检索结果-内蒙古大学图书馆

基因组学与应用生物学 2024年第7期43卷 1196-1213页

作者：杨品任振华袁增强安徽医科大学基础医学院合肥230032 北京基础医学研究所脑科学中心北京100850

多模态组学数据的联合运用在揭示细胞异质性和解析细胞命运调控机制方面具有重要意义,目前已有多种方法被开发,用于处理不同组学模态数据的整合。本研究通过对应用于不同整合任务的多种数据整合方法进行性能评测,为相关领域的研究提供... 详细信息

多模态组学数据的联合运用在揭示细胞异质性和解析细胞命运调控机制方面具有重要意义,目前已有多种方法被开发,用于处理不同组学模态数据的整合。本研究通过对应用于不同整合任务的多种数据整合方法进行性能评测,为相关领域的研究提供有益参考。使用6个联合测序数据集对16种单细胞多模态配对数据整合方法在2类整合任务上的性能进行测试,再通过4个模拟数据集和1个真实数据集对6种空间转录组反卷积方法的性能进行评估。在RNA和ATAC配对数据整合任务中,MOFA+、 SCOIT、 Cobolt分别在PBMC、 BMMC、 SNARE数据集上取得最优表现,SCOIT在3个数据集的汇总得分中均排名前3, MMDVAE、 DAE在基于AE的融合算法中表现突出。在RNA和蛋白质配对数据整合任务中,Cobolt、 MOFA+、 Seurat分别在P5_CITE、 BM_CITE、 COVID中取得最优表现,totalVI在3个数据集的汇总得分中排名靠前,基于AE的融合算法中以efMMDVAE、 lfMMDVAE的表现最好。在空间转录组反卷积方法评测中,Cell2location和SPACEL在模拟数据和真实数据中的性能表现均优于其他方法的,其中Cell2location在真实数据集中表现最佳,正确地推断了两类心肌细胞在心室的比例。此外,本研究发现在配对数据整合任务中,不同方法对数据的适应性不同。SCOIT和totalVI分别是RNA与ATAC、 RNA与蛋白质数据整合中表现稳定优异的方法。Seurat、 MOFA+易受数据影响。

关键词：单细胞组学空间转录组学多模态组学联合测序数据整合

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肾素-血管紧张素系统：急性呼吸窘迫综合征中的生命之舵

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中国生物化学与分子生物学报 2025年第4期41卷 487-493页

作者：张艳丽蒋澄宇中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院重大疾病共性机制研究全国重点实验室

急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome, ARDS)是一种严重的肺部疾病，其特征为肺部细胞因子风暴、弥漫性肺泡损伤、肺血管通透性增加、急性非心源性肺水肿和难治性低氧血症(PaO2/FIO2≤300 mm),最终导致多器官衰竭。... 详细信息

急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome, ARDS)是一种严重的肺部疾病，其特征为肺部细胞因子风暴、弥漫性肺泡损伤、肺血管通透性增加、急性非心源性肺水肿和难治性低氧血症(PaO2/FIO2≤300 mm),最终导致多器官衰竭。ARDS起病快、病情严重并且缺乏有效治疗手段，导致其高病死率(30%～70%),对公共健康构成重大威胁。ARDS可由多种病因引发，包括严重感染(例如SARS-CoV、SARS-CoV-2、H5N1)以及非感染性因素。目前的治疗方法主要是非特异性的处理，包括类固醇、传统中医药、营养支持和机械通气等。2012年更新的柏林标准主要依据发病时间、低氧血症、肺水肿以及相关的放射学和生理学异常来诊断ARDS。最近的研究表明，生物标志物可以提高诊断的灵敏度和特异性。例如，血管紧张素II(Ang II)水平升高与重症肺炎的严重程度和预后相关，强调了肾素-血管紧张素系统(renin-angiotensin system, RAS)在ARDS病理机制中的重要作用。ARDS进展的一个关键因素是局部肺组织中RAS的破坏。研究表明，Ang II-Ang II 1型受体(angiotensin II type 1 receptor, AT1R)轴的激活会促进肺损伤。ACE2是RAS的关键负调节因子，在缓解Ang II过度生成引起的肺损伤中发挥着重要作用。动物模型中ACE2的下调导致RAS失衡，进而引发急性肺损伤。SARS-CoV、SARS-CoV-2和禽流感等病毒感染，以及暴露于某些纳米材料，都能通过降低ACE2水平、破坏RAS平衡，特别是通过激活Ang II-AT1R轴，导致Ang II的增加，从而诱发ARDS。本文讨论了涉及RAS抑制剂的潜在治疗策略，包括血管紧张素受体拮抗剂(angiotensin receptor blockers, ARB)和补充ACE2。研究表明，ARB(包括洛沙坦),能够显著减少由病毒感染和其他因素引起的ARDS动物模型中的肺损伤，并改善存活率。此外，重组人ACE2通过降低Ang II水平和缓解肺损伤表现出保护作用。本文还讨论了ARB在治疗多器官功能障碍综合征(multiple organ dysfuction syndrom, MODS)中的治疗潜力，因为RAS失调在器官损伤中发挥关键作用。临床试验表明，ARB能够改善COVID-19患者的预后。尽管ARB可能产生低血压和电解质失衡等不良反应，但它们仍然是治疗ARDS和MODS有前景的治疗选择。未来的研究应进一步阐明RAS调节在不同病因背景下的分子机制，并开发个体化治疗策略，以优化临床治疗效果。总而言之，靶向RAS,特别是Ang II-AT1R轴，代表了治疗ARDS和MODS的一种新颖而有前景的方法，为危重病人提供了有价值的治疗途径。

关键词：肾素-血管紧张素系统急性呼吸窘迫综合征新冠病毒禽流感病毒

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鼠伤寒沙门菌诱导巨噬细胞RAW264.7铜死亡机制研究

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中国病原生物学杂志 2025年第1期20卷 14-18,24页

作者：李丽袁西露程龙云谢荣现祝姚姚李冰清宋楠楠山东第一医科大学(山东省医学科学院)临床与基础医学院(基础医学研究所)病原生物学系山东济南250000

目的讨论病原菌感染后诱导巨噬细胞发生铜死亡的现象并分析该细胞反应对细菌胞内生存影响,探索细胞铜死亡的机制及其对鼠伤寒沙门菌胞内生存和致病性的影响。方法鼠伤寒沙门菌入侵、加铜离子载体伊利司莫(Elesclomol,ES)和氯化铜24 h后... 详细信息

目的讨论病原菌感染后诱导巨噬细胞发生铜死亡的现象并分析该细胞反应对细菌胞内生存影响,探索细胞铜死亡的机制及其对鼠伤寒沙门菌胞内生存和致病性的影响。方法鼠伤寒沙门菌入侵、加铜离子载体伊利司莫(Elesclomol,ES)和氯化铜24 h后,收集细胞并设置未处理细胞对照组、ES对照组、WT感染组,用电感耦合等离子质谱检测细胞内铜离子浓度变化;细胞内铜染色后,使用共聚焦显微镜观察铜离子的分布情况;细胞入侵48 h后,设置未处理细胞对照组、细胞中和感染的细胞中加入不同浓度铜离子(1μmol/L、2.5μmol/L、5μmol/L),采用乳酸脱氢酶法检测了添加铜离子前后感染细胞死亡率的差异;细胞入侵24 h后,免疫荧光和Western blot方法检测铜死亡关键指标硫辛酰化修饰的DLAT蛋白寡聚体产生及分布情况。结果感染和加入药物干预的RAW264.7细胞内的铜元素的含量无差异,细胞内铜元素含量分别为NC组0.06533±0.008327,ES组0.1580±0.002646,WT组为0.07367±0.007572;共聚焦显微镜显示感染后细胞内铜离子分布形态发生变化,铜离子聚集成点状;细胞感染48 h后,Cell组细胞死亡率为19.60±9.758,Cell+1μmol/L CuCl_(2)组细胞死亡率为17.27±7.130,Cell+2.5μmol/L CuCl_(2)组细胞死亡率为40.13±5.650,Cell+5μmol/L CuCl_(2)组细胞死亡率为65.50±1.241,WT+1μmol/L CuCl_(2)组细胞死亡率为65.44±1.329,WT+2.5μmol/L CuCl_(2)组细胞死亡率为80.56±4.543,WT+5μmol/L CuCl_(2)组细胞死亡率为76.42±1.316,鼠伤寒沙门菌入侵后细胞死亡率随培养基添加铜离子浓度增加而增高;共聚焦显微镜和Western blot显示鼠伤寒沙门菌入侵后铜死亡关键蛋白丙酮酸脱氢酶DLAT亚基发生寡聚化形成多聚体。结论感染后RAW264.7细胞启动铜死亡,抑制鼠伤寒沙门菌胞内生存,为铜死亡的机制研究提供了理论研究基础。

关键词：鼠伤寒沙门菌巨噬细胞RAW264.7 铜死亡铜离子 DLAT蛋白

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鼠伤寒沙门菌未知功能蛋白YchJ的抗逆功能研究

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中国病原生物学杂志 2025年第4期20卷 466-470,476页

作者：袁西露李丽谢荣现程龙云李冰清王玮玮山东第一医科大学(山东省医学科学院)临床与基础医学院(基础医学研究所)病原生物学系山东济南250000

目的了解ychJ基因及其编码蛋白YchJ对鼠伤寒沙门菌抗逆能力的影响。方法基于ExPASy ProtParam tool和Clustal Omega对YchJ蛋白性质及氨基酸序列保守性等生物信息学进行分析和预测。采用CRISPRCas9法构建鼠伤寒沙门菌ATCC14028s的ychJ... 详细信息

目的了解ychJ基因及其编码蛋白YchJ对鼠伤寒沙门菌抗逆能力的影响。方法基于ExPASy ProtParam tool和Clustal Omega对YchJ蛋白性质及氨基酸序列保守性等生物信息学进行分析和预测。采用CRISPRCas9法构建鼠伤寒沙门菌ATCC14028s的ychJ基因敲除株△ychJ,并通过DNA扩增技术进行鉴定。分别对野生株和敲除株进行抗逆功能试验,通过结晶紫半定量法和刚果红染色法确定YchJ对沙门菌生物膜形成的影响;采用生长曲线测定法和菌落计数法确定YchJ对沙门菌抗生素耐受能力的影响;利用半固体平板移动法检测YchJ对沙门菌运动能力的影响。结果YchJ是一种稳定的亲水性蛋白,其氨基酸序列相对保守,ychJ基因敲除株构建成功。与野生株的RDAR表型(红色、干燥和粗糙)相比,该敲除株表现为SAW表型(光滑、白色、湿润)。经结晶紫染色后,野生株的A_(570)/A_(600)值为0.8345±0.1016,显著高于ychJ敲除株的0.2633±0.05051。在抗生素耐受性实验中,低浓度氨苄青霉素或诺氟沙星压力下,ychJ敲除株的生存能力显著降低,仅为野生型的10%-60%。在半固体平板实验中,ychJ敲除株的扩散直径达到(5.00±0.10)cm,显著大于野生株的(1.933±0.1155)cm,表明ychJ敲除株表现出更强的移动能力。结论未知功能蛋白YchJ的缺失会影响鼠伤寒沙门菌的运动能力、生物膜形成能力和抗生素耐受能力,为沙门菌及其他胞内寄生菌YchJ功能的确定提供理论基础。

关键词：鼠伤寒沙门菌 YchJ蛋白运动能力生物膜形成抗生素耐受

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鼠伤寒沙门菌转录调控因子HilD的蛋白纯化及与hilA启动子DNA复合物晶体培养

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中国病原生物学杂志 2024年第3期19卷 270-274页

作者：刘晴谢荣现范丙乾李冰清贾海红山东第一医科大学(山东省医学科学院)临床与基础医学院(基础医学研究所) 山东济南250062

目的本研究将获取鼠伤寒沙门菌毒力转录调控因子HilD的蛋白,培养HilD蛋白晶体,为进一步分析HilD功能机制和靶向胞内沙门菌药物研发奠定基础。方法以鼠伤寒沙门菌转录调控因子HilD生物信息学分析为基础,使用鼠伤寒沙门菌14028S菌株作为... 详细信息

目的本研究将获取鼠伤寒沙门菌毒力转录调控因子HilD的蛋白,培养HilD蛋白晶体,为进一步分析HilD功能机制和靶向胞内沙门菌药物研发奠定基础。方法以鼠伤寒沙门菌转录调控因子HilD生物信息学分析为基础,使用鼠伤寒沙门菌14028S菌株作为模板进行分子克隆,构建hilD-pGl01重组质粒,使用原核体系表达HilD,通过镍柱亲和层析柱和透析获取纯化蛋白。EMSA实验验证HilD活性。使用晶体培养试剂盒进行晶体培养。结果成功构建了HilD原核表达系统,HilD是一种碱性蛋白,在蛋白提取过程中需要将缓冲液的pH值维持在7.0左右以维持HilD蛋白的稳定性,还需添加2%甘油和2%蔗糖进行保护。hilA能够稳定HilD蛋白,有利于晶体的生长。结论成功获取HilD纯化蛋白,实验证明具有生物活性,培养出HilD与hilA启动子DNA的复合物晶体,复合物的培养为HilD结构解析奠定了基础。

关键词：鼠伤寒沙门菌 HilD 原核表达晶体培养

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吸烟归因分值估算方法

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卫生研究 2023年第5期52卷 853-857,862页

作者：艾飞玲(综述) 万霞(审校) 中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院北京100005

准确估算吸烟归因风险对制定烟草控制和疾病防治策略具有重要意义。估算烟草归因风险的关键指标是人群归因分值;随着研究进展,吸烟人群归因分值的估算方法学不断推陈出新,迄今为止,主要方法包括基于吸烟率的直接法、基于吸烟影响比的间... 详细信息

准确估算吸烟归因风险对制定烟草控制和疾病防治策略具有重要意义。估算烟草归因风险的关键指标是人群归因分值;随着研究进展,吸烟人群归因分值的估算方法学不断推陈出新,迄今为止,主要方法包括基于吸烟率的直接法、基于吸烟影响比的间接法和剂量-反应关系法。该文系统梳理和总结了这3种方法的原理、计算公式及其适用场景,以期促进烟草归因风险估算的方法学发展。

关键词：吸烟人群归因分值方法学

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基于横断面调查与隐结构分析的312例冠心病伴发抑郁状态患者复合证候分布特点研究

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北京中医药大学学报 2023年第5期46卷 722-730页

作者：雷舒扬向兴华王丽颖白卫国杨伟韩学杰浙江中医药大学基础医学院杭州310053 中国中医科学院中医临床基础医学研究所

目的探究冠心病伴发抑郁状态(CHDD)复合证候分布特点。方法基于前期文献挖掘的3446例CHDD患者中医证候特征内容设计调查问卷,运用横断面调查方法,于2020年11月1日—2021年10月31日在北京3家医院共招募312例CHDD患者,通过Bridged Island... 详细信息

目的探究冠心病伴发抑郁状态(CHDD)复合证候分布特点。方法基于前期文献挖掘的3446例CHDD患者中医证候特征内容设计调查问卷,运用横断面调查方法,于2020年11月1日—2021年10月31日在北京3家医院共招募312例CHDD患者,通过Bridged Islands算法对高频症状及舌脉象(出现频次>10%)进行隐结构分析。结果高频症状47个、舌脉象11个,包括心慌、气短、乏力、胸痛、心情低落等,构建隐结构(隐树)模型共得到18个隐变量,集中反映了气虚、气郁、阴虚、阳虚、血瘀、气滞、痰湿7个病性要素,心、肝、胆、脾、肾5个病位要素。对18个隐变量进行综合聚类分析,共推断出3种复合证候类型,分别为心胆气虚-肝郁血瘀证(占72%)、脾肾阳虚-痰气郁结证(占62%)及心肾不交-湿热内蕴证(占59%)。结论临床中CHDD患者证候类型并非单一虚证或实证,而是呈现以虚、瘀、郁为核心病机的3种虚实夹杂复合证候,其中心胆气虚-肝郁血瘀证是CHDD关键证候。此研究结果为临床辨证施治提供了参考依据。

关键词：冠心病伴发抑郁状态隐结构分析横断面调查复合证候心胆气虚证肝郁血瘀证

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孤儿药的研究进展与研发动力探讨

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医药导报 2024年第6期43卷 904-910页

作者：李阳朱蕾中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院药理系北京100005

罕见病发病率极低,但种类繁多,且大部分疾病病情严重,预后较差,孤儿药缺乏一直是罕见病治疗领域的瓶颈问题。随着基因工程、大数据分析和人工智能等技术手段的进步,基因治疗、抗体疗法、酶替代疗法、药物再利用等已逐步成为孤儿药研发... 详细信息

罕见病发病率极低,但种类繁多,且大部分疾病病情严重,预后较差,孤儿药缺乏一直是罕见病治疗领域的瓶颈问题。随着基因工程、大数据分析和人工智能等技术手段的进步,基因治疗、抗体疗法、酶替代疗法、药物再利用等已逐步成为孤儿药研发的重点方向。虽然我国罕见病研究起步较晚,但近年来日益受到重视,一系列举措鼓励医药企业积极参与孤儿药研发,并取得快速进步。该文分析孤儿药的研究进展,并探讨开发孤儿药的动力,希望能够助力我国孤儿药的未来研发。

关键词：孤儿药罕见病药物研发研发动力

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从“因虚致郁,因郁化毒,因毒损心”探讨冠心病伴发抑郁状态的病机及治疗

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北京中医药大学学报 2023年第11期46卷 1605-1610页

作者：雷舒扬王丽颖朱爱松浙江中医药大学基础医学院杭州310053 中国中医科学院中医临床基础医学研究所

在现代“生物—心理—社会”医学模式下,冠心病伴发抑郁状态的“双心”疾病已成为研究热点,其核心病机要素可以概括为“虚、郁、毒”,即因虚致郁、因郁化毒、因毒损心。其中,“虚”主要责之于心胆气虚,为发病的根本内因;“郁”既包含广... 详细信息

在现代“生物—心理—社会”医学模式下,冠心病伴发抑郁状态的“双心”疾病已成为研究热点,其核心病机要素可以概括为“虚、郁、毒”,即因虚致郁、因郁化毒、因毒损心。其中,“虚”主要责之于心胆气虚,为发病的根本内因;“郁”既包含广义的气机郁滞,又包含狭义的情志三郁(怒郁、思郁、忧郁),为病情进展的关键因素;“毒”为痰饮、瘀血等病理产物蕴久化生的“伏毒”,并在情志之郁的影响下暴发,继而损伤心脉、败坏形质,造成不可逆的心功能损伤,为冠心病伴发抑郁状态的最终结局,并以益气强心、调神壮胆,理气解郁、加强意疗,痰瘀毒同治、透达血脉为主要治法,以期为临床诊治冠心病伴发抑郁状态提供新思路。

关键词：冠心病伴发抑郁状态心胆气虚情志三郁内生毒邪毒损心脉

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游泳运动对小鼠心肌梗死的保护作用:基于AMPK/PGC-1α通路

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武汉大学学报（医学版） 2024年第5期45卷 520-526页

作者：路富林闫亚新余琦郑永才孔令恒西安医学院体育部陕西西安710021 西安医学院基础与转化医学研究所陕西西安710021 西安医学院基础医学部陕西西安710021

目的:阐明游泳运动(SW)激活AMPK/PGC-1α通路减轻小鼠心肌梗死(MI)损伤的作用。方法:选取60只雄性C57BL/6小鼠,随机分为假手术组(Sham)、心肌梗死组(MI)、心肌梗死联合游泳运动组(MI+SW)和心肌梗死联合游泳运动及AMPK抑制剂Compound c组... 详细信息

目的:阐明游泳运动(SW)激活AMPK/PGC-1α通路减轻小鼠心肌梗死(MI)损伤的作用。方法:选取60只雄性C57BL/6小鼠,随机分为假手术组(Sham)、心肌梗死组(MI)、心肌梗死联合游泳运动组(MI+SW)和心肌梗死联合游泳运动及AMPK抑制剂Compound c组(MI+SW+CC),建立冠状动脉左前降支结扎心肌梗死模型。运动组无负重游泳运动9周。检测左室压力和最大上升与下降速率(±dp/dtmax),观察心脏结构、纤维化、细胞凋亡率以及血清中乳酸脱氢酶(LDH)、肌酸激酶同工酶(CK-MB)活性和肌钙蛋白I(cTnI)含量,检测活性氧(ROS)水平、超氧化物歧化酶(SOD)活性、丙二醛(MDA)含量和线粒体ATP含量,Western Blot检测Cleaved caspase-3、Cytochrome c、p-AMPK、p-ACC和PGC-1α的蛋白表达。结果:与Sham组比较,MI组左室压力和±dp/dtmax降低(P<0.05),心脏结构紊乱,并出现明显纤维化,血清LDH、CK-MB活性和cTnI含量、细胞凋亡率、ROS和MDA含量增加(P<0.05),ATP含量和SOD活性降低(P<0.05),Cleaved caspase-3和Cytochrome c表达增加而p-AMPK、p-ACC和PGC-1α的表达降低(P<0.05);与MI组比较,MI+SW组左室压力和±dp/dtmax增加,心肌结构改善,纤维化减轻,血清LDH、CK-MB活性和cTnI含量、细胞凋亡率、ROS和MDA含量降低(P<0.05),ATP含量和SOD活性增加(P<0.05),Cleaved caspase-3和Cytochrome c表达降低而p-AMPK、p-ACC和PGC-1α的表达增加(P<0.05);与MI+SW组比较,Compound c可以阻断游泳运动对小鼠心肌梗死后氧化应激和能量代谢的改善以及对AMPK/PGC-1α通路的调控。结论:游泳运动通过调控AMPK/PGC-1α通路抑制氧化应激和改善线粒体能量代谢,减轻小鼠心肌梗死后心肌损伤。

关键词：游泳运动心肌梗死 AMPK/PGC-1α 氧化应激能量代谢

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