阿尔茨海默病(AD)是导致痴呆的最常见原因,脑内淀粉样斑块(Aβ)异常沉积是其主要病理特征。T淋巴细胞作为免疫系统的重要组成,在细胞免疫与免疫调节中发挥主导作用。研究表明,AD发生时部分 T淋巴细胞亚群被激活并浸润进入脑内,同时外周免疫系统与外周血中各 T淋巴细胞亚群数量与功能也发生改变。本文主要对 CD3^(+)、CD4^(+)及 CD8^(+)T淋巴细胞,Treg 和各辅助性 T 淋巴细胞亚群在 AD 发生时数量与功能的改变及其潜在作用进行探讨,由于 T 淋巴细胞亚群分群复杂,同时不同研究中 AD 患者处于疾病发生发展的不同阶段,所以文献中具体研究结果可能有所差别,甚至相反。本课题组对现有文献中不同 T 淋巴细胞亚群与 AD 发生发展关系进行总结与探讨,认为 T 淋巴细胞亚群与 AD 的系统研究将为 AD 免疫治疗带来新的曙光。
DNA甲基化是重要的表观遗传现象,对基因表达发挥重要调控功能.大量研究表明,基因DNA甲基化是重要的临床诊断生物标志物.在临床上,实施快速、准确的DNA甲基化状态检测是诊断应用的前提和关键.甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,M...
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DNA甲基化是重要的表观遗传现象,对基因表达发挥重要调控功能.大量研究表明,基因DNA甲基化是重要的临床诊断生物标志物.在临床上,实施快速、准确的DNA甲基化状态检测是诊断应用的前提和关键.甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,MSP)通过将两种引物与甲基化、非甲基化模板各自特异性结合和扩增,实现基因甲基化状态的区分,是切实可行、简单便捷的临床诊断实验技术.但是,不同于常规PCR,MSP主要存在如何强化引物-甲基化/非甲基化模板特异性结合、降低引物序列Tm值差异、去除假阳性扩增及提高敏感性等四大难点.尽管大多数MSP引物设计软件对上述难题都提出了各自解决办法,但在引物设计影响因素考虑、设计与评估并行处理及特异性扩增预测等方面仍然存在较大缺陷.为此,本研究通过对MethPrimer、MSPPrimer、MethBlast、BiSearch等现有MSP引物设计软件原理的深入探究,以及对Bowtie、SAMtools和BEDTools等工具的有效综合整合,基于图形库Matplotlib和第三方Python功能库BioPython与Primer3-py实现了具有系列优点的甲基化特异性PCR引物设计与评估可视化工具MethyScan.它具有引物设计、基因组索引、引物评估等三大完整功能模块,不仅可快速进行MSP引物设计,实现巢式(Nested)引物适配,还可基于4种基因组碱基转换模板分析引物结合信息,图形化展示非特异性扩增与目的片段差异,从而综合评估引物特异性-非特异性扩增.同时,对食管癌、结直肠癌等多种恶性肿瘤中6个潜在生物标志物TFPI-2、NDRG4、CDKN2A、CD44、CASP8和SDHD的甲基化引物设计对比结果表明,MethyScan不仅可获得更多CpG位点的检测引物,而且所获得MSP引物位置与其他软件结果相同或相近,且引物间Tm值差值更小.总之,作为首个图形化展示特异性-非特异性扩增差异MSP引物设计工具,MethyScan可有效提高甲基化引物设计准确性,为临床DNA甲基化检测项目开展、检测试验实施及诊断试剂盒研发提供有力支撑.MethyScan工具下载地址:https://***/bioinfo-ibms-pumc/MethyScan.
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