上调的8个,显著下调的10个,主要为转录因子及肿瘤标志物相关蛋白。IPA软件的结果表明PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白的功能主要与器官发育分化、维持组织分化类型及细胞凋亡、增殖相关。结论:成功鉴定出PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白,可以为后续研究PTPLAD1在结肠癌的发生发展中的作用及机理提供基础。

关键词：含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1 HCT-116细胞小干扰RNA 氨基酸稳定同位素标记技术磷酸化蛋白质组学

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