检索结果-内蒙古大学图书馆

Lasso降维策略下SIS与MDS在乳腺癌转录组数据机器学习建模中的比较

中华疾病控制杂志 2023年第11期27卷 1360-1364页

作者：马瑄张华麟梁佳琪杨开鑫刘龙山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室太原030607 重大疾病风险评估山西省重点实验室太原030607

目的探索以确定独立筛选(sure independence screening,SIS)与多维尺度变换(multi-dimensional scaling,MDS)为基础的2步降维策略,及以支持向量机(support vector machine,SVM)、随机森林(random forest,RF)和梯度推进机(gradient boosting machine,GBM)构建乳腺癌淋巴结转移风险预测的统计模型,为高危人群识别及早期干预提供科学依据。方法采用SIS和MDS作为初步降维方法,并以套索算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)为第2步降维方法,通过SIS+LASSO和MDS+LASSO的2步降维策略,将筛选的变量分别纳入SVM、RF和GBM 3种机器学习模型。使用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under the curve,AUC)作为衡量模型预测性能的评价指标。结果所有预测模型中,SIS+LASSO和MDS+LASSO 2步降维策略相对SIS和MDS单步策略在SVM、RF和GBM 3种预测模型下预测稳定性提升,运行时间和运行内存减少。MDS+LASSO 2步降维策略相对于MDS单步降维策略的预测精度提升。所有策略中,GBM的预测精度均高于SVM和RF。结论在SIS与MDS基础上加入LASSO的2步降维策略,从运算速度、内存消耗、建模方法选择、预测精度等方面弥补了SIS和MDS单步降维的不足。对于不同的降维策略,GBM的预测性能均比SVM和RF好。

关键词：确定独立筛选多维尺度变换 2步降维统计建模机器学习转录组数据

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基于深度学习的胸部X射线图像识别及分类模型研究

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中国卫生统计 2024年第3期41卷 365-369,375页

作者：张晓熙王远涵杨顷落黄雪余红梅武淑琴山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室 030000 重大疾病风险评估山西省重点实验室山西医科大学基础医学院数学教研室

目的以深度学习中的卷积神经网络为基础搭建胸部X射线(chest X-ray,CXR)图像分类模型,为肺部疾病提供可靠的辅助诊断技术。方法经KAGGLE数据库收集新冠肺炎、轻度肺部感染、病毒性肺炎及正常的四种胸部X射线图片,按3∶1∶1的比例将数据... 详细信息

目的以深度学习中的卷积神经网络为基础搭建胸部X射线(chest X-ray,CXR)图像分类模型,为肺部疾病提供可靠的辅助诊断技术。方法经KAGGLE数据库收集新冠肺炎、轻度肺部感染、病毒性肺炎及正常的四种胸部X射线图片,按3∶1∶1的比例将数据随机划分成训练集,测试集和验证集;基于卷积神经网络架构搭建CXR图像分类模型,调节超参数对模型进行加强和优化;后通过混淆矩阵、准确率、灵敏度、K折交叉验证结果等指标对模型进行验证及评价。结果本研究模型对肺部影像图片的分类准确率为0.81、灵敏度为0.80、测试集和验证集损失值能够稳定在一个较低的水平。与相同迁移算法的模型相比,在测试数据集上的精确率、准确率、灵敏度、F1分值分别提高了1.7%、1.7%、1.3%、2.9%。结论此模型对于CXR图像的识别和分类的性能更强,可以更有效地应用于肺部疾病的辅助分析和判断。

关键词：肺部疾病模型构建深度学习影像识别

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基于共享随机效应模型的纵向认知标志物对轻度认知障碍逆转的预测性能比较

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中国卫生统计 2024年第3期41卷 370-375页

作者：秦瑶韩红娟刘龙陈杜荣马艺菲崔靖白文琳张荣余红梅山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室 030001 山西医科大学基础医学院数学教研室山西医科大学公共卫生学院儿少卫生学教研室重大疾病风险评估山西省重点实验室

目的将共享随机效应模型(shared random-effect model,SREM)应用于轻度认知障碍(mild cognitive impairment,MCI)向认知正常(normal cognition,NC)逆转的研究,比较不同纵向认知标志物对MCI逆转的预测性能,并评价影响因素的协变量效应。... 详细信息

目的将共享随机效应模型(shared random-effect model,SREM)应用于轻度认知障碍(mild cognitive impairment,MCI)向认知正常(normal cognition,NC)逆转的研究,比较不同纵向认知标志物对MCI逆转的预测性能,并评价影响因素的协变量效应。方法SREM模型包括两个子模型,其中纵向子模型采用线性混合效应模型对纵向认知标志物的变化轨迹建模,生存子模型采用比例风险模型对生存过程建模。基于对数似然函数值和信息准则进行模型拟合优度检验,采用ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)评价不同纵向认知标志物(MMSE、CDRSB、FAQ、ADAS11、ADAS13和ADASQ4)对MCI逆转的预测性能;同时进行纵向子模型和生存子模型的影响因素分析。结果843名MCI患者中72名(8.54%)在随访结束后逆转为NC。以spline-PH-GH参数分布为基准风险函数的SREM模型对数似然函数值最大,AIC和BIC最小;以CDRSB为纵向认知标志物建立的SREM模型拟合最好,在不同时间的AUC值均表现良好,范围为0.797~0.852,且预测误差最小,范围为0.0427~0.0429;年龄、性别、受教育程度、婚姻状况和APOEε4基因均会影响MCI患者的认知功能和日常活动功能,六种纵向认知标志物均会影响MCI患者的逆转。结论CDR评分对MCI患者的认知功能和逆转预测性能最佳;认知功能和日常活动功能可作为MCI逆转的动态监测指标。

关键词：共享随机效应模型联合模型纵向数据生存数据轻度认知障碍逆转

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希望区域法在临床试验适应性设计中的准确性和稳健性研究

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中国卫生统计 2024年第3期41卷 322-330,338页

作者：陈垂雄王陵王文文黄曼丽夏结来李晨中国人民解放军空军军医大学军事预防医学系军队卫生统计学教研室 710032

目的评估希望区域法应用于适应性设计样本量再估计的准确性及稳健性,为该方法的适用条件提供理论参考。方法以二分类资料为例,以包含期中分析的两阶段适应性试验为框架,采用Monte Carlo方法,在相同的组间响应率率差、同合并率等参数的... 详细信息

目的评估希望区域法应用于适应性设计样本量再估计的准确性及稳健性,为该方法的适用条件提供理论参考。方法以二分类资料为例,以包含期中分析的两阶段适应性试验为框架,采用Monte Carlo方法,在相同的组间响应率率差、同合并率等参数的模拟场景下,比较固定样本量设计、成组序贯设计和希望区域法进行样本量再估计的准确性和稳健性。结果模拟研究显示希望区域法在期中检验效能落入希望区域内进行适应性样本量调整时,Ⅰ类错误与同场景下固定设计和成组序贯设计近似。初始估计样本量被低估时,希望区域法比固定设计的检验效能平均提高约5%,比成组序贯设计提高约8.8%,样本量比固定设计多耗费0.18倍,比成组序贯设计多0.38倍。高估初始估计样本量时,三种设计的检验效能相差仅在1%左右,但希望区域法比固定设计多消耗7.5%、比成组序贯设计多耗费48%的样本量。结论相比于固定样本量及成组序贯设计,希望区域法对于试验的整体检验效能提高不大,其平均样本量均大于相同设定场景下的固定设计及成组序贯设计,使用该设计方法时应谨慎权衡试验收益。

关键词：希望区域法样本量再估计条件检验效能 Ⅰ类错误适应性设计

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大理州手足口病的病原学特征及其时间序列预测

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中华疾病控制杂志 2023年第5期27卷 574-580页

作者：刘青刘露张态段飞云陈晓明大理大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室大理671000 大理州疾病预防与控制中心传染病防制科大理671000

目的了解大理白族自治州(简称大理州)手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原学特征,并利用季节性自回归移动平均(seasonal autoregressive integrated moving aver⁃age,SARIMA)模型探索病原体的感染趋势,为该地区HFMD的病原监测和防控提供依据。方法收集大理州2013―2021年HFMD的病原学监测结果,采用描述性方法和SARIMA模型分析HFMD的病原学特征和预测病原感染趋势。结果2013―2021年大理州共检出HFMD阳性病原2793份(60.27%),其中柯萨奇病毒A16型(coxsackievirus A16,CA16)1157份(41.42%)、肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)669份(23.95%)、其他肠道病毒(enterovirus,EV)967份(34.62%);男女阳性比1.44∶1;1~3岁阳性占比最高(71.07%);秋季阳性率最高(66.87%),且CA16构成比最高(52.89%);2013―2014年及2017年EV71为优势流行株,2015―2016年及2019年CA16为优势流行株,2018年和2021年其他EV为优势流行株;不同县市区的阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=220.63,P<0.001),以洱源县最高(75.92%),南涧县最低(40.87%)。HFMD病原的流行存在季节性,利用SARIMA(1,1,0)(0,1,1)12能预测各病原体的感染趋势。结论大理州HFMD的病原多种共存,以CA16和其他EV为优势病株;重点人群为学龄前儿童;好发于夏秋季;洱源县、宾川县和鹤庆县为高发地区。SARIMA(1,1,0)(0,1,1)12模型能较为准确地预测HFMD病原体的变化趋势。

关键词：手足口病病原学特征季节性自回归移动平均模型感染趋势

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硕士研究生医学统计学教学模式改革效果评价研究

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中国卫生统计 2022年第1期39卷 134-136页

作者：赵艳芳王睿吴骋许金芳郭晓晶何倩贺佳海军军医大学卫勤系军队卫生统计学教研室 200433

目的评价我校研究生医学统计学教学改革的效果。方法我校2019级硕士研究生159人,医学统计学教学采用网络教学联合三次面授课的方式,教学考核中增加课前测,作为形成性评价内容。学期末采用问卷调查的方式,调查学生对课程的评价,内容包括... 详细信息

目的评价我校研究生医学统计学教学改革的效果。方法我校2019级硕士研究生159人,医学统计学教学采用网络教学联合三次面授课的方式,教学考核中增加课前测,作为形成性评价内容。学期末采用问卷调查的方式,调查学生对课程的评价,内容包括对教学资源的评价、学习情况自评、对课前测的评价及对教学模式和效果的评价。结果多数(59.75%)学生能够完成所有教学视频的学习,但是学习过程中能高效投入的仅占1/3,约2/3的学生认为该模式学习效率高、喜欢该教学模式。大多数学生(78.62%)认为课前测对学习有督促作用,大多数学生(83.65%)认为有必要安排课前测。结论网络教学联合面授课教学模式有其优势,教学中进行形成性评价具有必要性和可行性,本研究可为后续的课程教学改革提供参考。

关键词：硕士研究生医学统计学教学模式改革效果评价

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基于网络药理学和实验验证白藜芦醇通过HIF-1α通路减轻脓毒症脑病血管内皮损伤

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中国中药杂志 2025年第4期50卷 1087-1097页

作者：李蓉吴越朱文选秦萌孙思宇王丽娅田美慧于影蚌埠医科大学生理学教研室安徽蚌埠233000 蚌埠医科大学心脑血管疾病基础与临床重点实验室安徽蚌埠233000 蚌埠医科大学流行病与卫生统计学教研室安徽蚌埠233000

基于网络药理学与动物实验探究白藜芦醇(resveratrol,RES)治疗脓毒症相关脑病(sepsis associated encephalopathy,SAE)脑血管内皮损伤的作用机制.通过网络药理学收集RES和SAE的共有靶点与基因,构建蛋白质相互作用网络,使用基因本体论(Ge... 详细信息

基于网络药理学与动物实验探究白藜芦醇(resveratrol,RES)治疗脓毒症相关脑病(sepsis associated encephalopathy,SAE)脑血管内皮损伤的作用机制.通过网络药理学收集RES和SAE的共有靶点与基因,构建蛋白质相互作用网络,使用基因本体论(Gene Ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Gene and Genomes,KEGG)通路富集分析筛选关键信号通路,并进行分子对接验证.动物实验部分采用盲肠结扎穿孔法(cecum ligation and puncture,CLP)制备脓毒症脑病模型.将小鼠随机分为假手术组,CLP组和RES中、高剂量组.假手术组仅开腹而不进行盲肠结扎和穿孔,CLP组术后给予等体积的0.9%氯化钠溶液腹腔注射.RES中、高剂量组在造模后分别腹腔注射40、60 mg·kg^(-1)的RES,并在12 h后取材.实验结束后,对小鼠进行神经功能评分;检测脑组织湿干重比;氧化应激试剂盒测定血清超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)、过氧化氢酶(catalase,CAT)活力和丙二醛(malondialdehyde,MDA)含量;HE染色观察脑组织病理变化;透射电镜观察脑血管内皮细胞紧密连接和线粒体超微结构改变;Western blot检测紧密黏连蛋白1(zonula occluden1,ZO-1)、闭合蛋白(occludin)、紧密连接蛋白5(claudins-5)、视神经萎缩蛋白1(optic atrophy 1,OPA1)、线粒体融合蛋白2(mitofusin 2,Mfn 2)、线粒体动力相关蛋白1(dynamin-related protein 1,Drp1)、线粒体分裂蛋白1(fission 1,Fis1)、缺氧诱导因子-1α(hypox-ia-inducible factor-1α,HIF-1α)蛋白表达.网络药理学结果显示,共获得RES和SAE的76个交集靶点,其中核心靶点排名前五位的是EGFR、PTGS2、ESR1、HIF-1α、***富集分析发现RES通过氧化应激反应参与SAE机制过程;KEGG富集分析表明RES通过HIF-1α、Rap1等信号通路参与SAE治疗;分子对接结果显示RES与HIF-1α等关键靶点具有良好的结合活性.动物实验结果表明,与假手术组相比,CLP组小鼠神经反射下降,脑组织含水量增加、血清SOD、CAT活力降低,MDA含量增高,大脑皮层内皮紧密连接结构破坏,线粒体形态出现明显异常,脑组织中Drp1、Fis1和HIF-1α蛋白表达升高,ZO-1、occludin、claudin-5、Mfn2和OPA1蛋白表达降低.与CLP组相比,RES中、高剂量组的小鼠神经功能有所恢复,脑组织含水量和SOD、CAT活力升高,MDA含量降低,脑组织细胞形态、内皮细胞间紧密连接和线粒体结构得到改善,Drp1、Fis1和HIF-1α蛋白表达降低,ZO-1、occludin、claudin-5、Mfn2和OPA1蛋白表达升高.研究表明,RES通过抑制SAE损伤后的氧化应激反应,改善脑血管内皮屏障功能,维持线粒体稳态,其机制可能与调节HIF-1α信号通路有关.

关键词：白藜芦醇脓毒症脑病血管内皮损伤线粒体动力学 HIF-1α

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单细胞RNA测序数据批次效应校正方法

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中国卫生统计 2023年第1期40卷 153-156页

作者：王文杰李康谢宏宇哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150086 浙江大学医学院附属妇产科医院

传统的“bulk”RNA测序通过测量一个细胞群中基因的平均表达水平来描述一个组织的整体状态,掩盖了单个细胞的信号及组织内细胞异质性。单细胞RNA测序(single-cell RNA-sequencing,scRNA-seq)是近年来新兴的检测技术,通过单个细胞的转录... 详细信息

传统的“bulk”RNA测序通过测量一个细胞群中基因的平均表达水平来描述一个组织的整体状态,掩盖了单个细胞的信号及组织内细胞异质性。单细胞RNA测序(single-cell RNA-sequencing,scRNA-seq)是近年来新兴的检测技术,通过单个细胞的转录图谱分析其分子状态[1],在描绘细胞微环境,阐述相关生物学机制,识别新的治疗靶点等方面取得了前所未有的进展[2]。scRNA-seq数据通常由多批次实验数据整合而成,批次效应主要来源于实验数据的获取时间、操作人员、试剂批次、设备及检测技术平台等方面。批次效应可能是高度非线性的,它的存在使得下游分析复杂化,结果难以解释。因此,有效地移除scRNA-seq数据批次效应至关重要。

关键词：批次效应分子状态生物学机制细胞微环境数据整合细胞群校正方法整体状态

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多重填补技术在医学研究缺失值处理中的应用及发展

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中国卫生统计 2022年第2期39卷 293-295,298页

作者：朱荣慧许金芳王睿吴骋海军军医大学卫生勤务学系军队卫生统计学教研室 200433

在医学研究数据采集与获取过程中,经常会碰到缺失值。例如,创新药开发临床试验中,导致缺失值的原因可能有受试者失访、或受试者由于不良事件、对干预措施的不耐受或缺乏疗效等原因中途退出试验[1]。缺失值不仅会给统计分析和结果解释带... 详细信息

在医学研究数据采集与获取过程中,经常会碰到缺失值。例如,创新药开发临床试验中,导致缺失值的原因可能有受试者失访、或受试者由于不良事件、对干预措施的不耐受或缺乏疗效等原因中途退出试验[1]。缺失值不仅会给统计分析和结果解释带来挑战,而且可能会对临床试验结果造成偏倚,使其代表性和真实性受到影响[2]。对于缺失值处理的问题,欧洲药品管理局于2010年发布了《确证性临床试验中缺失数据处理指南》[3]。

关键词：临床试验结果创新药多重填补缺失值缺失数据统计分析中途退出失访

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低肺活量:影响脊髓损伤患者功能预后的独立危险因素

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中国康复医学杂志 2024年第8期39卷 1149-1154,1161页

作者：薛白洁何霞吴相波梁英许招娣琚芬王宏斌王薇惠琳娜张亚妮袁华孙晓龙空军军医大学第一附属医院(西京医院)康复医学科西安市710032 空军军医大学预防医学系军队卫生统计学教研室

目的:探讨基础肺功能指标与脊髓损伤(spinal cord injury,SCI)患者功能预后的相关性,为临床早期精准判断预后及提高康复效果提供依据。方法:回顾性分析2018年6月至2022年5月由空军军医大学第一附属医院康复医学科收治的SCI患者398例。... 详细信息

目的:探讨基础肺功能指标与脊髓损伤(spinal cord injury,SCI)患者功能预后的相关性,为临床早期精准判断预后及提高康复效果提供依据。方法:回顾性分析2018年6月至2022年5月由空军军医大学第一附属医院康复医学科收治的SCI患者398例。收集患者入院时年龄、性别、身体质量指数(body mass index,BMI)、入院距损伤时间、住院天数、ASIA(American Spinal Injury Association)分级、损伤平面、血液学指标(白细胞计数、红细胞计数、血红蛋白浓度)、入院时基础肺功能指标包括潮气量(tidal volume,VT)、肺活量(vital capacity,VC)、用力肺活量(forced vital capacity,FVC)、第一秒用力呼气容积(forced expiratory volume in one second,FEV1)、一秒率(forced expiratory volume in one second/forced vital capacity,FEV1/FVC)、呼气峰流速(peak expiratory flow,PEF)、用力呼出25%肺活量时的呼气流速(FEF25)、用力呼出50%肺活量时的呼气流速(FEF50)、用力呼出75%肺活量时的呼气流速(FEF75)、最大通气量(maximal voluntary ventilation,MVV)、最大通气量占预计值百分比(maximal voluntary ventilation/maximal predicted voluntary ventilation,MVV/MVVpre)等资料。以改良Barthel指数的平均相对功能恢复百分比(mean relative function gain,m RFG)作为因变量,利用单因素及多因素线性回归方法分析筛选出影响SCI患者预后的相关因素,尤其是基础肺功能指标。结果:单因素及多因素线性回归分析结果显示,SCI患者预后与ASIA分级(B=11.064,P=0.019)、住院天数(B=0.125,P=0.005)及VC(B=5.177,P=0.014)有显著相关性。VC判断SCI患者预后的临界值为2.39L。结论:低VC是SCI患者功能预后的独立危险因素。入院时检测基础肺功能有助于判断SCI患者功能预后,其中VC为2.39L以下患者提示预后更差,对于这类患者应予以重点关注,介入更充分地康复治疗,最大程度改善患者的日常生活能力。

关键词：脊髓损伤预后基础肺功能相关因素

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