为了筛选获得高效拮抗建兰炭疽病病原菌胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)的菌株,采用平板对峙法,从新疆库姆塔格沙漠土样分离的126株细菌中初筛获得23株拮抗菌株,经平板扩散法复筛得到1株高效拮抗菌株N147-1-3。结合菌落菌体形态观察、16S r DNA序列分析和生理生化试验,鉴定该菌为甲基营养型芽孢杆菌(Bacillus methylotrophicus)。对拮抗菌发酵液上清测定表明,60%的硫酸铵沉淀物具有最高的抑菌活性,经氯仿抽提后萃取相不具有拮抗活性,经高温处理和蛋白酶K消化后抑菌物质的拮抗作用消失,初步分析抑菌物质是蛋白类物质。
【目的】分析楸树叶绿体基因组密码子使用偏性,为楸树乃至梓属植物叶绿体基因组学、物种进化特征及遗传多样性分析等研究提供理论依据。【方法】利用Codon W 1.4.2及EMBOSS expiorer的cusp和chips软件对51个楸树叶绿体基因的编码区(CDS...
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【目的】分析楸树叶绿体基因组密码子使用偏性,为楸树乃至梓属植物叶绿体基因组学、物种进化特征及遗传多样性分析等研究提供理论依据。【方法】利用Codon W 1.4.2及EMBOSS expiorer的cusp和chips软件对51个楸树叶绿体基因的编码区(CDS)序列进行密码子相关参数、中性绘图、ENC-plot和PR2-plot等分析,并通过构建高、低表达偏性基因库,以ENC值和RSCU值为参考标准,最终筛选最优密码子。【结果】51个基因密码子的平均GCall含量为38.48%,密码子不同位置GC含量为:GC_(1)(47.03%)>GC_(2)(39.93%)>GC_(3)(28.09%),说明第3位的GC并非均匀分布;ENC为34.93~56.50,平均为46.87。GC2与GC1呈极显著正相关(P<0.01),而GC_(3)与GC_(1)和GC_(2)无显著正相关(P>0.05);ENC与GCall、GC_(1)、GC_(3)和N均呈显著正相关(P<0.05,下同);密码子数(N)与GC_(3)和ENC呈显著正相关。RSCU>1的密码子共有30个,其中,以A或U结尾的密码子有29个。中性绘图分析结果显示,GC_(3)与GC_(12)相关系数为0.0188,二者无显著相关性,回归系数为0.143。ENC-plot分析结果显示,大部分基因偏离了ENC预期标准曲线,少数分布在预期曲线附近;有7个密码子分布在GC3含量-0.05~0.15区间,其余区间共有44个密码子,而这44个基因离ENC标准曲线较远。PR2-plot分析结果显示,落在中线上的基因较少,平面图右下方的基因分布较多,表明在各碱基使用频率方面存在偏性,即T>A,G>C。各碱基使用频率存在偏性(T>A,G>C),说明基因组密码子的偏性更多受选择效应的影响。最终筛选出7个为最优密码子UUU、CUU、CCU、AAA、GAU、CGA和GGU。【结论】楸树叶绿体基因组密码子偏性较弱,偏好使用A或U结尾的密码子,主要受选择压力的影响,受突变等其他因素影响较小。
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