【目的】分析楸树叶绿体基因组密码子使用偏性,为楸树乃至梓属植物叶绿体基因组学、物种进化特征及遗传多样性分析等研究提供理论依据。【方法】利用Codon W 1.4.2及EMBOSS expiorer的cusp和chips软件对51个楸树叶绿体基因的编码区(CDS...
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【目的】分析楸树叶绿体基因组密码子使用偏性,为楸树乃至梓属植物叶绿体基因组学、物种进化特征及遗传多样性分析等研究提供理论依据。【方法】利用Codon W 1.4.2及EMBOSS expiorer的cusp和chips软件对51个楸树叶绿体基因的编码区(CDS)序列进行密码子相关参数、中性绘图、ENC-plot和PR2-plot等分析,并通过构建高、低表达偏性基因库,以ENC值和RSCU值为参考标准,最终筛选最优密码子。【结果】51个基因密码子的平均GCall含量为38.48%,密码子不同位置GC含量为:GC_(1)(47.03%)>GC_(2)(39.93%)>GC_(3)(28.09%),说明第3位的GC并非均匀分布;ENC为34.93~56.50,平均为46.87。GC2与GC1呈极显著正相关(P<0.01),而GC_(3)与GC_(1)和GC_(2)无显著正相关(P>0.05);ENC与GCall、GC_(1)、GC_(3)和N均呈显著正相关(P<0.05,下同);密码子数(N)与GC_(3)和ENC呈显著正相关。RSCU>1的密码子共有30个,其中,以A或U结尾的密码子有29个。中性绘图分析结果显示,GC_(3)与GC_(12)相关系数为0.0188,二者无显著相关性,回归系数为0.143。ENC-plot分析结果显示,大部分基因偏离了ENC预期标准曲线,少数分布在预期曲线附近;有7个密码子分布在GC3含量-0.05~0.15区间,其余区间共有44个密码子,而这44个基因离ENC标准曲线较远。PR2-plot分析结果显示,落在中线上的基因较少,平面图右下方的基因分布较多,表明在各碱基使用频率方面存在偏性,即T>A,G>C。各碱基使用频率存在偏性(T>A,G>C),说明基因组密码子的偏性更多受选择效应的影响。最终筛选出7个为最优密码子UUU、CUU、CCU、AAA、GAU、CGA和GGU。【结论】楸树叶绿体基因组密码子偏性较弱,偏好使用A或U结尾的密码子,主要受选择压力的影响,受突变等其他因素影响较小。
热激蛋白90(Heat shock protein 90,Hsp90)作为一类高度保守的分子伴侣,不仅能够协助蛋白折叠,在信号转导、细胞周期循环、蛋白降解、蛋白运输等过程中也起重要作用.本研究在基因组水平上对杨树Hsp90基因家族的成员进行分析,对杨树10个H...
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热激蛋白90(Heat shock protein 90,Hsp90)作为一类高度保守的分子伴侣,不仅能够协助蛋白折叠,在信号转导、细胞周期循环、蛋白降解、蛋白运输等过程中也起重要作用.本研究在基因组水平上对杨树Hsp90基因家族的成员进行分析,对杨树10个Hsp90基因进行系统进化、基因结构、亚细胞定位及表达特性分析.分析发现PtHsp90s分布于杨树的不同组织并有不同的亚细胞定位,表明其可能参与不同的生物学过程.PtHsp90s部分成员表达受高温及干旱等非生物胁迫的诱导,表明其可能在不同的胁迫响应中起作用.本研究为进一步研究杨树Hsp90基因功能奠定了基础.
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