检索结果-内蒙古大学图书馆

江苏省遗传学会2015年学术研讨会

作者：周琦徐立安南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京 210037

银杏(Ginkgo biloba L.)集果用、叶用、材用等用途于一身,素有“活化石”之美誉.本研究以贵州、浙江两省6 个银杏古树分布点和江苏2 个栽培点的共229 个个体为材料,从自主开发的SSR 标记中筛选出116 对多态性引物,并从中选取22 对进行... 详细信息

银杏(Ginkgo biloba L.)集果用、叶用、材用等用途于一身,素有“活化石”之美誉.本研究以贵州、浙江两省6 个银杏古树分布点和江苏2 个栽培点的共229 个个体为材料,从自主开发的SSR 标记中筛选出116 对多态性引物,并从中选取22 对进行群体扩增.结果表明：22 对引物共检测到183 个等位基因,每对引物扩增等位基因数4～21 个不等,平均为8.318,平均有效等位基因Ne 为5.867.

关键词：银杏微卫星遗传结构避难所

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利用SSR分析浙江红山茶群体遗传结构及其保护策略

利用SSR分析浙江红山茶群体遗传结构及其保护策略

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中国林学会珍贵树种分会成立大会暨首届中国珍贵树种学术研讨会

作者：温强刘丽婷叶金山徐立安徐林初江西省林业科学院省植物生物技术重点实验室南昌330032 南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

利用16个SSR标记检测12个浙江红山茶天然群体的遗传结构.结果显示,现有浙江红山茶的遗传多样性呈现较低水平(h=0.607),其分布特点是,中部处于怀玉山系及武夷山系群体(如江西大茅山、三清山、浙江古田山群体)多样性水平较高,为浙江红山... 详细信息

利用16个SSR标记检测12个浙江红山茶天然群体的遗传结构.结果显示,现有浙江红山茶的遗传多样性呈现较低水平(h=0.607),其分布特点是,中部处于怀玉山系及武夷山系群体(如江西大茅山、三清山、浙江古田山群体)多样性水平较高,为浙江红山茶多样性分布中心,向西处于衡山系的群体(湖南衡山)多样性最低,而东部泰顺及沿海的霞浦等群体的多样性相对处于中等水平;浙江红山茶各群体存在明显的遗传结构,且具高水平的遗传分化,群体间变异占总变异约25％ (FST=0.245,GST=0.255),其重要原因在于：群体规模较小,部分群体(湖南衡山、江西婺源灵山群体)已经历瓶颈效应,群体内存在近交,群体间基因流较小(Nm=0.731)等.开展浙江红山茶的资源保护与利用迫在眉睫,对多样性较高的群体如江西大茅山、三清山及浙江古田山等群体重点就地保护,可通过建立保护区等方式杜绝砍伐及破坏现象;而对遗传多样性较低的群体,如衡山、福安群体的物种恢复,建议通过引种回归方法;此外,对于多样性较低的分布区域,如江西中西部至湖南等地区,建议通过引种方式丰富资源.

关键词：浙江红山茶 SSR 群体遗传结构保护策略

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杉木EST-SSR与基因组SSR引物开发

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南京林业大学学报(自然科学版) 2014年第1期38卷 9-14页

作者：徐阳陈金慧李亚洪舟王颖赵亚琦王新民施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

利用已经公布的杉木444条EST序列和未公布的杉木基因组文库中1 142条基因序列,进行引物开发效率的比较。去冗余后,利用MISA搜索SSR位点,分别得到109个和39个含有SSR的位点。杉木EST序列中SSR分布密度为964.58个/Mbp,基因组中平均每Mbp出... 详细信息

利用已经公布的杉木444条EST序列和未公布的杉木基因组文库中1 142条基因序列,进行引物开发效率的比较。去冗余后,利用MISA搜索SSR位点,分别得到109个和39个含有SSR的位点。杉木EST序列中SSR分布密度为964.58个/Mbp,基因组中平均每Mbp出现1 037.24个SSR。在两个独立来源的数据库序列中,六核苷酸重复均为最多的重复类型,且AT-rich的重复类型占较大比例。AGC/CTG是杉木EST序列和基因组库中最多的三碱基重复,通过Primer 3.0分别设计出SSR引物95对和37对。为考察设计引物在杉木不同种源(群体)中的有效性,取12个种源(个体)的优良个体,利用随机抽取的10个EST-SSR和8个gSSR(基因组SSR)进行引物筛选,结果表明:EST-SSR和gSSR各有4对引物在12个种源(个体)中表现出明显的多态性,多态率分别为40%和50%。8对多态性的SSR引物共扩增出25个多态性等位位点,平均每个引物产生3.125个多态性等位位点,平均有效的等位位点为2.399 5,PIC平均值为0.519 1;Hot平均为0.307 4。其中gSSR标记在检测群体间存在较大的分化,4个gSSR比4个EST-SSR扩增出更多的等位位点数、平均等位位点数,以及更大的PIC值。

关键词：杉木基因组SSR EST-SSR

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松属编码区微卫星特征和相应基因功能分析（英文）

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南京林业大学学报(自然科学版) 2014年第2期38卷 47-51页

作者：孔凡明王小龙陈赢男李淑娴徐进尹佟明南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

从GenBank下载453 892条松属EST序列,序列组装后得到20 886条contig。用Sputnik软件从这些contig中查找了2 678个微卫星,其中3碱基重复微卫星占的比例最高,为59.2%,而其他重复长度的微卫星都相对较低,比例分别为:2碱基重复微卫星占12.0... 详细信息

从GenBank下载453 892条松属EST序列,序列组装后得到20 886条contig。用Sputnik软件从这些contig中查找了2 678个微卫星,其中3碱基重复微卫星占的比例最高,为59.2%,而其他重复长度的微卫星都相对较低,比例分别为:2碱基重复微卫星占12.0%,4碱基重复微卫星占13.3%,5碱基重复微卫星占15.5%。3碱基重复微卫星变化引起的基因读码框改变最小,松属树种基因区3碱基重复微卫星的富集显示了强烈的密码子选择效应。此次研究还对查找到的微卫星进行了引物设计和扩增分析。实验结果显示,设计的微卫星引物在云南松中的扩增成功率是72.9%。从扩增成功的引物中进一步选取了155对引物,对14个松属树种和1个黄杉属树种进行了引物通用性实验分析,结果显示155对引物在14个松属树种间的通用性在71.0%以上,而在黄杉属树种中的通用性只有25.2%。对松属树种中含有微卫星的基因进行了功能分类研究,结果显示基因在是否保留微卫星序列方面有显著分化,微卫星参与了如细胞成分分类的共质体组成、病毒颗粒及病毒颗粒组成、生物节律调控,以及生长素转运蛋白等生物学过程。

关键词：表达序列标签序列组装微卫星松属

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利用高通量测序技术分析核桃基因组微卫星特征

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东北林业大学学报 2014年第2期42卷 65-68,82页

作者：廖卓毅马秋月戴晓港张得芳李淑娴林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室(南京林业大学) 南京210037

利用454高通量测序技术对核桃(Juglans regia)基因组进行了部分测序,并利用测得的序列进行核桃基因组微卫星特征分析。结果表明:研究共测得了104.5 Mb的核桃基因组序列,经序列组装得到了9 787个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重... 详细信息

利用454高通量测序技术对核桃(Juglans regia)基因组进行了部分测序,并利用测得的序列进行核桃基因组微卫星特征分析。结果表明:研究共测得了104.5 Mb的核桃基因组序列,经序列组装得到了9 787个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重复数目最多,共5 883个,占重复序列总数的60.11%;其次是单碱基重复类型(1 289个)和四碱基重复类型(889个),分别占重复序列总数的13.17%和9.07%;另外二碱基重复768个,三碱基重复549个,五碱基409个,分别占重复序列总数的7.85%、5.61%和4.18%。在单碱基重复类型中,重复单元最多的为A/T;二碱基重复中,AT/TA和AG/CT为主要优势重复类型;三碱基、四碱基和六碱基重复类型中,AAN、AAAN和AAAAAN是主要的优势重复类型;五碱基重复类型中,AGATG和AAAAT是主要的优势重复类型。在核桃微卫星序列中,A/T碱基含量丰富,而C/G碱基含量相对较少。试验还对核桃基因组微卫星的长度及各碱基重复类型的长度分化进行了研究,结果发现核桃基因组微卫星以第二类(长度<20 bp)为主,且长碱基重复类型较短碱基重复类型长度分化程度低,稳定性高。

关键词：核桃微卫星碱基重复类型长度分化

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杉木第2代种子园双列杂交子代遗传变异及选择

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亚热带农业研究 2015年第2期11卷 73-79页

作者：陈孝丑郑仁华施季森福建省林业科技试验中心福建南靖363600 福建省林业科学研究院国家林业局南方山地用材林培育重点实验室福建福州350012 南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037

利用杉木第2代种子园10个速生优良无性系作为杂交亲本,开展双列杂交及子代测定,研究不同林龄家系生长性状和材性遗传变异规律,并开展优良家系及单株选择。结果表明,不同林龄家系间均存在较大的遗传变异,树高、胸径和单株材积等生长性状... 详细信息

利用杉木第2代种子园10个速生优良无性系作为杂交亲本,开展双列杂交及子代测定,研究不同林龄家系生长性状和材性遗传变异规律,并开展优良家系及单株选择。结果表明,不同林龄家系间均存在较大的遗传变异,树高、胸径和单株材积等生长性状均达极显著差异水平。14年生木材的红心率、偏心率、树皮率和基本密度等材质指标的变异系数均较大,家系间存在较大的遗传变异,木材材质也随着林龄增大不断提高。选出单株材积遗传增益最大的5个速生优良家系,与对照相比,单株材积平均遗传增益为6.08%;选出木材基本密度遗传增益最大的5个材性优良家系,与对照相比,木材基本密度平均遗传增益为3.85%。速生和材质两类优良家系可作为杉木高世代种子园建园材料进行推广利用。在优良家系选择的基础上还选出12个优良个体,与对照相比,单株材积遗传增益达38.24%,增产效果明显,不仅是高世代育种的理想材料,而且可以通过无性繁殖加以利用。

关键词：杉木杂交生长性状材性遗传变异选择

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利用大配子体构建马尾松遗传图谱

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分子植物育种 2014年第3期12卷 421-431页

作者：何卫龙张逢凯潘婷季孔庶林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室、南京林业大学南京210037

本研究以单株马尾松的142个大配子体为作图群体,利用筛选的55对SSR引物和142对SRAP引物获得502个标记,构建了一张包含237个标记、18个连锁群的马尾松遗传连锁图谱。马尾松连锁图谱总图距为1 462.1 cM,最大连锁群图距为136.4 cM,最小连... 详细信息

本研究以单株马尾松的142个大配子体为作图群体,利用筛选的55对SSR引物和142对SRAP引物获得502个标记,构建了一张包含237个标记、18个连锁群的马尾松遗传连锁图谱。马尾松连锁图谱总图距为1 462.1 cM,最大连锁群图距为136.4 cM,最小连锁群图距为36.7 cM,平均每个连锁群长度为81.2 cM,标记之间平均图距为6.2 cM。此外,利用L16(45)正交试验表对影响PCR结果的Mg2+、dNTP、模板DNA、引物浓度、Taq DNA聚合酶进行试验,建立了适合马尾松SSR-PCR和SRAP-PCR的反应体系。

关键词：马尾松 SSR SRAP 体系优化遗传连锁图谱

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马尾松CAD基因的克隆及其编码蛋白质的结构预测

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分子植物育种 2014年第4期12卷 638-645页

作者：张逢凯潘婷盛璐季孔庶林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室(南京林业大学) 南京210037

肉桂醇脱氢酶(cinnamyl alcoholdehy drogenase,CAD)在木质素合成过程中起关键作用。本研究利用CODEHOP设计简并引物,采用RT-PCR和RACE技术,从马尾松中克隆得到CAD基因的cDNA全长(GenBank登入号:KF419291)。此cDNA全长1 450 bp,包括1 074 bp完整的ORF,编码357个氨基酸的蛋白,相对分子质量与等电点分别为38945.1u和5.8。利用ClustalX、DNAMAN、ANTHEPROT软件分析其序列和编码的氨基酸序列。采用RT-PCR方法对CAD基因在根、侧枝、叶、芽四种组织中表达的特异性分析,结果显示,CAD基因在马尾松侧枝中表达量最高,在叶、根和芽中亦有低水平表达。

关键词：马尾松肉桂醇脱氢酶基因克隆序列分析蛋白质的结构预测组织特异性表达

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全细胞催化制备单糖酸及其鉴定

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林产化学与工业 2014年第5期34卷 22-26页

作者：王荥周鑫徐勇勇强余世袁南京林业大学化学工程学院林木遗传与生物技术教育部重点实验室江苏南京210037 江苏省生物质绿色燃料与化学品重点实验室江苏南京210037

首次利用氧化葡萄糖酸杆菌全细胞催化方法,在液体振荡反应体系中分别制取葡萄糖、木糖、阿拉伯糖、半乳糖和甘露糖这5种植物单糖对应的单糖酸钙溶液。以高效阴离子交换色谱-脉冲安培检测器(HPAEC-PAD)对它们的纯度进行检测,并采用红外光... 详细信息

首次利用氧化葡萄糖酸杆菌全细胞催化方法,在液体振荡反应体系中分别制取葡萄糖、木糖、阿拉伯糖、半乳糖和甘露糖这5种植物单糖对应的单糖酸钙溶液。以高效阴离子交换色谱-脉冲安培检测器(HPAEC-PAD)对它们的纯度进行检测,并采用红外光谱(FT-IR)和电喷雾质谱(ESI-MS)进行了物质的结构解析与鉴定。结果显示,制备所得的5种单糖酸钙的离子色谱检测纯度均大于98%;它们的红外光谱在1600 cm-1处均有去质子化COO-基团的特征吸收;在电喷雾质谱中2种戊糖酸和3种己糖酸的特征离子峰[M-H]-分别为165.1和195.1,与理论值相符。

关键词：单糖酸全细胞催化结构解析离子交换色谱红外光谱电喷雾质谱

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休哈塔假丝酵母中甲酸抑制的目标基因发掘

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微生物学报 2014年第1期54卷 104-113页

作者：蔡鹏熊许洁徐勇勇强朱均均余世袁南京林业大学化工学院江苏省生物质绿色燃料与化学品重点实验室林木遗传与生物技术教育部重点实验室江苏南京210037

【目的】探究甲酸对木糖乙醇发酵模式菌株休哈塔假丝酵母基因转录的影响规律,发掘抑制的目标基因及抑制特征。【方法】基于该酵母葡萄糖、木糖代谢转录组的研究成果,结合细胞代谢途径和人工基因比对筛选出乙醇发酵相关基因,再通过RQ-PC... 详细信息

【目的】探究甲酸对木糖乙醇发酵模式菌株休哈塔假丝酵母基因转录的影响规律,发掘抑制的目标基因及抑制特征。【方法】基于该酵母葡萄糖、木糖代谢转录组的研究成果,结合细胞代谢途径和人工基因比对筛选出乙醇发酵相关基因,再通过RQ-PCR对梯度甲酸抑制条件下的上述基因进行定量分析,进而发掘出甲酸抑制的目标基因。【结果】共筛选出42个相关基因,经RQ-PCR定量分析最终确定受甲酸显著抑制的基因10个,上调基因5个。【结论】在基因转录水平上,休哈塔假丝酵母中甲酸显著抑制的基因按照抑制强度降序排列为XYL2、ACS、RKI、TAL、GND1、TKL、ZWF1、XYL1、PDH和PDC,按照上调强度降序排列为ALD、GLK、MDH、PFK、ADH。

关键词：休哈塔假丝酵母木糖乙醇发酵甲酸抑制物目标基因实时定量PCR

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