检索结果-内蒙古大学图书馆

计算机与应用化学 2004年第6期21卷 789-794页

作者：宋杰唐焕文大连理工大学计算生物学与生物信息学研究所

计算实验表明蛋白质一级结构包含着四级结构信息。本文用支持向量机方法从蛋白质一级结构出发区分同源二聚体和非同源二聚体。蛋白质原始序列的子序列分布用于支持向量机的输入向量,从而充分考虑了蛋白质序列的信息。当子序列的长度为3... 详细信息

计算实验表明蛋白质一级结构包含着四级结构信息。本文用支持向量机方法从蛋白质一级结构出发区分同源二聚体和非同源二聚体。蛋白质原始序列的子序列分布用于支持向量机的输入向量,从而充分考虑了蛋白质序列的信息。当子序列的长度为3时,10-次交叉验证的总预测准确率达到84.9%,在相同的数据集上,比原有的决策树方法提高了15.0%。实验表明残基顺序对同源寡聚蛋白质的识别起重要作用,而支持向量机方法是蛋白质四级结构预测的强有力工具。

关键词：蛋白质四级结构同源寡聚蛋白质支持向量机子序列分布

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一种新的结构正割法在时间序列图像配准中应用

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大连理工大学学报 2007年第2期47卷 301-304页

作者：孙少燕唐焕文唐一源大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所辽宁大连116024 大连理工大学神经信息学研究所辽宁大连116024

脑功能成像是进行神经科学研究的一项重要技术.在脑功能图像的数据分析中,时间序列图像的配准精度是对脑功能图像进行统计分析成功与否的关键.针对一种典型的非线性最小二乘形式的配准测度,引进一种新的结构正割法来计算其极小值.该方... 详细信息

脑功能成像是进行神经科学研究的一项重要技术.在脑功能图像的数据分析中,时间序列图像的配准精度是对脑功能图像进行统计分析成功与否的关键.针对一种典型的非线性最小二乘形式的配准测度,引进一种新的结构正割法来计算其极小值.该方法给出了目标函数海森阵二阶信息项的一种新的较佳近似,而并非像高斯-牛顿法那样将其直接舍去,从而提高了计算精度;并且在近似的过程中,校正矩阵始终保持对称正定,所以在搜索下降方向的时候,总会找到一个解.模拟计算结果表明该方法配准精度高,计算时间较短,可以较好地解决图像配准问题.

关键词：图像配准测度结构正割法拟牛顿方程 BFGS校正 fMRI

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基于全蛋白质组的微生物系统发育树构建

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大连理工大学学报 2005年第6期45卷 925-930页

作者：张文唐焕文方伟武蔡旭张伟伟大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所辽宁大连116024 中国科学院应用数学研究所北京100080

新近出现的信息离散性度量方法(简称FDOD方法)已在多个领域获得成功的应用,是一种非比对距离方法.随着越来越多的微生物全基因组测序任务的完成,人们开始在整个基因组水平上探讨物种的系统发育关系.因此,将FDOD方法应用于微生物系统发... 详细信息

新近出现的信息离散性度量方法(简称FDOD方法)已在多个领域获得成功的应用,是一种非比对距离方法.随着越来越多的微生物全基因组测序任务的完成,人们开始在整个基因组水平上探讨物种的系统发育关系.因此,将FDOD方法应用于微生物系统发育分析是一项很有意义的工作.因为氨基酸序列比DNA序列更为保守,能为物种的进化分析提供更为有用的信息.对收集到的163个原核生物和5个真核生物,从完全蛋白质组出发去分析推断其系统的发育关系,所得的系统发育树包括145个细菌、18个古细菌和5个真核细菌,这与三界进化理论符合,大部分低层分支与权威的《伯杰氏系统细菌学手册》相同.并且对高层分支关系提出了一些新建议.

关键词：微生物原核生物古细菌系统发育信息离散性度量

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一种基于子序列分布的蛋白质结构类预测方法

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计算机与应用化学 2003年第3期20卷 251-256页

作者：张立震唐焕文大连理工大学计算生物学与生物信息学研究所辽宁大连116023

蛋白质结构类预测方法的预测能力主要取决于两个方面:一方面,方法采用的序列描述中包含多少有效的蛋白质结构类信息;另一方面,方法采用的判别函数对序列描述中包含的有效信息的利用程度。子序列分布是蛋白质结构类预测中的一种新的序列... 详细信息

蛋白质结构类预测方法的预测能力主要取决于两个方面:一方面,方法采用的序列描述中包含多少有效的蛋白质结构类信息;另一方面,方法采用的判别函数对序列描述中包含的有效信息的利用程度。子序列分布是蛋白质结构类预测中的一种新的序列描述,广义平方距离是组分耦联方法中的判别函数,它包含序列描述中不同组分之间的耦合效应。本文改进了组分耦联方法中的判别函数,解决了当协方差矩阵不可逆时组分耦联方法不能解决的问题,从而把子序列分布与包含耦合效应的判别函数结合起来,对Chou等选取的含有359个蛋白质(结构域)的训练集做了预测,自检测和jackknife检测结果分别为100％和96.7％,这一结果比组分耦联方法提高了5.6和12.6个百分点,比基于自相关函数方法提高了3.3和6.2个百分点。

关键词：子序列分布蛋白质结构预测氨基酸序列

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新的独立成分分析算法结合主成分分析实现fMRI信号的盲分离

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生物医学工程学杂志 2007年第2期24卷 430-433页

作者：张伟伟史振威唐焕文唐一源大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所大连116023 大连理工大学神经信息学研究所大连116023

用ICA算法来实现fMRI信号的盲源分离,可以提取出产生fMRI信号的多种源信号。但是在处理过程中存在两个困难:(1)fMRI数据的规模比较大,计算耗时;(2)计算量太大难免产生误差,给结果的分析带来不便。所以我们考虑对数据进行降维,但是如何... 详细信息

用ICA算法来实现fMRI信号的盲源分离,可以提取出产生fMRI信号的多种源信号。但是在处理过程中存在两个困难:(1)fMRI数据的规模比较大,计算耗时;(2)计算量太大难免产生误差,给结果的分析带来不便。所以我们考虑对数据进行降维,但是如何确定源信号的个数也是一个难题。我们利用信息论的方法来估计源信号的个数,再使用主成分分析对数据进行降维。通过这样的处理,有效地确定了源信号的个数,减少了计算量。然后将一种新的ICA算法(New fixed-point,NewFP)用于处理降维后的数据。最后通过对实际的fMRI信号进行处理,结果表明新算法可以快速有效的分离fMRI信号,且准确性优于FastICA算法。

关键词：独立成分分析盲源分离主成分分析功能磁共振成像

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ROC分析及其在fMRI信号中的一个应用

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生物医学工程学杂志 2007年第1期24卷 19-22页

作者：武振华唐焕文唐一大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所大连116023 大连理工大学神经信息学研究所大连116023

详细阐述了受试者工作特征(Receiver operating characteristic,ROC)分析的基本原理,分析了它与其它的诊断评价性标准相比存在的优点,并给出了ROC曲线的绘制方法,最后采用ROC对独立成分分析(Independent component analysis,ICA)和统计... 详细信息

详细阐述了受试者工作特征(Receiver operating characteristic,ROC)分析的基本原理,分析了它与其它的诊断评价性标准相比存在的优点,并给出了ROC曲线的绘制方法,最后采用ROC对独立成分分析(Independent component analysis,ICA)和统计参数图(Statistical parametric mapping,SPM)处理功能磁共振成像(Functional magnetic reasonance imaging,fMRI)数据的结果进行了比较。

关键词：受试工作特征功能磁共振成像独立成分分析统计参数图

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新的ICA算法实现成组fMRI信号盲分离

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大连理工大学学报 2007年第5期47卷 773-776页

作者：唐焕文张伟伟史振威潘丽丽唐一源大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所辽宁大连116024 清华大学自动化系北京100084 大连理工大学神经信息学研究所辽宁大连116024

独立成分分析(ICA)方法已被成功地用于处理功能磁共振成像(fMRI)信号,但主要是用于处理单个被试的fMRI信号,对于多个被试的情况却很少考虑.为此利用一种扩展的ICA方法——Group ICA来处理多个被试的fMRI信号,结果表明这种方法在保证结... 详细信息

独立成分分析(ICA)方法已被成功地用于处理功能磁共振成像(fMRI)信号,但主要是用于处理单个被试的fMRI信号,对于多个被试的情况却很少考虑.为此利用一种扩展的ICA方法——Group ICA来处理多个被试的fMRI信号,结果表明这种方法在保证结果准确性的前提下,可以大大减少计算量,快速获得统计结果.计算中应用的是NewFP算法,统计结果表明这种算法在估计激活的时间动力学准确性上优于FastICA算法.

关键词：独立成分分析盲源分离功能磁共振成像

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一门新兴的交叉学科——神经信息学

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自然杂志 2002年第6期24卷 352-355页

作者：范丽伟唐焕文大连理工大学计算生物学与生物信息学研究所

神经信息学是新近出现的一门新兴的交叉学科 ,它正在随着人类脑计划的实施而快速发展 .本文介绍了神经信息学的由来及其与人类脑计划的关系 ,分析了促使其发展的当代条件、神经数据的特点及其对信息科学技术提出的新要求 ,还介绍了神经... 详细信息

神经信息学是新近出现的一门新兴的交叉学科 ,它正在随着人类脑计划的实施而快速发展 .本文介绍了神经信息学的由来及其与人类脑计划的关系 ,分析了促使其发展的当代条件、神经数据的特点及其对信息科学技术提出的新要求 ,还介绍了神经信息学的研究项目实例 ,探讨了它的发展所带来的机遇和挑战 .

关键词：交叉学科神经信息学人类脑计划神经数据生物信息学数据库

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氨基酸序列的特征描述

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计算机与应用化学 2003年第1期20卷 1-5页

作者：靳利霞唐焕文大连理工大学计算生物学与生物信息学研究所辽宁大连116025

氨基酸序列的特征描述是指从一条氨基酸序列选取相关的特征信息并用数学方法描述这些信息,使之能正确反映序列与结构或功能之间的关系。在根据氨基酸序列预测蛋白质的结构类或亚细胞位置等问题中,氨基酸序列的特征描述直接影响预测质量... 详细信息

氨基酸序列的特征描述是指从一条氨基酸序列选取相关的特征信息并用数学方法描述这些信息,使之能正确反映序列与结构或功能之间的关系。在根据氨基酸序列预测蛋白质的结构类或亚细胞位置等问题中,氨基酸序列的特征描述直接影响预测质量;同时比较不同描述方法对预测结果的影响可以帮助我们理解序列与结构或序列与功能之间的关系。本文介绍了几种氨基酸序列的特征描述方法,以FDOD方程作为判别函数,比较了其中几种描述方法对蛋白质结构类预测结果的影响,发现二级结构单纯的全α类和全β类蛋白质对于氨基酸组成比较敏感,而对于混合型蛋白质,即α+β类和α/β类蛋白质,考虑氨基酸残基排列顺序可以显著提高预测结果。

关键词：氨基酸序列氨基酸组成特征描述结构类预测亚细胞定位

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新的独立成分分析算法实现功能磁共振成像信号的盲分离

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生物物理学报 2004年第3期20卷 188-192页

作者：武振华史振威唐焕文唐一源大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所大连116023 大连理工大学神经信息学研究所

采用独立成分分析(independentcomponentanalysis,ICA)的一种新的牛顿型算法来提取功能磁共振成像(functionalmagneticreasonanceimaging,fMRI)信号中的各种独立成分(包括与实验设计相关的成分以及各种噪声)。与fastICA相比,该算法减少了运算量,提高了运算速度,而且能够很好地分离出各个独立成分。结果表明该算法是一种有效的fMRI信号分析手段。

关键词：牛顿型算法独立成分分析功能磁共振成像盲源分离信号

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